G223788


Basic Information

Item Value
gene id G223788
gene name NA
gene type non-coding
species rainbow trout (Oncorhynchus mykiss)
category of species economic fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_048567.1
NCBI id CM023221.2
chromosome length 85311031
location 11100790 ~ 11123987 (+)
genome version USDA_OmykA_1.1_2020_rainbow_trout_Genome

Sequence

>TU255798
ttgtgttgtcctgtgttgtgttgtgttgtgttgtcctgtattgtgttgtgtagtcctgtattgtgttgcgTTGTCCTGTATtagttgtgttgtcctgtattgggttgtgtagtcatgtattgtgtagtcctgtaatgtgttgtcctgtattgtgttgtgttgtcctttattgtgttgtgtagtcctgtattgtgttgtcctgtattgtgttgtgttgtcctttattgtgttgtgtagtcctgtattatgttgtgtagtactgtattgtgttgtcctgtattgtgttgtgtagtcttgtattgtgttgtcctttattgtgttgtgttgtcctgtattgggttgtgttgtgttgtcctgtattgtggtgttgtcctgtattgtgttgtgtagtcctgtcctgtattgtcctgtattgtgttgtcctgtattgtattgtgttgtcctgtattgtgtcgtgctgtcctgtattgtgttgtcctgtattgtgttgtgttatcctgtattgggttgtgttgtcatttattgtgttgtgtagtcctgtattgggttctgttgtcctgtattgtgttgtgttatcctgtattgggttgtgttgtcctttattgtgttgtgttgtcctgtgttttgtagtcctgtattgtattgtgttgtcctgtattgggttgtgttgtcctttattgtgttgtgttgtcctgtatttggttgtgtagtcctgtattgggttgtgtagtcctgtattgggttgtgtagtcctgtattgggttgtgtagtcctgtattgtgctgtgttgtcctgtattgtgttgtgttatcctgtattgggttgtgttgtcctttattgtgttgtgttgtcctctattaggttgtgttgtcctgtattgtgttgtgtagtcctgtattgggttgtgtagtcctgtcctgtattgtgttgtgttgtcctgtattgtgttgtcctgtattgtgttgtgtagtcctgtattggcttgtgtagtcctgtattgtgttgtcctgtgttgtgttgtcctgtattgtgttgtgttgtcctgtgttgtcctgtattgtgttgtgttgtgttgtgttgtcctgttttgtgttgtgttgtcctgtattgtgttgtcctgtattgtgttgtgtagtcctgtattgtgttgtgtagttctGTATTGGGTtttgttgtcctgtattgggttgtgttgtcctgtattgggttgtgttgtcctgtattgtgttgtgttgtgtagtcctgtattgtgttgtcctgtcttgtattgtgttgtgtagtcctgtattgtgttgtcctgtattgtgttgtgtagtcctgtattggcttgtgttgtcctgtattggattgtgtagtcctgtattgggttgtgttgtcctgtattgtgttgtgttgtcctgtattgtgttgtgttgtgtagtcctgtattgtgttgtgtagtcctgtattgcgTTGCGTTGTCCTGTAttggttgtgttgtcctgtattgggttgtgttgtcctgtattgtgttgtcctgtattgtgttgtgtagtcctgtattatgttgtgtagtactgtattgtgttgtcctgtattgtattgtgttgtgtagccttgtattgtgttgtcctttattgtgttgtgttgtcctgtattgggttgtgttgtgttgtcctgtattgtggtgttgtcctgtattgtgttgtgtagtcctgtcctgtattgtcctgtattgtgttgtcctctattgtattgtgttgtcctgtattgtgtcgtgctgtcctgtattgtgttgtcctgtattgtgttgtgtagtcctgtgttgtgtagtcctgtattgtgttgtgttatcctgtattgggttgtgttgtcctgtattgtgttgtgttatcctgtattgggttgtgttgtccgttattgtgttgtgttatcctgtattgggttgtgttgtcctttattgtgttgtgttgtcctgtgttttgtagtcctgtattgtattgtgttgtcctgtattgggttgtgttgtcctttattgtgttgtgttgtcctgtattgggttgtgttatcctgtgttgtgtagtcctgtattgtcttgtgttgtcctgtattgtgttgtgtagtcctgtattgggttgtgtagtcctgtattgtgctgtgttgtcctgtattgtgttgtgttatcctgtattgggttgtgttgtcctgtattgtgttgtgttgtcctgtattaggttgtgttgtcctgtattgtgttgtgtagtcctgtattgggttgtgtagtcctgtcctgtattatgttgtgtagtcctgtattgtgttgtcctgtattgtgttgtgtagtcctgtattgggttgtgtagtcctgtattgtgttgtcctgtgttgtgttgtcctgtattgtgttgtgttgtcctgtgttgtgtagtcctgtagtgtgttgtgttgtcctgtattgggttgggtagttctgtattgtgttgtgttgtcctgtattgtgttgtactgtgttgttgtgtagtcgtgtattgtgttgtgttgtcctgtattgtgttgtgttgtcctgtattgggttgtgttgtcctgtattgtgttgtgtagtcctgtattgtgttgtcctgtgttgtgttgtgtagtcctgtattgtgttgtattgtattgtgttgtgtagacctgtattgtgttgtcctgtattgggttgtgtagtcctgtattgtgttgtcctgtattgtgttgtgtagtcctgtattgtgttgtgtagtcctgtattgggttgtgttgtcctgtattgggttttgtagtcctgtattgggttgtgtagtcctgtattgtcttgtgtagtcctgtattgtgttgtgttgtcctgtattgggttgtgtag

