G363605


Basic Information

Item Value
gene id G363605
gene name NA
gene type non-coding
species rainbow trout (Oncorhynchus mykiss)
category of species economic fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_048569.1
NCBI id CM023223.2
chromosome length 100798064
location 6828077 ~ 6830288 (-)
genome version USDA_OmykA_1.1_2020_rainbow_trout_Genome

Sequence

>TU413352
ATATAAAACAATGCTGGCAATATACTGTCCGGTATTAGAATGATTTTGAACAATTCACTTGTTGAattggctctattatattatgacagaccagctggatctactgtctctattatattatgacagaccagctagatctactgtctctattataatgtgacagaccagctagatctactgtctctattataatgacagaccagctagatctactgtctctattatattatgacagaccagctagatctactgtctctattatattatgacagaccagctagatctactgtctctattataatatgacagaccagctagatccactgtctctattatattatgacagaccagctagatctactgtctctattataatatgacagaccagctagatccactgtctctattatattatgacagaccagctagatccactgtctctatgtctctattatattatgacagaccagctagatctactgtctctattataatctgacagaccagctagatctactgtctctattataatctgacagaccagctagatctactgtctctattataatctgacagaccagctagatctactgtctctattataatatgacagaccagctagatccactgtctctattatattatgacagaccagctagatccactgtctctatgtctctattatattatgacagaccagctagatctactgtctctattataatctgacagaccagctagatctactgtctctattatattatgacagaccagctagatctactgtctctattataatatgacagaccagctagatctattgtctctattatattatgacagaccagctagatctactgtctctattataatatgacagaccagctagatctattgcctctattataatatgacagaccagctagatctactgtctctattataatctgacagaccagctagatctactgtctctattatattatgacagaccagctagatctactgtctctattataatatgacagaccagctagatctactgtctctattatattatgacagaccagctagatccactgtctctattataatctaacagaccagctagatctactgtctctattatattatgacagaccagctagatccactgtctctattataatctaacagaccagctagatctactgtctctattatattatgacagaccagctagatctactgtctctattatgttatgtcagaccagctagatctactgtctctattatattatgtcagaccagctagatctactgtctctgtctctattatattatgacagaccagctagatctactgtctctattatattatgacagaccagctagatccactgtctctattatattatgacagaccagctagatccactgtctctattatattatgacagaccagctagatccactgtctctattatattatgacagaccagctagatccactgtctctattatattatgacaggccagctagatctactgtctctattatattatgtcagaccagctagatctactgtctctgtctctattatattatgacagaccagctagatctactgtctctatgtctctattatattatgacagaccagctagatctactgtctctattataatatgacagaccagctagatctactgtctctattataaaatgacagaccagctagatctactgtctctatgtctctattataatatgacagaccagctagatctactgtctctattatattatgacagaccagctagatctactgtctctattataatctgacagaccagctagatctactgtctctattataatctgacagaccagctagatctactgtctctattatattatgacagaccagctagatctactgtctctattatattatgacagaccagctagatccactgtctctattatattatgacagaccaactggatccattgtctctattatattatgacagaccagctagatccactgtctctattataatctgacagaccagctagatcg
>TU413353
ATATAAAACAATGCTGGCAATATACTGTCCGGTATTAGAATGATTTTGAACAATTCACTTGTTGAattggctctattatattatgacagaccagctggatctactgtctctattatattatgacagaccagctagatctactgtctctattataatgacagaccagctagatctactgtctctattatattatgacagaccagctagatctactgtctctattatattatgacagaccagctagatctactgtctctattataatgacagaccagctagatctactgtctctattatattatgacagaccagctagatctactgtctctattataatgacagaccagctagatctactgtctctattatattatgacagaccagctagatctactgtctctattatattatgacagaccagctagatctactgtctctattataatatgacagaccagctagatccactgtctctattatattatgacagaccagctagatctactgtctctattataatatgacagaccagctagatccactgtctctattatattatgacagaccagctagatccactgtctctatgtctctattatattatgacagaccagctagatctactgtctctattataatctgacagaccagctagatctactgtctctattataatctgacagaccagctagatctactgtctctattataatctgacagaccagctagatccactgtctctattatattatgacagaccagctagatccactgtctctattatattatgacagaccagctagatccactgtctctattatattatgacagaccagctagatccactgtctctattatattatgacaggccagctagatctactgtctctattatattatgtcagaccagctagatctactgtctctgtctctattatattatgacagaccagctagatctactgtctctatgtctctattatattatgacagaccagctagatctactgtctctattataatatgacagaccagctagatctactgtctctattataaaatgacagaccagctagatctactgtctctatgtctctattataatatgacagaccagctagatctactgtctctattatattatgacagaccagctagatctactgtctctattataatctgacagaccagctagatctactgtctctattataatctgacagaccagctagatctactgtctctattatattatgacagaccagctagatctactgtctctattatattatgacagaccagctagatccactgtctctattatattatgacagaccaactggatccattgtctctattatattatgacagaccagctagatccactgtctctattataatctgacagaccagctagatcg
>TU413354
