LOC110524577 (LOC106560293)


Basic Information

Item Value
gene id LOC110524577
gene name LOC106560293
gene type misc
species rainbow trout (Oncorhynchus mykiss)
category of species economic fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_048569.1
NCBI id CM023223.2
chromosome length 100798064
location 75361138 ~ 75528550 (-)
genome version USDA_OmykA_1.1_2020_rainbow_trout_Genome

Sequence

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>TU497777
GTTTGATACCATTGGGAGTATTTACATCCAGATTGTTCTTAGCCTATTGTATCAACCGAGTGTTTTCCAAACCGTGGGTCATGGGACCTGGCTGAAAACGTCTGTGACTAAAAACATGGATTTGTGTGATTGGATGTTGGAAAGGCTATATGTATGTCAATGTGTTATTAGATCATCTGTTTGATAAGGCAACCTAATCATGATGTAAACTAAAGCAATAATTGATATATTTTTAAATGAATCAATCATTGTTTGTAGAGTCTAGACGGGTGTTGGCGTTATATTGTTATTTCTAAATGAGAACACTAAAGAGGACAGTTGCTTATAAAGCTACATTTTACAGCATCAACACATAGCTTATCTGTATCAATACTATGCTGACCACTTAAGTTATATCAGATCTTGAAATGTGAAGGAAAATACTGTACATTTGTGGAAATATTTTTACTACACCTTTATAACGTCTCTGTATATGAAAATCGTTTCACATCTTATTAAGAAATGAATgaaagtgatttattttgaaataCAATTTAGTCATAAATCTCGTAGAAAATGTTTCTATTTAGCTAGTTGTAAAGATATTTGATTGAAATGGAATGATATCACATACTGTGCATTTGATTTGTTATGATTGATTTATTCATAATTGTAGTTATTGTTTTAAGTTTTGTATTCTACAAGATGGTCAATATAATTTCACTACTCCGCTGTTGAATGAAGGAAAGCTATAATGAGCAACAATGATGTGGATGTGTGTGactgtaagagagagaaagaagctttGTGGTGTATTTTGAGAGATATGGACCGTTCTGATGAAGACCTTTCACTGGAACAGTTTTTCTATTcattatttgtaatacatttgggtCACCATGTGTTACAACAAATCTGTGATTTAAATGGTTGtttttgatttatttagattttattGTTTTATGATTCTCTGTTTTTTAACATTGGGGAAATAGTTACTCTTGCTACTGGAAAatataaagttttaaaaaatgaaatatgacTCCTTGTGCCTGTAACTTATGGACGAAACGGAGAGAACTTAGCGCTCTTCTCTCTTTCCAGAAGCTTTCCTGTCTATATCGGGCcatacatatgtaggatcttaatttgatcactttttttATTGCTGAAAAATGTTGCTGCATGGCAGGAAATACAAACTTGTAATGTTTTCGAGGTTTAAAAATGCTTCTaacatttgtaatttccactttactctatttggttaggtcagggtgtgatctggggtgggcattctatgttgtctatttctttgtttttggccgagtatggttcccaatcagaggcagctgtctatcgttgtctctgattgggaatcatacttaggcagccattTTTGTTGAGG

Function

GO: NA

KEGG: NA

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
XM_036978424.1 False 8251 mRNA 0.43 12 75361636 75528550
XM_036978425.1 False 8309 mRNA 0.43 13 75361636 75528550
TU497778 False 1330 lncRNA 0.38 2 75361138 75362564
TU497779 False 71 lncRNA 0.35 1 75363618 75363688
TU497777 True 1387 lncRNA 0.33 2 75363971 75365516

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
LOC110524574 LOC106560290 coding downstream 28160 75299095 ~ 75333476 (-)
LOC110524573 LOC106560289 coding downstream 65028 75237541 ~ 75296608 (-)
LOC110524572 LOC105011858 coding downstream 131599 75220206 ~ 75230037 (-)
LOC118964646 NA coding downstream 133618 75225463 ~ 75228018 (-)
LOC110524570 LOC106560285 coding downstream 152574 75171277 ~ 75209062 (-)
LOC110524579 LOC106560296 coding upstream 85040 75613590 ~ 75624467 (-)
LOC110524580 rgs16 coding upstream 129982 75658532 ~ 75660672 (-)
rgs8 LOC106560297 coding upstream 143163 75671713 ~ 75706466 (-)
LOC110523006 LOC106560358 coding upstream 211560 75740110 ~ 75743709 (-)
LOC110524582 LOC106560298 coding upstream 353679 75882229 ~ 75954489 (-)
G439653 NA non-coding downstream 10185 75347548 ~ 75351451 (-)
G439574 NA non-coding downstream 129083 75231605 ~ 75232553 (-)
G439571 NA non-coding downstream 146633 75214763 ~ 75215003 (-)
LOC110524567 LOC106560283 non-coding downstream 262331 75045027 ~ 75099520 (-)
G439821 NA non-coding upstream 87629 75616179 ~ 75636229 (-)
G439822 NA non-coding upstream 89113 75617663 ~ 75667165 (-)
G439870 NA non-coding upstream 185012 75713562 ~ 75713846 (-)
G439875 NA non-coding upstream 190283 75718833 ~ 75719041 (-)
G439887 NA non-coding upstream 207519 75736069 ~ 75736291 (-)
G439594 NA other downstream 96233 75263473 ~ 75265403 (-)
LOC110523004 NA other downstream 397940 74961377 ~ 74968484 (-)
G439002 NA other downstream 433839 74865259 ~ 74927797 (-)
LOC110524526 LOC106584218 other downstream 1951297 73370439 ~ 73421683 (-)
G437079 NA other downstream 2214508 73146358 ~ 73147128 (-)
G439788 LOC106560295 other upstream 42699 75571249 ~ 75575569 (-)
G441168 glrx2 other upstream 1057908 76586458 ~ 76590370 (-)
G441483 NA other upstream 1373832 76902382 ~ 76902771 (-)
G441630 NA other upstream 1485449 77013999 ~ 77021375 (-)
G442115 NA other upstream 1878192 77406742 ~ 77407135 (-)
G439654 NA non-coding upstream 16247 75381763 ~ 75382090 (-)
G439662 NA non-coding upstream 18931 75384447 ~ 75384648 (-)
G439664 NA non-coding upstream 20426 75385942 ~ 75386190 (-)
G439668 NA non-coding upstream 26959 75392475 ~ 75392693 (-)
G439669 NA non-coding upstream 27390 75392906 ~ 75393180 (-)

Expression


Co-expression Network