G218794


Basic Information

Item Value
gene id G218794
gene name NA
gene type non-coding
species rainbow trout (Oncorhynchus mykiss)
category of species economic fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_048567.1
NCBI id CM023221.2
chromosome length 85311031
location 6307822 ~ 6318435 (+)
genome version USDA_OmykA_1.1_2020_rainbow_trout_Genome

Sequence

>TU249442
TGGGCTCAATCATCTATCTATTTGGACCATCTTGGTCAGGTTTACCTGACAATAGTGATTTTATAGTTTAATCTTAAACTACAAGTAAATATAGTGAAGTACACACAGACCTGCTCTCTGCACACAGCTGTAGAAGGGGTTGAGTTCATAAGGGATGTCCCCTGTGGGGGTGCAGTAGTCATCAAACCTCTTCTTCAGAGAATCACTGAAGTCCCCTCCTCTGGAATGAATAACACTTTCTCTGGCCTTCAGCAGACGCTCTCCtgcaggagcacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacagctgtaatcagtAACATAATCACGTGGTCAATCTGACACCAAGCATGTGTTAATCTGATGTGTTAATCTGGAGCATGAGAGTTGAGTTGTGGTGATCTGGGTTGGTGTGAGATTAAAGGATGCAGAACTCACAGATTAGCACTCATACAGGATGAGATTAGAGACCACAACATCTGGGATGATCTATGTGTGTGCACTTTGAGGATCtccgggagtgtgtgtgtgtgtgtgttaccctcGGCAGTAGTAGAAATCTCTCCTGTGTTGCTGTTGATCTCGAAGAACAAGGTGTTGTCTCTGTTGGGGATCTGGGAGACCAGGGTGTAACTCAGATGGGCGTTGGGAGACTCTGGGTCGTCCAGGTCAGTAGCAAACACACGCGCAAATGGAacacctacaacacacacacataatgaacacacacacagacagacaaacagtcagtcagacagagtgacagacagagtgacaggcagacagacctgCGGGGGTACGTTCCCTGACGATGCCGATGTAGTCAGTCTGGTTGAAGGACGGGGCGTGGTTGTTGACATCCAACAcgttgatggtgatgatgactGGACCTTCTACTGGTTCTGAACCCACTAAGGCCTCcagctacaacaacaacaacaacaacaacatgaagctGGGATGTGTGTGTTGGTCTATACTAAAtgacattgtgtatgtgtgtgcatgcaggtaCTTGTCAGATCTGTGAATCgacagtgtgtgtatgtctgtgtgtgtgtcctaccagctctcacagtctcacatcagaattagacgttcatccaagttgttccaaatgtcaaatttggatgtgtttaaggttaagtttaggtattaagTCAGAATTGTTAAgcttaggcattaactccaaattcttaaggttagacattaactctgaatggttaaggtaagggttaaggtttgggataggcttaataaaaaaaaaatctgaaacaaCTTTCTACTgctggatttgaacatgcaacctttggaatgataatgcaatctctattgcactccacactcctacctggacaaaaggaacacctatatgagaatgctattcattgactactgctcagcgttcaacaccatagtacactcaaagctcatcactaagctaaggaacctgggactaaacacctccctctgcaactggatcctggacttcctgacgggccgccccaggtggtgagggtaagtagcaacacatctgccacgctgatcctcaacactgaagctacccaggggtgcgtgctcagtcccctcctgtactccctgttaacccacgactgcatggccaggcacaactccaacaccatcattaagtttgcagatgacacaacagtggtaggcctgatcaccgacatagacgagacagcctatagggaggaggtcagagacctggccgggtggtgccagaataacaacctatccctcaacgtaaccaaaactaaggagatgattatggactacaggTAAAGAagaaccgagcacgcccccattctcattgacggggctgtagtggagcaggttgagagcttcaaattccttggtgtccacatcaacaacaaactagaatggtccaaacacaccaagacagtcgtgaagagggcacgacaaagcctattcccgcTCGGGAAACtaaaatgatttggcatgggtcctgagatcctcaaaaggttctacagctgcaacatcgagagcatcctggttgcatcactgcctggtacggtaaTTGCTCGgattccgaccgcaaggcactacagagggtagtgcgtacggcccagtacatcactggggctaaggtgcctgccatccaggacctctacaccaggcggtgtcagaggaaggccctaacaattgtcaaagaccccagccacagactgttctctctactatcgcaatgcaagcagtaccggagtgccaagtcaaggacaaaaaggcttctcaacagtttttacccccaagccataagactcctgaacaggtaaccaaaatGGTTactcggactatttgcattgtgtgccccccccaacccctcttttactctgctgctaatctgtttatcatatatgcatagtcactttaactatacattcatgtacatactacctcaattggcccgaccaaccagtgtctgtatatagccttgccactcttattttcaaatttctttttactgttgttttatttctttacttacctacacacacacaacttttttttcccgcactattggttagagcctgtaagtaagcatttcactgtaaggtcagctgttgtattcggcacgtgtgacaaatatactttgatttgatttgatttgaatcagaggcagatgcttacgcccatccaccatccccttcCACATTGcccaaacctacttgaaggtaacagcactcactgttgcccctagtgggcAGTTTCCACCTGTCTGTCCACATCCATGACATGGATGGACATCAAATACTAACTTGTATCATCTGTATGTTAACTACTATagtgtttgtctgtgtatgttaactactatagtgtttgtctgtgtatgttaactacttgttaagggaatttttatcaatgatgactaattatgtatacatttcaatcaggactgactaatcagttactgtatatgtactaatcagaatactattatgttactgtatatgcatgaattttatttttaatcttagtactgaatataatgtgtgcaaatataatcaagaattagaacaatgactgtctgtaccatggtagaaatgaatgaacttatagCCAGACTGGCTAGAAGGCTTATCTACACCAGCTGGCCTAGGCTCGGTCATGTATCATCTTAATAGGGAGAGACGATGTGAGAACCATACAGACATTGTACTAGAGCGGAGATGACACGGGCTGGTACtaaaactaatgacgtcattttcagtttataacctgtggtaaaatgtgtaaggtgcagtactctcgtgaataaaagCTGCTGgttgactttaagactgggctctgtccattttatacaaataagggtcatacaaatacttatgaattgacagagtgtttgattttaattgggtattaaaacagaggaatttaattcctgtaacaCTACTACATtgtgtggtctgtgtatgttaactactatagtgtttgtctgtgtgtgtttaaaacCTCTTCAGGATCGGACCCATTTTTTTAATtttagcctaaaatgacatagccaaatctaactgcctgtaactcaggccctgaagcaaggatatgcatattcttgattccatttgaaaggaaacactttgaagtttgtggaaatgtgaaaggaatgtaagagaatataacacaatagatccggtaaaagataatacaacaacaaaaaaaaacattattttgtatttttttgtaccatcacctttgaaatgcaagagaaagaccaTCGTGTTTTATTCCaactgcaatttagattttggccactagatgacagaagtgtatgtgcaaagttttagactgatccaatgaaccattgtatttctgttaaaaatgttgtatcaagactgcccaaatgtacctaattggtttattaataacttttcatgttcaaaactgtgcactctcaaacaatagcatggtttcactgtaatagctactgtaaattggacagtgcaaaatgtaagctttctgccaatatcagatatgtctatgtcctgggaaatgttcttcttacttacaacctcatgctaatcgcattagcctacgttagctcaacagtcccgcaggggacccaccgatcctgaagaagtttttaacttctacagtgtgtgtgataacttctacagtgtgtgtctatgtattaacttctacagtgtgtgtgtgtgtgcgtgttaacttgtacagtatgtgtgtgtgtgtgttaacttctactgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgaacttctacagtgtgtgtctgtgtgtgttaacttctacagtgtgtgtctgttaactctacagtgtgtgtgtgtgtgtgcgtgttaacttctacagtgtgtgtgttaacttctagagtgtgtgtctgtgtgtgtcaacttctacagtgtgtgtgttaacttctacagtgtgtgtctgtgagtgttaacttctacagtgtgtgtgtgtgtttgttaacttctacagtgtgtgtctgagtgttatcttctacagtgtgtctgtgtgtgttaacttctacagtctgtgtgtgtgtgttatcttctacagtgtgtgtgtgttaacctcTACAGTGTGTGTTAACTtctacagtgtgtgttatctGCTACAGTGTGTGTTAAattctacagtgtgtatgtgtgtgtgtgttaacttctacagtgtgtgtgtgtgtattatcttctacagtgtgtgttaacttctacagtgtgtgtgtgtgttaacttctacagtgtgtgttaacttctgcagtgtgtgtgtgttaacttctacagtgtgtgttatcttctacagtgtgtgttatcttctacagtgtgtgttaacttctacagtgtgtgtatgtgttatcttccacagtgtgtgtgtgtgttaacttctacagtgtgtgttaacttctat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Function

