ncs1a (ncs1)


Basic Information

Item Value
gene id ncs1a
gene name ncs1
gene type coding
species rainbow trout (Oncorhynchus mykiss)
category of species economic fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_048569.1
NCBI id CM023223.2
chromosome length 100798064
location 13860452 ~ 13882141 (+)
genome version USDA_OmykA_1.1_2020_rainbow_trout_Genome

Sequence

>XM_036976834.1
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Function

symbol description
ncs1 Predicted to enable voltage-gated calcium channel activity. Predicted to be involved in regulation of neuron projection development. Located in cytoplasm; intracellular membrane-bounded organelle; and plasma membrane.

NR:

description
Neuronal calcium sensor 1

GO:

id name namespace
GO:0048752 semicircular canal morphogenesis biological_process
GO:0005509 calcium ion binding molecular_function

KEGG:

id description
K19932 NCS1; neuronal calcium sensor 1

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
XM_036976834.1 False 3053 mRNA 0.41 9 13860452 13882141
XR_005051643.1 False 1098 mRNA 0.46 8 13860453 13879911
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XM_036976832.1 False 3067 mRNA 0.41 9 13860456 13882141
XM_036976835.1 True 3039 mRNA 0.41 8 13860463 13882141

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
gpr107 LOC106570369 coding upstream 9645 13818327 ~ 13850807 (+)
LOC110523240 fpgs coding upstream 42422 13806785 ~ 13818030 (+)
lmo4a lmo41 coding upstream 175312 13668173 ~ 13685140 (+)
ccn1l1 LOC106570334 coding upstream 208617 13647485 ~ 13651835 (+)
LOC118964562 NA coding upstream 216324 13613034 ~ 13644128 (+)
arpc5l arpc5l coding downstream 104554 13986695 ~ 13990227 (+)
LOC110523252 LOC106570453 coding downstream 246418 14128559 ~ 14142466 (+)
LOC110523253 LOC106570436 coding downstream 266291 14148432 ~ 14231585 (+)
mmp11b LOC106570480 coding downstream 390164 14272305 ~ 14308719 (+)
LOC110523258 LOC106570496 coding downstream 463492 14345633 ~ 14347412 (+)
G369805 NA non-coding upstream 3591 13856564 ~ 13856861 (+)
G369785 NA non-coding upstream 6283 13800355 ~ 13854169 (+)
G369770 LOC106570345 non-coding upstream 62695 13782269 ~ 13797757 (+)
G369742 NA non-coding upstream 136502 13723686 ~ 13723950 (+)
G369741 NA non-coding upstream 138010 13722083 ~ 13722442 (+)
G369820 NA non-coding downstream 2135 13884276 ~ 13886502 (+)
G369819 NA non-coding downstream 4662 13886803 ~ 13892285 (+)
G369892 NA non-coding downstream 102235 13984376 ~ 13984624 (+)
G369878 NA non-coding downstream 109207 13991348 ~ 13995454 (+)
G369936 NA non-coding downstream 145532 14027673 ~ 14034826 (+)
G369763 NA other upstream 91156 13765247 ~ 13769296 (+)
G368440 NA other upstream 751318 13108696 ~ 13109134 (+)
G367684 NA other upstream 1980417 11878329 ~ 11880035 (+)
G366973 NA other upstream 2431742 11425642 ~ 11428710 (+)
G366748 NA other upstream 2883300 10976682 ~ 10977152 (+)
G370360 NA other downstream 373662 14255803 ~ 14259133 (+)
G370382 smarcb1 other downstream 438963 14321104 ~ 14325895 (+)
G370414 NA other downstream 485531 14367672 ~ 14368161 (+)
LOC118964542 LOC106569496 other downstream 922520 14798616 ~ 14805526 (+)
LOC110519479 LOC106596183 other downstream 1166037 15047739 ~ 15054353 (+)

Expression


Co-expression Network