ATATAAAACAATGCTGGCAATATACTGTCCGGTATTAGAATGATTTTGAACAATTCACTTGTTGAattggctctattatattatgacagaccagctggatctactgtctctattatattatgacagaccagctagatctactgtctctattataatgacagaccagctagatctactgtctctattatattatgacagaccagctagatctactgtctctattatattatgacagaccagctagatctactgtctctattataatgacagaccagctagatctactgtctctattatattatgacagaccagctagatctactgtctctattataatgacagaccagctagatctactgtctctattatattatgacagaccagctagatctactgtctctattatattatgacagaccagctagatctactgtctctattataatatgacagaccagctagatccactgtctctattatattatgacagaccagctagatctactgtctctattataatatgacagaccagctagatccactgtctctattatattatgacagaccagctagatccactgtctctatgtctctattatattatgacagaccagctagatctactgtctctattataatctgacagaccagctagatctactgtctctattataatctgacagaccagctagatctactgtctctattataatctgacagaccagctagatctactgtctctattataatatgacagaccagctagatccactgtctctattatattatgacagaccagctagatccactgtctctatgtctctattatattatgacagaccagctagatctactgtctctattataatctgacagaccagctagatctactgtctctattatattatgacagaccagctagatctactgtctctattataatatgacagaccagctagatctattgtctctattatattatgacagaccagctagatctactgtctctattatattatgacagaccagctagatctactgtctctattatattatgacagaccagctagatccactgtctctattatattatgacagaccagctagatccactgtctctattatattatgacagaccagctagatccactgtctctattatattatgacagaccagctagatccactgtctctattatattatgacagaccagctagatctactgtctctatgtctctattatattatgacagaccagctagatctactgtctctattataatatgacagaccagctagatctactgtctctattataaaatgacagaccagctagatctactgtctctatgtctctattataatatgacagaccagctagatctactgtctctattatattatgacagaccagctagatctactgtctctattataatctgacagaccagctagatctactgtctctattataatctgacagaccagctagatctactgtctctattatattatgacagaccagctagatctactgtctctattatattatgacagaccagctagatccactgtctctattatattatgacagaccaactggatccattgtctctattatattatgacagaccagctagatccactgtctctattataatctgacagaccagctagatcg
>TU413355
ATATAAAACAATGCTGGCAATATACTGTCCGGTATTAGAATGATTTTGAACAATTCACTTGTTGAattggctctattatattatgacagaccagctggatctactgtctctattatattatgacagaccagctagatctactgtctctattataatgacagaccagctagatctactgtctctattatattatgacagaccagctagatctactgtctctattatattatgacagaccagctagatctactgtctctattataatgacagaccagctagatctactgtctctattatattatgacagaccagctagatctactgtctctattataatgacagaccagctagatctactgtctctattatattatgacagaccagctagatctactgtctctattatattatgacagaccagctagatctactgtctctattataatatgacagaccagctagatccactgtctctattatattatgacagaccagctagatctactgtctctattataatatgacagaccagctagatccactgtctctattatattatgacagaccagctagatccactgtctctatgtctctattatattatgacagaccagctagatctactgtctctattataatctgacagaccagctagatctactgtctctattataatctgacagaccagctagatctactgtctctattataatctgacagaccagctagatctactgtctctattatattatgacagaccagctagatctactgtctctattatattatgacagaccagctagatccactgtctctattatattatgacagaccagctagatccactgtctctattatattatgacagaccagctagatccactgtctctattatattatgacagaccagctagatccactgtctctattatattatgacagaccagctagatctactgtctctatgtctctattataatatgacagaccagctagatctactgtctctattatattatgacagaccagctagatctactgtctctattataatctgacagaccagctagatctactgtctctattataatctgacagaccagctagatctactgtctctattatattatgacagaccagctagatctactgtctctattatattatgacagaccagctagatccactgtctctattatattatgacagaccaactggatccattgtctctattatattatgacagaccagctagatccactgtctctattataatctgacagaccagctagatcg
>TU413356
ATATAAAACAATGCTGGCAATATACTGTCCGGTATTAGAATGATTTTGAACAATTCACTTGTTGAattggctctattatattatgacagaccagctggatctactgtctctattatattatgacagaccagctagatctactgtctctattataatgacagaccagctagatctactgtctctattatattatgacagaccagctagatctactgtctctattatattatgacagaccagctagatctactgtctctattataatgacagaccagctagatctactgtctctattatattatgacagaccagctagatctactgtctctattataatgacagaccagctagatctactgtctctattatattatgacagaccagctagatctactgtctctattatattatgacagaccagctagatctactgtctctattataatatgacagaccagctagatccactgtctctattatattatgacagaccagctagatctactgtctctattatattatgtcagaccagctagatctactgtctctgtctctattatattatgacagaccagctagatctactgtctctatgtctctattatattatgacagaccagctagatctactgtctctattataatatgacagaccagctagatctactgtctctattataaaatgacagaccagctagatctactgtctctatgtctctattataatatgacagaccagctagatctactgtctctattatattatgacagaccagctagatctactgtctctattataatctgacagaccagctagatctactgtctctattataatctgacagaccagctagatctactgtctctattatattatgacagaccagctagatctactgtctctattatattatgacagaccagctagatccactgtctctattatattatgacagaccaactggatccattgtctctattatattatgacagaccagctagatccactgtctctattataatctgacagaccagctagatcg

