XLOC_023433 (c1qtnf9)


Basic Information

Item Value
gene id XLOC_023433
gene name c1qtnf9
gene type coding
species zebrafish (Danio rerio)
category of species model fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007135.7
NCBI id CM002908.2
chromosome length 42172926
location 21905717 ~ 21914276 (-)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome

Sequence

>TCONS_00046348
acaaaagtagatcttttgaaaaatgttagaaaggAAACCAGTGTCAagtgatttccatagtattttttttcctatCAGGGATACCAATGTGTTTCCACATTATTCAAAATAACATCAGAAAACATAAAACTCACAAACATTTAAATCCAAATTTTGGGTGCAAACTCTCCCTTTAAAATGACCTATATATTCTAAAGCTGCTTTATACTGTATGGTGTTGTACAGCTCTGTCATATGCACTCTTATATAGGCATAGAAAccttttaactttaattgaaatCTTTATGTTTCAGTGTGGGAGGCAGACAAGACATATTTCAAACGCTTAAAGCCAAATGGAACAGCACTCGTAAGGTCAAGCGCTGGGATGCGTTGGATTGCATTTGCAGTGTCACTGAAGTGGAAATTTAATCAAGAGGAGCTGCATGGGACCATATGGACTAAGCAGCGATGCTCTTTAGACCGACTTTATGGATGTTCGGTAACATTTCTAAAGCGACCAAATCAATATTGACAAATTAAATCAAAAGATGCAATGGGCCGAATGCAACAGACTGGCTTTCAGTTTAACATTAAGCTTTACTCCGCAGTGGAATGAATGTAAATGGCTTTTGTTTGCAAGAGCATGCTAATATGGGTTGTGCAGTAGCATGTTTTAGGTTGATTATTATCTAAACTGAAATACAAAAAGGAATATAAATAGAGGACACAGGTGATGTGTAACGCATTTGGGTACAATAAGTAATCTTAACAATGACTTTCTGACCAATGAAATAACAGGTTTGGAGTCTGACAAATCTTCAAATATGCACATTATGCGTCCCTGAACACCATTTTTGGACTCTAGTGGTGAAGGTGCTTAGGAAAACCATGCTCTGTCCCAGACTCATCTGTACGCTTTTTCTAGTTGTGTTGGTCAATGCTGCAGAACAGAGTGCTTCTGACAAAAGTCCCGGTTGTGTTTGTGGTCACCCCGGCATTCCTGGAGACCCGGGACACAATGGAATGCCAGGTCGTGATGGCAGAGATGGGGCCAGAGGTGACAAAGGAGATAGAGGTGATATAGGAACATGCGGTGATGTTGGTAAACCGGGGCTGAAAGGAGATAAAGGAGATTCTGGTATTGCAGGCATAACTGGTCCAAAGGGCAAACGTGGAGATACTGGGGAACGGGGCCCACCTGGCAAAATGGGACCCCAAGGCTTTGCAGGGCCACTGGGATTAAAAGGTCAGAAGGGAGAACTTGGTATTCCAGGACCACAAGGCATAAAAGGAGATGTCGGTCCAGTAGGCCCTGAAGGACCACAAGGAGACATCGGCAATAAAGGAGACAAGGGCATACAGGGTCCATTGGGGCCTCCCGGACGACCAGGCCCAAAAGGTGAGATCGGACAACCAGGTAATAAAGGCAGCATTGGTGTTCGTGGTGAAAGGGGGTCAAAAGGAGACATGGGAGAGCAAGGTCCAAAGGGGGACATGCCAGAGATACCAAAAAGTGCCTTCTCAGCCAGATTAAGCGACAGCACCAAATTACCAGCCGCTAATGCTCCAATTCGATTTGATAGAGTCCTCTATAACAGTCAAGGTCACTATGATCCTGAAACGGGACGCTTCACGTGTGCCATCAGGGGAGCGTATTTTTTCACCTACCATATCACTGTCTTCTCTCGCAACGTGAAAGTGGTGCTGATGAAGAACGGTCAGCGAGTCATCTACACTATGGACAGCTACCAAGGTGGTGAGGACCAGGCTTCTGGTGGGACCGTCCTGGAACTGGAAGTAGGCGACAAAGTGTGGTTGCAAGTGGCTGATAGACAGCTATACAATGGGTTGTATGCAGACGATGATGATGATACAGTTTTTTCTGGATTTCTTCTTTTCGCAAGCTAAAGATCCTGCCTGAAGTCGTGCAAATAACAGGAAGAAAAtggataacactttacaataacagtacatgagtAATGATGTACTAATATGCAATCTaagaaacagaaatgtgcgcacatctaggaTTCTCAAAGGCATGTGCTCAATCAAaaacacagtggcaaaagttcaaaagaaaatcagcacactgccactttagctcttcTAAAATATATACCTTAACAACATTTCGACCTACATGGGCTTCATCAGGAGAAGCTAAGTCAACCTGATGAAGGttaacctgatgaagaccatgtaggTCGAAACGTtgttacattaaaaatgttttgagagctaaagtggcagtgtacTGATTTTCTTCAGATCTTTAGCCACTttgttaatatgcaaaataaaaaatattatgaaataatgaTGCGTTAATGTATGCGcgaatcatgaactaacttttaacttttgtttttaagtaatgtattaattaacattaaagtttaagctaaatgtatgaactcatgagctgttaatgtataattatgtcatgacattacttaaagggcacatcatcattaactcatTCTTAACTATTGTTATTtatagggttgtcacgatactggaattcgataccaattggTACTTTTATTTTTCAATCGTCAATTTCCTGTGAACATTTGAGCGcattcttaaacagtgctgaattgccattaggcatgggctggtataagattatAAGGGTATGATATCCTTGGATAAAATAATGATGGTTTCACGGTATCACggtgttgtgattactgctctaatatatattctttttaaatgtctgggtactaaacaaaacaaaaaaatcctctttgaaaacaatatattttatttttaaaagatttataatattttggagcagtaaacatgacaggctaaataatacaaatgaattagtgacttctgctgtcttcattagtttcaaaaacacagatttctttacaatttaaaacagcatcttcggatatattttctgctggagatactgttggactaaaaaaaacttttacacataccttaggaatggtattagaGAAAATCTTGGTTGTTTTAAAACCCTAACTTTTCCAGACCggggtataccttgaaaacggttatcgtcccatgcgtATTTGCCATTGtattcacgtgctcaacagaaatgactgtgattggccgcgAAGATCATCAGTTCTctgaactcaccactgtttactgagtttAACCACTGGAACAGGGACACTGCAGCGTTTTAaatgtcgatcagctggtttgtgtaTAAGTTGACAAACGAGTGATCTGCTGATAAATCgcggctttaaaacactccagtgtccctgtatctgtgattacactcagtaaacagtggtaggtttagtgaactgatgaccttcaagcCCAATCACAGTGTTttttgttgagcatgtgaactaaatggcaaatcagtgctgtttacaAACGTGCTctacagcaataaaactttagcTGAAAATGGATATTTTAAAATTTCGTTACCGATTGGTATCAACTTCCAGTATAGTGACAGCCCTAGTTATTTAGTATAAACGCACTAGTTGGACATGCATaaagagttcatgagtagttaataatgggttaatgatgatgtgcccctccaagtaaagtcatgacatcaATCTACATTAtcatatcatgagttcatgatggttaaattaagcataaactaaggTGGTAatcaatacattaattaacaaacaagcatGTAAAGTAGCCGTTATTCACGCAAAAACTTTTGTGACTCATGTTgttgttaaagttagttcatgattagcgcacGTATTAACTTATCATTAGTTTATGATAAAGTCttcagtttacatattaatacatcattattcatgtaccattattgtaaagtgttaccagaaaatGTTCAAAATCAAGAACAAAGCATAAATTTAGAgttgtaatgaaaaataaatgaaatcttcTGTTGTAAATGAGATTGAGAGAGTGTTTTTGCTAATTAAAGCATCACTATTATATTCAGTCAAAATGTATATATCAGTTATGTAATTGAATACAATTTAAGTTGAAAAGACTCAATAGGAAACAATGGTGTCATTATTCTGCTCAATTGGGGTTCCATGATGACAACAGTGCACTAAAAAAGGAAATAATAGAAGTTTTACCTTTGTTGTTTTGAAAAGGTTTGCATACAGACAGCATTGTCAGATAGACCCTGTTCACATGTATCAGCAATGATCATTTGTTAGGACAGAAATTCTCATAAGGCATGAAGTACAATTGATTAAAACTGTTGATCATATTGATGGATATGACTTTAAGGCAAAACACTGCAAGTGAACAGGGAAAAGCTAGCTAGCTTATAGATAACctacaaaagccaaaaaaaaaaaaaaaagatttcagttgaagtcagaattattagcccacctttgatttttttttcttaaatatttcccaaaattatcagccccttaaaactatatatatttttgatagaacaaactatcgttatacaataacttgcctaattaccctgcctagttagccttattaacctagctaagcctttaatgtcactttaagctgtatagaagagtctcgaaaaatatctagtcaaatattatttactgtcatcatggcaaagacaaaataaatcaattattagaaatgagttattaaagctattttatagaaatgtgtttaaaaaaaaaaatctgctctctgttaaacagaaattgtaaaaaaaaaataaacaggggggctaataattctgacttcgactgtatttGGAGGATTTGAATGTATGCTCAAATCTGTACTcttgaattatttaataattacatttattattctcATAATCTTggtcatatatttattaaatgctaCACTATTATCATGTGGCCAGTAGTAGCCAGCTAGAACGTGCAAATTCCTAGCACTTAACTAAATtacagttaaagggatagttcaccatcAGGGGAGCACAGGGCATAAAGTAACATGGAGTAAAATGTAGTTTTAATGAATTTTCT
>TCONS_00046349
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Function

