G215182


Basic Information

Item Value
gene id G215182
gene name NA
gene type non-coding
species rainbow trout (Oncorhynchus mykiss)
category of species economic fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_048567.1
NCBI id CM023221.2
chromosome length 85311031
location 719473 ~ 723944 (+)
genome version USDA_OmykA_1.1_2020_rainbow_trout_Genome

Sequence

>TU244862
atccttgatgaaaacctgctccagacacTCAGGaaatcagactggggtgaagggtcaccttccaaaaggacaagacctgaatgtccttgagtggcccagacagagcccggacttgtaACCTATAAAGCAGACGTTTCATAGGTTGTACGTAACAAACTAACTAAATGAAGGTTAGGGTCGTACCTAACAAACAAACTAAACGAGAGTTAGGGTCGCACCTAACAAACTAACTaaatgagggttagggtcgtacctaacaaactaactaaatgagggttagggtcgtaCCTAACAAACTAACTAAATGAAGGTTAGGGTCGTACCTAACAAACTAACTAAATGAAAGTTAGGGTCATACCTAACAAACTAACTAAATGAAGGTTAGGGTCGTACCTAACAAACTAACTAAATGAAGGTTAGGGTCGTACCTAACAAACTAACTAAATGAAGGTTAGGGTCGTACCTAACAAACTAATTAAATGAAGGTTAGGGTCGTACCTAACAAACTAACTAAATGAAGGTTAGGGTCGTACCTAACAACCTAACTAAATTAAGGTTAGGGTCGTATCTAACAAACTACCTaaatgagggttagggtcgtaCCTAACAAACTAACTAGATGAGGGTTAGGGTCGTACCTAACAGACTAACTAAATGAGGATAGGGTCTTAACTAAGGTCTAACTaaatgagggttagggtcgtacctaactaattaactaactaactaaatggGAGTTAGGGTCTCACCTAACTAACTAAATGAGGGTTAGGGACTAAACCTAAATAACTAAATGAGGGTCTTACctaaccacctaactaactaaatgagggttagggtcgtacctaactaactaactaaaaggGGCTTAGGGTCTTACCTAACTAACTAAATGAGCATTTAGGGTcttacctaactaactaactaactaactaaatgagGGTTAGGGTCTTACCTAAGTAAGGTCTAACTAAATGAGGGTTAGGGTCTTACTTAACTAACTGACTAAATGAGGGTTAGGGTCTTACCTAACTAAGGTCTATCTAAATGAGGGTTAGGGTcttacctaactaactaactaactaaatgagGGTTATGGTCTTACCTAACTAACTTAATGAGGATCAGGGTcttacctaactaactaactcaatTCGGGTTAGGGTctaacctaactaactaactaactaacgaaCTAACTAACTGAGGGTTAGGGTCTTACCtaaataactaactaactaaatgagGGTCAGGGTCTTACCTAACGAACTAAATGAGGGTCAGGGTTTTACCTAACTAACCAACTAAATGAGGGTCAGGTTCTTACCTAAGTAACTAACTAAATGAGGGTTAGGGTCTTACCTAACTAAGGTCTAGCTAAATGAGGGTTAGGGTCTTACCTAATTAAGGACTAGCTAAATGAGGGTTCGAGTCTTACCTAACTAAGGTCTAAATAAATGAGGGTTAGGGTCTTACCTAACTAACTATCTAAATGAGGGTTAGGGTCTTacttaactaactaactaaattaGGCTTACGGTcttacctaactaactaactaaatgagGGTTTGGGTCTTGCCTAACTAACTAAATGAGGGTTAGGTTCCTACCTAACTAACTAAATGAGGGTTGGGGTCTTACCTAACTAACTAAATGAGGGTTAGGTTCCTACCTAACTAACTAAATGAGGGTTAGGGTCTTATCTAACTAAGGTCTAGCTAAATAAGGGTTAGGGTCTTACCTAACTAAGGTCTAGCTAAATGAGGGTTAGGGTCTTACCTAAATAAGGTCTAGCTAAATGAGGGTTAGGGTcttacctaactaactaactaactaaatgagggttagggtcttacctaactaactaactaaatgagAGTTAGGGTCTTACCTAACTAAGGTCAAGCTAAATGAGGGTTAGGGTCTTacttaactaactaactaactaactaaatgagggttagggtcttacctaactaactaactaaatgagAGTTAGGGTCTTACCTAACTAAGGTCAAGCTAAATGAGGGTTAGGGTCTTacttaactaactaactaactaactaaatgagGGTTAGAGTcttacctaactaactaactaaataaggGTTAGGGTCTTGCCTAACTAACTAAATGAGGGTTAGGTTCCTACCTAACTAACTAAATGAGGTTTAGGGTCTTACCTAACTAAATAACTAAATGAGGGTTAGGGTCTTACCCAACTAAGGTCTAAGTAAATGAGTGTTAGGGTcttacctaactaactaactaactaagtaAATGACGGTTAGGGTCTTACCTAACTAACTAAATGAGGGTTAGGGTCTTACCTAACTAACTAAATGAGGATCAGGGTcttacctaactaactaactaactaaatgagGGTTAGGGTCTTACCTAACTAAGGTCTAGCTAAATGAGGGTTAGGGTCTTACCTAACTAAGGTCTAGCTCAATGAGGGTTAGGGTCTTACCTAACTAACTATCTAAATGAGGGTTAGGGTCTTACCTAACTAACTAAATGAGGAACAGGGTCTTACCTAACTAAGGTCTAGCTAAATAAGGGTTAGGGTCTTACCTAACTAAGGTCTAGCTAAATGAGGGTTAGGGTCTTACCTAACTAAGGTCTAGCTAAATGAGGGTTAGGGTcttacctaactaactaactaactaaatgagGGTTAGGGTCTTACCTACCTAACTAACTAAATGAGGGTTAGTATcttacctaactaactaactaaatgagGGTTAGGGTCTTACCTAACTAACTAAATGAGGGTTAGGGTCTTAACTATCTAACATTCTAAATGAGGGTTATGGTCTTACCTAACTAACTAAATGAGGATCAGGGTcttacctaactaactaactaaatgagGGTTAGGGTCTTACCTAACTAAGATCTAGCTAAATGAGGGTTAGGGTCTTACCTAACTAACtaattaactaactaactaactaactaactaaatgagggttagggtcttacctaactaactaactatatGAGGTTTAGGGTcttacctaactaactaactaaatgagGGTTAGGGTCTTACCCAACTAAGGTCTAAGTAAATGAGGGTTAGGGTcttacctaactaactaactaactaagtaAATGAGGGTTAGGGTCTTACCTAACTAACTAAATGAGGATCAGGGTCTTACCTAACTAATTAACTAAATGAGGGTTAGGGTTTTACCTAACTAAGGTTCTAGCTAAATGAGGGTTAGGGTCTTACCTAACTAAGGTCTAGCTAAATAAGTTTAAGGTCTTACCTAACTAAGGTCTAGCTAAATGAGGGTTAGGGTcttacctaactaactaactaactaaatgagGGTCAGGGTCTAACCTATCTAACTAACTGACGTGATGTATTCTATATTGTTTATCTGTCTGTAACATTAACACCAGGTATTCTGATGTGgtttcacatactgtatatcagaTAGGAACTGATCTGTCTGTAACATTAACACCATATATCCTGATGTGgtttcacatactgtatatcagaTTGGAACTGATCTGtctataacattaacaccatATATCCTGATGTGGTTTCACatactgtatatcagaTAGGAACTGATCTGTCTGTAACATTAACACCAGGTATTCTGATGTGgtttcacatactgtatatcagaTAGGAACTGATCTGTCTGTAACATTAACACCAGGTATTCTGATGTGGTTTCACATGCTGTATATCAGATAGGAACTGATCTGtctataacattaacaccatATATCCTGATGTGGTTTCACAGATGTCAGATACTATTTCACCAAGATGAGAGTTAAGATTCAACGATGAATCAATGGGCATGAACGGTGCCCTATTGCTATGAGTTGTTCTAACAGCTAAATACTCTGAGGATAATCAATACCACAGGACTGTTTGTTAAGCTAGTTCCTACCTGGAGGATTTGGATCAGGACTGTCAAACGCATTCCAATAAGGGACTAGTGTCagctggtttttgttttttcctttcaattaagacctagacaaccaggtgaggggagttccttactaatta
>TU244863
AACACCAGGTATTCTGATGTGGTTTCACATGCTGTATATCAGATAGGAACTGATCTGtctataacattaacaccatATATCCTGATGTGgtttcacatactgtatatcagaTAGGAACTGATCTGTCTGTAACATTAACACCAGGTATTCTGATGTGgtttcacatactgtatatcagaTAGGAACTGATCTGTCTGTAACATTAACACCAGGTATTCTGATGTGGTTTCACATGCTGTATATCAGATAGGAACTGATCTGtctataacattaacaccatATATCCTGATGTGGTTTCACAGATGTCAGATACTATTTCACCAAGATGAGAGTTAAGATTCAACGATGAATCAATGGGCATGAACGGTGCCCTATTGCTATGAGTTGTTCTAACAGCTAAATACTCTGAGGATAATCAATACCACAGGACTGTTTGTTAAGCTAGTTCCTACCTGGAGGATTTGGATCAGGACTGTCAAACGCATTCCAATAAGGGACTAGTGTCagctggtttttgttttttcctttcaattaagacctagacaaccaggtgaggggagttccttactaatta