NR:

description
unnamed protein product

GO: NA

KEGG: NA

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TU249442 True 7444 lncRNA 0.44 5 6307822 6318435

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
LOC110535685 LOC106606054 coding upstream 17652 6277474 ~ 6290170 (+)
LOC110534143 tmem67 coding upstream 30668 6259904 ~ 6277154 (+)
LOC110535707 LOC106574428 coding upstream 53581 6248078 ~ 6254241 (+)
LOC110534148 invs coding upstream 78902 6174662 ~ 6228920 (+)
LOC110535756 stx17 coding upstream 149882 6129251 ~ 6157940 (+)
LOC110489435 LOC106570746 coding downstream 58853 6377288 ~ 6399616 (+)
LOC110508031 esrp1 coding downstream 107699 6426134 ~ 6448961 (+)
LOC110508070 NA coding downstream 173779 6492214 ~ 6496204 (+)
LOC110507908 LOC106605953 coding downstream 181110 6499545 ~ 6510342 (+)
LOC110508080 LOC106606035 coding downstream 194857 6513292 ~ 6527389 (+)
G218793 NA non-coding upstream 584 6305767 ~ 6307238 (+)
G218791 LOC106605873 non-coding upstream 2553 6303266 ~ 6305269 (+)
G218784 NA non-coding upstream 41318 6266257 ~ 6266504 (+)
G218783 NA non-coding upstream 42511 6265048 ~ 6265311 (+)
G218780 NA non-coding upstream 69197 6237569 ~ 6238625 (+)
G218798 LOC106605946 non-coding downstream 9943 6328378 ~ 6338768 (+)
G218801 NA non-coding downstream 23515 6341950 ~ 6342178 (+)
G218805 NA non-coding downstream 26410 6344845 ~ 6407086 (+)
G218807 NA non-coding downstream 35342 6353777 ~ 6354480 (+)
G218839 NA non-coding downstream 116012 6434447 ~ 6439646 (+)
LOC110508220 sc61b other upstream 344026 5957257 ~ 5963980 (+)
G218842 LOC106605951 other downstream 131903 6450338 ~ 6455202 (+)
LOC110520771 fam171a1 other downstream 286887 6560989 ~ 6607009 (+)
LOC110507851 acbd7 other downstream 306149 6624575 ~ 6631601 (+)
G218971 NA other downstream 399193 6717628 ~ 6719163 (+)
LOC110507732 LOC106576036 other downstream 476125 6794547 ~ 6811294 (+)

Expression


Co-expression Network