G272965


Basic Information

Item Value
gene id G272965
gene name NA
gene type unknown
species rainbow trout (Oncorhynchus mykiss)
category of species economic fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_048567.1
NCBI id CM023221.2
chromosome length 85311031
location 53648825 ~ 53652431 (+)
genome version USDA_OmykA_1.1_2020_rainbow_trout_Genome

Sequence

>TU309921
ATTACAAAGTATGTCATTGCTCTTTAAGACATTGCCCCTTTAAGAACTGTTACGCAGCTGCATCTAAGACAACTTATGCTTGATCTGAAAATGCTAaaaataacactatccataagttaaacattgatggtgttattacagatgaccAAAAATGAATCGCTAATTACTGTAGCAATTTTTACAGAAAATGTTATAGCTCTACATATTGTCAGGAATCCACAAATGTGTTTTTTAACTCACTGAATAATTTTCACTCTATCAGTGATATagaatctaaacagtgtgatgaacccatcaaagttgaagagattatagagtatcaaacatctaaagaacaataaatcaccaggtgttgatggaattacatcagaattttacaaattattttctgaacaagtTCCTATTTGAAGTCTTAGAGAGTATTGaaaacaatgttctccctccctcaatgagtcaggggttaataacactgatacctaagcctaaaaaataagtgctgctcatcgataactggCGTTCAATCtgtcttcttaataatgactataagatattagccttactacttgcaaaaataattaaagaagtcctggatgcaatcattgatgaaacacagtctggctttgtgaggaacagacatatttctaacaatgtcagactagtattagacgtacttgactactcagacctaataactgaggatagcttcatattatttttagatttttataaagcatttgacacagtagagcatcagtttctcttccactcccttgagagacttggctttggggattttctgtaaggctattaagactctctatgcaaataacagctctatcaaattgaaatatggcacctcacctagatttgagttaaagagaggaattaggcaaggttgtcctatctctccgtacctgtttttattaatcaccccaaactttttataatagtcctgtacaaggtatttccatagctggtaaagaaattattataagccagttggctgatgatactacactttttctgaaagacgctaaccaaattcccatatcgatcaatgtgatacaatccttttccaaagcgtctggtctatatcttaacattaataaatgtgaactcatgTCAAAGAttgtgacaccttcatattatggtattccagtaaaataagaacttacatatttaggcataaccattacaaaggatcagaagtctagaggcttactaaatttgaaccctcttattaaaaaaacaGAAGAAGCTAATTATTAAAAAAACAGAAGTAGCTAAATCAATGGCTAGagagggacttatctttaaaaggtagagtcctaataaccaaggctgaaggtatctctagactaacatatgatgctctatctttatatctggacagtaaaataagcaaggagatagacaagatgcttttcaactttctttggagaaaccgtacccattacattaggaaaactgttgtaatgaacacttatgagaatggtggactgaattttctggactttactactttaaataatacttttaagatcaattggataaaacaattcctaagaagacccacttctatctggaatgttcttcctcatcatgtcttctctacttttggtggccttaacttcatgttgttttgcaattataatattgacaaagttccactgaaactttctgcttttcatcggcaggttttcttgtcatggtccttaatatataaacacaattttctccacacagatataaTATATAAaaggcaaattaattacttaaaaatcatacaatgtgattttctggatttttgttttagattctgtctctcacagttgaagtgtacctatgatataaattacagacctctacatgctttgtaagtagtaaaacctgcaaaatcgtcagtgtatcaaatacttgttctccccactgtatgtccccTCTTGAtactccccatcccggatctggaagcgtaatcatcgactgacactaattagcataacgcaacggacataaatgttactagaaaatattcctattcatgaaaatcacaagtgaaatatattaagacacagcttagccttttgttaatcaccctgtcatctcataatttcaaaatatgctttacagccaaagcaagacaagcatttgtttaagtttatcgatagcctagcgtagcattatgtccagctagcagcaggtaacttggtcacgaaaatcagaaaagcaatcaaattaaattgtttacctttgatgagcttcggatgttttcactcacgagactcccagttagatagccaatgttccttttttccaaaaatattatttttgtaggcgaaatagctccgtttgttcttcacgtttggctgagaaatcgaccggaaattgcagtcacaaaaacgctgaaaaatattccaaattagctgcataatattgacagaaacatggcaaacgttgtttagaatcaatcctcaaggtgtttttcaaatatctattcgataatatatccaccgggacaattggtttttcagtaggaccgattggaaaaatggctacctctgtattttacgcgagaatcactctgagagccatcaggtgacaaTGTAGCTGCTTACGGGTaatcttcaacataaatgcgtaaaactacgtcacaatgctgtagacaccttggggaatacgtagaaaaggtaatctggttgataacccattcactgctcaatagggacgcattggaacgcagagctttcaaatcatgaggcacttccggattggatttttctcaggctgtcgcctgcaatatcagttctgttatactcacagacaatatttttacagttttggaaactttagagtgtgttctatcctaagctgtcaattgtatgcatattctagtatcttgtcctgacaaaatatcccgtttactttgggtaagttatttttccaaaaatgaaaatactgccccctagtcacaacaggatATTATaattaaggtccttgtgtaattgtaatgtgatattgtaccccctagctcgattgtccattgtTTGTCATCTATGTATGCTcgtgttccctcatgtgctttatgtattgatttgttgttaataaaaaaataaaaaaatctgaaaatgtaGTCGGAGGCGCCGTAAGGAGTGTGTGACGCAATTGTTGAGCCTCCAGAGTTATGCCGAGGTCAAATTGAACTTTGTACTTCATCGCCGTGCTCCACCCAAATGTATCAATGCGGAAAGCTccttatagctccacattgatatgattggttgacggtaggtggggcgggaggtcctgtataaacacaaactcacttcccttgacaacagctctgctaCGTGAAGCAGAACATGTAGGAATGCCCCATAAGTGCTAGAAACTCTGGTAGTAAaatgtgtattctgaccttgaatttaagcatgaAGAATAGCTGTTCACCCCGCCATTCGTTCGAAGTGGAGTTCTAAGAAATGAAGGTGTGTCTACAAAtactgtattctgaccttgacttcattccctaataattccaccacctttacaaGGAAACCATGAATAAATGCTATCCAACCTACC
>TU309923
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Function

