LOC110524094 (LOC106613581)


Basic Information

Item Value
gene id LOC110524094
gene name LOC106613581
gene type coding
species rainbow trout (Oncorhynchus mykiss)
category of species economic fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_048569.1
NCBI id CM023223.2
chromosome length 100798064
location 56585208 ~ 56593281 (+)
genome version USDA_OmykA_1.1_2020_rainbow_trout_Genome

Sequence

>XM_021603427.2
GATTTGCGCCTTACATGTCGACTGCAGGAACTTTACAACAACCATTTGATTAAAGGTCATGAAGTTTAATCTGCAATGTTCTGTAGTTGTTCCTCACCAGCTGCAACCTGCGGCCATCGCCTGCATTGTGGAAAAATGAAGCAATATTGCCACAACTCAAATGTACAAATTAAGTGAGGTCCAGAAGGCGGTGAACACTGCTCAAGAGCTGTACCATAGATGGAGTGAGCTGCTGCTGGATCCCAGTGGTGCTTCCAAGGAGGAGGTGGATTGGACCACCAATGAGTTGAGAAACAGTCTGCGGTCCATCGACTGGGACCTGGAAGATCTCGATGAGACCATCAGTATTGTTGAATCGAACCCTAAGAAGTTCAATCTGGACACAGTGGAGCTGTCCAAACGGAAAGGCTTCATCACAAGCACCAGACAAACTGTTAAGGAAATGAAAGACCACATGTCCAGTCCGACAGCCTTAGCCATGTCCGACAAGAAAAACAGACAGGCTCTGTTAGGGGACAGTGGGTCTCAAGGCCCAATCTGGCAACCGGGACTCGACAAATATACCCGCCTGGACCAAGAGCTACAGACGGCCAACTCCCAGTTCATCGAGGAGCAGCAAACCCAGCAGCAGctcatGGCAGAGCAGCAGGATGACCAGCTGGAGCTGGTGTCTGGGTCCATCGGGGTGCTGAAGAACATGTCTGAGAGGATTGGCATGGAGTTGGATGAACAGACAGTTATGCTGGATGACTTCTCCCATGAGATGGAAAGTACCCACTCCAGACTGGACAACGTCATGAAGAAGCTGGCCAAGGTCTCCAACATGACCACTGACCGGCGACAGTGGTGTGCTATTGGTATTCTACTGGCCATTCTGTTTGTGGTCGTCATTCTCTTCTTCATCCTGTGATGACCAGACCGTCCACCACGACACACTGACCCCCTCACCCCTGTCTCCGTTTGACCATAGGGATGGACTTTACATGGTGTTGGGGAAACCATCCAAGGTTTCCATTGACATAGGGAGATGGCTATCTAACTCCGACCCCCTTTTTACTTCATACGCTGTATATACAGTGATGCTTCTGTGGCTGCTGCAGTTTCCTCTCAAGCAACGTTCTCAATCGTCGTTTCAGATACCTGCATTCAACTTAAACCTCCCTTGGCGTGAAAGATTTAGTTTCTGTGCATGCACAATTttaggtaggatgtgaatactaATCCTGAAAATGTTTTACAGAAAACTGTTTGAGGTAAACCAGGGTAGTTCAAACTCCTTGTGGCATTTTAGTGTTAATATTCCGAATATTATGTATGAAGAAGACTAATCATTAGTGTATTTAGAGGGCCTTGTCTGTCGTTTCTCACTGAAAACCCCTACGGCTACCATGGTCAtagttttttaaaatatattttgttttgtcgtgCACTGACTGTGTAACAGGTTTATACAAGTATATTCAACTTTATATATATAAACGTAGTTGGTCATAGTTAAAACAAAACACTGACGTAACAAGGAAAATTATATATTGCTAAGCGGGTAGACGTATCACTAACCACACTAAAATGGATGAACTTAATGTTATTGTTTTTAATTCATTTATGTTCTCTCATTTTGTACTTAATGTATTTTTGGTATTTGCTTATACACTATCAACAGGTGTTTAACACCCGCCTGTGAAATCAAGTCACTTCCTGCAATACTGAATGGAATGGAGCAAAACCATATACTTTTGTATCTCGAACCGGGCTCAAGCTTGATTTTAATGTCTCAATGCGAGCACTCTAATTTTGTGCGAAAAAGTTTTCCTCAAGATGTCCTTTGCGTGCATGTCTTCATATGTCTGGTGTCTTTTAGCCAGTGTTTCAGCCCTTCTAAAGACTATATAACATGCTTATAATCAGTATATGATACGCCCCCAGGCACTTCATAAATACTTGGTACAATTCAATTGGCAAGCTAGTGTCAACAGACCTTAAGTTGATTATCTAAGCTACTAAGCGTCATGCATTTGTTTTTGAATGTGTTATGCAGTTTTTACAAGACCCTTATACCAAAGTGTTAAGTGTTCAACTGAAATGCTAATTGAGAAGCCTGACCTGCTTTCCCCCTGCCAGGAATTAGTGTTAAGGTTTATCAGTGTTACATGAACATGATGTTGGAATAAGGGGAAGGGACTGACTGAGTCACACCTGGgctgtattcattagggcacaccgtagcaaaacattttgcaaaaaAATTGTGTTTCTTATTGGAGATGTTCAAGGTAGTCCCTGTTTAAGTCAGTTTTCTGTTTGTTGCGTAATGAATATGGCCCTGGTAGTTGCTGTGCTCTGCATAGCCAGTGCCTTAGGctgatactgtatgtatgttaTGCTGGGTCTAGAATGGTTCATTTTGGTCTCGCTTCCCAGTTCCTGCCCCCTACCTTGAAATTACATTTCAAAACGGTAACCAGAGTCCCAGGATGAGTCGTAAGTCAATGGTTGACTGAATATGCaggcatgtttttttttcttctgttttcaGTGTGTTCCTATACAGTTCAAGGAGAATGATACTGTTGTGTTAGCCTGgttaccagtctgtttagctaacgttccactccttgtactctgtgtcatatGCCAAAGATGTATGTTTAGCATGACAGGAGTGGAAAAATGACCAAACAGACTGGTGTTATGTTAATTATCGTAGAAACCTGGTTACAGACTTTGATTCAATAGGTCTCCACTCGTTTGAGGACTTAATGTGAACATAACACATTAATTAACTATTTTAGGTTGAATGTCATATCAATCCACAGACCCTGAAGTCTTTCTGGGAAATCAAGACAGTAAAACCATACATAAGAGGAATAAGGGTATTGTGATTGTACTACTGTATGAAATATAATGGACACTAGTGATCAAGGTTTTCTCTATGGCATTCTAATTCTGATCGTTTTTCACGAATCGGTCTTGACTGATCAGATGATTTTTGGAAAAGGATCTAATGTGAGTGGTCAAAGACCAATTGGTAGAGCAAAAAATCTTAACtggactgcctgtgtaaacgcaaccTGTGAGTCTCAAAAGTTCTGAAAACACTCCTTTCAAAGGTCTTATAAAGTTAGCAAAATATATTGTATGTCTTTGTCTTTTATGTCTTTGTCTTTTATGAGTTAACACTACACGTTCACTGTACGAGAAATACAGTATTTCATCAGTGTGTCTTTAGAGGTAGAAAACATTTTAACAATTTGTTTCTCAGTTTACTTAAATGTTTTCATTTTTTCACTTATCGGAAGTGTTATGTCTGGTAGGAAGAGTTTGACTTGGAGTTTACAATATTTGCATTTATTTCAGATTATGGACAATTTGAAGCATGATGGTGACCTAGACAATTATGTACCATCTCAAAATCACTTGTGTTTGTCACAAAAAcaaagtgtgtgtaaactttgtGAATCCTTTTGCAATGCTGTATTACGATACAAAGTACCTTGAGCATTAAATACTGTACTTATTGCGCAACCAAGTCCCTGGTGACAGTGATGGGTGACAGGTGGACGAGATGTTTGTGGAGAATGGGTACAGTCCATGGCATTGTAAGTTatggtgtgtttttgtttgtgtgaaACTGTGTGTTCATGCTCCTGGAGTGTGTGAAAATACTTTTTACCCTTGAACTGTTCCCCTTGACCTCCATGTCATCATGGCTGAGCATATGTAGCTGAAGAGTCCTGAAAATAAAAGGATGCTGCAAAGATTCACTCTGTTTCAGCTCATTCCAATAAAATGATGTGATCAATTTG
>XM_021603426.2
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Function

