G421867


Basic Information

Item Value
gene id G421867
gene name NA
gene type non-coding
species rainbow trout (Oncorhynchus mykiss)
category of species economic fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_048569.1
NCBI id CM023223.2
chromosome length 100798064
location 60297185 ~ 60298566 (+)
genome version USDA_OmykA_1.1_2020_rainbow_trout_Genome

Sequence

>TU478045
TCATGTTTTCACTTTATTAAAGTATCACATTCTGTCTTCATAGAGCACACTGCATTTCAGTTCAGAAAAATAAATGCGCTCATCAGCCGGCATGGAGACCAATTTGATCAGTCTGTCCAAAGCCACTCACATAAAATCACACCGCTTCATCTAGAAAAACAGCGACATCTATGGAAATCTGCCCAAATATATTACAGCttaaatatacaaatatatacaggtacattcaataaatataatattaaacattcTTGGGATGTTTATGGTTATTATGTAGGGCTACCCACCCATGTTGGCAAAGTCTCACATATATGTTATACATTTAGTGTAGCATTTTGTTTGATCTTTTTAAAGAAAATGGAATGTTTTAGAGGGCATGCTTGACCAATAGGGTTAAGGTAATTGTTTCTACGTGATTTTTGACCTATAAAGGAAGTAATAGAAGTACTAAGGCCATACTAACTACTCCTTGTGACCTCTATTCTTCAGAAGTCCAGTGGCCAATTAAAGAATGATCCGAACATAATCCATTTCAACTAGTTGATGAATGATCGAATTGACTGGACTAACGGCCTTAAAGTGACCAGTGCCAAACTCAATAACTAAATGCACACAAAGAACAAGCAGGGAATTCATCTACAATGATaacgcatatatatatatatatataatagtgATTGAAAAGCTATTTACACGGGTCACTGCAATATTCAATTCAGTGAACAATGTCACCATCTTTGGTCCCTGTGATGGCGGCAATTAGTGGTTTAGGCATGACATTAGTGACATGATTATTATAGTGTGCACACTGAATGTGGCAAAAAATAAGTGGAAGCTATGTCAATCTCTTTGAATCGGAACTACCTAGTATGGCGTTAGGAATTAATTTATTTGATTTAGTAGGTATACATAAACACAGTTGAGATGAAAGGATTAAAAAGATAATGTAGCAACGTAAGACCAAGtcaaaatcattaaaaaaaaagcaATTGTAATACTCTCCATGATGAAGGTTAATAGAAGAAAAAGCACGTTAGCCGACACCCAGCACAGTGGGATGAAGTGATTGCGGGTGGAGATGAGATGACACAGGTTGGGAGGCAGAACATACAGCACAGGTCAGAGACTAACATCCCCTATCTCCTCTCCAGTGTATTCTCCCAGGCTCCATCAAGCTTTGGCTGTGTGGTTCAGTGTGCACTCTACTCAAGTGTTGCTTCATGCAATGTTATTCTTGAAGTGGCTTCCCTGCATCTTGAGTCTGTG
>TU478046
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>TU478048
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>TU478049
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Function

GO: NA

KEGG:

id description

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TU478045 False 1266 lncRNA 0.37 2 60297185 60298566
TU478046 False 1264 lncRNA 0.38 2 60297185 60298566
TU478048 False 1278 lncRNA 0.37 2 60297185 60298566
TU478049 True 1262 lncRNA 0.38 2 60297185 60298566

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
LOC118964531 NA coding upstream 29338 60223797 ~ 60267847 (+)
LOC110524208 LOC106613692 coding upstream 116911 60165608 ~ 60180274 (+)
malt2 LOC106613687 coding upstream 135251 60133236 ~ 60161934 (+)
LOC110524202 NA coding upstream 328239 59930644 ~ 59968946 (+)
LOC110524200 LOC106613684 coding upstream 366642 59920588 ~ 59930543 (+)
LOC110524211 tpm4 coding downstream 69825 60368391 ~ 60395175 (+)
LOC110524213 LOC106613698 coding downstream 100424 60398990 ~ 60407448 (+)
hsh2d LOC106613697 coding downstream 108987 60407553 ~ 60411038 (+)
LOC110524215 LOC106613700 coding downstream 128544 60427110 ~ 60432323 (+)
LOC110524216 LOC106613701 coding downstream 137197 60435763 ~ 60452642 (+)
G421862 NA non-coding upstream 86430 60210506 ~ 60210755 (+)
G421861 NA non-coding upstream 86972 60209935 ~ 60210213 (+)
G421846 NA non-coding upstream 100838 60196059 ~ 60196347 (+)
G421844 LOC105030512 non-coding upstream 102401 60194223 ~ 60194784 (+)
G421843 NA non-coding upstream 103429 60193356 ~ 60193756 (+)
G422500 NA non-coding downstream 24091 60322657 ~ 60322919 (+)
G422514 NA non-coding downstream 32612 60331178 ~ 60418412 (+)
G422561 NA non-coding downstream 122865 60421431 ~ 60421644 (+)
G422562 NA non-coding downstream 123590 60422156 ~ 60422600 (+)
G422563 NA non-coding downstream 124984 60423550 ~ 60423839 (+)
G420634 NA other upstream 1352968 58942728 ~ 58944217 (+)
G420117 LOC100846954 other upstream 1880409 58411240 ~ 58418268 (+)
G419452 NA other upstream 2397537 57884380 ~ 57899648 (+)
LOC110524119 LOC106613607 other upstream 2929848 57352343 ~ 57367627 (+)
LOC100135807 LOC106613594 other upstream 3339020 56943838 ~ 56958165 (+)
LOC110524226 LOC106573564 other downstream 395691 60694220 ~ 60695905 (+)
G423922 NA other downstream 1422971 61721537 ~ 61722024 (+)
G424079 NA other downstream 1806957 62105523 ~ 62105872 (+)
LOC110524265 LOC106613745 other downstream 1984586 62283054 ~ 62327772 (+)
G425224 NA other downstream 2746524 63045090 ~ 63051530 (+)

Expression


Co-expression Network