G361719


Basic Information

Item Value
gene id G361719
gene name NA
gene type non-coding
species rainbow trout (Oncorhynchus mykiss)
category of species economic fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_048569.1
NCBI id CM023223.2
chromosome length 100798064
location 5899369 ~ 5944790 (-)
genome version USDA_OmykA_1.1_2020_rainbow_trout_Genome

Sequence

>TU411122
gtgccatctgggacacgGCCTGGTTGTGCTGTAATCTCCCTCAATCCCATTAAAGTAACCTGCTCGGGCAGGATTACTCCGTTTAAGAGACTCTGTCTGCCTGAAGACACCTTAACTGTCCAATTGTATTTTCCTTCCAGTAGGGAATGTGATAAATCATCAATGGTTTAAATTAGTTTTCTACATAATACTGGAGCaatcacacataaacacataaacacacataaacacacataaacacataaacacacataaacacacacaaaaacacacacataaacacacacacacacacacacacacacacacacacacacgaacacacacatgaacacacataaacacacacacacacacacacacacacatataaacacacatgaacacacacacacacacacacataaacacaaacacacataaacacataaacacacataaacacacacacacacacacacataaacacacacacacacacaaagacacacacacataaacacacataaacacacataaacacacacagacataaacacacacacataaacacacataaacacacaaacacacacacacaaagacacacacataaacacacacacataaacacacacacatacacacacacacacacacacacacacacacacataaacacacacacataaacacacataaacacacacacacacacacacacacaaacacacacacacacacacacacacataaacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacatgaacacacacacacacatgaacacacacacacacacacacacataaacacacacacataaatacacaaacacacaaacacacataaacacacacacacttaaacacacacacacaaacacacaaacacacacacacaaacacacacacataaacacacacacataaacacacataaatacacacacacatacacacacacacacacacacataaacacacatgaacacacacacacataaacacacataaacataaacacacacacacacacacataaacacacacacacacacacataaacacacgtaaacacacacacataaacacacacacataaacacacaaacacacacacataaacacacataaacacacacacaaacacacacacataaacacacacacataaacacacataaacacacataaacacacataaacacacacacataaacacgcacacataaacacacacacataaacacacatacatacacataaacacacacacataaacacacataaacacacacacataaacacacataaacacacacacataaacacacacacacataaacacacataaacacacacacataaacacacataaacacacacacataaacacacacacataaacacacacacataaacacacataaacacacacacataaacacacacacataaacacacacacacacacacataaacacacacacataaaatcacataaacacacataaacacacacataaacacacataaacacacacataaacacacataaacacacacacataaacacacacacataaacacacacataaacacacacacatcaacacacataaacacacataaacacacacacataaacacacataaacaaacacacataaacacacataaacacacacacataaacacacataaacacacataaacacacacacataaacacacacacacataaacacacacataaacacacactcataaacacacacacataaatacacataaacacacacacacataaacacacataaacaaacacacataaacacacataaacacacacacatcaacacacataaacacacacacacacacataaacacacacacacacataaagacacacacacacacacacacataaacacacacacacacacacaaataaagacacacacacacacaaacacataaacacacacacacacataaagacacacacacacacaaacacataaacacacacacacacacacacacgaacacacacacacacacataaacacacataaacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacatgaacacacacacacacatgcacacacacacacacacacacacataaacacacacacataaatacacaaacacacaaacacacataaacacacacacactttaacacacacacacaaacacacacacataaacacacacacataaacacacacacacacacataaacacacatgaacacacacacacataaacacacataaacataaacacacacacacacacacataaacacacacacacacacacataaacacacgtaaacacacacacataaacacacacacataaacacacataaacacacacataaacacacataaacacacacacaaacacacacacataaacacacacacataaacacacataaacacacacacataaacacgcacacataaacacacacacaaaaacacacatacatacacataaacacacacataaacaaacacacataaacacacataaacacacacacataaacacacacacataaacacacataaacacacacacataaacacacataacagtatccattctaacagtatccattctaacagtatccagtatccattctaacagtatccattctaacagtatccattctaacagtgcccattctaactacccattctaacagtatccattctaacagtatccattctaacagtatccattctaacagtacccattctaacagtatccagtatccatctaacagtatccattctaacagtatccattctaacagtacccattctaacagtgtccattctaacagtacccattctaacagtgtccattctaacagtatccattctaaaagtatccattctaacagtatccattctaacagtatccattataacagtatccattctaactacccattctaacagtatccattctaacagtatccagtatccattctaacagtatccatttgaACAGTAtctattctaaaagtatccattctaacagtatccattctaacaatatccagtatccattctaactgtatccattctaacggtatccattctaacagtatccattctaacagtacccactctaatagtatccattctaacagtatccatttgaACAGTAtctattctaaaagtatccattctaacagtatccattctaacaatatccagtatccattctaactgtatccattctaacggtatccattctaacagtatccattctaacagtacccactCTAATAGTATCCATtccaacagtacccattctaacagtatccattctatcagtacccattctaacagtacccattctaacagtatccagtatccaccctaacaatatccattctaacagtatccattctaacactacccattcttacagtatccattctaacagtaaccattctaacagtacccattctaacagtatccagtatccaccctaacaatatccattctaacagtatccattctaacagtacccattcttacagtatccattctaacagtatccagtatccaccctaacaatatccattctaacagtatccattctaacagtacccattcttacagtatccattctaacagtatccattctaacagtacccattctaacagtacccattctaactacccattctaacagtatccattctatcagtatccattctaacagtatccattccaacagtagccagtatccattctaacaatatccattctaacagtatccattctaacagtatccattctaacagtacccattctaacagtacccattctaacagtacccattctaacaatacccattctaacaatatccattctaacagtacccattctaacagtatccattctaacagtatccattctaaaagtatccattctaacagtaaccattctaacagtatccat
>TU411120
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>TU411118
gtgccatctgggacacgGCCTGGTTGTGCTGTAATCTCCCTCAATCCCATTAAAGTAACCTGCTCGGGCAGGATTACTCCGTTTAAGAGACTCTGTCTGCCTGAAGACACCTTAACTGTCCAATTGTATTTTCCTTCCAGTAGGGAATGTGATAAATCATCAATGGTTTAAATTAGTTTTCTACATAATACTGGAGCaatcacacataaacacataaacacacataaacacacataaacacataaacacacataaacacacacaaaaacacacacataaacacacacacacacacacacacacacacacacacacacgaacacacacatgaacacacataaacacacacacacacacacacacacacatataaacacacatgaacacacacacacacacacacataaacacaaacacacataaacacataaacacacataaacacacacacacacacacacataaacacacacacacacacaaagacacacacacataaacacacataaacacacataaacacacacagacataaacacacacacataaacacacataaacacacaaacacacacacacaaagacacacacataaacacacacacataaacacacacacatacacacacacacacacacacacacacacacacataaacacacacacataaacacacataaacacacacacacacacacacacacaaacacacacacacacacacacataaagacacacgcatacacacacacacacacacacataaacacacacaaacacacataaacacacataaacacacaaacacacacacataaacgcacacacataaacacacacacacacacacacacgaacacacacataaacacacataaacacacacacacacacacacataaacacacacacatacacacacacacacacacataaacacacatgaacacacacacacacacacacataaacacacacacacacaaacacataaacacataaacacacacacacacacacacacacacacacacataaacacacacacacacacagacacacacacacacacacacacacacaaaaccacacacacacataaacacacacacataaacacacataaacacacaaacacacacacataaacacatataaacacacaaacacacacacacaaacacacacacacacacacacacacacacataaagacacacacatacacacacacacacacacacataaacacacacacataaacacacaaacacacaaacacacacacataaacacacacacataaacacacataaacacacacacacataaacacacacacataaacacacataaacacacacacataaacacacataaacacacacacataaacacacataaacacacataaacacacacacacataaacacacataaacaaacacacataaacacacataaacacacacacataaacacacacacataaacacacataaacacacacacataaacacacataacagtatccattctaacagtatccattctaacagtatccagtatccattctaacagtatccattctaacagtatccattctaacagtgcccattctaactacccattctaacagtatccattctaacagtatccattctaacagtatccattctaacagtacccattctaacagtatccagtatccatctaacagtatccattctaacagtatccattctaacagtacccattctaacagtgtccattctaacagtatccattctaaaagtatccattctaacagtatccattctaacagtatacattctaacagtacccattctaaaagtatccattctaacagtatccattctaacagtatccattctaacagtatccattctaacagtatacattctaacagtacccattctaacagtatccattctaacagtatccattctaaaagtatccattctaacagtacccattctaacagtatacattctaacagtacccattcgaacagtatccattctaaaagtatccattctaacagtatccattctaacagtatccagtatccattctaacagtatccattcgaacagtatccattctaaaagtatccaatctaacagtatccattctaacaatacccagtatccattctaacagtatccattctaacggtatccattctaacagtatccattctaacagtatccactctaacaatatccattctaacagtatccattctaacagtatccattctaacagtttcctttctaacagtacccattctaacagtatccattctaacagtatccagtatccattctaacagtatccattcgaacagtatcca
