G363294


Basic Information

Item Value
gene id G363294
gene name NA
gene type non-coding
species rainbow trout (Oncorhynchus mykiss)
category of species economic fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_048569.1
NCBI id CM023223.2
chromosome length 100798064
location 6090821 ~ 6092820 (-)
genome version USDA_OmykA_1.1_2020_rainbow_trout_Genome

Sequence

>TU412982
cttcactattattacacaatgtagaaaatagtacaaataaagaaaaacccttgaatgagtcggtgtgtccaaacttttgaccggtagtgtttTGAAAACACATTCCATCTCTAGAATACTGGAGATGTGTGGAACACTTGGCTCTCGCTGTGATTGGCTGCGGTTCAGGTGTAGTGTGAAGTTGTCCCTAGAAGGctaatcttgggtcagttttgcgtTTCCCTCACTTAATGGTTACGGTTGGAAGAGGGCAAGCTGATGGAGAAGCTGAGTGTCCTCCACCTCCTGCTCCTTTAATGGTCTTCCTGTCTGGAGGCTGCTAGCTACATACTTGCCTTGGCTAATGAATTCCCACCAATACACTGTTAGTGTACATGGAGCACTGTCTGTCATGGTGTGTGTATTGGAGAGCACGACCACCTCTTTAGTTGGATTAGGTTATGTCTGTATAGAGAAGGTTGTGaggcttccttccctctctccagatCTCTTGCTCTTCctaccttcctcccctccttGAGCCACAGCCAGTCTCTGTCATTAGGCTgaaccacagagacagacaggacccAGCCCCAAGCTTGGCCCCCAGCCACAGCAGCATGGAGTACACCAGGCAGACTGTAAACAGCGTtcaatggggatagctgctgGGCTCCcagtctgcctgtccgtctgtctgtctgctgcagCCTCATTTCCTGAGCAGTAGAGGAGACCCAACCCAGCACCAAAACTATTCCCCCCTGGTCCTGTGGATATCAAGGAGCCTTGTGAAATCTGGCTTTTGTGTTTTGACTGAGTGACAAAGATGTTTTACATGTTGTTTTAATAAAGAGGACCAAGTAGTGtggtttgtttgttgttgtttttttggggactttttatttatttaatgtattttttttgcttGGCTGAAATGTTTCTCCAATTTTTAAAGTTTAAAAGCTGAAACAAAAAGTTTGACACGTGAATGCAATGTTACTCCTGAGTCTTGATGAAATGTAGCTTCCTGCAGAGTTTCTTTCCTAAATGTCAACACATTCTGTGAAATTTCTCCCTGCTTGCATGAATGAAATCTTTTACAATCcaattctttattttattttgaattaaTTAATTCTATTgctcttttttttgtttgtctttttgttgttgttgttgttgttgttgttgttgttgaatataTCTATCTCTTTTCATTCTTCTGTATTACCGGACAGGAGATTTCAGTTCTGCTATAGCTCAACTGCAGCTAGGACCAATACAGACctaccctacctctctctctctctctcttctctacactCCCTCTGTGCTGAAACACAAACTGGCGCTCCTGCTTTAAGTATCCTATTGATCTGTCAGCGTCTGGAGCTCCTCTTAAATAGAgagacgtaaaaaaaaaaaaggacttCAACGTCCGTTTATTTGATTTGGCTGTAACATCATCTAGTGTGTTGCCagtgagatgatgaagATCATGACGATGGGGGTGGTGATGACGATGGGGAGGGGGGATGAAGGTGATGATGATATTGATCTAGCTtccctactgtctctgtgttgtagtttgGCTCTGAAGGTGCTCTGTGACTGTACCTGTGACTGTCGTGTTCCTGCCGTGCATATGTGCTTTCGATCGTTCAcctaataatatattatattgatgAAGACGTACTGTAATGTCTGtgttaaaacaaaaacactattgTGTTTGGCTTCTGTGTTCAATAAAAATGATATGTCTGGACAGTGA
>TU412983
