G237949


Basic Information

Item Value
gene id G237949
gene name NA
gene type non-coding
species rainbow trout (Oncorhynchus mykiss)
category of species economic fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_048567.1
NCBI id CM023221.2
chromosome length 85311031
location 24626222 ~ 24663024 (+)
genome version USDA_OmykA_1.1_2020_rainbow_trout_Genome

Sequence

>TU271901
ttattttattttttttattttacctttatttaaccatgcaagtcagttaagaacaaattcttattttcaatgacggcctgggaacagtgggttaactgcctgttcaggggcagaacgacagatttgtaccttgtcagctcgggggtttgaactcacaaccttccggttactagtccaacgctctaaccactaggctaccctgccGTGAGAGGTTGCTATGTCAATAAATAGTCAACTGCAACTACTGTAAATCAATGTATACTGATTATTTTGTGTGCTGTTCACAACTGCATGCGTGACTCATTTGGTACCAATGAATCATTTGGCTACTGTCTTAAATTGGTCGCTTGTAAGCAGTTATTGTGCGTACGTCAACTGCTCTACCTTCTGTTTCCCTTCATGTGCTAGCTACTGATATATTTTATGTCTCAAAGGTTTTGGTCTTTTCAAGAATGCAAGGCATTAACAACTGTGCATGTACAGCTAAGTACATTTAGTGCAATGGATTGGTCTTTATCTAGAATGCTGTTAAGTCTACATATGGCTGCTATCCTAAAAAATGGCAGTTTATGATCATTTCCTTTGTTGCTGAATCAGTGCTTTGTTGCTTTTCTGAGTTTGTTTCTTTGTAACATGCAATTGTGAACATACCACACTTGATCAATGTGCTTGCTATAAGGGGAATGTGGAACGTTGTTTGGTACCAAACCAATGTTCAGGAAATCTATGGATCAGATATCCCATGAGGACACTGCCCTTAGCAGTGTGTTTAGTCCTAGTCTATCATGTATGATAAAAAAAACTCAGcggaggtgtgtaacatgttaaaTGTACCCATATATCATGATGTTCTAAGCTTCAAGGGTGGAAATCAAAGGAAAGTTATACTACTTCTATTTCAATGCTCGGTGAAATGTTTCCCATAAGCATCCAATAATGTTCCCCATCTCATCGAGGTTTAATTGTCGTTTTGATCATCCAATCAATAAAGCAGCGTTTACTTGTATCGCCACATCAGTTAATCATACTCCAAGTATCGGATAAAACAACTAATAAACAAGCTATCAAGAATCCACAAAAAACACCTCAGTATTGCAGGTCAAAGTTCAATATTGCACAGGCAAACAAGCACAGTCTCACACCCATATCAAAATAAAGAATAAAATATGGGCTATGATGTACATGATAGTATTTAATGACAGTGCATATATGTCCTTACCACTATAGTCTCTTTTGAAACACATTGCACCCAAAAGTAAATATatcataaataaatacatcttaAATATATCTTAATATCTTTCAAACTCAAAAATAAATATCAAATGGAATCTACTGAAAATATGTCACATTGTTGCAATGTTTCACGGAGGTTTACTACGTCCTTTCCATATCTTTGTGTCTTATTTTCAACATCTAGTTCCTGTTTCACAATATCACAAAAAATGAAAAGGTATGTTTCAGTTGTGCACATTAAAGTGGTTTGATGTGTTTAAGGGTTGCGAGAATGTTCCTGAATTCCAAGGTCAATGTTAGAACAGGCAAATGATATCAAAGGCAGTGTGATTTCTCTCGTAAAAAGGACATGGATTCAACATCTAACATCTGACTTATTGATCTACAGCAACATGATACACTTCAATGCCATTTTCGTATTGTGTTCTATCTTTTTGGCTAATTGTCCACGAATTCACTTATGCATACCACtttccaaaaacacattttctacGAGCAAAACATAAAAACCTCTGACAGATGGAACAAAGAAGGCATTTGTTACTACAGGATACATGACGCGAGAATGACGCTTGAACTGTGGGCTTTTAAACGTTTGTTTAAAACGtgacaataataataactatTGTGACAAATTGTGACAACAGTCCTATTTGCATTAGCAAACGTTTGTGCTTTAAATGTGGAATGTTTGAACAAAAGTGCTGTTCTAAAATGTACATGGCGAACAATGTGGGCTGAACAAATTTCAACATTGTCAGAAATGGAGATTTGAAGGATTGATTTGAGCAGCCGTTTATGATTGACTGAGATAAGAACGGCTAGAAAGAATGTTTTAAAGGGAAAAGCTCAACAGATCACTTTTGTCAACAGTCTCATTCAAACCATAATGAAAAGTAAACCTAGAATGTTCTAAAACCTATAAAATGGCAGTTATTTTGTACATAACATAAACACAAGACCTTGGAAGGTATGAACATGAGGAGAGGCCTTGGTTTAACTGAATGTTTTGGTTTACCCATTAAGTCAAAAATGGTTCAAATCAAGGCATAACGTATCATTTATGACTGACGTTCTACCATAGCAATGTAGACTCATGTAGATGGGAAGTGAGCTGAGCTTATCAGAGAAATTGGTGTGAATATGGATTGGATGGCTAGTGGTCATTTCTATTGCGGGCTATTGGCATGGCTCATAAACTAGACCCCATGTCCCTACCCCATAACCCCAGTAATCTGTCTTCATTTTGGGGACCTGCATCTAAACTACCTCCTCAACCCTCATAAACACATACACTCAGTGATTGAGATTGCACTGAACAAGGATTCAAGTTGGAACAGCTTCTGTTGGTCTAGGGGCAGAGTTTGGTTGCACTTCCCTTTCTCTACCAACTCACAGCCTATTCATAGGGATCAATGTTAAGCATCGGCAGCACAGTTCCACAGATCTTAGTAGTATAGAGATGTGTCTATCTAAACAGTACATCCAATATCAGGCAATCCACAATATTTACAGCTTGGTAGATATGTGCAGCATCTGCATTGAACTAATTCCTGTGAATAGGCTCTGACTTCAATGGGGCGTACAGGGCGGAGTTTAGGGGTTTCTTGGACTACTTGTTGTTCACAGTGTGGCTTACTCATTCTGACCCCCCATGTCGCCCCCTAGGGGTGTGGCCACACTATTGCAGCACCTGGCCCCGCGTCTCCGGCAGCTTGAACGCCAGGAAGCTGCCCGCTGCAAGCGCCCCGGAGGCGAACAGGATGGGCACAGCCTTGGTAATGCCCACGAAAGAGGAGGCGATGCTGATGCCCCCGAACAGACAGAGCAGAGCGATCATGGCCGACTCGCTGTTGCCAAACGACAGGAAGAAACAGCTGACACAAGAGATCACACTGGAGCCCGCtgaagagtgagaggagaggagggaaagagatggggagggagggaaagggagggagatataGGGTAAGGA
>TU271900
GTATTTTTTCATGGTTCCACATGTATACCGTATTGTAATTTCTAATATTATGATATATACTTACATACAAACAACTACAGATTCTACAGCACAGTACTATGACAGTGATAAATTCTCTGTTACATGTAATTAATTGCAATGTTTTCTTATTGACAAAAGCCTCCAAAGACCTAGGGGTAGTTTTAGAAGTGAATATAAGCCATTCAGTCCCATTTAGTAGAAGCCAACACACAGCATTTCAGTGGAAAAGGCCCAGCATATTATGTGTTTCATTTCCCAGTAGTGTTTTGGGTAGAGATAAAAGACAAACAATCTAACACTTATTGCTATAATTACGTTTTTGCACTCATGATTGACCGTTGACCGAGCAACAAGTTAAGAATACAAAAAAACCTTGTAACAGAATTGAAAATATGCAACTACAGGTACTAGAAACAATCTTGACTTAAAATATCCTGAACTGGTTCACTGAGAGAGTAAATAGATAGTTAAGCATTTCACAGCGTTCCATGTCGTACTATACAACATTAATATTGACATCCTTGTTTATCATTTCATGGGCGGTATAATTATGACAACATAGAGATAGGATATGGAAACACAGATCAGACATGCTGTAATGCTGATGCTGATTCTTCAATAACAAATGGAATATTTTAAGATTACTGCGCTTCTTCGAGGAATTGTGAATAAATGTACTTTCCGACAGACTGGCCATCCAAGTCCCAAATCAGTTCATAAAAACTGCTCCCCCTACCACAGGAATATTTTCATGGGGTCAAAGGTTATAAAGAGCTATAATATTTATTAATGATCTatgttatattttatttattttaatttacatATTTAAATCTATATTCCAGTTTCTTTATGACATAGTATAAACTTAAGACATACAAAAATATTTGGCAATAATCAATGAGAGAAGTTACTCATGGCACACTTATAGATCGGCAGTCACTAAACCATCAGTGAATGGTTTGGATGTGTAGACTAATGCATGTCGATTTTGAGGAATGTGGTAACGGCTTGAAGTTCCTATATAGATTAAGGGGTCATACATTGAACGTACGATATGCTAGTTTATGGTAATGTGAACATAAAGTAAAGTGAGAGGTTGCTATGTCAATAAATAGTCAACTGCAACTACTGTAAATCAATGTATACTGATTATTTTGTGTGCTGTTCACAACTGCATGCGTGACTCATTTGGTACCAATGAATCATTTGGCTACTGTCTTAAATTGGTCGCTTGTAAGCAGTTATTGTGCGTACGTCAACTGCTCTACCTTCTGTTTCCCTTCATGTGCTAGCTACTGATATATTTTATGTCTCAAAGGTTTTGGTCTTTTCAAGAATGCAAGGCATTAACAACTGTGCATGTACAGCTAAGTACATTTAGTGCAATGGATTGGTCTTTATCTAGAATGCTGTTAAGTCTACATATGGCTGCTATCCTAAAAAATGGCAGTTTATGATCATTTCCTTTGTTGCTGAATCAGTGCTTTGTTGCTTTTCTGAGTTTGTTTCTTTGTAACATGCAATTGTGAACATACCACACTTGATCAATGTGCTTGCTATAAGGGGAATGTGGAACGTTGTTTGGTACCAAACCAATGTTCAGGAAATCTATGGATCAGATATCCCATGAGGACACTGCCCTTAGCAGTGTGTTTAGTCCTAGTCTATCATGTATGATAAAAAAAACTCAGcggaggtgtgtaacatgttaaaTGTACCCATATATCATGATGTTCTAAGCTTCAAGGGTGGAAATCAAAGGAAAGTTATACTACTTCTATTTCAATGCTCGGTGAAATGTTTCCCATAAGCATCCAATAATGTTCCCCATCTCATCGAGGTTTAATTGTCGTTTTGATCATCCAATCAATAAAGCAGCGTTTACTTGTATCGCCACATCAGTTAATCATACTCCAAGTATCGGATAAAACAACTAATAAACAAGCTATCAAGAATCCACAAAAAACACCTCAGTATTGCAGGTCAAAGTTCAATATTGCACAGGCAAACAAGCACAGTCTCACACCCATATCAAAATAAAGAATAAAATATGGGCTATGATGTACATGATAGTATTTAATGACAGTGCATATATGTCCTTACCACTATAGTCTCTTTTGAAACACATTGCACCCAAAAGTAAATATatcataaataaatacatcttaAATATATCTTAATATCTTTCAAACTCAAAAATAAATATCAAATGGAATCTACTGAAAATATGTCACATTGTTGCAATGTTTCACGGAGGTTTACTACGTCCTTTCCATATCTTTGTGTCTTATTTTCAACATCTAGTTCCTGTTTCACAATATCACAAAAAATGAAAAGGTATGTTTCAGTTGTGCACATTAAAGTGGTTTGATGTGTTTAAGGGTTGCGAGAATGTTCCTGAATTCCAAGGTCAATGTTAGAACAGGCAAATGATATCAAAGGCAGTGTGATTTCTCTCGTAAAAAGGACATGGATTCAACATCTAACATCTGACTTATTGATCTACAGCAACATGATACACTTCAATGCCATTTTCGTATTGTGTTCTATCTTTTTGGCTAATTGTCCACGAATTCACTTATGCATACCACtttccaaaaacacattttctacGAGCAAAACATAAAAACCTCTGACAGATGGAACAAAGAAGGCATTTGTTACTACAGGATACATGACGCGAGAATGACGCTTGAACTGTGGGCTTTTAAACGTTTGTTTAAAACGtgacaataataataactatTGTGACAAATTGTGACAACAGTCCTATTTGCATTAGCAAACGTTTGTGCTTTAAATGTGGAATGTTTGAACAAAAGTGCTGTTCTAAAATGTACATGGCGAACAATGTGGGCTGAACAAATTTCAACATTGTCAGAAATGGAGATTTGAAGGATTGATTTGAGCAGCCGTTTATGATTGACTGAGATAAGAACGGCTAGAAAGAATGTTTTAAAGGGAAAAGCTCAACAGATCACTTTTGTCAACAGTCTCATTCAAACCATAATGAAAAGTAAACCTAGAATGTTCTAAAACCTATAAAATGGCAGTTATTTTGTACATAACATAAACACAAGACCTTGGAAGGTATGAACATGAGGAGAGGCCTTGGTTTAACTGAATGTTTTGGTTTACCCATTAAGTCAAAAATGGTTCAAATCAAGGCATAACGTATCATTTATGACTGACGTTCTACCATAGCAATGTAGACTCATGTAGATGGGAAGTGAGCTGAGCTTATCAGAGAAATTGGTGTGAATATGGATTGGATGGCTAGTGGTCATTTCTATTGCGGGCTATTGGCATGGCTCATAAACTAGACCCCATGTCCCTACCCCATAACCCCAGTAATCTGTCTTCATTTTGGGGACCTGCATCTAAACTACCTCCTCAACCCTCATAAACACATACACTCAGTGATTGAGATTGCACTGAACAAGGATTCAAGTTGGAACAGCTTCTGTTGGTCTAGGGGCAGAGTTTGGTTGCACTTCCCTTTCTCTACCAACTCACAGCCTATTCATAGGGATCAATGTTAAGCATCGGCAGCACAGTTCCACAGATCTTAGTAGTATAGAGATGTGTCTATCTAAACAGTACATCCAATATCAGGCAATCCACAATATTTACAGCTTGGTAGATATGTGCAGCATCTGCATTGAACTAATTCCTGTGAATAGGCTCTGACTTCAATGGGGCGTACAGGGCGGAGTTTAGGGGTTTCTTGGACTACTTGTTGTTCACAGTGTGGCTTACTCATTCTGACCCCCCATGTCGCCCCCTAGGGGTGTGGCCACACTATTGCAGCACCTGGCCCCGCGTCTCCGGCAGCTTGAACGCCAGGAAGCTGCCCGCTGCAAGCGCCCCGGAGGCGAACAGGATGGGCACAGCCTTGGTAATGCCCACGAAAGAGGAGGCGATGCTGATGCCCCCGAACAGACAGAGCAGAGCGATCATGGCCGACTCGCTGTTGCCAAACGACAGGAAGAAACAGCTGACACAAGAGATCACACTGGAGCCCGCtgaagagtgagaggagaggagggaaagagatggggagggagggaaagggagggagatataGGGTAAGGA

