cdc42se2 (cdc42se2)


Basic Information

Item Value
gene id cdc42se2
gene name cdc42se2
gene type misc
species rainbow trout (Oncorhynchus mykiss)
category of species economic fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_048569.1
NCBI id CM023223.2
chromosome length 100798064
location 8775134 ~ 8849107 (+)
genome version USDA_OmykA_1.1_2020_rainbow_trout_Genome

Sequence

>XM_036976700.1
AAGCAGttttcatactgtactgtctttgatgtAATGCATTTAGAACTACAGTGCCTGTGCATTTGTCAGGAGTGGAACTGCTATTGACTACTACAATATAGCACTAGGGGGCGCTGTTTGGGCGTACAATACTTTTCCTAGAGATTTCCAGTGGGAGTGTTCTTATGTCAACCCCTCTCCCGCCTGATACCGACGGATTTCTCCCTATTCAATTCGGATAGTGTGTAGCTAGTAGTAGTAAGAAGGTTACGTTCATGGTTTTTAACTTAAAATCTTCAAAACATCGCCCGTGAAAACGGTACCGGTGTTATTCTGCGAATAAATCACTGCACGCTCGCGGAGGTTCCTTTGCACAGGTGAAACAACCATTTTCCGCATTGGTGGAGGATTGCATTGGGATATCATCAGCTGAACGGGTCGATTGATATTGgTGTGACTGACCCGGTCAGGAGCTACTACTGCCCTGAGAGGCTCTCTGGATCTCTACCTCTCAGGCTGCGTCCCCCATCCCCACCTACCCAGGCCTGCGCtacagtaccccctcccccatccccacCTACCCAGGCCTGCGCTACagtacccccctcccccaccccaccgTGGAACTTTGGAGCATCATCCTAGCCTGGAACACGTTAAGACTGCTAAGTGATGAGCGAGTTCTGGTTGTGTTTCAACTGCTGTATTGCAGAGCAGCCCCAGCCGAAGCGGCGGAGGCGCATCGACAGGAGTATGATCGGGGAGCCCACTAATTTTGTCCACACATCCCACGTGGGATCGGGAGACATCTTCAGTGGCATGAACTCGGTGAACTCCATTCAAAACCAAATGCAGTCAAAAGGTGGATACGGCGGAGAGGCCATGCCTGTGAATGTGCAGCTGCAACTGGTGGACACAAAAGCAGGATAACATGGAGGGGCAGCTTCACGGTTCCTTCATGTTGATGTTTTTCATCCTGGTCTCCATGTCTGCCTTCAGTGACTGCttccctcatcctccctccccaATATTGGACTAGGGGATGATGTTCGCCTCCTGTCCTTCCGCTCTGTCTGCCCTCCTTTGCTCCTCCCAATGAGCCCACTATCGACCCCCCCCTTCTCTCCGCCTCAGCCCTCTCAACTCTCCTCGCGCCACAAATACATGGACAGTTTTTGTCACGCCATTGGAATGAGGCTGCTCCccccctctgcctgtctgtccatcGGCCCTCTCCCACGGAGGACGACAGTCAAAAGGACAGCAGCGCTTCAGTTTTAGTGTACCTCACCCTTCCAACTTAAGCCAGACGCAAAAAGCATGATCCTCATCTCTGCAAGTTCAAAGTGTAAAACGCTTCTTCTcttcaaattattattttttgatgtgagtttttttttggggggggggggtctgtggggTTTTGTCAATTCAGTGTTTAAAGGTCTGGAACCTACAAGTACAAAATGtagatttttgttttatttttattattaacaTATTTCTTTTTATATATAGTTTTGTCTGGTTTGGCGGTCAGAATGGTGGGTGACCACGTTTGTGAAAAGTGGCTTGCTATGGCCCTTGGGTGCCAAAATGTCTGTAGAGCATATGGAATTATATTTTTTCTGCTGacgaatatttttttttttttttttgactgcCTCAAGTGAATTCCACTCCAATAGGAAATGTGATTGTTACTTCGCTGTTGTTTACATCGTTCCAGTTCCCATTCCTTGTCTTTATTTTCATGATAATTGTTCAGTAGAACAATAACTGATGTTGAAATGGCATGAACTGGCATTTCACTCGACATTCTACTGTAAATGTTTTGGTAAACTTGATTTCAATAAGCCTGGGCTATATGAGTATATGCTGTGCAGTAAAATGTAAAGACCTTTAGCTATGTGGTACAGTGCTGGCTACTGGTGGTACAGTGCTGGCTACTGGTGGTACAGTGCTGGCTACTGGTGGTACAGTGCTGGCTACTGGTGGTACAGTGCTGGCTACTGGTGGTACAGTGCTGGCTACTGGTGGTACAGTGCTGGCTACTGGTGGTACAGTGCTGGCTACTGGTGGTACAGTGCTGGCTACTGGTGGTGCAGTGCTGGCTACTGGTGGTGCAGTGCTGGCTACTGGTGGTGCAGTGCTGGCTACTGGTGGTGCAGTGCTGGCTACTGGTGGTACAGTGCTGGCTACTGGTGAACTAGCTACTGATGGTACAGTGCTGGCTACTGGTGGTTAAGGACTAGCTTCTGGTGGTTAAGGACTAGGTACTGGTGTGGGTAACAGAATCTATAAAGCATTCAATGTTGCAATCTGGCATCGAGGCGAACCCAAACTCAAAGTTGTCTGTAAAAACTTGACCATGTGGCCGAGTTCATGAACTCATGCACATTCTAAGAGTAAAGAATAACTTATCAAAGCAAATGTTATCTTTTGTCTATGAAATTACTTGGTCATTGAAGATGCCTAGACAACTCCAATGTTTGTGCAAAACAAAGGACAGTATGATTACCATTGACACACAGGTTGACATCCTACTGTTTAGCTCCAAGACATTTTGTTCAGGTTCAGAGGCATATTTTCCATTATTTTAAACATGACGCGTGTATGATATTGCACTGGTGTTGTAAATGGTTTGGGGTAGGATATGGTGTGGTCTAATATAGGGTGTAGTCTATGGTTTGGGGTAGGATATATGGTGTAGTCTATGGGTTGGGGTAGGATATATGGTGTAGTCTATGGGTTGGGGTAGGATATATGGTGTAGTCTATGGGTTTGGGGTAGGATATATGGTGTAGTCTATGGGTTGGGGTAGGATATATGGTGTAGTCTATGGTTTGGGGTAGGATATATAGTGTAGTCTATGGGTTAGGGTAGGATAGGGTGTAGTCTCTATGGGTTAGGGTAGGATAGGGTGTAGTTTGTATGGGTTAGGGTAGAATAGGATGTAGTCTCTGTGGTTTAGCATAGAATAGAGTGTAGTCTCTATGGGTTAGGGTAGGCTAGGGTGTAATCTCTATGGGTTAGGGTAGGCTAGGGTGTAGTCTCTGTGGGTTAGGTGTAGGATAGGGTGTAGTATGTATGGGTAGGATAGGGTGTAGTCTGTATGGGTTAGGGCAGGCTAGGGTGTAGTTTGTATGGGTTAGGGTAGAATAGGATGTGGTTTGGCATAGGATAGGGTGAGGTCTCTATGGGTTAGGGTAGGCTAGAGGGTAGTTTATGTATTTAGGTAGAATAGGGGGTAGTCTATGGGTAGGATAGGGTGTAGTTTATGGATTAGGGTAGAATATTTTAAGAATTTTAACAAGAAGTAAAGAGAAAATATTCAAAATCAAAAAAAATGAAGTCTTCAAAAAGTCCTTTAATTTATCAAATTAATAATTTGTTTTCAATTGATGCCTCTGTCATTGAAAATGTAAATAATGAAATGGGGGTTTGGTTCACTTATTTGGATTAAAACTAATACCAGTATTGATGAGGAAAGAAGAGTCACTGGGCCTCGAACTCATATAATAAAAGTATCACACTGATTGTTGGCGGTCCTTCCCTCAAGTGTTTTGTTTGTATATACCATATTCCTTGTGTGCCACAACCTGAGGTATTCTAATTTATTGTTTGTCTTTTGTAACTTTTTTGTACTCTTAGTTTATTTCAGATTGATTGGAatgttcaacccccccccccccccccccccccccaaaaaaagaattCACCATATGATAAATAATTGTGGTAATATTTATTCACCATTATTAGAAATGTACTGGggggcgggggagagagagaagttttCCCAAATACTAAGTCTAAATGAGAGTGTCATACAATGTTTTGTGACAACTGAAAAGCacaagagtgtgtgtttgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgaacaatatGAAGTTTGCAATACAATGCGAGTGTCGGCCAAAGTGGTATTGACCAGGGTACGTCAGCATGAATCTACTCTCAGCCAATGCTCACCACAAATGAATTTCAACATCAGGGAATTCACTCTGCTCAGTAATgttaattttttttgttgttttacataTCTGATGGGTTTTtttttgtgctttttttttttttttgtacacttCCATCCCTCATGAATTGACATCCAGTGTTGGCTTGTAGATTACCAAATGTCTTCGgttgaaataaatatttttttttccatGTTATGTGA
>XM_036976701.1
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>TU412732
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>TU412731
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Function