cttcactattattacacaatgtagaaaatagtacaaataaagaaaaacccttgaatgagtcggtgtgtccaaacttttgaccggtagtgtttTGAAAACACATTCCATCTCTAGAATACTGGAGATGTGTGGAACACTTGGCTCTCGCTGTGATTGGCTGCGGTTCAGGTGTAGTGTGAAGTTGTCCCTAGAAGGctaatcttgggtcagttttgcgtTTCCCTCACTTAATGGTTACGGTTGGAAGAGGGCAAGCTGATGGAGAAGCTGAGTGTCCTCCACCTCCTGCTCCTTTAATGGTCTTCCTGTCTGGAGGCTGCTAGCTACATACTTGCCTTGGCTAATGAATTCCCACCAATACACTGTTAGTGTACATGGAGCACTGTCTGTCATGGTGTGTGTATTGGAGAGCACGACCACCTCTTTAGTTGGATTAGGTTATGTCTGTATAGAGAAGGTTGTGaggcttccttccctctctccagatCTCTTGCTCTTCctaccttcctcccctccttGAGCCACAGCCAGTCTCTGTCATTAGGCTgaaccacagagacagacaggacccAGCCCCAAGCTTGGCCCCCAGCCACAGCAGCATGGAGTACACCAGGCAGACTGTAAACAGCGTtcaatggggatagctgctgGGCTCCcagtctgcctgtccgtctgtctgtctgctgcagCCTCATTTCCTGAGCAGTAGAGGAGACCCAACCCAGCACCAAAACTATTCCCCCCTGGTCCTGTGGATATCAAGGAGCCTTGTGAAATCTGGCTTTTGTGTTTTGACTGAGTGACAAAGATGTTTTACATGTTGTTTTAATAAAGAGGACCAAGTAGTGtggtttgtttgttgttgtttttttggggactttttatttatttaatgtattttttttgcttGGCTGAAATGTTTCTCCAATTTTTAAAGTTTAAAAGCTGAAACAAAAAGTTTGACACGTGAATGCAATGTTACTCCTGAGTCTTGATGAAATGTAGCTTCCTGCAGAGTTTCTTTCCTAAATGTCAACACATTCTGTGAAATTTCTCCCTGCTTGCATGAATGAAATCTTTTACAATCcaattctttattttattttgaattaaTTAATTCTATTgctcttttttttgtttgtctttttgttgttgttgttgttgttgttgttgttgttgaatataTCTATCTCTTTTCATTCTTCTGTATTACCGGACAGGAGATTTCAGTTCTGCTATAGCTCAACTGCAGCTAGGACCAATACAGACctaccctacctctctctctctctctcttctctacactCCCTCTGTGCTGAAACACAAACTGGCGCTCCTGCTTTAAGTATCCTATTGATCTGTCAGCGTCTGGAGCTCCTCTTAAATAGAgagacgtaaaaaaaaaaaaggacttCAACGTCCGTTTATTTGATTTGGCTGTAACATCATCTAGTGTGTTGCCagtgagatgatgatgatgggggtgGTGATGAAGATCATGACGTTGGGGGTGGTGATGAAGATCATGACGATGGGGGTGGTGATGAAGATCATGACGTTGGGGGTGGTGATGAAGATCATGACGTTGGGGGTGGTGATGAAGATCATGACGATGGGGGTGGTGATGAAGATCATGACGTTGGGGGTGGTGATGATGATATTGATCTAGCTtccctactgtctctgtgttgtagtttgGCTCTGAAGGTGCTCTGTGACTGTACCTGTGACTGTCGTGTTCCTGCCGTGCATATGTGCTTTCGATCGTTCAcctaataatatattatattgatgAAGACGTACTGTAATGTCTGtgttaaaacaaaaacactattgTGTTTGGCTTCTGTGTTCAATAAAAATGATATGTCTGGACAGTGA
>TU412986
cttcactattattacacaatgtagaaaatagtacaaataaagaaaaacccttgaatgagtcggtgtgtccaaacttttgaccggtagtgtttTGAAAACACATTCCATCTCTAGAATACTGGAGATGTGTGGAACACTTGGCTCTCGCTGTGATTGGCTGCGGTTCAGGTGTAGTGTGAAGTTGTCCCTAGAAGGctaatcttgggtcagttttgcgtTTCCCTCACTTAATGGTTACGGTTGGAAGAGGGCAAGCTGATGGAGAAGCTGAGTGTCCTCCACCTCCTGCTCCTTTAATGGTCTTCCTGTCTGGAGGCTGCTAGCTACATACTTGCCTTGGCTAATGAATTCCCACCAATACACTGTTAGTGTACATGGAGCACTGTCTGTCATGGTGTGTGTATTGGAGAGCACGACCACCTCTTTAGTTGGATTAGGTTATGTCTGTATAGAGAAGGTTGTGaggcttccttccctctctccagatCTCTTGCTCTTCctaccttcctcccctccttGAGCCACAGCCAGTCTCTGTCATTAGGCTgaaccacagagacagacaggacccAGCCCCAAGCTTGGCCCCCAGCCACAGCAGCATGGAGTACACCAGGCAGACTGTAAACAGCGTtcaatggggatagctgctgGGCTCCcagtctgcctgtccgtctgtctgtctgctgcagCCTCATTTCCTGAGCAGTAGAGGAGACCCAACCCAGCACCAAAACTATTCCCCCCTGGTCCTGTGGATATCAAGGAGCCTTGTGAAATCTGGCTTTTGTGTTTTGACTGAGTGACAAAGATGTTTTACATGTTGTTTTAATAAAGAGGACCAAGTAGTGtggtttgtttgttgttgtttttttggggactttttatttatttaatgtattttttttgcttGGCTGAAATGTTTCTCCAATTTTTAAAGTTTAAAAGCTGAAACAAAAAGTTTGACACGTGAATGCAATGTTACTCCTGAGTCTTGATGAAATGTAGCTTCCTGCAGAGTTTCTTTCCTAAATGTCAACACATTCTGTGAAATTTCTCCCTGCTTGCATGAATGAAATCTTTTACAATCcaattctttattttattttgaattaaTTAATTCTATTgctcttttttttgtttgtctttttgttgttgttgttgttgttgttgttgttgttgaatataTCTATCTCTTTTCATTCTTCTGTATTACCGGACAGGAGATTTCAGTTCTGCTATAGCTCAACTGCAGCTAGGACCAATACAGACctaccctacctctctctctctctctcttctctacactCCCTCTGTGCTGAAACACAAACTGGCGCTCCTGCTTTAAGTATCCTATTGATCTGTCAGCGTCTGGAGCTCCTCTTAAATAGAgagacgtaaaaaaaaaaaaggacttCAACGTCCGTTTATTTGATTTGGCTGTAACATCATCTAGTGTGTTGCCagtgagatgatgatgatgggggtgGTGATGAAGATCATGACGTTGGGGGTGGTGATGAAGATCATGACGATGGGGGTGGTGATGAAGATCATGACGATGAAGGTGATGATGATATTGATCTAGCTtccctactgtctctgtgttgtagtttgGCTCTGAAGGTGCTCTGTGACTGTACCTGTGACTGTCGTGTTCCTGCCGTGCATATGTGCTTTCGATCGTTCAcctaataatatattatattgatgAAGACGTACTGTAATGTCTGtgttaaaacaaaaacactattgTGTTTGGCTTCTGTGTTCAATAAAAATGATATGTCTGGACAGTGA
>TU412981
cttcactattattacacaatgtagaaaatagtacaaataaagaaaaacccttgaatgagtcggtgtgtccaaacttttgaccggtagtgtttTGAAAACACATTCCATCTCTAGAATACTGGAGATGTGTGGAACACTTGGCTCTCGCTGTGATTGGCTGCGGTTCAGGTGTAGTGTGAAGTTGTCCCTAGAAGGctaatcttgggtcagttttgcgtTTCCCTCACTTAATGGTTACGGTTGGAAGAGGGCAAGCTGATGGAGAAGCTGAGTGTCCTCCACCTCCTGCTCCTTTAATGGTCTTCCTGTCTGGAGGCTGCTAGCTACATACTTGCCTTGGCTAATGAATTCCCACCAATACACTGTTAGTGTACATGGAGCACTGTCTGTCATGGTGTGTGTATTGGAGAGCACGACCACCTCTTTAGTTGGATTAGGTTATGTCTGTATAGAGAAGGTTGTGaggcttccttccctctctccagatCTCTTGCTCTTCctaccttcctcccctccttGAGCCACAGCCAGTCTCTGTCATTAGGCTgaaccacagagacagacaggacccAGCCCCAAGCTTGGCCCCCAGCCACAGCAGCATGGAGTACACCAGGCAGACTGTAAACAGCGTtcaatggggatagctgctgGGCTCCcagtctgcctgtccgtctgtctgtctgctgcagCCTCATTTCCTGAGCAGTAGAGGAGACCCAACCCAGCACCAAAACTATTCCCCCCTGGTCCTGTGGATATCAAGGAGCCTTGTGAAATCTGGCTTTTGTGTTTTGACTGAGTGACAAAGATGTTTTACATGTTGTTTTAATAAAGAGGACCAAGTAGTGtggtttgtttgttgttgtttttttggggactttttatttatttaatgtattttttttgcttGGCTGAAATGTTTCTCCAATTTTTAAAGTTTAAAAGCTGAAACAAAAAGTTTGACACGTGAATGCAATGTTACTCCTGAGTCTTGATGAAATGTAGCTTCCTGCAGAGTTTCTTTCCTAAATGTCAACACATTCTGTGAAATTTCTCCCTGCTTGCATGAATGAAATCTTTTACAATCcaattctttattttattttgaattaaTTAATTCTATTgctcttttttttgtttgtctttttgttgttgttgttgttgttgttgttgttgttgaatataTCTATCTCTTTTCATTCTTCTGTATTACCGGACAGGAGATTTCAGTTCTGCTATAGCTCAACTGCAGCTAGGACCAATACAGACctaccctacctctctctctctctctcttctctacactCCCTCTGTGCTGAAACACAAACTGGCGCTCCTGCTTTAAGTATCCTATTGATCTGTCAGCGTCTGGAGCTCCTCTTAAATAGAgagacgtaaaaaaaaaaaaggacttCAACGTCCGTTTATTTGATTTGGCTGTAACATCATCTAGTGTGTTGCCagtgagatgatgatgatgggggtgGTGATGAAGATCATGACGTTGGGGGTGGTGATGAAGATCATGACGATGGGGGTGGTGATGAAGATCATGACGATGGGGGTGGTGATGAAGATCATGACGTTGGGGGTGGTGATAAAGATCAt
>TU412984
cttcactattattacacaatgtagaaaatagtacaaataaagaaaaacccttgaatgagtcggtgtgtccaaacttttgaccggtagtgtttTGAAAACACATTCCATCTCTAGAATACTGGAGATGTGTGGAACACTTGGCTCTCGCTGTGATTGGCTGCGGTTCAGGTGTAGTGTGAAGTTGTCCCTAGAAGGctaatcttgggtcagttttgcgtTTCCCTCACTTAATGGTTACGGTTGGAAGAGGGCAAGCTGATGGAGAAGCTGAGTGTCCTCCACCTCCTGCTCCTTTAATGGTCTTCCTGTCTGGAGGCTGCTAGCTACATACTTGCCTTGGCTAATGAATTCCCACCAATACACTGTTAGTGTACATGGAGCACTGTCTGTCATGGTGTGTGTATTGGAGAGCACGACCACCTCTTTAGTTGGATTAGGTTATGTCTGTATAGAGAAGGTTGTGaggcttccttccctctctccagatCTCTTGCTCTTCctaccttcctcccctccttGAGCCACAGCCAGTCTCTGTCATTAGGCTgaaccacagagacagacaggacccAGCCCCAAGCTTGGCCCCCAGCCACAGCAGCATGGAGTACACCAGGCAGACTGTAAACAGCGTtcaatggggatagctgctgGGCTCCcagtctgcctgtccgtctgtctgtctgctgcagCCTCATTTCCTGAGCAGTAGAGGAGACCCAACCCAGCACCAAAACTATTCCCCCCTGGTCCTGTGGATATCAAGGAGCCTTGTGAAATCTGGCTTTTGTGTTTTGACTGAGTGACAAAGATGTTTTACATGTTGTTTTAATAAAGAGGACCAAGTAGTGtggtttgtttgttgttgtttttttggggactttttatttatttaatgtattttttttgcttGGCTGAAATGTTTCTCCAATTTTTAAAGTTTAAAAGCTGAAACAAAAAGTTTGACACGTGAATGCAATGTTACTCCTGAGTCTTGATGAAATGTAGCTTCCTGCAGAGTTTCTTTCCTAAATGTCAACACATTCTGTGAAATTTCTCCCTGCTTGCATGAATGAAATCTTTTACAATCcaattctttattttattttgaattaaTTAATTCTATTgctcttttttttgtttgtctttttgttgttgttgttgttgttgttgttgttgttgaatataTCTATCTCTTTTCATTCTTCTGTATTACCGGACAGGAGATTTCAGTTCTGCTATAGCTCAACTGCAGCTAGGACCAATACAGACctaccctacctctctctctctctctcttctctacactCCCTCTGTGCTGAAACACAAACTGGCGCTCCTGCTTTAAGTATCCTATTGATCTGTCAGCGTCTGGAGCTCCTCTTAAATAGAgagacgtaaaaaaaaaaaaggacttCAACGTCCGTTTATTTGATTTGGCTGTAACATCATCTAGTGTGTTGCCagtgagatgatgatgatgggggtgGTGATGAAGATCATGACGTTGGGGGTGGTGATGAAGATCATGACGATGGGGGTGGTGATGAAGATCATGACGTTGGGGGTGGTGATGAAGATCATGACGATGGGGGTGGTGATGAAGATCATGACGTTGGGGGTGGTGATAAAGATCAt