Function

GO: NA

KEGG: NA

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TU244862 False 4064 lncRNA 0.38 2 719473 723944
TU244863 True 574 lncRNA 0.47 2 723167 723944

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
LOC118964344 NA coding upstream 503070 213740 ~ 216403 (+)
LOC118964343 NA coding upstream 522957 195431 ~ 196516 (+)
irx1a LOC106593994 coding downstream 216619 940563 ~ 944831 (+)
LOC118944464 NA coding downstream 401373 1125317 ~ 1130309 (+)
LOC118944732 NA coding downstream 583063 1307007 ~ 1309337 (+)
LOC118944733 plekha8 coding downstream 811935 1535879 ~ 1538143 (+)
LOC118964346 LOC106597212 coding downstream 821313 1545257 ~ 1567659 (+)
G215179 NA non-coding upstream 1871 715607 ~ 717602 (+)
G215118 NA non-coding upstream 65635 653414 ~ 653838 (+)
G215100 NA non-coding upstream 96247 622504 ~ 623226 (+)
G215093 NA non-coding upstream 102928 616230 ~ 616545 (+)
G215084 NA non-coding upstream 115710 603422 ~ 603763 (+)
G215198 NA non-coding downstream 11317 735261 ~ 735495 (+)
G215204 NA non-coding downstream 21771 745715 ~ 747626 (+)
G215227 NA non-coding downstream 49016 772960 ~ 773936 (+)
G215229 NA non-coding downstream 50283 774227 ~ 774514 (+)
G215232 NA non-coding downstream 52481 776425 ~ 776632 (+)
G215012 NA other upstream 201286 516360 ~ 518187 (+)
G215455 NA other downstream 360498 1084442 ~ 1086530 (+)
G215792 NA other downstream 799325 1489352 ~ 1577030 (+)
G215820 LOC100136727 other downstream 885694 1609638 ~ 1616379 (+)
LOC118944469 LOC100136727 other downstream 911654 1635598 ~ 1680107 (+)
G215830 NA other downstream 946467 1670411 ~ 1747282 (+)

Expression


Co-expression Network