LOC118964550


Basic Information

Item Value
gene id LOC118964550
gene name NA
gene type coding
species rainbow trout (Oncorhynchus mykiss)
category of species economic fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_048569.1
NCBI id CM023223.2
chromosome length 100798064
location 1252825 ~ 1255902 (+)
genome version USDA_OmykA_1.1_2020_rainbow_trout_Genome

Sequence

>XR_005051619.1
ACAGAGTAGTAAGTCTATGACAGAGTAGTAAGTCTATGACAGAGTAGTAAGTCTATGACAGAGCAGTAAGTCTATGACAGAGCAGTAAGGTATTGTGGCTGGAGAAGAGAGTTCCTTCACTTTAAGATGTGATTCCTTCTGGCTCCAGAGAGACATGTTTGTTGTTGAACTGGTGTTTCACAGTGCAGTAAGTCTGTATTCTAGGGTTAGGTGTTTCACAGTACAGTAAGTCTGTGTTATAGGGTTAGGTGTTTCACAGTACAGTAAGTCTGTATTCTAGGGTTAGGTGTTTCACAGTACAGTAAGTCTGTATTCTAGGGTTAGGTGTTTCACAGTACAGTAAGTCTGTATTCTAGGGTTAGGTGTTTCACAGTACAGTAAGTCTGTATTCTAGGGTTAGGTGTTTCACAGTACAGTAAGTCTGTATTCTATGGTTAGGTGTTTCACAGTACAGTAAGTCTGTGTTATAGGGTTAGGTGTTTCACAGTGCAGTAAGTCTGTATTCTAGGGTTAGGTGTTTCACAGTACAGTAAGTCTGTATTCTAGGGTTAGGTGTTTCACAGTACAGTAAGTCTGTATTCTAGGGTTAGGTGTTTCACAGTACAGTAAGTCTGTATTCTAGGGTTAGGTGTTTCACAGTACAGTAAGTCTGTATTCTAGGGTTAGGTGTTTCACAGTACAGTAAGTCTGTATGTTATAGGGTTAGGTGTTTCACAGTACAGTACGTCTGTATTCTAGGGTTAGGTGTTTCACAGTACAGTAAGTCTGTATTCTAGGGTTAGGTGTTTCACAGTACAGTAAGTCTGTATTCTAGGGTTAGGTGTTTCACAGTGCAGTAAGTCTGTATTCTAGGGTTAGGTGTTTCACAGTACAGTAAGTCTGTATTCTAGGGTTAGGTGTTTCACAGTGCAGTAGGTCTGTATTCTAGGGTTAGGTGTTTCACAGTACAGTAAGTCTGTATTCTAGGGTTAGGTGTTTCACAGTACAGTAAGTCTGTATTCTAGGGTTAGGTGTTTCACAGTACAGTAAGTCTGtgttttagggttaggtgtttcacAGTACAGTAAGTCTGTATTCTAGGGTTAGGTGTTTCACAGTGCAGTAGGTCTCTGTGTTATAGGGTTAGGTGTTTCACAGTACAGTAAGTCTGTATTCTAGGGTTAGGTGTTTCACAGTACAGTAAGTCTGTATGTTATAGGGTTAGGTGTTTCACAGTACAGTAAGTCTGTATTCTAGGGTTAGGTGTTTCACAGTGCAGTAGGTCTCTGTGTTATAGGGTTAGGTGTTTCACAGTACAGTAAGTCTGTATTCTAGGGTTAGGTGTTTCACAGTACAGTAAGTCTGTATGTTATAGGGTTAGGTGTTTCACAGTACAGTAAGTCTGTATTCTAGGGTTAGGTGTTTCACAGTACAGTAAGTCTGTATGTTATAGGGTTAGGTGTTTCACAGTACAGTAAGTCTGTATTCTAGGGTTAGGTGTTTCACAGTACAGTAAGTCTGTATTCTAGGGTTAGGTGTTTCACAGTACAGTAAGCCTGTATTCTAGGGTTAGGTGTTTCACAGTGCAGTAGGTCTGTATTCTAGGGTTAGGTGTTTCACAGTACAGTAAGTCTGTATTCTAGGGTTAGGTGTTTCACAGTACAGTAAGTCTGTATTCTAGGGTTAGGTGTTTCACAGTGCAGTAAGTCTGTATTCTAGGGTTAGGTGTTTCACAGTACAGTCTGtgttttagggttaggtgtttcacAGTGCAGTAGGTCTGTATTCTAGGGTTAGGTGTTTCACAGTACAGTCTGTGTTTGTGTTATAGGATTAGGTGTTTCACAGTGCAGTCTGTGTTTTAGGATTAGGTGTTTCACAGTGCAGTTGGTCTGTATTCTAGGGTTAGGTGTTTCACAGTACAGTAAGTCTGTATTCTAGGGTTAGGTGTTTCACAGTACAGTAAGTCTGTATTCTAGGGTTAGGTGTTTCACAGTACAGTAAGTCTGtgttttagggttaggtgtttcacAGTGCAGTAGGTCTCTGTTATAGGGTTAGGTGTTTCACAGTGCAGTAGGTCTGTATTCTAGGGTTAGGTGTTTCACAGTACAGTAGGTCTGTATTCTAGGGTTAGGTGTTTCACAGTGCAGTAGGTCTGTATTCTAGGGTTAGGTGTTTCACAGTGCAGTAGGTCTGTGTTATAGGGTTAGGTGTTTCACAGTGCAGTAGGTCTGTATTCTAGGGTTAGGTGTTTCACAGTGCAGTAGGTCTCTGTGTTATAGGGTTAGGTGTTTCACAGTGCAGTAGGTCTGTATTCTAGGGTTAGGTGTTTCACAGTGCAGTAGGTCTCTGTGTTATAGGGTTAGGTGTTTCACAGTACAGTAAGTCTGTGTTATAGGGTTAGGTGTTTCACAGTACAGTAAGTCTGTGTTATAGGGTTAGGTCACTTTATCAGCTGTTAAGGTACATTTCACTTTAGCTGCCTGTTTTGATGAAGTCATACACAGTAGTTGGCTGTTTCTCAAACACACCACTGCAGCTTGGCTTCTGTGTGGAGTGAGTTTGATCCTGCCATCACGTTGTTGAGAAGGCCATATAAAAGCATGTTGCCCAGTTTGCGCTGTACTAAGAGTTTGTGGGTttagttttgttgtttttgtgtgctTGCTTTTTTCCTGATTTGAAATCAATTGTTTGTGATCATAAAATGCGgtca
>XR_005051618.1
TAGTAAGTCTATGACAGAGTAGTAAGTCTATGACAGAGCAGTAAGTCTATGACAGAGCAGTAAGGTATTGTGGCTGGAGAAGAGAGTTCCTTCACTTTAAGATGTGATTCCTTCTGGCTCCAGAGAGACATGTTTGTTGTTGAACTGGTGTTTCACAGTGCAGTAAGTCTGTATTCTAGGGTTAGGTGTTTCACAGTACAGTAAGTCTGTGTTATAGGGTTAGGTGTTTCACAGTACAGTAAGTCTGTATTCTAGGGTTAGGTGTTTCACAGTACAGTAAGTCTGTATTCTAGGGTTAGGTGTTTCACAGTACAGTAAGTCTGTATTCTAGGGTTAGGTGTTTCACAGTACAGTAAGTCTGTATTCTAGGGTTAGGTGTTTCACAGTACAGTAAGTCTGTATTCTATGGTTAGGTGTTTCACAGTACAGTAAGTCTGTGTTATAGGGTTAGGTGTTTCACAGTGCAGTAAGTCTGTATTCTAGGGTTAGGTGTTTCACAGTACAGTAAGTCTGTATTCTAGGGTTAGGTGTTTCACAGTACAGTAAGTCTGTATTCTAGGGTTAGGTGTTTCACAGTACAGTAAGTCTGTATTCTAGGGTTAGGTGTTTCACAGTACAGTAAGTCTGTATTCTAGGGTTAGGTGTTTCACAGTACAGTAAGTCTGTATGTTATAGGGTTAGGTGTTTCACAGTACAGTACGTCTGTATTCTAGGGTTAGGTGTTTCACAGTACAGTAAGTCTGTATTCTAGGGTTAGGTGTTTCACAGTACAGTAAGTCTGTATTCTAGGGTTAGGTGTTTCACAGTGCAGTAAGTCTGTATTCTAGGGTTAGGTGTTTCACAGTACAGTAAGTCTGTATTCTAGGGTTAGGTGTTTCACAGTACAGTAAGTCTGTATTCTAGGGTTAGGTGTTTCACAGTACAGTAAGTCTGTATTCTAGGGTTAGGTGTTTCACAGTACAGTAAGTCTGTATTCTAGGGTTAGGTGTTTCACAGTACAGTAAGTCTGTATGTTATAGGGTTAGGTGTTTCACAGTACAGTACGTCTGTATTCTAGGGTTAGGTGTTTCACAGTACAGTAAGTCTGTATTCTAGGGTTAGGTGTTTCACAGTACAGTAAGTCTGTGTTATAGGGTTAGGTGTTTCACAGTGCAGTAAGTCTGTATTCTAGGGTTAGGTGTTTCACAGTGCAGTAGGTCTGTATTCTAGGGTTAGGTGTTTCACAGTACAGTAAGTCTGTATTCTAGGGTTAGGTGTTTCACAGTACAGTAAGTCTGTATTCTAGGGTTAGGTGTTTCACAGTACAGTAAGTCTGtgttttagggttaggtgtttcacAGTACAGTAAGTCTGTATTCTAGGGTTAGGTGTTTCACAGTGCAGTAGGTCTCTGTGTTATAGGGTTAGGTGTTTCACAGTACAGTAAGTCTGTATTCTAGGGTTAGGTGTTTCACAGTACAGTAAGTCTGTATGTTATAGGGTTAGGTGTTTCACAGTACAGTAAGTCTGTATTCTAGGGTTAGGTGTTTCACAGTGCAGTAGGTCTCTGTGTTATAGGGTTAGGTGTTTCACAGTACAGTAAGTCTGTATTCTAGGGTTAGGTGTTTCACAGTACAGTAAGTCTGTATGTTATAGGGTTAGGTGTTTCACAGTACAGTAAGTCTGTATTCTAGGGTTAGGTGTTTCACAGTACAGTAAGTCTGTATGTTATAGGGTTAGGTGTTTCACAGTACAGTAAGTCTGTATTCTAGGGTTAGGTGTTTCACAGTACAGTAAGTCTGTATTCTAGGGTTAGGTGTTTCACAGTACAGTAAGCCTGTATTCTAGGGTTAGGTGTTTCACAGTGCAGTAGGTCTGTATTCTAGGGTTAGGTGTTTCACAGTACAGTAAGTCTGTATTCTAGGGTTAGGTGTTTCACAGTACAGTAAGTCTGTATTCTAGGGTTAGGTGTTTCACAGTGCAGTAAGTCTGTATTCTAGGGTTAGGTGTTTCACAGTACAGTCTGtgttttagggttaggtgtttcacAGTGCAGTAGGTCTGTATTCTAGGGTTAGGTGTTTCACAGTACAGTCTGTGTTTGTGTTATAGGATTAGGTGTTTCACAGTGCAGTCTGTGTTTTAGGATTAGGTGTTTCACAGTGCAGTTGGTCTGTATTCTAGGGTTAGGTGTTTCACAGTACAGTAAGTCTGTATTCTAGGGTTAGGTGTTTCACAGTACAGTAAGTCTGTATTCTAGGGTTAGGTGTTTCACAGTACAGTAAGTCTGtgttttagggttaggtgtttcacAGTGCAGTAGGTCTCTGTTATAGGGTTAGGTGTTTCACAGTGCAGTAGGTCTGTATTCTAGGGTTAGGTGTTTCACAGTACAGTAGGTCTGTATTCTAGGGTTAGGTGTTTCACAGTGCAGTAGGTCTGTATTCTAGGGTTAGGTGTTTCACAGTGCAGTAGGTCTGTGTTATAGGGTTAGGTGTTTCACAGTGCAGTAGGTCTGTATTCTAGGGTTAGGTGTTTCACAGTGCAGTAGGTCTCTGTGTTATAGGGTTAGGTGTTTCACAGTGCAGTAGGTCTGTATTCTAGGGTTAGGTGTTTCACAGTGCAGTAGGTCTCTGTGTTATAGGGTTAGGTGTTTCACAGTACAGTAAGTCTGTGTTATAGGGTTAGGTGTTTCACAGTACAGTAAGTCTGTGTTATAGGGTTAGGTCACTTTATCAGCTGTTAAGGTACATTTCACTTTAGCTGCCTGTTTTGATGAAGTCATACACAGTAGTTGGCTGTTTCTCAAACACACCACTGCAGCTTGGCTTCTGTGTGGAGTGAGTTTGATCCTGCCATCACGTTGTTGAGAAGGCCATATAAAAGCATGTTGCCCAGTTTGCGCTGTACTAAGAGTTTGTGGGTttagttttgttgtttttgtgtgctTGCTTTTTTCCTGATTTGAAATCAATTGTTTGTGATCATAAAATGCGgtca

