XLOC_023056


Basic Information

Item Value
gene id XLOC_023056
gene name NA
gene type non-coding
species zebrafish (Danio rerio)
category of species model fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007135.7
NCBI id CM002908.2
chromosome length 42172926
location 34131744 ~ 34139367 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome

Sequence

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GAGTAATCATATTCAAAATACATCAtccttctggaaaaaaaaattgtgttgtttgacGATTAATTGTGACTAATTTcaattaaaatacataatttggtgggaaagttttgttttttaacgaTTAATCGTGACTAATTGCATTCAAAACACCATCATTCAGGGGGAAAAATTTGTGTTGCCTGACAATTATTCGTGACTAATCGCATTCAAAATGCATTATCATTACGGGAAAAAATTTGTGTCGTTTAACAATTGATCATGactaattgcatttaaaatacatcgtaatttgtagttttttgtgttgtttaacaATTAATTGTGAGTAATCATATTCAAAATACATCATCATTCTGGGGAAAAAACTGTGTTGTTTGATGAATAATCATGAGTATTCGCATCCAAAATACATCATCATTCGGGGAAAAAAAGTTGTGTTGTTTAACGATTAATTAAAAACATCATTATTTAGGGGGGAAATTAATGTTGTCTGTTGATTAATTATGACTAAACGCATTTAAAATACATCATCAATCCAggaaaaaattgtgttgtttaacaATTAATCGAGactaatcgcatttaaaatacatcATTCAGGGGAAGAAATAGTGTTGTTTAACGATTAATCATAACTAATCGCATTCAAAATAcataatttggggaaaaaatgttGTTTAACGATTAATCACATCTAATCACATTTGAAATACATTTCGATTCtggatttttgtgtgtgtagttTAACAATTAAACGTTGCTTATTGCATTCAAAACACAGTCATTTGGCAAGAAAAAATGACTGGTGTTTAATGACTAATCGGATTCAAAATACAtcgtcattcatttttttttgtttaatgattATTCATGACCAGTCTGATTCAAAAATCCATCGTcattcgttttttgtttttttgtgttgtttaatttttaatcctGAATAATCGCCTTCTAAATCCATCATCGTTTAAGGGAAAAAACTGTGCTGTTTAACGATTAATCATGACTAATCGCATTCAAAATACATCGTTATTTGGGATAGAGGGGTGAGGGGTGCTGTTTAACGAATAATCGTGACTAatcgcattcaaaataaaagtttgcaatTTTTATgggtaattattatttatttgtatgcgATTAGTCATGAGTAAATGTTGAACAGCAATTAtctaaaatgttacaaatattttagaaataattttttttaaaaccattaagatatttttgtatcattttgtatttgttttgcttttattcatttctttaatgcaatttggaatatttttttttgtgtatttcttGCAAGAAGACTCTTGTTAGCACAATACAATATCTTGTATTGcattaaactaaattattatccCTAATTCAAACCTTAAAGTAATTATAGTGAAATAAGCACATTTTTGAAGCTTCGTCAGaattaatatgtaatttttttatttttttggcttttttctcGCAACTCTCATGTTCACTGTTCATGTTGAATTAGattgtgaatttatattttacaaattagAGTTTACATAGACTTTTGAATATGTCTGAACTTCAGATTTTGTTCTCAGAATTCTATATTTCCATTTCTATATTTCAGAAGTCTATATTTTTAAAATCGTAAAAAAAGACAGAATTTCAAGGTATAAACTTAAAAAAGTGAAGAATAAAGTCCGaaggaaaaaaaaagcttataaatctttcatttaaaagATTAAATCAAAATACTCTTCCTCACGTCGTTCCAAATCTGTACGACATTCTGTTTGTTACgtcaaacaaaaaagaagatattttaaagaatgttcaaaAGCAAACCATCCCGATTTCCACTGACTGAAGTCAATGGGAACCAGGATGGAAAATACTTTCAATTGTTTTCCACAGAAGAAACAAGTCGCGCAAACCTAAAAAGAAGAAAAGACTTATAGTCTTTGTGAGTGTAAATAATGATCCTATTTTTGGTTAAACTATCAGAACGGAATCTTCTGATGTAGAAAAGCACATGTGCATGAAGAAACTAATATTAAAACAATGTGTCGTCCGTCATTTGATCACTTTTCCTCTCGACATCCACTTAAGAATAGTCAAAGTAAGAAAAACACACGCTTTGATCATGTTAACACTGCTAATTCTCGCTGTACGCTAACATTAAAGTCATGACGGATTTACATGATACAAATGACACTACGTTTCCTAAAATCTGACGTCACGATGAGGGGAAGTCATGTGGTTTTTCGGCGAGCAGCAGCTGTATTTTTAAGAAGAGACGGGTTTACATGATGCTGAGGCTGCGATTGAGCTCTGCACACTGgccgttgttgttgttgatgttgggATTGTGTCGTGTGGCTGTGGGTGTGGATAAAGCGCCACCTTCAGCAGGACAGCCGTGTTGGATCAGGATGTCGGCGCACTCCTGACTGCCTGCTCGCTGGGCGTAAGACAGAGGTGTCTGACCGCGTGCGTCACGACTCTTCACGTCCACACCGTACTA
>TCONS_00047052
CTAATCGCATTCAAAATGCatcATTCAGGGGAAGAAATAGTGTTGTTTAACGATTAATCATAACTAATCGCATTCAAAATAcataatttggggaaaaaatgttGTTTAACGATTAATCACATCTAATCACATTTGAAATACATTTCGATTCtggatttttgtgtgtgtagttTAACAATTAAACGTTGCTTATTGCATTCAAAACACAGTCATTTGGCAAGAAAAAATGACTGGTGTTTAATGACTAATCGGATTCAAAATACATCGTCATtcgcattttttttttgtttaatgattATTCATGACCAGTCTGATTCAAAATACAtcgtcattcatttttttttttgtttaatgattATTTATGACCAGTCTGATTCAAAATACAtcgtcattcatttttttttgtttaatgattATTCATGACCAGTCTGATTCAAAAATCCATCGTcattcgttttttgtttttttgtgttgtttaatttttaatcctGAATAATCGCCTTCTAAATCCATCATCGTTTAAGGGAAAAAACTGTGCTGTTTAACGATTAATCATGACTAATCGCATTCAAAATACATCGTTATTTGGGATAGAGGGGTGAGGGGTGCTGTTTAACGAATAATCGTGACTAatcgcattcaaaataaaagtttgcaatTTTTATgggtaattattatttatttgtatgcgATTAGTCATGAGTAAATGTTGAACAGCAATTAtctaaaatgttacaaatattttagaaataattttttttaaaaccattaagatatttttgtatcattttgtatttgttttgcttttattcatttctttaatgcaatttggaatatttttttttgtgtatttcttGCAAGAAGACTCTTGTTAGCACAATACAATATCTTGTATTGcattaaactaaattattatccCTAATTCAAACCTTAAAGTAATTATAGTGAAATAAGCACATTTTTGAAGCTTCGTCAGaattaatatgtaatttttttatttttttggcttttttctcGCAACTCTCATGTTCACTGTTCATGTTGAATTAGattgtgaatttatattttacaaattagAGTTTACATAGACTTTTGAATATGTCTGAACTTCAGATTTTGTTCTCAGAATTCTATATTTCCATTTCTATATTTCAGAAGTCTATATTTTTAAAATCGTAAAAAAAGACAGAATTTCAAGGTATAAACTTAAAAAAGTGAAGAATAAAGTCCGaaggaaaaaaaaagcttataaatctttcatttaaaagATTAAATCAAAATACTCTTCCTCACGTCGTTCCAAATCTGTACGACATTCTGTTTGTTACgtcaaacaaaaaagaagatattttaaagaatgttcaaaAGCAAACCATCCCGATTTCCACTGACTGAAGTCAATGGGAACCAGGATGGAAAATACTTTCAATTGTTTTCCACAGAAGAAACAAGTCGCGCAAACCTAAAAAGAAGAAAAGACTTATAGTCTTTGTGAGTGTAAATAATGATCCTATTTTTGGTTAAACTATCAGAACGGAATCTTCTGATGTAGAAAAGCACATGTGCATGAAGAAACTAATATTAAAACAATGTGTCGTCCGTCATTTGATCACTTTTCCTCTCGACATCCACTTAAGAATAGTCAAAGTAAGAAAAACACACGCTTTGATCATGTTAACACTGCTAATTCTCGCTGTACGCTAACATTAAAGTCATGACGGATTTACATGATACAAATGACACTACGTTTCCTAAAATCTGACGTCACGATGAGGGGAAGTCATGTGGTTTTTCGGCGAGCAGCAGCTGTATTTTTAAGAAGAGACGGGTTTACATGATGCTGAGGCTGCGATTGAGCTCTGCACACTGgccgttgttgttgttgatgttgggATTGTGTCGTGTGGCTGTGGGTGTGGATAAAGCGCCACCTTCAGCAGGACAGCCGTGTTGGATCAGGATGTCGGCGCACTCCTGACTGCCTGCTCGCTGGGCGTAAGACAGAGGTGTCTGACCGCGTGCGTCACGACTCTTCACGTCCACACCGTACTA

