XLOC_023381


Basic Information

Item Value
gene id XLOC_023381
gene name NA
gene type non-coding
species zebrafish (Danio rerio)
category of species model fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007135.7
NCBI id CM002908.2
chromosome length 42172926
location 17409308 ~ 17413946 (-)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome

Sequence

>TCONS_00046230
TCTTCTGTCTGCAGCGGCGGCGGAGACAAGAGAAAACAGACATCAGCGTCGCGCAGCGCAACCTTACAAACTGtcagcgtggatggataaataaataagaccattttaaaacaaaaaatgcacatcaagaaggtcgctggttcgagtctcggctgggttagttggcatttctgtgtagagtttgcatgctctctccatgttggcgtgagtttcctccaggtgctccggtttcccccacaagtccaaagacatgcggtacagATATCCTGTGGTGTGAGGCTGCAGTAACCCTGGAATCAGCCTGATTTGTTTCAAATTAAACACAAGAAATTTGTTCAACTAATGCATAATGCCACGATCTGCTGAACTTCCAGAGGAGTTCAAAGAACAGATTGTTATGTACCATAAGGCAGGTAAGGGATACAAATCTATATCAAAGATCACTGGACTGCACCAATCTACAATCAGATCCATAATCCGCAAATGGAAAATGCTTGGAACCGTGATGAATCGTCCCAGGAGTGGTCGACCGACTAAAATCTCTCCGAAGATGCAACGTAAAATCATAAAGGAAGTCGCAAAAAAACCTGAGATAACGTTGGAAGAGCTGCAGACTTGTCTTGCTATAGCAAAAGTCAATGTTCACAAATCTACGATCAGGAGGAGATTGGACCAAATCAAACTTCGAGAGATGGTAGCAAAGCGAAGGAACAAGAAATCAAATGCTCATCTTCGATTTGAGAAACACGCTCAAGTTTTTGAACGAAGTTGTGTAAAGACAGAAGTAGCAGAAGTGGAGGTTTCTGTTTAAAACAAATAGGTTTACAACAATTCACACTACAAACACAATGAATTCTTAACTCTTCATGTTGTCCGCATTTTAATCATGCATTTAACTCAATTTAAGGTTAATTTATCAGTGATTTTCTTACAACAACTTGAGGACAGTTTCAGTAGACTGACAACAATATGGTAACAATGGCCACTATGTTGAATTCCAAATATTTATTGCTTGATGATATAACTAACTAATACAAGATGGCTAACAGTCATGTGCTGAATGTGCTCACCTCAAAGTCCTGACTGAAATGCCATTGGCGAGAActgcaaaaactccaaaaatggTCCAGAATGGTCATACATACAGACAATCATtactttaagtacatttttacccATTGCTTTTCAGTCTacactttatttttgttaaattaataatgaCACAGTATGAGATGGCATGTGGTCTTCATTTGAGGtttatttaacagattttaaAACCTACCAAGGACCATATAGTTATATTATTATGTCCTGATACTAAAAAAAGCATGTAACTTTTTCACATGACTGTGTCGGCCACTCTCATATCAGTATCCAGAATGTCGTGAACGTCCTTGTAACTGTTTGCTGAAGCTGTGGATTCAGGGTAATGATGTTCAGTTTCTTTAATTTCACTTCAGAAGACTTCAATAAATTGTTCTACTGAAAAAAGTCA
>TCONS_00046229
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>TCONS_00047173
CTCGCTCTACGGAACTCTCTTCTGTCTGCAGCGGCGGCGGAGACAAGAGAAAACAGACATCAGCGTCGCGCAGCGCAACCTTACAAACTGGTAAGACTCCAATATGTGTCAGTCACTCTTACTGTACTACATAAACATATTGGTGTTTGTCCAGTGGCACACTACGTCAGGCTGAAGGAATTTctgtaaaaataatgtaatttgttGCTTTTCACTGTTTACTTTGCATCAATATGCCCCAAATCTTCTCTTCAAGTGCAagttttaatgaattattataattataatgtattgACCCAGTTCACAGTGATTCAAATGAAGAAGTGGGATTTATTTGACCATTTTCTTTGTCTTGATTACTTTGGAATCATGAAAGGTCTGTTTTACATTAGCCTCAGtgtgaatattttaaaacattatttcccTTTcggtgttttttattattatttgttgatgtGTCAGGCGTGAATAGTCAGATTTCTTTATGTACAATCTTATCATATTTCCCTCTTTGAAATGGTTTtgtgcattaaaatatttgtatttgtttttagtcagcgtggatggataaataaataagaccattttaaaacaaaaaatgcacatcaagaaggtcgctggttcgagtctcggctgggttagttggcatttctgtgtagagtttgcatgctctctccatgttggcgtgagtttcctccaggtgctccggtttcccccacaagtccaaagacatgcggtacaggtgagctAAAttatccaatagtatctggatgcagcctttatgatgcaagctgagattgtatCACTCACTATGTGTGAATaggagtgtatagatgtttcccagtgatgggttgcagctggaagggcatccgctgtgtaaaacatatattggataagttgtcagttcattctgttgtggcaaccccagattaataaagggaataagccgaaaataaaatgattgaatgaatgattggggAGATTTTGTAAgagtatgtataataataataaatgaattgataGCAGGTGGCGCAGTAAGTACTGCTGTtttctcaaagcaagaaggtcactggttcgagccttggttgggtcagttggcatttctgtgtggagtttgcatgttttccctgtgtttgcatgggtttcctccgggtgccctggtttcccccacagtccaaagacatgcggtacaggtgaattggataggctaaattgtctgtaatgtatgagtgtgtatggatgagttccccagagatgagttgcagctggaagggcatctgctgcgtaaaacatttgctggataagttggtggttaattccgctgtggcgacgccagATTAAGAGATTaggccgaaaagagaatgaatgaatgaatgaatgaatgaatgaatgaatgaattgtaagcaaaaattattacaatagaGAAGCAAAACCGTAAACATAAACAGTACTTTGTGGTTTTcagtctacactacctgacaaaagtcttgtcgtcgatctcagttgtaacagcaacaaataataacttgacttctacttgatcatttggaaaagtgacataAGGTagttttttcagatgaatcacctgggcccggtttttcaaaaggtttaattcagataaaattgatccggatttagtcatcctgtttttgcgatccgtgatcacttaatccagcttactttttgagccagtttttcaaagcaacattaaaatggatcaatctgatccgcaTAGGAaattttcaggatcactaaatctggattaccagtgctcaatcacaatgaAGATGGATAGACAGGCCTAAGGCCTATGTatagagcaacaagtagaatagccagtgtggggtaaatataactttatttttatttaaaatgaaaacacacacatttaaaaaataataataaaataaaaacaataaaaaccccaccccatcctcttccagcagtccgctcatctgagacctacaacacaaaaacTGTACATTGaggtatttataataagtttcaaatatagatgtaaataaatgatgaaaaaaaaaattgatgaatTGAAGAAtattgaactctgggagtcctgcattcTGAATGACCTTATTAATAagctatttgagtcattgcagaggtgAATGGATGCAGTCCTACAAggtcatgggagtcatacacaatatctgttctttctccactgcaccatgactttatattctatactgtacattatttatttaacaagtgACAAGAtgtttgtcttagcaaagtcagaccttactgtcctaattgaataattaaaaatcaaggcatgatcatattttattttggtaaaataagtccTTCAtacctttcatattagccacttctgacactgaatgatcaactagaagtcaagttattatccaTTGCTCCTAAAACtaggataggcgacaagacttttgtcagataatgTAGAGTTTAACAGTATTCTGGTACAGAAAgtgaacaataaaatgtaaagtatCACTTTATAGTGTTCATTGTTTTAATATATCAGTAAAattattcttcattaaagttacaacTGTTCTTTTTTGTACCTATATGCTTTGAACTCTCTTGAattgcctttaaaacacatgtaaatgatcaagtttcactctgttatggttatactttgcaatgactcctCTAATCTCATGTATTCTGAACTGTTaagctgatcaactataatccaaactcaacattgcatatcctacGATGTCACTGACCCTCATAttacgatatcgatgctgaaattatatattgtgcagcgctaAAATAAACCATCTGCTGTACGTCAGGGTAACCTATTCAAATTTTGTTTTAGTGTAACTCATTGATTCAGTCAACAGAGATTTAATGCAAAAGTAAAGAAAATGACTCACTTTATTGTCTTTTTAcactttgtaaacatttttacatGTGTAATCTTAAGTTTGAACAATTTGTTtagtcttttttcattttttggtttaGTGAAAATTAAACCCATTATTTCACCACAACAAGTAATACAGTGACCAGACAGAACTGTATTACAATTGGTTGATAATAATTTGCCATAAATAGCCTCTGACCCTAATGAATGCGTGTTTTCAGGTCAGAGAGTCCAGCCTTGAACTAATACGGTTAAAGGTGACAAACAGTTTAGAAGGCACAATCTGTTTTCAGCGTAATAATCATTATTACTACTATAAGATACTAGATGGAAAGTTAATACAAAGCATGTAATGTGATGTTGTGAGCCAGTCAGTGTCCTCTTCAACTATTAAATGTGTCACTATAAGCTGGGCTGATTCTGACACTTGTTTATTTCCCCTGCagtaaaattgcaaaaataaaaactgttataGTAATTTGTTACTATACGGTTTCTGTTATTTGCTCTCTTTCAGATATCCTGTGGTGTGAGGCTGCAGTAACCCTGGAATCAGCCTGATTTGTTTCAAATTAAACACAAGAAATTTGTTCAACTAATGCATAATGCCACGATCTGCTGAACTTCCAGAGGAGTTCAAAGAACAGATTGTTATGTACCATAAGGCAGGTAAGGGATACAAATCTATATCAAAGATCACTGGACTGCACCAATCTACAATCAGATCCATAATCCGCAAATGGAAAATGCTTGGAACCGTGATGAATCGTCCCAGGAGTGGTCGACCGACTAAAATCTCTCCGAAGATGCAACGTAAAATCATAAAGGAAGTCGCAAAAAAACCTGAGATAACGTTGGAAGAGCTGCAGACTTGTCTTGCTATAGCAAAAGTCAATGTTCACAAATCTACGATCAGGAGGAGATTGGACCAAATCAAACTTCGAGAGATGGTAGCAAAGCGAAGGAACAAGAAATCAAATGCTCATCTTCGATTTGAGAAACACGCTCAAGTTTTTGAACGAAGTTGTGTAAAGACAGAAGTAGCAGAAGTGGAGGTTTCTGTTTAAAACAAATAGGTTTACAACAATTCACACTACAAACACAATGAATTCTTAACTCTTCATGTTGTCCGCATTTTAATCATGCATTTAACTCAATTTAAGGTTAATTTATCAGTGATTTTCTTACAACAACTTGAGGACAGTTTCAGTAGACTGACAACAATATGGTAACAATGGCCACTATGTTGAATTCCAAATATTTATTGCTTGATGATATAACTAACTAATACAAGATGGCTAACAGTCATGTGCTGAATGTGCTCACCTCAAAGTCCTGACTGAAATGCCATTGGCGAGAActgcaaaaactccaaaaatggTCCAGAATGGTCATACATACAGACAATCATtactttaagtacatttttacccATTGCTTTTCAGTCTacactttatttttgttaaattaataatgaCACAGTATGAGATGGCATGTGGTCTTCATTTGAGGtttatttaacagattttaaAACCTACCAAGGACCATATAGTTATATTATTATGTCCTGATACTAAAAAAAGCATGTAACTTTTTCACATGACTGTGTCGGCCACTCTCATATCAGTATCCAGAATGTCGTGAACGTCCTTGTAACTGTTTGCTGAAGCTGTGGATTCAGGGTAATGATGTTCAGTTTCTTTAATTTCACTTCAGAAGACTTCAATAAATTGTTCTACTGAAAAAAGTCA