Function

NR:

description
PREDICTED: tenascin-like isoform X2

GO: NA

KEGG: NA

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
XR_005051619.1 False 2698 mRNA 0.41 2 1252825 1255902
XR_005051618.1 True 2979 mRNA 0.41 2 1252850 1255902

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
LOC118964547 NA coding upstream 3149 1246001 ~ 1249676 (+)
LOC118964548 NA coding upstream 20581 1228087 ~ 1232244 (+)
LOC118964551 NA coding upstream 24792 1227617 ~ 1228033 (+)
LOC110523098 NA coding upstream 517034 733011 ~ 737553 (+)
LOC110524924 ptbp3 coding upstream 653546 482425 ~ 599279 (+)
LOC110523072 LOC106572640 coding downstream 453641 1709543 ~ 1828943 (+)
LOC110523096 NA coding downstream 641456 1897358 ~ 1904914 (+)
LOC110523104 LOC106572580 coding downstream 1210229 2466131 ~ 2494292 (+)
LOC118964552 cntfr coding downstream 1399796 2655698 ~ 3017288 (+)
LOC110524930 LOC106572564 coding downstream 1776947 3032849 ~ 3107239 (+)
G357999 NA non-coding upstream 17708 1234688 ~ 1235117 (+)
G357986 NA non-coding upstream 38331 1214021 ~ 1214494 (+)
G357984 NA non-coding upstream 40153 1212415 ~ 1212672 (+)
G357973 NA non-coding upstream 69502 1182754 ~ 1183323 (+)
G357633 NA non-coding upstream 86142 1166354 ~ 1166683 (+)
G358003 NA non-coding downstream 8472 1264374 ~ 1264818 (+)
G357995 NA non-coding downstream 21068 1276970 ~ 1277414 (+)
LOC110523075 hook3 non-coding downstream 41016 1221663 ~ 1298618 (+)
G358014 NA non-coding downstream 53707 1309609 ~ 1309829 (+)
G358016 NA non-coding downstream 57846 1313748 ~ 1314018 (+)
G357565 NA other upstream 312084 940235 ~ 940741 (+)
G357564 NA other upstream 312952 939068 ~ 939873 (+)
LOC110523070 inip other upstream 836296 410761 ~ 416534 (+)
G357136 NA other upstream 1051183 200717 ~ 201642 (+)
G358042 NA other downstream 132493 1388395 ~ 1390468 (+)
G358076 NA other downstream 218893 1474795 ~ 1475734 (+)
G358596 NA other downstream 790772 2046674 ~ 2047025 (+)
G359084 NA other downstream 1360976 2616878 ~ 2617330 (+)

Expression


Co-expression Network