G218793


Basic Information

Item Value
gene id G218793
gene name NA
gene type non-coding
species rainbow trout (Oncorhynchus mykiss)
category of species economic fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_048567.1
NCBI id CM023221.2
chromosome length 85311031
location 6305767 ~ 6307238 (+)
genome version USDA_OmykA_1.1_2020_rainbow_trout_Genome

Sequence

>TU249437
cagacagacagacagacagacagacagacagacagacagacagacagacagacagacagacagacagagagagacagacagagagagagagacagctatagATATGTCCTGTATCTTTACTGCTTTATATGTAACGTTTTCCTTTAATCATGCAGTGATGTCAATAGGAGATCAAATTTAAGGTATGCATGCTGATTATGTGTTTTCTAAACAGTCTCTTTAGGTTCTTACTGTTTTCTAGAGAGTCTCTTTAGGTTCTTACTGTTTTCTAAACAGTCTCTTTAGGTTCTTAGTGTTTTCTAGAGAGTCTCTTTAGGTTCTTAGTGTTTTCTAGAGGGTCTCTTTAGGTTCTTAGTGTTTTCTAAACAGTCTCTTTAGGTTCTTAGTGTTTTCTAAACAGTCTCTTTAGGTCCTTAGTGTTTTCTAGAGAGTCTCTTTATGTCCTTAGTGTTTTCTAAACAGTCTCCTTTAGGTCCTTAGTGTTTTCTAGAGAGTCTCTTTATGTCCTTAGTGTTTTCTAAACAGTCTCCTTTAGGTTCTTAGTGTTTTCTAGAGAGTCTCTTTATGTCCTTAGTGTTTTCTAAACAGTCTCTTTATGTCCTTAGTGTTTTCTAGATAGTCTCTTTAGGTCCTTAGTGTTTTCTAAACAGTCTCTTTAGGTCCTTAGTGTTTTCTAAACAGTCTCTTTAGGTCCTTAGTGTTTTCTAAACAGTTTCCTTAGTACTGGGGCACCTATAGTGATTGTGTGAGTGTGATTTCCACCCCTGCTGTACCTTGCCGATGGGCATGGGGTATATCCCTTTCAACTGTTCTCTGAGGTTGATCGGTCCAGGATTGACCCACAGGTTCTCCTGCACGACAATTTTAACCCTCGTGTTACCGTTGAGAGCGTTCACCGACTCCCCGCCCATGTCCTCCACACGAACAATCAGCGTGAAGTCTGGGTCTTCCAGAGGGTTCAGCCTCCGAGACTCT
>TU249438
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>TU249439
cagacagacagacagacagacagacagacagacagacagacagacagacagacagacagacagacagagagagacagacagagagagagagacagctatagATATGTCCTGTATCTTTACTGCTTTATATGTAACGTTTTCCTTTAATCATGCAGTGATGTCAATAGGAGATCAAATTTAAGGTATGCATGCTGATTATGTGTTTTCTAAACAGTCTCTTTAGGTTCTTACTGTTTTCTAGAGAGTCTCTTTAGGTTCTTACTGTTTTCTAAACAGTCTCTTTAGGTTCTTACTGTTTTCTAAACAGTCTCTTTAGGTTCTTAGTGTTTTCTAGAGAGTCTCTTTAGGTTCTTAGTGTTTTCTAGAGGGTCTCTTTAGGTTCTTAGTGTTTTCTAAACAGTCTCTTTAGGTTCTTAGTGTTTTCTAAACAGTCTCTTTAGGTCCTTAGTGTTTTCTAGAGAGTCTCTTTATGTCCTTAGTGTTTTCTAAACAGTCTCCTTTAGGTTCTTACTGTTTTCTAGAGAGTCTCTTTATGTTCTTAGTGTTTTCTAAACAGTCTCTTTAGGTTCTTAGTGTTTTCTAAACAGTCTCTTTAGGTCCTTAGTGTTTTCTAAACAGTCTCTTTAGGTTCTTAGTGTTTTCTAAACAGTCTCTTTAGGTTCTTAGTGTTTTCTAAACAGTCTCTTTAGGTTCTTAGTGTTTTCTAGAGAGTCTCTTTAGGTTCTTAGTGTTTTCTAAACAGTCTCTTTAGGTCCTTAGTGTTTTCTAGAGAGTCTCTTTGTGTCCTTAGTGTTTTCTAAACAGTCTACTTTAGGTCCTTAGTGTTTTCTAGAGAGTCTCTTTATGTCCTTAGTGTTTTCTAGAGAGTCTCTTTAGGTCCTTAATGTTTTCTAAACAGTCTCTTTAGGTCCTTAGTGTTTTCTAAACAGTCTCTTTAGGTTCTTAGTGTTTTCTAGAGAGTCTCTTTATGTCCTTAGTGTTTTCTAAACAGTCTCTTTATGTCCTTAGTGTTTTCTAGATAGTCTCTTTAGGTCCTTAGTGTTTTCTAAACAGTCTCTTTAGGTCCTTAGTGTTTTCTAAACAGTTTCCTTAGTACTGGGGCACCTATAGTGATTGTGTGAGTGTGATTTCCACCCCTGCTGTACCTTGCCGATGGGCATGGGGTATATCCCTTTCAACTGTTCTCTGAGGTTGATCGGTCCAGGATTGACCCACAGGTTCTCCTGCACGACAATTTTAACCCTCGTGTTACCGTTGAGAGCGTTCACCGACTCCCCGCCCATGTCCTCCACACGAACAATCAGCGTGAAGTCTGGGTCTTCCAGAGGGTTCAGCCTCCGAGACTCT
>TU249440
cagacagacagacagacagacagacagacagacagacagacagacagacagacagacagacagacagagagagacagacagagagagagagacagctatagATATGTCCTGTATCTTTACTGCTTTATATGTAACGTTTTCCTTTAATCATGCAGTGATGTCAATAGGAGATCAAATTTAAGGTATGCATGCTGATTATGTGTTTTCTAAACAGTCTCTTTAGGTTCTTACTGTTTTCTAGAGAGTCTCTTTAGGTTCTTACTGTTTTCTAAACAGTCTCTTTAGGTTCTTAGTGTTTTCTAGAGAGTCTCTTTAGGTTCTTAGTGTTTTCTAGAGGGTCTCTTTAGGTTCTTAGTGTTTTCTAAACAGTCTCTTTAGGTTCTTAGTGTTTTCTAAACAGTCTCTTTAGGTCCTTAGTGTTTTCTAGAGAGTCTCTTTATGTCCTTAGTGTTTTCTAAACAGTCTCCTTTAGGTCCTTAGTGTTTTCTAGAGAGTCTCTTTATGTCCTTAGTGTTTTCTAAACAGTCTCCTTTAGGTTCTTACTGTTTTCTAGAGAGTCTCTTTATGTTCTTAGTGTTTTCTAAACAGTCTCTTTAGGTTCTTAGTGTTTTCTAAACAGTCTCTTTAGGTCCTTAGTGTTTTCTAAACAGTCTCTTTAGGTTCTTAGTGTTTTCTAAACAGTCTCTTTAGGTTCTTAGTGTTTTCTAAACAGTCTCTTTAGGTTCTTAGTGTTTTCTAGAGAGTCTCTTTAGGTTCTTAGTGTTTTCTAAACAGTCTCTTTAGGTCCTTAGTGTTTTCTAGAGAGTCTCTTTGTGTCCTTAGTGTTTTCTAAACAGTCTACTTTAGGTCCTTAGTGTTTTCTAGAGAGTCTCTTTATGTCCTTAGTGTTTTCTAGAGAGTCTCTTTAGGTCCTTAATGTTTTCTAAACAGTCTCTTTAGGTCCTTAGTGTTTTCTAAACAGTCTCTTTAGGTTCTTAGTGTTTTCTAGAGAGTCTCTTTATGTCCTTAGTGTTTTCTAAACAGTCTCTTTATGTCCTTAGTGTTTTCTAGATAGTCTCTTTAGGTCCTTAGTGTTTTCTAAACAGTCTCTTTAGGTCCTTAGTGTTTTCTAAACAGTTTCCTTAGTACTGGGGCACCTATAGTGATTGTGTGAGTGTGATTTCCACCCCTGCTGTACCTTGCCGATGGGCATGGGGTATATCCCTTTCAACTGTTCTCTGAGGTTGATCGGTCCAGGATTGACCCACAGGTTCTCCTGCACGACAATTTTAACCCTCGTGTTACCGTTGAGAGCGTTCACCGACTCCCCGCCCATGTCCTCCACACGAACAATCAGCGTGAAGTCTGGGTCTTCCAGAGGGTTCAGCCTCCGAGACTCT
>TU249441
cagacagacagacagacagacagacagacagacagacagacagacagacagacagacagacagacagagagagacagacagagagagagagacagctatagATATGTCCTGTATCTTTACTGCTTTATATGTAACGTTTTCCTTTAATCATGCAGTGATGTCAATAGGAGATCAAATTTAAGGTATGCATGCTGATTATGTGTTTTCTAAACAGTCTCTTTAGGTTCTTACTGTTTTCTAGAGAGTCTCTTTAGGTTCTTACTGTTTTCTAAACAGTCTCTTTAGGTTCTTAGTGTTTTCTAGAGAGTCTCTTTAGGTTCTTAGTGTTTTCTAGAGGGTCTCTTTAGGTTCTTAGTGTTTTCTAAACAGTCTCTTTAGGTTCTTAGTGTTTTCTAAACAGTCTCTTTAGGTCCTTAGTGTTTTCTAGAGAGTCTCTTTATGTCCTTAGTGTTTTCTAAACAGTCTCCTTTAGGTCCTTAGTGTTTTCTAGAGAGTCTCTTTATGTCCTTAGTGTTTTCTAAACAGTCTCCTTTAGGTTCTTACTGTTTTCTAGAGAGTCTCTTTATGTTCTTAGTGTTTTCTAAACAGTCTCTTTAGGTTCTTAGTGTTTTCTAAACAGTCTCTTTAGGTCCTTAGTGTTTTCTAAACAGTCTCTTTAGGTTCTTAGTGTTTTCTAAACAGTCTCTTTAGGTTCTTAGTGTTTTCTAAACAGTCTCTTTAGGTTCTTAGTGTTTTCTAGAGAGTCTCTTTAGGTTCTTAGTGTTTTCTAAACAGTCTCTTTAGGTCCTTAGTGTTTTCTAGAGAGTCTCTTTGTGTCCTTAGTGTTTTCTAAACAGTCTACTTTAGGTCCTTAGTGTTTTCTAGAGAGTCTCTTTATGTCCTTAGTGTTTTCTAGAGAGTCTCTTTAGGTCCTTAATGTTTTCTAAACAGTCTCTTTAGGTCCTTAGTGTTTTCTAAACAGTCTCTTTAGGTTCTTAGTGTTTTCTAGAGAGTCTCTTTATGTCCTTAGTGTTTTCTAAACAGTCTCTTTATGTCCTTAGTGTTTTCTAGATAGTCTCTTTAGGTCCTTAGTGTTTTCTAAACAGTCTCTTTAGGTCCTTAGTGTTTTCTAAACAGTTTCCTTAGTACTGGGGCACCTATAGTGATTGTGTGAGTGTGATTTCCACCCCTGCTGTACCTTGCCGATGGGCATGGGGTATATCCCTTTCAACTGTTCTCTGAGGTTGATCGGTCCAGGATTGACCCACAGGTTCTCCTGCACGACAATTTTAACCCTCGTGTTACCGTTGAGAGCGTTCACCGACTCCCCGCCCATGTCCTCCACACGAACAATCAGCGTGAAGTCTGGGTCTTCCAGAGGGTTCAGCCTCCGAGACTCT