Function

GO: NA

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TCONS_00046230 False 1495 lncRNA 0.39 3 17409308 17413929
TCONS_00046229 False 1314 lncRNA 0.38 2 17409308 17413936
TCONS_00047173 True 4639 lncRNA 0.36 1 17409308 17413946

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
XLOC_023380 NA coding downstream 2825 17403470 ~ 17406483 (-)
XLOC_023379 cul1b coding downstream 8836 17364745 ~ 17400472 (-)
XLOC_023378 NA coding downstream 173108 17233526 ~ 17236200 (-)
XLOC_023377 CR376737.1 coding downstream 270194 17136749 ~ 17139114 (-)
XLOC_023376 NA coding downstream 282322 17124410 ~ 17126986 (-)
XLOC_023382 cntnap2a coding upstream 3204 17417150 ~ 18179535 (-)
XLOC_023383 CR376742.1 coding upstream 132807 17546753 ~ 17546869 (-)
XLOC_023384 NA coding upstream 607628 18021574 ~ 18022214 (-)
XLOC_023385 sec61g coding upstream 1030243 18444189 ~ 18446604 (-)
XLOC_023386 zgc:112332 coding upstream 1034162 18448108 ~ 18467064 (-)
XLOC_023665 dre-mir-735 misc upstream 20764015 38177961 ~ 38178027 (-)
XLOC_023368 CR354550.1 non-coding downstream 854325 16554869 ~ 16554983 (-)
XLOC_023390 CR376786.1 non-coding upstream 1211306 18625252 ~ 18625367 (-)
XLOC_023393 CR384092.1 non-coding upstream 1874708 19288654 ~ 19288768 (-)
XLOC_023395 NA non-coding upstream 2544970 19958916 ~ 19962882 (-)

Expression


Co-expression Network