>TU411119
cacacacacacacacacataaacacacacacacacataaaaacacatatacccacacacacaaacacacataaagacacacacacacacacacataaaaacacataaacccacataaacacacaaacacacataaacacacatacataaacacacacacacacacacataaagacacacacacacacacacacataaacacacataaacacacacacacacacataaagacacacacacacacacaaacacataaacacacaaacacacacataaacacacacacacacataaaaacacatatacccacacaaacaaacacacataaagacacacacacacacacacacacacataaacacacataaacacacacacacagacgaacacacacacacacacacacacgcataaagacacacacatacacacacacacataaacacacacacataaacacacacacaaacacacacacataaacacacacacataaacacacataaacacacaaacacacacacataaacacacacacataaacacacacacataaacacccacacatgaacacacacacataaacacacataaacacacacacacacacacacacacacacacataaagacacacacatacacacacacacacacacacacacataaacacacatgaacacacacacacacacatcaacacacataaacacacacacacacacataaaaacacataaacacacaaacacacataaagacacacacacacacacacacacataaacacacacacacacacacacataaagacacacacacacacaaacacataaacacacacacacacacacaaataaagacacacacacacacaaacacataaacacacacacacacacacacacaccaacacacacacacacacataaacacacataaacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacatgaacacacacacacacatgaacacacacacacacacacacacataaacacacacacataaatacacaaacacacaaacacacataaacacacacacacttaaacacacacacacaaacacacaaacacacacacacaaacacacacacataaacacacacacataaacacacataaatacacacacacatacacacacacataaacacacatgaacacacacacacataaacacacataaacataaacacacacacacacacacataaacacacacacacacacacataaacacacgtaaacacacacacataaacacacacacataaacacacataaacacacacataaacacacataaacacacacacaaacacacacacataaacacacacacataaacacacataaacacacacacataaacacgcacacataaacacacacacaaaaacacacatacatacacataaacacacacacttaaacacacacacacataaacacacataaacacacacacataaacacatataaacacacacacataaacacacacacacataaacacacataaacacacacacataaacacacacacataaacacacataaacacacacacataaacacataaacacacataaacacacaaacataaacacacacacataaaatcacataaacacacataaacacacataaacacacacacataaacacacataaacacacacacataaacacacataaacacacacacataaacacacacacacataaacacacacacataaacacacataaacacacacacataaacacacataaacacacacacataaacacacataaacacacataaacacacacacacataaacacacataaacaaacacacataaacacacataaacacacacacataaacacacacacataaacacacataaacacacacacataaacacacataacagtatccattctaacagtatccattctaacagtatccagtatccattctaacagtatccattctaacagtatccattctaacagtgcccattctaactacccattctaacagtatccattctaacagtatccattctaacagtatccattctaacagtacccattctaacagtatccagtatccatctaacagtatccattctaacagtatccattctaacagtacccattctaacagtgtccattctaacagtatccattctaaaagtatccattctaacagtatccattctaacagtatacattctaacagtacccattctaaaagtatccattctaacagtatccattctaacagtatccattctaacagtatccattctaacagtatacattctaacagtacccattctaacagtatccattctaacagtatccattctaaaagtatccattctaacagtacccattctaacagtatacattctaacagtacccattcgaacagtatccattctaaaagtatccattctaacagtatccattctaacagtatccagtatccattctaacagtatccattcgaacagtatccattctaaaagtatccaatctaacagtatccattctaacaatacccagtatccattctaacagtatccattctaacggtatccattctaacagtatccattctaacagtatccactctaacaatatccattctaacagtatccattctaacagtatccattctaacagtttcctttctaacagtacccattctaacagtatccattctaacagtatccagtatccattctaacagtatccattcgaacagtatcca