Function

NR:

description
Repetitive proline-rich cell wall protein 2, partial

GO: NA

KEGG: NA

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TU255798 True 2860 lncRNA 0.41 4 11100790 11123987

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
mfap5 LOC106575133 coding upstream 59509 11036238 ~ 11041281 (+)
LOC110537149 LOC106591073 coding upstream 104905 10982780 ~ 10995885 (+)
foxj2 LOC106605824 coding upstream 153258 10945625 ~ 10947532 (+)
isoc2 isoc2 coding upstream 156665 10941781 ~ 10944125 (+)
LOC110509020 LOC106605819 coding upstream 175072 10913081 ~ 10925718 (+)
LOC110509074 LOC106576860 coding downstream 42932 11166919 ~ 11174363 (+)
LOC110509082 gtr3 coding downstream 64971 11188958 ~ 11216832 (+)
ephb6 LOC106576842 coding downstream 108922 11232909 ~ 11308010 (+)
LOC110509096 NA coding downstream 137206 11261193 ~ 11268540 (+)
LOC118945782 LOC106605840 coding downstream 151193 11275180 ~ 11278634 (+)
G223775 LOC106605829 non-coding upstream 22924 11072618 ~ 11077866 (+)
G223757 NA non-coding upstream 98455 11002130 ~ 11002335 (+)
G223752 NA non-coding upstream 111516 10989075 ~ 10989274 (+)
G223433 NA non-coding upstream 150765 10948943 ~ 10950025 (+)
G223815 NA non-coding downstream 74438 11198425 ~ 11202897 (+)
G224027 NA non-coding downstream 222715 11346702 ~ 11353026 (+)
G224017 c209e non-coding downstream 235035 11359022 ~ 11363657 (+)
G224016 NA non-coding downstream 241438 11365425 ~ 11368219 (+)
G223748 NA other upstream 57098 11041848 ~ 11043692 (+)
G223434 LOC106595748 other upstream 148051 10950149 ~ 10952739 (+)
LOC110508993 LOC106576906 other upstream 222256 10876757 ~ 10878635 (+)
G224035 NA other downstream 267346 11391333 ~ 11391962 (+)
G224052 gstk1 other downstream 309133 11433120 ~ 11436460 (+)
LOC110520911 zyx other downstream 456795 11580308 ~ 11600483 (+)
mrpl51 LOC100194563 other downstream 664542 11788492 ~ 11790660 (+)

Expression


Co-expression Network