Function

NR:

description
unnamed protein product

GO: NA

KEGG: NA

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TU271901 False 3211 lncRNA 0.40 3 24626222 24663024
TU271900 True 4119 lncRNA 0.38 2 24658081 24663024

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
LOC118947812 m4a8a coding upstream 273869 24342562 ~ 24352353 (+)
LOC110514930 LOC106605309 coding upstream 312810 24299707 ~ 24313412 (+)
LOC110514864 LOC106580670 coding upstream 366675 24226912 ~ 24261294 (+)
LOC110505138 LOC106580604 coding upstream 418593 24204483 ~ 24207629 (+)
LOC110503950 LOC106605316 coding upstream 441966 24105516 ~ 24184256 (+)
LOC110515127 LOC106581815 coding downstream 48459 24711483 ~ 24718629 (+)
LOC110515164 LOC106581855 coding downstream 154551 24817575 ~ 24819244 (+)
LOC110503966 LOC106581868 coding downstream 184503 24847527 ~ 24876184 (+)
LOC118948035 LOC106605281 coding downstream 311602 24974626 ~ 24976484 (+)
LOC110515267 LOC106605278 coding downstream 413315 25076339 ~ 25101218 (+)
G237930 NA non-coding upstream 24343 24601674 ~ 24601879 (+)
G237920 NA non-coding upstream 31517 24594350 ~ 24594705 (+)
G237869 NA non-coding upstream 68684 24557241 ~ 24557538 (+)
G237856 NA non-coding upstream 75377 24545197 ~ 24550845 (+)
G237855 NA non-coding upstream 76465 24544165 ~ 24549757 (+)
G238000 NA non-coding downstream 56420 24719444 ~ 24719699 (+)
G238007 NA non-coding downstream 64086 24727110 ~ 24727361 (+)
G238009 LOC106581821 non-coding downstream 67305 24730329 ~ 24730646 (+)
G238015 NA non-coding downstream 73795 24736819 ~ 24737202 (+)
G236753 NA other upstream 570555 24055319 ~ 24055667 (+)
LOC110514733 LOC106580799 other upstream 697135 23908750 ~ 23932207 (+)
LOC110514613 hormad1 other upstream 831027 23780400 ~ 23795199 (+)
G236372 LOC106581434 other upstream 1275407 23350091 ~ 23350815 (+)
G236370 LOC106581434 other upstream 1276844 23346880 ~ 23349378 (+)
G238034 NA other downstream 86381 24749405 ~ 24750383 (+)
G238047 NA other downstream 102642 24765666 ~ 24766363 (+)
G238050 NA other downstream 112255 24775279 ~ 24775945 (+)
G238540 LOC106582009 other downstream 532263 25195287 ~ 25199234 (+)
G239026 NA other downstream 877745 25540769 ~ 25541613 (+)

Expression


Co-expression Network