XLOC_021785


Basic Information

Item Value
gene id XLOC_021785
gene name NA
gene type non-coding
species zebrafish (Danio rerio)
category of species model fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007134.7
NCBI id CM002907.2
chromosome length 46223584
location 31078564 ~ 31085951 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome

Sequence

>TCONS_00044850
GGAAAGAAACCGCAGCTCAACTCAAAGCCTATAAGAAATCGACAAATGCCACCCCACATCCGCATTCACTTTCCTCTCACTCTCACTCAGTGAACAACACTGTGCTTGAAAGCAGATCTACAAGAGAAGAACCACAACGAAAATCCAAGGTTTGAGCGTATGTATgcgtcttgtgtgtgtgtgtgcgtgtgtgtgtgtgcgtgtgtgtgtttgtgagactgAGTGAGTGTGTTTTCACTCTCTGATATTTCTGTGTGTTATGTTGTTAATGGCACACCTTGTTTGCCAGGCAGAAACAGCCAATTAAAAGCAACTCGTGTTAAACTGGGTCCATTTTCAGCGGTGTGCCTCCAGGAGCCACAAAAACACTCTtcaatgtgtgagtgtgtgtctgtgtgggacGGGGATTTACACCTCACTAATGATGTGTGAGTTTAATACTCTGAGCTGTTTTCAGCTTCACATGCAACAGGTTAACGCCTTCAGTGCCGTGCTTTCTCAACAATGTGCTCTATGAACTGACTTTTCACACTAGAACAAAGGCTTCAATGGCGAAACTTTCACTTCACTGCATTGCAAAGCATAATATTGAACTTTTTATTGCTCTAGATTTTGCAAACATTCAGAAGTAAGATGTACATGGCAGTGTTTTGTTTGTGAACACAGGCTGATTCTTTTAGTTAATCTGTTTAATGATTATACCCAGTGAACTACTGATACAAACTTACAGGTAAGAGCTGGTCTCCATGATTTAGTAATAGCAAGTCTCCAGTTAACGATTCACTGTTTTAATATGAATCAGTCACTGCAAGTCTCTAGTTAGTGTCTcactgttttgaatgaatcagtcAGAGCAAGTCTTCAGTTAATGAATCACTGTTTCAAATGAATTAGTCAGCACAAGTCTCCAGTTAATCATTCACTGATTCATATGAATCTTCCAGAGCAaaatctccagttaatgattcattgTTTCTTATGAATCAGTCATAgaaagtctccagttaatgattaaCTGTTTCATATTAATCAGTCAGACCAAAtatccagttaatgattcactgtttCAAATGAATCAGTCATAGACAGTCTCCAGTTAACGATTCACTGCTTCATATGAATCAGTCAGAAAAAATCTTGTTAACGATTCACTGTGTTAGAATGAACCAGTCAGAGCaaatctccagttaatgattcactggtTCATATGAATCAGGCATAGACAGTCTTTAGGTAATGATTCTGACTGATTCATATGAGACAGTGAACAAGTCTTCATTTAAGGATCCACTGCTTCAAATAAATTAGAGCGAATCTCCAGTTAAGGCAATATGGTGGTGTAGTGGgcagcacgttcgcctcacaccaagaaggtcgctggttcgagcctcgactgggtcagacTGTTTCATACGAATCTGTCAAAGCAAGTCTCCAGTTAAAGATTCACTGTTTCAAATGAATCAATCAGAACAAgtttccagttaatgattcactgtttCATATGAATCTGTTAGAacaagtctccagttaatgattcactgtttCAAATGAATCAGACAAAATAAGTTTCCAGTTAATGAATCACTGTTTCATATGATTCTGTCATAAGTCTCTAGTTAAGGATTCACTGTTTCATATGATTCTGTCAGAACAAGTGTCCAGTTAACGATTCACTGGTTCATATGAATAAGTCATATacagtctccagttaatgattctgACTGATTCATATGAAACAATGAAGTCTCTAAATAAGGATTCACTGCTTCAAATGAATCAGCCAGAGCAAATCTCCAGTTAACGATTCcctgtttcaaataaataaatcagagcaagtttccagttaatgattcactgtttCATATGAATCTGTCAGAacaagtctccagttaatgattcactgtttCAAATGAATCAGACAGAAGAAGTCTTCAGTTAATGAATCACTGGTTCATATGATTCTGTCATTAGTCTCCAGTTAACGATTCACTGGTTCATAAGAATAAGTCATATACAGTCTccagttaataattctgactgattCATATGAAACAATGAAGCCTCCAATTAAGGATTCACTGCTTCAAATGAATCAGCCAGAGCAAATCTCCAGTTAACGATTCACTGTTTCAAATGAATCaatccaggcccggattggctaatcgggaggaccgggagaattcccggtggccggtccgttttttggccgcgagggccggtgtccctagctccaaaatctgttgctctcagcagtcacactttttaaattaatttatttacttacttgactacagtcttcttatttattattttaccgcagctctgctctgcctacaggttaatgatgatattactCAGATGAGTCAACCCTTCATATACAAcagttgtggtccagtggttagcacgttagattacgacgccgccgacccgggtttgattcttgtctgagtatgttttttttaattatagttttattgttaagacatataatactgttagggtttttgaacatttaaagttctaaagcagctgttttctcaaaaaaaaaaaaaaagacgtgatagtgtaattagaaactgaattggaaatgaccttattttaatatagtcatgcgtgaactgaggtgggccggtctaaggcttgaaactccagggctgaaaaagagtcccactccggccctgaatcAATCAGAGCAAgtttccagttaatgattcactgtttCAAATGAATCAATCAGAGCAAgtttccagttaatgattcactgtttCAAATGAATCAGACAGAAGAAGTCTTCAGTTAATGAATCACTGTTTCATATGATTCTGTTATTAGTCTCCAGTTAACGATTCACTGGATCATATGAATAAGTCATATacagtctccagttaatgattctgACTGATTCATATGAAACAATGAAGCCTCCAATTAAGGATTCACAGCTTCAAATGAATCAGCCAGAGCACATCTCCAGTTAATTAATCACTGTTTCAAATGAATTAGTCAGCACAAGTCTCCAGGTAACGATTCACAGTTTCAAATGTACCTGTCAGAGGAGCAAGTCTCCGGTTAAGAACTCACTGTTTCCTATGAATTAATTATAGaaagtctccagttaacaattGACTGTTTCATATGAATCTGTCAAAGCAAAATCTCCGGTTAACGATTTACTGTCTGTTTTAAATGAATGCAAGCAAgtttccagttaatgattcactgtttCAAATGAATCAACCGGAGCAAGTTTCCAGTTAACAATTCACTTTCGAATGAATCAGTCAATCCAGACCAGTCAGAATGAGTTTTAATGACTCACAGactaaaatgattcagtcagaacGATTATCCAGATAATCATTCACTGCTTCAAATTATAAAAGTGAAAGTGACCCAAAAATCTTCTAAATGAATACACAACTTAAAACAGCATTAGGAACTACCTGCtgacaaaaaagcattttaaatacatatttatctacgtttgaaaatttaaaacataaaaaaaacttaaaatacccTTTTTGGAAAGTATAGAAGTAATCCAAAATGCTGCATTCTTATGTACATATTCAACACGTGAACTACTTATAAACACTTAACatgatatttgttatattttcagGTTATGTGTGAAAATCCAGTcataaaagagaaagaaaaggagGCAAATTCCATTATTTGAATCAGGTCACTGCTTGAACACAGCGAGGTTAAATGGAGTAAGACTGGCTGCGAGGAACATCGTTAGCACATTGGCATGACGGGTTTCAGTAATTAGGGGGTGTGGCCTCACATCACCAATCGCCCTGCTGTGTTTGGTGCGTCCTGCTGATTTACAGTGTGTAGACTAAGATGTGGCTGTTTTAGCAGGTCATAACTcgctacacacacatatacagacacacTGGCTAAATGAGTGCCAAGTGggctcacatacacacacgcacacacacacatggcaggCTTATGGATGCCAGACACACACGCTCCCCACACCAGCTTCACCTGGCTGTTTTTTTGTTCCCTCTCACACTTTTCCTTCCTTTGCAATCCCAGAGTGAAAACAGAGGCCAGTACACTAAGCTGTCCTAAATACCTGGACTGTGACCCAGACTATGAGGAGCTGCGGAGGAAAAGGAGAAGAAGGGTAATGAGGCTACAGCTTCATGTTGTGCTGGTGTTAATGTGCTGATGTGTTGTTTTCTTGCTGCAGTAGCACACCGAGTGAAGCGAGATTTTAAAAACCTGATTTAATATGGATGTTCAAAGAGATCCTTTTATATCTTTATTTTCATACAACAGATTATTCTGTTTTACAAATTTGACTGGCTGAGATTTAGTTTAAGTCATGCAATATTCTACTAGCATCACCACAGGAATTGTTTACCATTTGTTTCCCTCTACTTGAAGCATTTCTCATAGTGAGTCATGGCAGAACCACTATACGTTGACTAATTTTTACTGCTTTTCTGTTACAGATTCTGTTACAGTTTTAAAAGATTTTTCAGCAGAAAGAAATGGTCATTCAAGCTTTAGATATTTATAAAActttgtgttttagagattttGCATTATATAGAGTCATTTCTCTAgtagttaaataaaacaaaaatatttagacTAAATCgggttaatttaattaaaaaatttaggtTAAATCCAGTTAATATTTTAGGAACTCATTAGTATGGAAATTCCAAAGTCATATttgggtgatataaagacaatacgtttcttttttttctgacattAAAATACAATCCAAATCCCTcacattttgaggcccaccgcaacgtgatgtaAGAGttcggtttccccgcccactgattcgattgacagccacgtattaacatgtctccgcagtaatgcgtataatcatatcaacaagacaggacgtatacgcaaagcaactgggattaaaacattTGCTCAGCTTTCTGTGATCACCTGCACCTCAAGAATGTGTTTACagctttaaacatttttaaaacagt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Function

