G336464


Basic Information

Item Value
gene id G336464
gene name NA
gene type misc
species rainbow trout (Oncorhynchus mykiss)
category of species economic fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_048568.1
NCBI id CM023222.3
chromosome length 46841314
location 26892229 ~ 26894837 (+)
genome version USDA_OmykA_1.1_2020_rainbow_trout_Genome

Sequence

>TU380931
tgtttcacacacatcaaagagatggctaacaccactgcaataaaaaaaacacagttcCGCTCACCAGATGATCATTTGAAACTTAGCTTCTCCCTTTTCAAGAATAACTTCCAACAAGAAGttaacaaattagcaacaacatcctCTTCGACAACACCTGCTGCAAACTAGCCAACAACAAAAGTTAGCTAGTTAGACCAtgggaaaactactgctcgcTATTGCACAGTAATATTTTGGCCTTTCATGAAGGCAGAAGTTTCCATATGTTTTTTGTAAATACAGTTCCACTCATTAAGTCAAAATGCaattggttgattccactgtcactccaaccctttccaacaaaaatttaagagattaaatcagaacataattgaaaataataatttaattattattgttatactattataatcattattttataaatccttagCCCTTCTCTGAAGGCATATAAAGCCCATTGTTCCCCACTGTTTGGGTTAGTAACACATTTGTAGAGTGGCTTTATTTTCTCCTTTAGCATGCATTTTTTCACTattctgaatgtctaaagaatTAATTTcttgttctgaaatatgaacccagaaatactggacattttgaactcttattatggtggtgatttaacaaaattacaatcatggtcttgaattTGACTTTTCTGGTCTCTGGCTTTTTGCCTCAGACCCCTTGTCCCCCTCCCGGTCTTGTCCCCCTCCCGGTCTTGAATCGGGCTTTAGGTGGTCTCGAACACAACACTGTTAGAGCTACTAGTGTGCAGCTTTTGCTTTCTGAAATCATCCAACACATCTAACATTTCCTAAGACAAATAGTTAAGTAATAATGTATGTTTTTCTTTGCAGTTTCATCCTTGAAAAGGCTCAAGACACCTTTCTCTTCACCTTTAGATTCTACTGCATGATTTATTACACAGTAGGCACAAATACATTACATTTAGCATTTTTACAGGGCAGATGGCTGGCTACATACCTCATGTATACTCACTGCTATTTCTTCCTTGATCTATGTATTTTGTAATTACATGTACAGCACttcattttatattttttagTGGCACAGTTCAAACCCAACCATAGGGGGGCGGTAGTTATCCACCAAGAAGGACATTTGTTCAGTTCATATTTCCATCCCTTCAGCGCATACTGATGATGTGTCGtcccttattgcttaattagctaattaagcaataaggccagagggggtgtggtatatggccaatataccacggctaaggactgttcttacGTACGatgcaacacggagtgcctgaaCACCGGCctcagctgtggtatattggcaatatataTTGGcaaaacccccgaggtgcctcattgctattataaactggttaccagcgtaattagagcagtaaaaatacatgttttgtcatacccgtggtatatggtctgatatatgtcagccaaatcagcattcagtgctcgaaccacccagtttataagtaGCTATGCCTCCCTCTGTTCtccatgtatgttttaggaagaCTAATATGGGACATGAATGAGTTTCTCTTGTTCCCGTCAGTTCCCTTTAAAGTATGTGAGGGAGATAGGTCAGTAAATTTGGAGTGTTTATTGGTTAGTTCCATAGACTTTGCATCGTTGTATGTCCCattatggcatctgtgacagCAGGGGGAGTGCCATTGAGGGCATCTCCATTTTTAAGTAGTCAATCTTCTTCTATTACTTTTATGAGTTGGCAAAAAAAACTGAAAGGGTGCACACTGCCACCTAGAGTgggttgtttgaacaggtataaatacaaggttggtgatttactgccacctgcagttatgaAATGTTTCCTCACAAGtctaattcattggctgatccctcctggtgacctggatggaatcatgTGATCCTTCCCTAACCCATaagaagtcccacccagttgactacttgcTAAAATGGACTTTTGGGCACAAAAGTCCTCTAtctctctgactgactgtctgttgcGAGGTGTTTTAGCTTGTCACGTTATACTCCAGTCTAAAGGGATATAATTGATTGAGCCCTACTGTACCAATTGTTTGTGTTTTATGAGGTGTTTTTGCTGGTTATATTATACTTCAGTCTAAAAGAGAAGTTGCTGTTGGTTACCCATCCCCTTCATTTGTTGTGAGGTCTTTGGGGGTACTTTACTGTGatcctctctttgtgtgtgtagtgttacTGCGGTCCCCTTGAGTCCAGTACATCTCTGTCTGCATCTCGGTCAGTCTGGAGATGGTCCTCTGGAACGCAAAGATCTCCTCCTCCGCTGTGAACAGAGACAGATGGTCCCCC
>TU380933
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>TU380918
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>TU380919
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>TU380920