symbol description
c1qtnf9 Predicted to be located in extracellular region. Orthologous to several human genes including C1QTNF9 (C1q and TNF related 9).

GO:

id name namespace
GO:0005576 extracellular region cellular_component
GO:0005581 collagen trimer cellular_component
GO:0003674 molecular_function molecular_function

KEGG:

id description
ko04990 Domain-containing proteins not elsewhere classified

ZFIN:

id description
ZDB-GENE-080303-33 Predicted to be located in extracellular region. Orthologous to several human genes including C1QTNF9 (C1q and TNF related 9).

Ensembl:

ensembl_id ENSDARG00000058318

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TCONS_00046348 False 4946 mRNA 0.37 3 21905717 21914276
TCONS_00046349 True 2774 mRNA 0.40 5 21906782 21913426

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
XLOC_023432 spata13 coding downstream 2129 21863935 ~ 21903588 (-)
XLOC_023431 CR352265.3 coding downstream 57772 21841238 ~ 21847945 (-)
XLOC_023430 CR352265.1 coding downstream 86707 21813127 ~ 21819010 (-)
XLOC_023429 flt1 coding downstream 96898 21750810 ~ 21808819 (-)
XLOC_023428 flt3 coding downstream 191834 21691939 ~ 21713883 (-)
XLOC_023434 tagln3b coding upstream 2736 21917012 ~ 21934571 (-)
XLOC_023435 acot9.2 coding upstream 24465 21938741 ~ 21952164 (-)
XLOC_023436 acot9.1 coding upstream 45432 21959708 ~ 21973365 (-)
XLOC_023437 AL627129.1 coding upstream 48776 21963052 ~ 21963168 (-)
XLOC_023438 apoob coding upstream 63954 21978230 ~ 21989406 (-)
XLOC_023665 dre-mir-735 misc upstream 16263685 38177961 ~ 38178027 (-)
XLOC_023407 NA non-coding downstream 1373904 20450027 ~ 20531813 (-)
XLOC_023401 BX247944.1 non-coding downstream 1718287 20187316 ~ 20187430 (-)
XLOC_023400 NA non-coding downstream 1720692 20181997 ~ 20185025 (-)
XLOC_023398 NA non-coding downstream 1842667 20060691 ~ 20063050 (-)
XLOC_023397 CR381686.1 non-coding downstream 1851460 20032331 ~ 20054257 (-)
XLOC_023442 NA non-coding upstream 139533 22053809 ~ 22066831 (-)
XLOC_023445 AL590147.1 non-coding upstream 394668 22308944 ~ 22309058 (-)
XLOC_023446 CT573489.1 non-coding upstream 457710 22371986 ~ 22372100 (-)
XLOC_023448 NA non-coding upstream 964665 22878941 ~ 23218030 (-)

Expression


Co-expression Network