LOC110524747 (LOC106567126)


Basic Information

Item Value
gene id LOC110524747
gene name LOC106567126
gene type misc
species rainbow trout (Oncorhynchus mykiss)
category of species economic fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_048569.1
NCBI id CM023223.2
chromosome length 100798064
location 30105293 ~ 30112442 (+)
genome version USDA_OmykA_1.1_2020_rainbow_trout_Genome

Sequence

>XR_005051713.1
CAGTGTTTCATCATCAGTCATCTGACACTAAGTGACAGGCTGCGGTTGTTAGCTAGCAGTCCAGCTAAGTCCAATTTGTGCATTATGATGTAGTCCTTTTTAGGTTTTTGTTTTCCAGTAGAATATTATAATAGAAACCCCTACTATATGTGAAGTGCACTGGTGATGAACATAGTAATTGTAGCTAATTCTACGTAAACAACAATAGGGAGAAGAGCGCTCGGCGGAAATGGAGTCCCTAGAGAAAGCTAGAACAAGATGGGTGTCAGGAGTGGGGCAGCAGGAGGAGACCTATACTTGGAAaacggaggaggaatggagggaaaaagaTAGGGCTTGTGTCGGATAAAAATTGTGGGAAAGGGGAGATGGTTTGTTAAAtaagaatggtagaaagtgtaagcagggggagctgaagacaggaggagaaatggaagtgaataAGTGTGAAGTATCCTATGTAGTAGGTTCGGTGAAGTTATTGTATACCGAGGTATGCACCGAGGATCAGGATGAAGAAGAGTCTGGCAGTAGGAGTGAAGTTTATGGAAAAAAGCGTACTCTTCCCTTTTtgctgatccatttgtggtttcacgGTGGGTGAAAAAAATTGTTGGGTGATGGTAACTAGAAATAGTCTAGTGATAACTGTTTGTGTTTTTGTGAGGCAGAGGGAGAATACGCTTGGAGTAAAACTAATGAGGGCAAGAAAAGTGAATTGTTTCGTTCTCAAGAAAAGGGCACAAATGAAAGGAGTGATAACAGGGGTAGCAGTAAATATAAAAGTTGACCAGCTGAGGGGAAAGATTCCCGGTGTATGTGATGATCGTCGTTTGATGCGACGCAAACAGGGTGGGGAAACGgaagtcattgtctgttcttttgaagTTGAGTCTTTGCCCGATAAAGTTTGGATATATAAGTAATCCTGTACGAGCGATGTGCCGACTACATTACGACGCTACAGGTGTCAAGTTTATGGGTATGTGGCAGCAGCGTGTAGGAGGGAGGGTCCAAGGTGTGAGaaatgtgcagaagggcatgagacaaaggaatgtgtagtatggGGGAAAGTAGTTGTGTTAATTGTTGGTGTGCCTATGGAGCTGGGGATCATAAATGTCCcttgcgagagaggcaggttgaggtttccagggttagagtagtgcatTAGTTGTCACATTGTACTGAAGGGATGGATCGGAAGTCTCGGgaaaattgaggttgtggtggcagctgcagagaggtatttgggtgtgctagacttgacatcagaagagttacagggtgtgttaagtggtgaCGTCCCATCCTTTCAGGGTGATGGCATGAGGTAGGAGTAAATACATTTaattagtggagtagggtggtgttcATTTAATTTTATATCATTTTGAaattagtgagtgtagtgttagatggtagggtatttatttAGTACATTTGTATTTTTCAAGTGTATAATggagttgtactccagtctagtagatGGCGGTAATGAAACAAATTGGATGTCAACCGCTGTTAAACCTCAGAAGAAATAAACAACAATATGTCTGGACCAAATGGAGATCCTAACATCTCAACTGACGATGACATCATCGACAATGAAGATGAATTCAGAGTATGTAGCCATTAACACTGCTGGATCAGATCAACTCCTGCCTGGAGGACCTGGAGGAACGCAACGACTCACTGAATGACCAACTACATGAACTGTTGGAATCTAACTGGCAGGCCTGGCAGGATTTCAGAGTTCAACTGAGCACTGCTACACCCTCAGGAGAGGATCAACAGTCCCTGGACAAAGATTCTCCGGCCTCTGAAGGGGAGAAGGGCGAAGAGGATAAAGCTGGACTACTCAATGTTACACAAAACAACATTCCACCTACCAATATGAGCATCTTTCCTTTTCTCAAGTGTTCATGTGATAGGATTTTCTCTGTCCCTTTCATGTAGCACTTATGAACCCTCCACTAAACTATACAATTTTAATCGATACACAGCTGTTGAACTTGTAAGATGGTTCCTGCTTAGTTAAGTAAAAGAGCCAAAAGCTGAGTACATTCTCTGTGTTGAAGTGACTAGTTTATGCCACCATCACCACTTACAATGTATACCAATGTTTCAGTTTAGCTATCCGTATAGTCAATTGCCCCCATGATTAGTACTTATTTATCCATGTGCTTGGTGTGGGGTGTAAAGCATGCAGAATACGCTGTGATTCATGTCAtaactggggtgtattcattttgCCGAATTGGTTTCTGttccaaaacgttttgcaacgaaaACAAGTTTCTATTgcacaaattcaggtaggtccctccgtTTCATTTGCTATGTTTGGCTCTAAGATGGTAAACAGTTTCTGTTGTAAAATGTAATGAACACACTGGTGGTAGGTAAGCAGCTAAGTTAATCTCTATGGGGTAATACTACAAATCATATGTGAGCTTTGATTGGTCAATATTTTTCTGTGACACGCAAGAAGAGATTAATGTGTTTGTGTTCCACTTCTTTCCAATTCAGTTTTTCCTTGTCAGATTTAATAACAGTATATTGAATGTGTTACTGTTAATTATCTGAGTGTGACATCTTGAATCACTAGCGTCAAGAACTAGCTCTTTAAAACAATGCGATATTCAATAATCACAGTGAGGCAATTGTCAAATTTTATTATAAATTAAAATGACCCCAATACAGAAAACATCCCAAAAATACATGAAACTTCCAGCTGCTAGAAAACACTTGTTCATCGGTTTGTCATTTGTAGAATAAAAATACATTAAGAAACATA
>TU440218
AGTGACAGGCTGCGGTTGTTAGCTAGCAGTCCAGCTAAGTCCAATTTGTGCATTATGATGTAGTCCTTTTTAGGTTTTTGTTTTCCAGTAGAATATTATAATAGAAACCCCTACTATATGTGAAGTGCACTGGTGATGAACATAGTAATtctagtagatGGCGGTAATGAAACAAATTGGATGTCAACCGCTGTTAAACCTCAGAAGAAATAAACAACAATATGTCTGGACCAAATGGAGATCCTAACATCTCAACTGACGATGACATCATCGACAATGAAGATGAATTCAGGTAATACTGAGTATGTAGCCATTAACACTGCTGGATCAGATCAACTCCTGCCTGGAGGACCTGGAGGAACGCAACGACTCACTGAATGACCAACTACATGAACTGTTGGAATCTAACTGGCAGGCCTGGCAGGATTTCAGAGTTCAACTGAGCACTGCTACACCCTCAGGAGAGGATCAACAGTCCCTGGACAAAGATTCTCCGGCCTCTGAAGGGGAGAAGGGCGAAGAGGATAAAGCTGGACTACTCAATGTTACACAAAACAACATTCCACCTACCAATATGAGCATCTTTCCTTTTCTCAAGTGTTCATGTGATAGGATTTTCTCTGTCCCTTTCATGTAGCACTTATGAACCCTCCACTAAACTATACAATTTTAATCGATACACAGCTGTTGAACTTGTAAGATGGTTCCTGCTTAGTTAAGTAAAAGAGCCAAAAGCTGAGTACATTCTCTGTGTTGAAGTGACTAGTTTATGCCACCATCACCACTTACAATGTATACCAATGTTTCAGTTTAGCTATCCGTATAGTCAATTGCCCCCATGATTAGTACTTATTTATCCATGTGCTTGGTGTGGGGTGTAAAGCATGCAGAATACGCTGTGATTCATGTCAtaactggggtgtattcattttgCCGAATTGGTTTCTGttccaaaacgttttgcaacgaaaACAAGTTTCTATTgcacaaattcaggtaggtccctccgtTTCATTTGCTATGTTTGGCTCTAAGATGGTAAACAGTTTCTGTTGTAAAATGTAATGAACACACTGGTGGTAGGTAAGCAGCTAAGTTAATCTCTATGGGGTAATACTACAAATCATATGTGAGCTTTGATTGGTCAATATTTTTCTGTGACACGCAAGAAGAGATTAATGTGTTTGTGTTCCACTTCTTTCCAATTCAGTTTTTCCTTGTCAGATTTAATAACAGTATATTGAATGTGTTACTGTTAATTATCTGAGTGTGACATCTTGAATCACTAGCGTCAAGAACTAGCTCTTTAAAACAATGCGATATTCAATAATCACAGTGAGGCAATTGTCAAATTTTATTATAAATTAAAATGACCCCAATACAGAAAACATCCCAAAAATACATGAAACTTCCAGCTGCTAGAAAACACTTGTTCATCGGTTTGTCATTTGTAGAATAAAAATACATTAAGAAACATACAGCTGTTTGAAATGTCACATAAATGACCCTTTCTGTCGTGCTCTGGTCCTGTATAATATTACAGTGGGACACAAACCAGAGACAAGACAAATGAGCTTGCTTTCATCAAAGCCAATATGGGTTTGTTTACACAGTTAGCCCAATTGatctaattggtattttgactaaGAACatctcagaaaaaaaaatctgaaaattgggctgcctgtgtaaacagtcTATGCATCTGCTCTTCTGCAGTAAAAGTGAACTAATAACAACTGCCCATTCACTGAAAGCATCAGTATCATCTGGGAGAGACTTATTCCTTACATGTTCCTTGAAAAAAAATACAGTGGCTGTGATTGGGGACTCTTTACTGGAGTGCTACATTacttgattcggtcttatgtagttCTGTCTATAACTTATGAACAATTATCCTATATTCAGGTCTCCTCTCACCAAGAGGCAAATGGTTATCCACGTCTCGTCAATTAAATAGATCACAATCTGGTGAATTATTCAATTTCTTCTGTTGGTGTACTTCAAAATCAGAACTGCTGGTTCTCAGCTTCTGTAACTTTTAGACTGCTACACATTTATTACCACTAGGGAAAATACACTTCCTTCTCTGTGCCTGGAGCCAAGAGATTTTCCTGACCAGTTAGATTACCCCGCTGACGTCTCATGATTATGAAAAACTCCCCAAGTCATATAATTTATTAATTTCATTATTGTTGATATTAATGTTACTAATTTGTAAGGTGACAACTCTACCATGCAATGTTTGTACAGACAATTCTACTCAATGGCTATGGCTGCATTTGGACATCCAGCCCAAttctggtcttttgaccaatcagatcagctttgAAAAAAGATGCGATTGGTCCATATAGAGGAaacaatatcagaattgggctgcccaTCTATACACAGTCCACTAGTCCAGTGTACTGGAGCTAACAAGATATGcgtgagaaaaaaaataaacttcTACACTATTTGGCTGTCAATGGGGAAAAGACACTTCATTATCCGTGCCCAAAGCAAAGAGTTTCCTGACCAGTTAGGCTGCGTTTGAACATCCAattctgatccccccccccccccccccccactaaatTGGTATTGTGACTAACCACCGATTTtttttcacatcagatatttttcagagctgattggTTTAAAGACCAATTAGACCgtgtctagacttgacagttcatgcaACGTTTGTATTCTGATCATTGAATTCCAAACACGTCCACATTGTGTCACAGGATTCCATTTTTCTTCAAATGCTGGAACAGGCTAAATCTGACAACTTGATGGCAGTAGCTAGTTTGCAATCCCTTTTAGCTTTGCTTGCTGGCTAACAGGTTATAACTCCAAACCAAAAATTGTTTTTCCAAATAAGCTGGTGGGCTAACATTTATGAAGCCAGCAAACACATTCCTCATGCTAGGAACGCATTTCCTCCAGTTAATCAACATTTAATGAAAAAAGGTGTCTCTTGCTGCCAAAACATACATTTTCTGGAGATTTGTGGGCGGCGTGCTGTGACATTGCCCACTGTATTCACTTTTGGTAACCTGATTGCAAAAAGACAGAAATCCACACAGGTGCTGGTCAGAGACTCATTGAGGCAGTTAGCCAGATCTAAACAATTCCAACCACAATGCGACTTTTGTTCATCTAGACCTGTCGTTTCAATGCATCTTCATATTCTAATAACAGAAGTTGCATGTGATTGTCAATTGTGGACACGGCCTTAGTGAAAAAAGATCAGTATTGGGCTGCCTGACTAAACGCAGCCTTTGTTTCTCCAAGTCAGGTCTCATTGTTATGAAAAACTCAAAGTCCATCCATACCACTTCAATATTGTTGATAACCTTGACAACTGTCATGCAATGTCACTTGTACAGACACTTAAACTAAAAAAAAAAGACTCTTACTAGTCCAGTGTACACGGTGTGTGAGGAAAAAAAGTACCAACTCAATGTTTAAAAAAGGATGGAAAACCAGCACAAAACTACAACTCTTTTACAATGTCATGTTTGTGATGCGTAAGCTTGTTAATGCAACATTGCTTTCAGTTCAGGAATTTTTAAAATATTAACATTAAAATGGGGTGACAGGGTTTGGATATCCCTCATTGTATTAGCTGGCAATAGGTAGGCCTAATGCCTCCAActgtgagggggaaaaaaaaagaGTGCGCACTGAACTTCGCATAAAACTGGTTGTCTCCTGAGAACAAACTCTGGCAAAGAGGATCTATTCTAGGCCAATGTGTTCTCCCTATTCCAGCCACACCTAAAATGATCGTTTTATGGTCTCAGGAGTTGTCAAGTTCTGTTAGACTAGACAACTGTTATAATAGAACATTATGAGTTAAGAACAGCCATATTCAAAGCTCACTAAAATCATGCTCTGCTTCCTAACATTGCAGGAACATCTATAATTGAGTCCTGTCATAATCTATAATTTAGTCTTGTCAAAACCATGAGCTTATCGCACAGCCTTATGGAGGTTCAGGTGCAAATTGGGAGCGAAACCAGTGGGATGTAGGCAGTTTCAGCAATCAAGGGGTTAAAGAGCTAAACAAgtcaattcaaaatgtatttagcAGTATAGTGAGGGGAAAGCAGCAGCTCAGGGTGTATCTGAGCTAAATAGACCAAGCAGTTAAGACTTTCCCCCTTTAAAACCCCCCCTCTAACTAATCCCCTCACCTGCTAACATCCAAAGAAATCTCCAGAACAGTTCACAGAATGTGTAAAAAATGTCAAGGACAATAGCACTTCAACAAAGCTAGGATCAAATCAAGGTTCATAGTTACTCGACATTCAAACAGTACCATTTACTTTTTAAATTCCCACCCCCATCACAAATATTTTCAGATAAGTTGCCTGCTATAATGATTCACTCGGTTCCTGGACTAAAACACCACTCCCTTCCTAAACCTGGCAACAATGTGTTAAGTTAGACATTTAGCTAACTAGAACGACATGTATAAACTAAAAACAGATCTTAATTTTCATTTGACCCTTTCCACACTGACagcaacacacacatccacaattTCTTCCGCATAATTCTCTTCTCTTTGCACTGAATGCAAATTAGTCATTTCTATCTAGTCGTGTTATTAAAAAAATGAAACACCTAAACACCTACAAATATAGGTTAGAGGATCACCGGTTTTGAGTTGCCAGGTCTATTGAGCTAATGTACCCTGTCCTAGGGTAGAGATTGTACTGGATATTATTTCTTTCTTCCGctcccactctccatccccctccctttctcctgctTTCTCTTCCTCAACGTCTCCGTGTTGTCCTCCCGGACTTCCTTTTGGATGGGCCCTTCGCTTTCCCTTTGCCAGTCTTCTCTTCTGGAGCAGCTGCCTttgcctcttcttcttctcctgtgACTGGGGCTGACTTTTCCTCAACTGCCACTGGCTCCTCCTCTGCGACTGGTGCTGGCTCCTCCTCTGCGACTGGTGCTGGCTCCTCCTCTGCGACTGGTGC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Function

