LOC110523468 (vamp5)


Basic Information

Item Value
gene id LOC110523468
gene name vamp5
gene type misc
species rainbow trout (Oncorhynchus mykiss)
category of species economic fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_048569.1
NCBI id CM023223.2
chromosome length 100798064
location 23838502 ~ 23844345 (+)
genome version USDA_OmykA_1.1_2020_rainbow_trout_Genome

Sequence

>XM_021602173.2
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>TU432379
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>TU432380
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>TU432381
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>TU432383
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Function

symbol description
vamp5 Predicted to enable SNAP receptor activity and syntaxin-1 binding activity. Predicted to be involved in SNARE complex assembly. Predicted to act upstream of or within vesicle-mediated transport. Predicted to be located in membrane. Predicted to be integral component of membrane. Predicted to be part of SNARE complex. Predicted to be active in plasma membrane. Orthologous to human VAMP5 (vesicle associated membrane protein 5).

NR:

description
unnamed protein product

GO: NA

KEGG: NA

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
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TU432383 True 3940 TUCP 0.36 3 23838524 23843846

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
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stard4 stard4 coding downstream 6173 23848218 ~ 23853553 (+)
marveld2a mald2 coding downstream 19106 23861151 ~ 23872777 (+)
oclna ocln coding downstream 31559 23873604 ~ 23883341 (+)
LOC110523472 gramd3 coding downstream 54029 23896074 ~ 23906001 (+)
LOC110523473 LOC106567744 coding downstream 64186 23906231 ~ 23929665 (+)
G380372 NA non-coding upstream 30566 23807214 ~ 23807936 (+)
G380336 NA non-coding upstream 72658 23763779 ~ 23765844 (+)
G380365 NA non-coding upstream 74979 23763303 ~ 23763523 (+)
G380363 NA non-coding upstream 76094 23762021 ~ 23762408 (+)
G380357 NA non-coding upstream 85025 23753221 ~ 23753477 (+)
G380431 NA non-coding downstream 106548 23948593 ~ 23948796 (+)
G380433 NA non-coding downstream 111014 23953059 ~ 23953354 (+)
G380434 NA non-coding downstream 112177 23954222 ~ 23982341 (+)
G380457 NA non-coding downstream 140406 23982451 ~ 23982673 (+)
G380461 NA non-coding downstream 150034 23992079 ~ 23992280 (+)
G380340 NA other upstream 97043 23740434 ~ 23741459 (+)
lhfpl2a lhfpl2 other upstream 831215 22942205 ~ 23007315 (+)
G378868 NA other upstream 1208833 22602110 ~ 22629669 (+)
G378832 NA other upstream 1332232 22503752 ~ 22506270 (+)
G381239 NA other downstream 845694 24687739 ~ 24776429 (+)
G382186 NA other downstream 1383397 25225442 ~ 25225730 (+)
LOC110523503 NA other downstream 2332900 26174884 ~ 26186710 (+)
LOC110522865 LOC106567246 other downstream 2595574 26437517 ~ 26502284 (+)
G383794 LOC106566282 other downstream 2819793 26661838 ~ 26663613 (+)

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