Function

NR:

description
unnamed protein product

GO: NA

KEGG: NA

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TU412982 False 1759 lncRNA 0.43 2 6090821 6092820
TU412983 False 1884 lncRNA 0.43 3 6090821 6092820
TU412986 False 1800 lncRNA 0.43 2 6090821 6092820
TU412981 False 1611 lncRNA 0.43 2 6091128 6092820
TU412984 True 1638 lncRNA 0.43 2 6091128 6092820

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
LOC110523123 LOC106572171 coding downstream 136134 5945164 ~ 5954687 (-)
LOC110524935 rab27b coding downstream 526456 5471029 ~ 5564365 (-)
nars1 sync coding downstream 1442869 4639020 ~ 4647952 (-)
fech fech coding downstream 1452690 4615001 ~ 4638131 (-)
LOC110513199 dcc coding downstream 1673290 3782114 ~ 4417531 (-)
LOC110523124 wdr7 coding upstream 1149 6093969 ~ 6436847 (-)
LOC110524940 LOC106572087 coding upstream 344446 6437266 ~ 6484290 (-)
LOC110523127 LOC106572117 coding upstream 412561 6505381 ~ 6510017 (-)
LOC110524941 LOC106572051 coding upstream 470803 6562531 ~ 6726634 (-)
LOC110523129 NA coding upstream 662933 6755753 ~ 6763633 (-)
G363287 NA non-coding downstream 47739 6020382 ~ 6043082 (-)
G361763 NA non-coding downstream 105118 5985362 ~ 5985703 (-)
G361755 NA non-coding downstream 111750 5978478 ~ 5979071 (-)
G361750 NA non-coding downstream 128869 5961751 ~ 5961952 (-)
G361719 NA non-coding downstream 146031 5899369 ~ 5944790 (-)
G363317 NA non-coding upstream 14172 6106992 ~ 6111412 (-)
G363322 NA non-coding upstream 32805 6125625 ~ 6126067 (-)
G363346 NA non-coding upstream 89544 6182364 ~ 6182861 (-)
G363357 NA non-coding upstream 102619 6195439 ~ 6196151 (-)
G363360 NA non-coding upstream 108909 6201729 ~ 6202000 (-)
G361170 NA other downstream 1008953 5080578 ~ 5081868 (-)
G360703 NA other downstream 1351119 4738312 ~ 4739702 (-)
G360610 NA other downstream 1539894 4550346 ~ 4550927 (-)
G360532 NA other downstream 1790796 4299392 ~ 4300025 (-)
G363470 LOC106572095 other upstream 450855 6543675 ~ 6554715 (-)
G364322 NA other upstream 2210447 8303267 ~ 8304183 (-)
G364754 NA other upstream 2954722 9047542 ~ 9099000 (-)
G365752 NA other upstream 3096849 9189669 ~ 9190098 (-)

Expression


Co-expression Network