Function

GO: NA

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TCONS_00047051 False 7309 lncRNA 0.33 2 34131744 34139367
TCONS_00047050 False 6739 lncRNA 0.33 2 34131744 34139367
TCONS_00047049 False 7503 lncRNA 0.33 2 34131744 34139367
TCONS_00047052 True 2052 lncRNA 0.33 2 34136940 34139367
Loading

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
XLOC_023055 gbx1 coding upstream 15218 34113424 ~ 34116526 (+)
XLOC_023054 asb10 coding upstream 24126 34085940 ~ 34107618 (+)
XLOC_023053 H2BE1 coding upstream 59656 34069675 ~ 34072088 (+)
XLOC_023052 NA coding upstream 282311 33842363 ~ 33849433 (+)
XLOC_023051 atg9b coding upstream 292389 33802528 ~ 33839355 (+)
XLOC_023057 NA coding downstream 231537 34370904 ~ 34376549 (+)
XLOC_023058 lrrtm2 coding downstream 467599 34606966 ~ 34612832 (+)
XLOC_023059 mchr2 coding downstream 667455 34806822 ~ 34823043 (+)
XLOC_023060 NA coding downstream 734184 34873551 ~ 34874670 (+)
XLOC_023061 NA coding downstream 781317 34920684 ~ 34920972 (+)
XLOC_023050 CU019563.1 non-coding upstream 362341 33769287 ~ 33769403 (+)
XLOC_023048 NA non-coding upstream 587832 33533520 ~ 33543912 (+)
XLOC_023045 NA non-coding upstream 829825 33297496 ~ 33301919 (+)
XLOC_023044 NA non-coding upstream 838192 33291473 ~ 33293552 (+)
XLOC_023062 NA non-coding downstream 793135 34932502 ~ 34933751 (+)
XLOC_023064 NA non-coding downstream 920635 35060002 ~ 35101929 (+)

Expression

Expression of XLOC_023056 in the Zebrafish Sample from each Developmental Stage of PRJEB12982

Boxplot with 18 boxes. Box plot charts are typically used to display groups of statistical data. Each data point in the chart can have up to 5 values: minimum, lower quartile, median, upper quartile, and maximum.
The chart has 1 X axis displaying categories.
The chart has 1 Y axis displaying Expression. Range: 0 to 1.25.
End of interactive chart.

Expression of XLOC_023056 in the Zebrafish Sample of PRJEB12982

Bar chart with 360 bars.
The chart has 1 X axis displaying categories.
The chart has 1 Y axis displaying Expression. Range: 0 to 1.25.
End of interactive chart.

Co-expression Network