G305858


Basic Information

Item Value
gene id G305858
gene name NA
gene type non-coding
species rainbow trout (Oncorhynchus mykiss)
category of species economic fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_048567.1
NCBI id CM023221.2
chromosome length 85311031
location 85234867 ~ 85247891 (+)
genome version USDA_OmykA_1.1_2020_rainbow_trout_Genome

Sequence

>TU347483
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>TU347496
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>TU347491
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>TU347492
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>TU347494
aggtagcctaggggttagagcggcaggtagcctagtggttagagcggcaggtaacctcgtggttagagcaatggggcggcaggtagcctagtggttagaacgttggggaggcaggtagcctaatggttagagtgtttgggaggtaggtagcctagtggttagagtgtaagggaggcaggtagcctagtggttagagcgttgatgcggcaggtagcctagtggttagagcgttggggaggcaggtagcctagtggttagagcgttgatgcggcaggtagcctagtggttagagcgttggggaggcaggtagcctagtggttagagcattggggaggcaggtagccttgtggttagagtgtaggggaggcaggtagcctagtggttagagcgttggggaggcagatagcctagtggttagagtgtaggggcggcaggtagcctaggtgttagagcgttggggaggcaggtagccttgtggttcgAGTGTAGGGGagacagatagcctagtggttagagtgttggggaggcagatagcctagtggttagagtgtaggggcggcaggtagcctagtggttagatcgttggggaggaagtggtagcctagtggttagagcgttggggaggcaggtagccttgtggttagagtgtaggggaggcaggtagtctagtggttagagtgtaggggcggcaggtagcctagtagttagattgttggggaggcaggtagcctagtggttagagtgttggggaggcaggtagcctagtggttagagtgttggggaggcaggtagcctagtggtttagagcgttgggccagtaaccaaaaggttgcatgttgaatccccgagctgacaaggtaaaaatctgtcgttctgctcctgaacaaggcagttaacccactgttcctaggccgtcactgtaaatagaaggcgttcttaactgacttgcctagttaaataaaattcttaatttttttttttaacaatcccttgaaaactGCACACAGTTGTCAATCGTTTTAGCAGAGCTGTGGGTCTTCTTGCTCACCAGCAGCCAAATGGTTTGCTCTGCACCGTATTAGGTCGTTATCAATGAAACgtcacatggggacaaacattTGGGACAGATCATTAGGATTCTCAGGTTCCAAATATTTGAAATGTCTCGTGTCATGTTAGCTCATACATATCCAGAGGCTGCTACAGCCTCTCACCTCATGTAATGCATGTCAATCACTGGAGTCAAAGACATGTTGATTGAGTTGGAAAGAAAGAGTTATGTTTCTGATGTCTTAAAACTGTAAATTAAACTCTAATAATATACAAATGACAAGAACTGTATTATAATGAGCGAACTGAATCTAATTTAATCTATGTTAATGTTTTAGTTCTAATCCATGTGAATTGTTCAATATGTGTATGTTTCAGCAAAGATAAAACTATACGAGTTTACATATGGCTTAAAAAAATCTCAATTGCTTTCTATTTTCCATAAATGTATTAATATAGATATTAATTGTTCCTTAGTTTTGGTGTTTGCCAGTAACATCTATTAAATGTAGCAACATTGATATTTATTGCAGAGATGCAGAGATTTGCTTAATCTTGTTTGTAGTTATTGTTCTGTAAAATATGTTATGTGCATTGTGTAACTTAAATGTTAATTTAAAACTTTAATAGGAATGTATTTTATtaaaattaaatgtaaaaattgtctgtaaAATCTATTTTGGTTTTTATGACATTAATTAAACATGAATTGAACTTGGGACAGAGTGCGATGGAATTGGTTCGGCTTACTATAAACTATGAAAATGT
>TU347485
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Function

NR:

description
PREDICTED: ice nucleation protein InaA-like

GO: NA

KEGG:

id description

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TU347483 False 5538 lncRNA 0.41 5 85234867 85247891
TU347496 False 7480 lncRNA 0.45 7 85234867 85247891
TU347481 False 2500 lncRNA 0.47 2 85242401 85247891
TU347486 False 2500 lncRNA 0.47 3 85242401 85247891
TU347491 False 1714 lncRNA 0.42 3 85242401 85247891
TU347492 False 1618 lncRNA 0.42 2 85242401 85247891
TU347494 False 1818 lncRNA 0.43 3 85242401 85247891
TU347485 True 2108 lncRNA 0.44 3 85244318 85247891

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
LOC110518240 LOC106591790 coding upstream 7470 85097264 ~ 85227397 (+)
LOC110520675 LOC106586959 coding upstream 342331 84876600 ~ 84892536 (+)
igf2bp2a igf2bp2 coding upstream 473074 84677135 ~ 84761793 (+)
LOC118964338 NA coding upstream 1146657 84087709 ~ 84088210 (+)
LOC110504992 LOC106591519 coding upstream 1168285 84017582 ~ 84066662 (+)
G305857 NA non-coding upstream 1073 85232956 ~ 85233794 (+)
G305933 NA non-coding upstream 11222 85218168 ~ 85223645 (+)
G305926 NA non-coding upstream 18013 85195848 ~ 85216854 (+)
G305928 NA non-coding upstream 28320 85202034 ~ 85206547 (+)
G305875 NA non-coding upstream 104978 85123196 ~ 85129889 (+)
G305989 NA non-coding downstream 5002 85252893 ~ 85253224 (+)
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G305256 LOC103150597 other upstream 860739 84373660 ~ 84374128 (+)
G305238 NA other upstream 919320 84312762 ~ 84315547 (+)
G305035 NA other upstream 1072345 84153078 ~ 84162522 (+)

Expression

G305858 Expression in all Baseline Samples

Bar chart with 20 bars.
The chart has 1 X axis displaying categories.
The chart has 1 Y axis displaying values. Range: 0 to 50.
End of interactive chart.

G305858 Expression in each Bioproject

Bar chart with 21 bars.
G305858 Expression in each Sample
The chart has 1 X axis displaying categories.
The chart has 1 Y axis displaying Expression. Range: 0 to 600.
End of interactive chart.

Co-expression Network