NR:

description
syntaxin-6-like

GO: NA

KEGG:

id description
K08498 STX6; syntaxin 6

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
XM_021603427.2 False 3806 mRNA 0.41 8 56585208 56593281
XM_021603426.2 True 3872 mRNA 0.41 8 56585697 56593281

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
LOC110524091 LOC106613578 coding upstream 59620 56505544 ~ 56525588 (+)
LOC110524085 LOC106613570 coding upstream 479927 55932977 ~ 56105281 (+)
LOC110524087 LOC106613571 coding upstream 563675 56013137 ~ 56021533 (+)
LOC110524084 LOC106613569 coding upstream 664153 55884879 ~ 55921055 (+)
LOC110524082 LOC106613566 coding upstream 720347 55849213 ~ 55864861 (+)
stil stil coding downstream 38515 56631796 ~ 56647090 (+)
rc3h1a LOC106613585 coding downstream 65640 56658921 ~ 56688589 (+)
serpinc1 LOC106613587 coding downstream 103337 56696618 ~ 56702156 (+)
dph5 LOC106613590 coding downstream 186577 56779858 ~ 56788653 (+)
LOC100135807 LOC106613594 coding downstream 350562 56943838 ~ 56958165 (+)
G418007 LOC106613576 non-coding upstream 106642 56477763 ~ 56478566 (+)
G417989 NA non-coding upstream 112073 56471045 ~ 56473135 (+)
G417991 NA non-coding upstream 119347 56460784 ~ 56465861 (+)
G417983 NA non-coding upstream 149227 56435617 ~ 56435981 (+)
G417977 NA non-coding upstream 157678 56427300 ~ 56427530 (+)
G418063 NA non-coding downstream 697 56593978 ~ 56594366 (+)
G418076 kiaa1614 non-coding downstream 20925 56614206 ~ 56616854 (+)
G418087 NA non-coding downstream 40572 56633853 ~ 56667606 (+)
G418176 NA non-coding downstream 232858 56826139 ~ 56826512 (+)
G418178 NA non-coding downstream 234390 56827671 ~ 56827880 (+)
G416857 NA other upstream 1259937 55324645 ~ 55325271 (+)
G415946 NA other upstream 1972066 54590074 ~ 54613142 (+)
mutyh mutyh other upstream 2234593 54346481 ~ 54395448 (+)
G415809 NA other upstream 2254728 54330080 ~ 54330480 (+)
G415808 NA other upstream 2255428 54329195 ~ 54329780 (+)
G418077 LOC106613582 other downstream 24609 56617890 ~ 56628617 (+)
G418119 LOC106613588 other downstream 132904 56726185 ~ 56729821 (+)
G418251 rtca other downstream 330643 56923924 ~ 56925176 (+)
LOC110524119 LOC106613607 other downstream 772083 57352343 ~ 57367627 (+)

Expression


Co-expression Network