tcf4 (tcf4)


Basic Information

Item Value
gene id tcf4
gene name tcf4
gene type misc
species rainbow trout (Oncorhynchus mykiss)
category of species economic fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_048569.1
NCBI id CM023223.2
chromosome length 100798064
location 4908459 ~ 5339341 (+)
genome version USDA_OmykA_1.1_2020_rainbow_trout_Genome

Sequence

>XM_036976636.1
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>TU409927
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Function

symbol description
tcf4 Predicted to enable protein dimerization activity. Acts upstream of or within brain development and lens development in camera-type eye. Is expressed in several structures, including brain; digestive system; notochord; pectoral fin bud; and retina. Used to study Pitt-Hopkins syndrome. Human ortholog(s) of this gene implicated in Fuchs' endothelial dystrophy and Pitt-Hopkins syndrome. Orthologous to human TCF4 (transcription factor 4).

NR:

description
unnamed protein product

GO: NA

KEGG: NA

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
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XM_036976643.1 False 11362 mRNA 0.40 13 5192956 5339339
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TU409927 True 4332 lncRNA 0.37 4 5334043 5338949

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
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G360969 NA non-coding upstream 82817 5250692 ~ 5251226 (+)
G360960 NA non-coding upstream 106517 5226979 ~ 5227526 (+)
G360959 NA non-coding upstream 107940 5220433 ~ 5226103 (+)
G360985 NA other upstream 34640 5296870 ~ 5299403 (+)

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