LOC110524594


Basic Information

Item Value
gene id LOC110524594
gene name NA
gene type coding
species rainbow trout (Oncorhynchus mykiss)
category of species economic fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_048569.1
NCBI id CM023223.2
chromosome length 100798064
location 76647620 ~ 76656898 (+)
genome version USDA_OmykA_1.1_2020_rainbow_trout_Genome

Sequence

>XR_002473614.2
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AAGCCATcctgcaacacacacatacaaaaccacaacacagaaactggggaacgtaacaaagATGTTAAATGAAAAGTGTTACTATCAGTATCATATGTTGATTTTCAACATAAACAAGAGCTGTCATTAGTTTTTTGTTCAAAATGGTAGATATAGTGAATGTATGCATGTGTTATATTTTTCTAGTTACACAACTGTCTGACAAGGACGTAGTCTGTTCATAATAATTcccatcaaatatattttgacacACATGGCTGGGGAAACCCCTTATCACCCAGTAACTCTCCCTCTTACCgcatcctcctccttcctcaggcTGATGATATCCGTACCCTGTTGATGTACACAATGCCCTCAGACGCAGAGAAGAGAGATCACCAGTTCATCAAACTCTCCATTCTCGGGACAACATACATTGCTCGATCAGTACATACATTGCTCGATTGGTACTTGATTGGCCCATTTGCCACCTAGCCAAACAGACTGATATTTTAATGCAGAAATCCATGACCTATTGTATTTGAACATTTTGTGTGTATTTCTTAGAAGCTCGCAAGCTAGTGGCGGGCTGTTCTGAGGTTCAAGCAGtttaattgtttttaatatctgCTTATAATCAGTTATCAGTTAATACGCATGAAAAGATTAGCTGTGGAATTTTCCACTCCATTAGGATATTATTGTCTTGTAACTCATGTAAAGTGGAGTGCCTCCTCCACCAGGCCTTTAGGGTTGCAATGTTAAATGTAAAACTCTCTTCTCTTATAAGCTGAGGTGAACCAATGGACAGTAGACCAGCAGCAGTCAGTATGTAACCTGACGCAACTGGAGGTCATGATGGTATTTGTTTAGAACAATAAAGAATACAAGTAGTTGGCCACTACAATGCAGAAAACTATATATTTACAGTGGCTCCAGTTCCAAACACAGTAGTTAAGTGCTACTGGAGGTCTTTATGGTGTTGAAGAACTCTTGGAAGTGATCCAGGCTGAGCTTGTGGGTGAGCTTGTTGTTCAGTAGGTGGGGGAGTTGGGCTGTACCAGGCTGTGGTTTGAGCTTGACGAGGCCCTCCCAGCAAGGACACGTAGTCTTATGCCTCAAACAGGAAGGAGTAGAGTACACAGTATTCATCATGGAAATGACTTGGGTGCCATATATACGGAACTGTGTGGAGTCTTGTGCAACTGTGTTGACTGCACAGAGCTACAGAAGAAAACAAGGGAGGAGAACTATTAATTGCCTTATCGCTTTACAACTTAGGCCCATAACCTATAGTTAATTAAATTGGTTTTGAGTACCACCTTGGCTCATATATCCAGCAGGGCCCTTTCTGAAATGAGATGGGATAAAACTATTAGTTGTTTTAGCGGTGTAATGGCTCAAACTGTATTGTCCCCAGATGTTCATTTTGTTACATGTAGGGCTAAAATAATACAGAATAATTGAGTTGTTTATTGCACCGCTCTCTGCTTGACACACTGCAAAGTGGGTCAACTATTGTATTCATCTCCTTTGATTTGATATATGAAAATGTCtccatgtttttatttgtttagtTTTGTCAGGTGTACCTCAGTTGGTTGAACATGTTGCTAGCAATGCCAgagttgtgggtttgagtccGGCCTGGACAGTATAACAGATTTAGCTGGGCTTCTCCTCAATTACTCTGCAGCGCCGGTCGAGGGCTTCCAGGTGTAAGATTAACAAAACACGGCTATTGTGAACAATGTGCTGGCCATATTTGTTCGAGCTTTGGGTGGGCACTGGATTAGGCATCCTCACATAAAACAAAAGACGATAGCCCTGGCCTATTCCTGCGTGACAGAGTTCATCACACCCCGTTGGGAAAGAGTTTTTTAGATGCCATACACTATTGTCTTTAACAGTTGTTATAGAGGCAGCACATAATAGGCCAGGGCTTTATGTAAGGAATGAATATGATTGAACCCATTCTTACTCTGATGCAGCACTTATTGCATGTTTTGAATAGCAGGACAGAAATCAAGTACCTCATGCTGTACTCATGTTGAAAAGACAGGTCAAAGAGATCTCCTGGCAGGGGTTAGAAAGGATGGCCCCCCTACAGGTACAGCAAACGCTATGTTGGTTTGACTTCCCTGCAGTGAACAATGCTGCCCCCCAGTCCAGGTAATGCCAATGGCTTGTATGTGACAGTTATTTCAGTGGCTCTGACAATACATTATATTGAGCATCTTATAGAATCCTTGAGTTGGTATTATACTACTATTATATTATACTACTTATATGAATATTTTTTATCAAATGCTGTCTATCCCTTAGAATCTACTAACATGTTATACAAGGCAACTTTactgattaattgattgattaattgggACAAGGCTCAAATTTAAAAAGACATGTCATATACTGCATAACTTTTATCTGCTTTAGATTGGCATATGTTGACTTTGGAGGAAGGTGGTTGGATGGATTCAGATGCTAAAC
>XR_005051862.1
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Function

