G351790


Basic Information

Item Value
gene id G351790
gene name NA
gene type non-coding
species rainbow trout (Oncorhynchus mykiss)
category of species economic fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_048568.1
NCBI id CM023222.3
chromosome length 46841314
location 40598575 ~ 40601163 (+)
genome version USDA_OmykA_1.1_2020_rainbow_trout_Genome

Sequence

>TU398163
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>TU398165
aaaataaagaaaaacacttgaatgagtaggcgtgtccaaactttcgacGGGTACTGTATGTGTCAACGATTTGGAACAAGCACACAAACTAAACAGTTTCTACTGGGGGGATTTGACTACATACAACAAAAACATTGCAAAGAAATGATGAAATACAAGAGAAAATAAGAAGCGAATGCAGTGCTTGTCTGGCAGATCAAGGTGCGCACGAATGAGGAAGTGGTCTGGTTAGTGTGAGGGGGGGTGATGTAAATGATTATGTTAGAATGGGTATGGTGCCTTAGTCAACTGCAGAACCGTTACTGTAAATCAAGTTTTCGCAGGCTACAACGCAACACCCTTAGAGAGCCCACTTTCCCATAGTTTACACGCCTCACATCTACACTTATACAcaatctctctgtatctcacatGCAAGCTCTTACACATAATAGTTATTTATACCGTGAAACATTTTCCCTGTAGCTTTAACAGAATGCTGTAAACAGTTTATGCACGTGTTCCATTCTACGTGTTCTATTTTGAATTTACCAGGAAACACTATAAATGATGAATGATTTGTGAATGACAGACAAAAGATTGAGTTGTGTCATTGGAAAAAGCTCTCCAGTAAACTTTACCAACTTTAGTTTGTGATAGTAAATTGACTTCATCCACATAGCTACAGACTTAGAGTACAAAATGGACTCTGTTTTAATGGACATATGATCATCACTTTCTTTTTTTAACCACGACTCAATAAAAAATCACTCCGATACAAAAGAACATGGAGCAGAACACACCTTGGACGTTAGGGAGGGTGAGGACCTGGTTCCGATTGgttcattgattgattgacaggatGGTAAACTGCGCTGTCAGACCAGACCATCCAATGGGTACGCTTTGCTTTGGCATGTCACTGTACTTACTTGTTAACTGTGATTGTCTGTTGTGTTTTTTGatgatagaagaagagagagaacgaaagaatGAGAGAAGAGATTGATGTTAGCTGGAGCCACTCTGGGTACATCCTAAATGAGAGGAAAAGATTGGGGTTGATGTTAGCTGGACCACTCTGGGTATATCCTAAATGATTGGGGTTGATGTTAGCTGGACCACTCTGGGTATATCCTAAATGATTGGGGTTGATGTTAGCTGAAGCCACTCTGGGTACATCCTAAATGATTGGGGTTGATGTTAGCTGGACCACTCTGGGTGCATCCTAAATGATTGGGGTTGATGTTAGCTGAAGCCACTCTGGGGACATCCTAAATGATTGGGGTTGATGTTAGCTGAAGCCACTCTGGGGACATCCTAAATGATTGGGGTTGATGTTAGCTGAAGCCACTCTGGGTACATCCTAAATGATTGGGGTTGATGTTAGCTGAAGCCACTCTGGGTGCATCCTAAATGATTGGGGTTGATGTTAGCTGAAGCCACTCTGGGTGCATCCTAAATGATTGGGGTTGATGTTAGCTGAAGCCACTCTGGGTGCATCCTAAATGATTGGGGTTGATGTTAGCTGAAGCCACTCTGGGTACATCCTAAATGAGAGGAAATGATTGGGGTTGATGTTAGCTGAAGCCACTCTGGGTGCATCCTAAATGTCTCCGTATTCCCTAAATAGGCTtcatttacacaggcagaccaattctaatatttttttctctcacttatTTGTCTTTTGACTAATCACATCAGATCTATTTCAGATCGGATTGGTCAAACGCAGCCAggaatagggtatagggaatagggtatagggaatagggtatagagTGCTATTTAGGACGTAAGTCTCTGTCTTCATTGTGGCGTTGTGTGAAATGTTTGTTGGGGGAATGTGGGGTTTTGCGATGTGTGTATTTGTTATGTTCTAATCTACTCTTTGGCATGGTCAGTAAACGCTTCTC

Function

GO: NA

KEGG: NA

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TU398163 False 2543 lncRNA 0.43 2 40598575 40601163
TU398165 True 1898 lncRNA 0.42 4 40598575 40601163

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
stmn4 LOC106608277 coding upstream 1186 40579686 ~ 40597389 (+)
LOC110522596 LOC106591683 coding upstream 160767 40391650 ~ 40437808 (+)
LOC118936457 NA coding upstream 212272 40379534 ~ 40386303 (+)
LOC118964479 NA coding upstream 285894 40311638 ~ 40312681 (+)
syndig1l LOC106608262 coding upstream 332886 40182377 ~ 40268661 (+)
paqr8 paqr8 coding downstream 25230 40626393 ~ 40630821 (+)
LOC110521109 LOC106608311 coding downstream 49491 40650654 ~ 40674839 (+)
LOC110522626 LOC106608310 coding downstream 107499 40708662 ~ 40714024 (+)
si:ch211-63o20.7 stk35 coding downstream 120363 40721526 ~ 40732661 (+)
LOC110521111 LOC106571044 coding downstream 177195 40778358 ~ 40868194 (+)
G351789 NA non-coding upstream 574 40597612 ~ 40598001 (+)
G351786 NA non-coding upstream 84466 40513718 ~ 40514109 (+)
G351773 NA non-coding upstream 95891 40502232 ~ 40502684 (+)
G351771 NA non-coding upstream 97419 40500924 ~ 40501156 (+)
G351739 NA non-coding upstream 132366 40465812 ~ 40466209 (+)
G351804 NA non-coding downstream 5997 40607160 ~ 40607446 (+)
G351806 NA non-coding downstream 8079 40609242 ~ 40609721 (+)
G351819 NA non-coding downstream 31122 40632285 ~ 40634563 (+)
G351820 NA non-coding downstream 34573 40635736 ~ 40636000 (+)
G351831 NA non-coding downstream 60159 40661322 ~ 40664629 (+)
G351441 NA other upstream 461802 40134687 ~ 40136773 (+)
G350665 NA other upstream 1209101 39388141 ~ 39389474 (+)
G350211 NA other upstream 1693801 38903730 ~ 38904774 (+)
LOC110522591 LOC105024333 other upstream 1700919 38890314 ~ 38897681 (+)
G349877 NA other upstream 2164551 38432179 ~ 38434024 (+)
G352136 LOC106608303 other downstream 388996 40990159 ~ 40990505 (+)
G352340 NA other downstream 609084 41210247 ~ 41210998 (+)
G352341 NA other downstream 609950 41211113 ~ 41214206 (+)
G352477 NA other downstream 765038 41366201 ~ 41366607 (+)
G353125 NA other downstream 1523513 42124676 ~ 42125759 (+)

Expression


Co-expression Network