XLOC_023434 (tagln3b)


Basic Information

Item Value
gene id XLOC_023434
gene name tagln3b
gene type coding
species zebrafish (Danio rerio)
category of species model fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007135.7
NCBI id CM002908.2
chromosome length 42172926
location 21917012 ~ 21934571 (-)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome

Sequence

>TCONS_00046350
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>TCONS_00046352
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>TCONS_00046353
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Function

symbol description
tagln3b Predicted to be active in cytoskeleton. Is expressed in several structures, including nervous system; pigment cell; pronephric duct; tail bud; and trigeminal placode. Orthologous to several human genes including TAGLN3 (transgelin 3).

GO:

id name namespace
GO:0005575 cellular_component cellular_component

KEGG: NA

ZFIN:

id description
ZDB-GENE-030131-4199 Predicted to be active in cytoskeleton. Is expressed in several structures, including nervous system; pigment cell; pronephric duct; tail bud; and trigeminal placode. Orthologous to several human genes including TAGLN3 (transgelin 3).

Ensembl:

ensembl_id ENSDARG00000058394

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TCONS_00046350 False 1714 mRNA 0.39 3 21917012 21921262
TCONS_00046351 False 1654 mRNA 0.39 4 21917012 21921289
TCONS_00046352 False 1522 mRNA 0.40 5 21917211 21923930
TCONS_00046353 True 5365 mRNA 0.38 5 21923348 21934571

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
XLOC_023433 c1qtnf9 coding downstream 2736 21905717 ~ 21914276 (-)
XLOC_023432 spata13 coding downstream 13424 21863935 ~ 21903588 (-)
XLOC_023431 CR352265.3 coding downstream 69067 21841238 ~ 21847945 (-)
XLOC_023430 CR352265.1 coding downstream 98002 21813127 ~ 21819010 (-)
XLOC_023429 flt1 coding downstream 108193 21750810 ~ 21808819 (-)
XLOC_023435 acot9.2 coding upstream 4170 21938741 ~ 21952164 (-)
XLOC_023436 acot9.1 coding upstream 25137 21959708 ~ 21973365 (-)
XLOC_023437 AL627129.1 coding upstream 28481 21963052 ~ 21963168 (-)
XLOC_023438 apoob coding upstream 43659 21978230 ~ 21989406 (-)
XLOC_023439 si:rp71-1f1.4 coding upstream 56393 21990964 ~ 21991770 (-)
XLOC_023665 dre-mir-735 misc upstream 16243390 38177961 ~ 38178027 (-)
XLOC_023407 NA non-coding downstream 1385199 20450027 ~ 20531813 (-)
XLOC_023401 BX247944.1 non-coding downstream 1729582 20187316 ~ 20187430 (-)
XLOC_023400 NA non-coding downstream 1731987 20181997 ~ 20185025 (-)
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XLOC_023397 CR381686.1 non-coding downstream 1862755 20032331 ~ 20054257 (-)
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XLOC_023445 AL590147.1 non-coding upstream 374373 22308944 ~ 22309058 (-)
XLOC_023446 CT573489.1 non-coding upstream 437415 22371986 ~ 22372100 (-)
XLOC_023448 NA non-coding upstream 944370 22878941 ~ 23218030 (-)

Expression


Co-expression Network

Homologous

species gene id symbol gene type chromosome NCBI id location
grasscarp (Ctenopharyngodon idella) CI01000018_04807843_04810778 ABHD10B, ABHD10 coding CI01000018 null 4807566 ~ 4810778 (-)