NR:

description
unnamed protein product

GO: NA

KEGG: NA

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
XR_005051713.1 False 2800 mRNA 0.41 3 30105293 30108549
TU440218 True 5371 lncRNA 0.41 3 30105323 30112442

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
LOC110523590 rab14 coding upstream 202370 29859609 ~ 29902923 (+)
tbx5a LOC106566939 coding upstream 341854 29741800 ~ 29763439 (+)
LOC110523583 LOC106566936 coding upstream 382605 29712928 ~ 30103090 (+)
LOC110523581 LOC106566935 coding upstream 659113 29341278 ~ 29446180 (+)
mtfp1 LOC106566934 coding upstream 792965 29304337 ~ 29312328 (+)
LOC110524742 LOC106567059 coding downstream 25123 30133672 ~ 30217715 (+)
LOC110523600 LOC106567149 coding downstream 147824 30256373 ~ 30260305 (+)
rgs3a LOC106565973 coding downstream 231257 30339806 ~ 30495960 (+)
LOC110523597 LOC106565929 coding downstream 566387 30674936 ~ 30711660 (+)
LOC110522910 LOC106565903 coding downstream 633305 30741854 ~ 30856071 (+)
G387597 NA non-coding upstream 27365 30032701 ~ 30077928 (+)
G387556 LOC106566971 non-coding upstream 101781 29996478 ~ 30003512 (+)
G387570 NA non-coding upstream 128591 29975379 ~ 29976702 (+)
G387484 NA non-coding upstream 274151 29830848 ~ 29831142 (+)
G387655 NA non-coding downstream 5190 30113739 ~ 30184969 (+)
G387657 LOC106567126 non-coding downstream 14146 30122695 ~ 30123495 (+)
G387678 NA non-coding downstream 60801 30169350 ~ 30169959 (+)
G387711 NA non-coding downstream 152363 30260912 ~ 30261118 (+)
G387712 NA non-coding downstream 152588 30261137 ~ 30261674 (+)
G387516 NA other upstream 207159 29896986 ~ 29898134 (+)
spag8 LOC106566715 other upstream 1174362 28926263 ~ 28931410 (+)
G385805 NA other upstream 1687738 28416605 ~ 28417555 (+)
G385171 LOC106566130 other upstream 2200562 27904467 ~ 27904731 (+)
G388019 NA other downstream 178402 30286951 ~ 30287824 (+)
G390184 NA other downstream 1851806 31960355 ~ 31960745 (+)
G390393 NA other downstream 2111632 32220181 ~ 32220533 (+)
G391513 LOC100136561 other downstream 3050277 33158826 ~ 33162980 (+)
G391805 NA other downstream 3252408 33360957 ~ 33361341 (+)

Expression


Co-expression Network