ACCTTTAGATTCTACTGCATGATTTATTACACAGTAGGCACAAATACATTACATTTAGCATTTTTACAGGGCAGATGGCTGGCTACATACCTCATGTATACTCACTGCTATTTCTTCCTTGATCTATGTATTTTGTAATTACATGTACAGCACttcattttatattttttagTGGCACAGTTCAAACCCAACCATAGGGGGGCGGTAGTTATCCACCAAGAAGGACATTTGTTCAGTTCATATTTCCATCCCTTCAGCGCATACTGATGATGTGTCGtcccttattgcttaattagctaattaagcaataaggccagagggggtgtggtatatggccaatataccacggctaaggactgttcttacGTACGatgcaacacggagtgcctgaaCACCGGCctcagctgtggtatattggcaatatataTTGGcaaaacccccgaggtgcctcattgctattataaactggttaccagcgtaattagagcagtaaaaatacatgttttgtcatacccgtggtatatggtctgatatatgtcagccaaatcagcattcagtgctcgaaccacccagtttataagtaGCTATGCCTCCCTCTGTTCtccatgtatgttttaggaagaCTAATATGGGACATGAATGAGTTTCTCTTGTTCCCGTCAGTTCCCTTTAAAGTATGTGAGGGAGATAGGTCAGTAAATTTGGAGTGTTTATTGGTTAGTTCCATAGACTTTGCATCGTTGTATGTCCCattatggcatctgtgacagCAGGGGGAGTGCCATTGAGGGCATCTCCATTTTTAAGTAGTCAATCTTCTTCTATTACTTTTATGAGTTGGCAAAAAAAACTGAAAGGGTGCACACTGCCACCTAGAGTgggttgtttgaacaggtataaatacaaggttggtgatttactgccacctagagtgggttgtttgaacaggtataaatacaaggttggtgatttactgccacctagagtgggttgtttgaacaggtataaatacaaggttggtgatttactgccacctagagtgggttgtttgaacaggtataaatacaaggttggtgatttactgccacctgcagttatgaAATGTTTCCTCACAAGtctaattcattggctgatccctcctggtgacctggatggaatcatgTGATCCTTCCCTAACCCATaagaagtcccacccagttgactacttgcTAAAATGGACTTTTGGGCACAAAAGTCCTCTAtctctctgactgactgtctgttgcGAGGTGTTTTAGCTTGTCACGTTATACTCCAGTCTAAAGGGATATAATTGATTGAGCCCTACTGTACCAATTGTTTGTGTTTTATGAGGTGTTTTTGCTGGTTATATTATACTTCAGTCTAAAAGAGAAGTTGCTGTTGGTTACCCATCCCCTTCATTTGTTGTGAGGTCTTTGGGGGTACTTTACTGTGatcctctctttgtgtgtgtagtgttacTGCGGTCCCCTTGAGTCCAGTACATCTCTGTCTGCATCTCGGTCAGTCTGGAGATGGTCCTCTGGAACGCAAAGATCTCCTCCTCCGCTGTGAACAGAGACAGATGGTCCCCC
>TU380925
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>TU380927
ACCTTTAGATTCTACTGCATGATTTATTACACAGTAGGCACAAATACATTACATTTAGCATTTTTACAGGGCAGATGGCTGGCTACATACCTCATGTATACTCACTGCTATTTCTTCCTTGATCTATGTATTTTGTAATTACATGTACAGCACttcattttatattttttagTGGCACAGTTCAAACCCAACCATAGGGGGGCGGTAGTTATCCACCAAGAAGGACATTTGTTCAGTTCATATTTCCATCCCTTCAGCGCATACTGATGATGTGTCGtcccttattgcttaattagctaattaagcaataaggccagagggggtgtggtatatggccaatataccacggctaaggactgttcttacGTACGatgcaacacggagtgcctgaaCACCGGCctcagctgtggtatattggcaatatataTTGGcaaaacccccgaggtgcctcattgctattataaactggttaccagcgtaattagagcagtaaaaatacatgttttgtcatacccgtggtatatggtctgatatatgtcagccaaatcagcattcagtgctcgaaccacccagtttataagtaGCTATGCCTCCCTCTGTTCtccatgtatgttttaggaagaCTAATATGGGACATGAATGAGTTTCTCTTGTTCCCGTCAGTTCCCTTTAAAGTATGTGAGGGAGATAGGTCAGTAAATTTGGAGTGTTTATTGGTTAGTTCCATAGACTTTGCATCGTTGTATGTCCCattatggcatctgtgacagCAGGGGGAGTGCCATTGAGGGCATCTCCATTTTTAAGTAGTCAATCTTCTTCTATTACTTTTATGAGTTGGCAAAAAAAACTGAAAGGGTGCACACTGCCACCTAGAGTgggttgtttgaacaggtataaatacaaggttggtgatttactgccacctagagtgggttgtttgaacaggtataaatccaaggttggtgatttactgccacctagagtgggttgtttgaacaggtataaatacaaggttggtgatttactgccacctagagtgggttgtttgaacaggtataaatacaaggttggtgatttactgccAAGTTGCTGTTGGTTACCCATCCCCTTCATTTGTTGTGAGGTCTTTGGGGGTACTTTACTGTGatcctctctttgtgtgtgtagtgttacTGCGGTCCCCTTGAGTCCAGTACATCTCTGTCTGCATCTCGGTCAGTCTGGAGATGGTCCTCTGGAACGCAAAGATCTCCTCCTCCGCTGTGAACAGAGACAGATGGTCCCCC