symbol description
cdc42se2 Predicted to be involved in regulation of signal transduction. Predicted to act upstream of or within regulation of Rho protein signal transduction and regulation of cell shape. Predicted to be located in cytoplasm; cytoskeleton; and membrane. Predicted to be active in plasma membrane. Orthologous to human CDC42SE2 (CDC42 small effector 2).

NR:

description
PREDICTED: CDC42 small effector protein 2

GO: NA

KEGG: NA

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
XM_036976700.1 False 4194 mRNA 0.44 5 8775134 8848988
XM_036976701.1 False 4288 mRNA 0.44 6 8775134 8848988
TU412732 False 1124 TUCP 0.53 5 8775332 8846116
TU412731 True 2875 lncRNA 0.40 2 8846211 8849107

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
lyrm7 lyrm7 coding upstream 2745 8769784 ~ 8772389 (+)
LOC118964742 NA coding upstream 63093 8707739 ~ 8712041 (+)
chsy3 chsy3 coding upstream 73798 8517256 ~ 8701336 (+)
minar2 kiaa1024l coding upstream 259499 8510633 ~ 8515635 (+)
LOC110524944 adamts19 coding upstream 267504 8383645 ~ 8507630 (+)
sptlc1 sptlc1 coding downstream 32066 8881054 ~ 8900229 (+)
ror2 ror2 coding downstream 51764 8900752 ~ 9028540 (+)
trnas-uga NA coding downstream 94084 8943072 ~ 8943145 (+)
nfil3 nfil3 coding downstream 192061 9041049 ~ 9046725 (+)
auh auh coding downstream 199736 9048724 ~ 9099002 (+)
G363054 hint1 non-coding upstream 9492 8760831 ~ 8765642 (+)
G363042 NA non-coding upstream 28749 8746161 ~ 8746385 (+)
G363027 NA non-coding upstream 49961 8724943 ~ 8725173 (+)
G363019 NA non-coding upstream 63763 8704608 ~ 8711371 (+)
G363016 NA non-coding upstream 71958 8702950 ~ 8703176 (+)
G363165 NA non-coding downstream 93006 8941994 ~ 8942544 (+)
G363249 NA non-coding downstream 244923 9093911 ~ 9094504 (+)
G363223 NA non-coding downstream 251279 9100267 ~ 9100945 (+)
G363258 NA non-coding downstream 263135 9112123 ~ 9112623 (+)
G363262 NA non-coding downstream 266215 9115203 ~ 9115428 (+)
G362662 NA other upstream 855569 7918922 ~ 7919565 (+)
G362554 NA other upstream 1082620 7690440 ~ 7692514 (+)
G362297 zbtb43 other upstream 1585315 7185926 ~ 7189819 (+)
G361671 NA other upstream 2847208 5803828 ~ 5927926 (+)
G360985 NA other upstream 3475731 5296870 ~ 5299403 (+)
G364850 NA other downstream 379850 9228838 ~ 9229231 (+)
G365197 NA other downstream 999715 9848703 ~ 9849154 (+)
G366748 NA other downstream 2127694 10976682 ~ 10977152 (+)
G366973 NA other downstream 2576654 11425642 ~ 11428710 (+)
G367684 NA other downstream 3029341 11878329 ~ 11880035 (+)
G363108 NA non-coding upstream 11517 8833957 ~ 8834694 (+)
cdc42se2 cdc42se2 other upstream 95 8775134 ~ 8849107 (+)

Expression


Co-expression Network