Function

NR:

description
PREDICTED: salivary glue protein Sgs-3-like

GO: NA

KEGG: NA

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TU411122 False 4077 lncRNA 0.37 5 5899369 5944790
TU411120 False 3857 lncRNA 0.36 4 5932451 5943296
TU411118 False 2378 lncRNA 0.37 2 5938849 5944790
TU411119 True 2826 lncRNA 0.36 2 5938849 5943296

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
LOC110524935 rab27b coding downstream 335004 5471029 ~ 5564365 (-)
nars1 sync coding downstream 1251417 4639020 ~ 4647952 (-)
fech fech coding downstream 1261238 4615001 ~ 4638131 (-)
LOC110513199 dcc coding downstream 1481838 3782114 ~ 4417531 (-)
LOC118964541 NA coding downstream 2229691 3662499 ~ 3669678 (-)
LOC110523123 LOC106572171 coding upstream 374 5945164 ~ 5954687 (-)
LOC110523124 wdr7 coding upstream 149179 6093969 ~ 6436847 (-)
LOC110524940 LOC106572087 coding upstream 492476 6437266 ~ 6484290 (-)
LOC110523127 LOC106572117 coding upstream 560591 6505381 ~ 6510017 (-)
LOC110524941 LOC106572051 coding upstream 618833 6562531 ~ 6726634 (-)
G361723 NA non-coding downstream 24840 5870832 ~ 5874529 (-)
G361732 NA non-coding downstream 46642 5845322 ~ 5852727 (-)
G361669 NA non-coding downstream 95642 5803171 ~ 5803727 (-)
G361664 NA non-coding downstream 98986 5800167 ~ 5800383 (-)
G361663 NA non-coding downstream 102299 5795774 ~ 5797070 (-)
G361750 NA non-coding upstream 16961 5961751 ~ 5961952 (-)
G361755 NA non-coding upstream 33688 5978478 ~ 5979071 (-)
G361763 NA non-coding upstream 40572 5985362 ~ 5985703 (-)
G363287 NA non-coding upstream 75592 6020382 ~ 6043082 (-)
G363294 NA non-coding upstream 146031 6090821 ~ 6092820 (-)
G361170 NA other downstream 817501 5080578 ~ 5081868 (-)
G360703 NA other downstream 1159667 4738312 ~ 4739702 (-)
G360610 NA other downstream 1348442 4550346 ~ 4550927 (-)
G360532 NA other downstream 1599344 4299392 ~ 4300025 (-)
G363470 LOC106572095 other upstream 598885 6543675 ~ 6554715 (-)
G364322 NA other upstream 2358477 8303267 ~ 8304183 (-)
G364754 NA other upstream 3102752 9047542 ~ 9099000 (-)

Expression


Co-expression Network