Function

NR:

description
unnamed protein product

GO: NA

KEGG: NA

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TU380931 False 2339 lncRNA 0.40 2 26892229 26894837
TU380933 False 1641 lncRNA 0.42 2 26892981 26894837
TU380918 False 1541 lncRNA 0.42 2 26893135 26894837
TU380919 False 1595 TUCP 0.42 2 26893135 26894837
TU380920 False 1595 TUCP 0.42 2 26893135 26894837
TU380925 False 1595 TUCP 0.42 2 26893135 26894837
TU380927 True 1289 TUCP 0.43 2 26893135 26894837

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
sesn1 sesn1 coding upstream 135685 26686142 ~ 26756544 (+)
LOC110522366 cd164 coding upstream 224472 26651503 ~ 26667757 (+)
ppil6 ppil6 coding upstream 250011 26624912 ~ 26642218 (+)
ak9 ak9 coding upstream 267560 26603396 ~ 26624669 (+)
LOC110522372 wasf1 coding upstream 426553 26327551 ~ 26465676 (+)
snx3 snx3 coding downstream 40998 26935835 ~ 26961848 (+)
LOC110522356 ostm1 coding downstream 103655 26998492 ~ 27004619 (+)
LOC110522355 plekhg1 coding downstream 159791 27054628 ~ 27185449 (+)
tcp1 tcp1 coding downstream 291628 27186465 ~ 27195351 (+)
LOC110522432 otof coding downstream 507260 27402097 ~ 27524388 (+)
G336466 NA non-coding upstream 3046 26888641 ~ 26889183 (+)
G336463 NA non-coding upstream 6891 26885134 ~ 26885338 (+)
G336461 NA non-coding upstream 8611 26883362 ~ 26883618 (+)
G336455 NA non-coding upstream 16060 26875773 ~ 26876169 (+)
G336429 NA non-coding upstream 63679 26828314 ~ 26828550 (+)
G336519 NA non-coding downstream 83350 26978187 ~ 26978399 (+)
G336550 NA non-coding downstream 149865 27044702 ~ 27045693 (+)
G336650 wtap non-coding downstream 311992 27206829 ~ 27213254 (+)
G336705 NA non-coding downstream 401709 27296546 ~ 27298077 (+)
G336709 fndc1 non-coding downstream 407835 27302672 ~ 27305939 (+)
LOC110522376 sash1 other upstream 834538 25761890 ~ 26057813 (+)
G334473 armt1 other upstream 2469498 24420114 ~ 24422731 (+)
G334475 NA other upstream 2473283 24417582 ~ 24418946 (+)
si:ch211-51e12.7 NA other upstream 2822553 24063831 ~ 24072963 (+)
G334116 NA other upstream 3057807 23833821 ~ 23837875 (+)
LOC118964415 LOC106608050 other downstream 696015 27537262 ~ 27601564 (+)
G339660 NA other downstream 1963879 28858716 ~ 28859155 (+)
G339693 NA other downstream 2019762 28914599 ~ 28915539 (+)
G339830 LOC100846954 other downstream 2271681 29166518 ~ 29166996 (+)

Expression


Co-expression Network