GO: NA

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TCONS_00044850 True 7388 lncRNA 0.37 1 31078564 31085951

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
XLOC_021784 selenoi coding upstream 56146 31000243 ~ 31022418 (+)
XLOC_021783 si:ch211-197l9.2 coding upstream 81808 30985530 ~ 30996756 (+)
XLOC_021781 si:ch211-197l9.2 coding upstream 97126 30967686 ~ 30981438 (+)
XLOC_021782 BX649257.1 coding upstream 99065 30979385 ~ 30979499 (+)
XLOC_021780 cables2a coding upstream 159257 30898013 ~ 30919307 (+)
XLOC_021786 tbx18 coding downstream 21734 31107685 ~ 31118371 (+)
XLOC_021787 irak1bp1 coding downstream 159444 31245395 ~ 31248952 (+)
XLOC_021788 sh3bgrl2 coding downstream 319546 31405497 ~ 31423729 (+)
XLOC_021789 rps12 coding downstream 346005 31431956 ~ 31435922 (+)
XLOC_021790 CR759830.1 coding downstream 347322 31433273 ~ 31433348 (+)
XLOC_021777 AL845357.1 non-coding upstream 305678 30764287 ~ 30772886 (+)
XLOC_021774 NA non-coding upstream 645179 30402314 ~ 30433385 (+)
XLOC_021767 NA non-coding upstream 1231685 29840859 ~ 29846879 (+)
XLOC_021766 BX571850.1 non-coding upstream 1490006 29588444 ~ 29588558 (+)
XLOC_021791 CR759830.2 non-coding downstream 347628 31433579 ~ 31433663 (+)
XLOC_021793 BX927365.3 non-coding downstream 581478 31667429 ~ 31667543 (+)
XLOC_021795 NA non-coding downstream 777788 31863739 ~ 31885913 (+)
XLOC_021805 CU041363.1 non-coding downstream 1108457 32194408 ~ 32201494 (+)

Expression


Co-expression Network