NR:

description
PREDICTED: uncharacterized protein K02A2.6-like

GO: NA

KEGG: NA

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
XR_002473614.2 False 7475 mRNA 0.44 4 76647620 76656898
XR_005051862.1 True 2972 mRNA 0.46 3 76647685 76652340
Loading

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
LOC110524593 LOC106560306 coding upstream 8142 76609969 ~ 76639478 (+)
LOC110524588 LOC106560302 coding upstream 71073 76574374 ~ 76576547 (+)
LOC110524586 LOC106560300 coding upstream 81156 76563489 ~ 76566464 (+)
LOC110524585 LOC106560359 coding upstream 105997 76538992 ~ 76541623 (+)
LOC118964720 LOC106576333 coding upstream 383086 76262294 ~ 76264534 (+)
LOC110524592 LOC106560305 coding downstream 6966 76663864 ~ 76684035 (+)
LOC110524591 LOC106560304 coding downstream 36632 76693530 ~ 76704137 (+)
LOC118964533 NA coding downstream 60101 76716999 ~ 76721132 (+)
brdt brdt coding downstream 768778 77425676 ~ 77441632 (+)
LOC110524602 ephx4 coding downstream 787083 77443981 ~ 77455616 (+)
G440955 NA non-coding upstream 175567 76471833 ~ 76472053 (+)
G440951 NA non-coding upstream 177908 76469483 ~ 76469712 (+)
G440931 NA non-coding upstream 194232 76453109 ~ 76453388 (+)
G440930 NA non-coding upstream 194669 76452286 ~ 76452951 (+)
G440929 NA non-coding upstream 195388 76451855 ~ 76452232 (+)
G441106 NA non-coding downstream 34100 76690998 ~ 76691326 (+)
G441114 NA non-coding downstream 40321 76697219 ~ 76697420 (+)
G441115 NA non-coding downstream 40559 76697457 ~ 76697660 (+)
G441116 NA non-coding downstream 41436 76698334 ~ 76698605 (+)
G441110 NA non-coding downstream 47269 76704167 ~ 76704526 (+)
LOC110524571 LOC106560285 other upstream 1469333 75161317 ~ 75178287 (+)
G438719 NA other upstream 1871151 74772009 ~ 74776469 (+)
LOC110524560 LOC106560270 other upstream 1877454 74729349 ~ 74770168 (+)
G437327 NA other upstream 3152536 73456301 ~ 73495084 (+)
G436588 NA other upstream 3651885 72995499 ~ 72995735 (+)
G441903 NA other downstream 611314 77268212 ~ 77268766 (+)
G442273 NA other downstream 901432 77558330 ~ 77583227 (+)
LOC110524622 LOC106560333 other downstream 1588941 78245839 ~ 78288092 (+)
G445204 NA other downstream 3559580 80216478 ~ 80217090 (+)
G445211 NA other downstream 3577982 80234880 ~ 80235428 (+)

Expression

LOC110524594 Expression in all Baseline Samples

Bar chart with 20 bars.
The chart has 1 X axis displaying categories.
The chart has 1 Y axis displaying values. Range: 0 to 1.5.
End of interactive chart.

LOC110524594 Expression in each Bioproject

Bar chart with 19 bars.
LOC110524594 Expression in each Sample
The chart has 1 X axis displaying categories.
The chart has 1 Y axis displaying Expression. Range: 0 to 20.
End of interactive chart.

Co-expression Network