Function

GO: NA

KEGG: NA

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TU413352 False 2068 lncRNA 0.36 2 6828077 6830288
TU413353 False 1421 lncRNA 0.36 2 6828077 6830288
TU413354 False 1682 lncRNA 0.36 3 6828077 6830288
TU413355 False 1296 lncRNA 0.36 3 6828077 6830288
TU413356 True 1043 lncRNA 0.36 2 6828077 6830288

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
LOC110523129 NA coding downstream 64444 6755753 ~ 6763633 (-)
LOC110524941 LOC106572051 coding downstream 101443 6562531 ~ 6726634 (-)
LOC110523127 LOC106572117 coding downstream 318060 6505381 ~ 6510017 (-)
LOC110524940 LOC106572087 coding downstream 343787 6437266 ~ 6484290 (-)
LOC110523124 wdr7 coding downstream 391230 6093969 ~ 6436847 (-)
LOC110523130 ralgps1 coding upstream 37590 6867878 ~ 7163472 (-)
LOC118964555 NA coding upstream 45028 6875316 ~ 6875924 (-)
LOC110523134 zbtb43 coding upstream 357610 7187898 ~ 7194434 (-)
LOC110523135 lmx1b coding upstream 442030 7272318 ~ 7367797 (-)
mvb12ba mvb12b coding upstream 564525 7394813 ~ 7436919 (-)
G363581 NA non-coding downstream 75176 6752412 ~ 6752901 (-)
G363565 NA non-coding downstream 111771 6715889 ~ 6716306 (-)
G363559 NA non-coding downstream 133623 6693124 ~ 6694454 (-)
G363550 NA non-coding downstream 152106 6674842 ~ 6675971 (-)
G363515 NA non-coding downstream 252829 6573408 ~ 6575248 (-)
G363586 NA non-coding upstream 34601 6864889 ~ 6867211 (-)
G363630 NA non-coding upstream 68622 6898910 ~ 6905010 (-)
G363631 NA non-coding upstream 70169 6900457 ~ 6903083 (-)
G363632 NA non-coding upstream 74217 6904505 ~ 6907292 (-)
G363638 NA non-coding upstream 84921 6915209 ~ 6915564 (-)
G363470 LOC106572095 other downstream 273362 6543675 ~ 6554715 (-)
LOC110523123 LOC106572171 other downstream 873826 5945164 ~ 5954687 (-)
G361170 NA other downstream 1746209 5080578 ~ 5081868 (-)
G360703 NA other downstream 2088375 4738312 ~ 4739702 (-)
G364322 NA other upstream 1472979 8303267 ~ 8304183 (-)
G364754 NA other upstream 2217254 9047542 ~ 9099000 (-)
G365752 NA other upstream 2359381 9189669 ~ 9190098 (-)
G368612 ctxn3 other upstream 5303764 12134052 ~ 12136790 (-)
G368921 NA other upstream 5875278 12705566 ~ 12706092 (-)

Expression


Co-expression Network