NR:

description
uncharacterized protein LOC105941010, partial

GO: NA

KEGG:

id description

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TU309921 False 3582 TUCP 0.36 2 53648825 53652431
TU309923 True 3303 TUCP 0.36 2 53648825 53652152

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
parp14rs3 LOC106586314 coding upstream 2400 53631769 ~ 53646425 (+)
LOC110520196 NA coding upstream 19540 53600172 ~ 53629285 (+)
LOC110520194 LOC106586317 coding upstream 198943 53436028 ~ 53449882 (+)
LOC110520191 LOC106586320 coding upstream 273151 53347656 ~ 53375674 (+)
LOC110520190 LOC106586322 coding upstream 309433 53291284 ~ 53339392 (+)
LOC110520200 LOC106586309 coding downstream 213037 53865468 ~ 53869538 (+)
LOC110520202 LOC106586307 coding downstream 218319 53870750 ~ 53883922 (+)
LOC110520204 LOC106586306 coding downstream 251879 53904310 ~ 53990481 (+)
LOC110520205 LOC106586291 coding downstream 392546 54044977 ~ 54149088 (+)
LOC110520208 LOC106586301 coding downstream 556444 54208875 ~ 54317829 (+)
G272989 NA non-coding upstream 51205 53597339 ~ 53597620 (+)
G272988 NA non-coding upstream 51547 53597024 ~ 53597278 (+)
G272984 NA non-coding upstream 58960 53589665 ~ 53589865 (+)
G272982 NA non-coding upstream 61894 53586652 ~ 53586931 (+)
G272867 NA non-coding upstream 170255 53423870 ~ 53478570 (+)
G273005 NA non-coding downstream 9559 53661990 ~ 53664217 (+)
G273016 NA non-coding downstream 50351 53702782 ~ 53705181 (+)
G273019 NA non-coding downstream 53991 53706422 ~ 53706886 (+)
G273021 NA non-coding downstream 55887 53708318 ~ 53708572 (+)
G273023 NA non-coding downstream 56841 53709272 ~ 53709501 (+)
LOC110520187 LOC106586325 other upstream 425560 53174264 ~ 53235027 (+)
acvr2aa LOC106586327 other upstream 476397 53124656 ~ 53172428 (+)
LOC110520169 il1rl1 other upstream 2070142 51573980 ~ 51582567 (+)
G269291 rap2a other upstream 2748548 50898589 ~ 50900277 (+)
G273004 LOC106586313 other downstream 5030 53657461 ~ 53658683 (+)
G273094 LOC106586310 other downstream 188833 53841264 ~ 53841617 (+)
G274592 NA other downstream 1221968 54874399 ~ 54875115 (+)
LOC110520231 dbr1 other downstream 1722115 55371759 ~ 55375526 (+)
G275542 LOC106586374 other downstream 2247763 55900194 ~ 55900743 (+)

Expression


Co-expression Network