Function

NR:

description
cadherin-17-like

GO: NA

KEGG: NA

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TU249437 False 975 lncRNA 0.43 3 6305767 6307238
TU249438 False 1410 lncRNA 0.39 3 6305767 6307238
TU249439 False 1347 lncRNA 0.45 4 6305767 6307238
TU249440 False 1379 lncRNA 0.39 4 6305767 6307238
TU249441 True 1379 lncRNA 0.39 4 6305767 6307238

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
LOC110535685 LOC106606054 coding upstream 15597 6277474 ~ 6290170 (+)
LOC110534143 tmem67 coding upstream 28613 6259904 ~ 6277154 (+)
LOC110535707 LOC106574428 coding upstream 51526 6248078 ~ 6254241 (+)
LOC110534148 invs coding upstream 76847 6174662 ~ 6228920 (+)
LOC110535756 stx17 coding upstream 147827 6129251 ~ 6157940 (+)
LOC110489435 LOC106570746 coding downstream 70050 6377288 ~ 6399616 (+)
LOC110508031 esrp1 coding downstream 118896 6426134 ~ 6448961 (+)
LOC110508070 NA coding downstream 184976 6492214 ~ 6496204 (+)
LOC110507908 LOC106605953 coding downstream 192307 6499545 ~ 6510342 (+)
LOC110508080 LOC106606035 coding downstream 206054 6513292 ~ 6527389 (+)
G218791 LOC106605873 non-coding upstream 498 6303266 ~ 6305269 (+)
G218784 NA non-coding upstream 39263 6266257 ~ 6266504 (+)
G218783 NA non-coding upstream 40456 6265048 ~ 6265311 (+)
G218780 NA non-coding upstream 67142 6237569 ~ 6238625 (+)
G218769 NA non-coding upstream 104369 6200927 ~ 6201398 (+)
G218794 NA non-coding downstream 584 6307822 ~ 6318435 (+)
G218798 LOC106605946 non-coding downstream 21140 6328378 ~ 6338768 (+)
G218801 NA non-coding downstream 34712 6341950 ~ 6342178 (+)
G218805 NA non-coding downstream 37607 6344845 ~ 6407086 (+)
G218807 NA non-coding downstream 46539 6353777 ~ 6354480 (+)
LOC110508220 sc61b other upstream 341971 5957257 ~ 5963980 (+)
G218842 LOC106605951 other downstream 143100 6450338 ~ 6455202 (+)
LOC110520771 fam171a1 other downstream 298084 6560989 ~ 6607009 (+)
LOC110507851 acbd7 other downstream 317346 6624575 ~ 6631601 (+)
G218971 NA other downstream 410390 6717628 ~ 6719163 (+)
LOC110507732 LOC106576036 other downstream 487322 6794547 ~ 6811294 (+)

Expression


Co-expression Network