G424501 (LOC106613729)


Basic Information

Item Value
gene id G424501
gene name LOC106613729
gene type non-coding
species rainbow trout (Oncorhynchus mykiss)
category of species economic fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_048569.1
NCBI id CM023223.2
chromosome length 100798064
location 61652932 ~ 61656404 (-)
genome version USDA_OmykA_1.1_2020_rainbow_trout_Genome

Sequence

>TU480922
tgtatgagacatttctgggatcttttatttcagttcacgaaacatgggaccaacactttacatgttgtgtttatatttttgttcagtgtaatttgtGTCAATATGGACACATATATACAAATTAATTTCATGTTGTCAACCATAACTTGAAGTGCTCTATGTGTATGTCTTCATTACACTAATGATGCAGTTTTATCTTAATACCATCACAGTCCACTGCTTGAACCTGTCATTTTTGTCAGATGAATTAACAACCACTAGTAATGGCTGATTCTGTCCTGCATTCTGTCTTGCCTCCAGAGTGAGTGTGAAATATGTTGCCCTCTTGTGGACAAAATAGTTAACTTCAATGTACACACAAACTCACAATGAGAAACAAAATGGATACAAGGACATTTTACATTATACAATTTTGCAGACTTTTTAAACACAAAATGGATAAATGAAACAATAACACACCAAAAATCCAGTGCATACTACACAAACATCATTAAAAAAGAATAATCAAAAACACAAACTCACACAAGCAATAAAAAGTGTCTTGTTTTTTTCATAGACAAAAGTTAACTTTTGATAGGTGTCTGATTCTCAACATACCTTATTCCCATTGCCCCACTGACAATTAATCAAATGTTTCCCTTTCCACAGCAGCAGGGCTGGATTACCAAACGGGCACACAGGGGTTGGGGGTCACCTGGAGGtcgggtccccccccccccctttaaaaatgtaacattttcTCTTAGCCTCATGACAAAATGTAGAATTGTAATATAAGATTTAGTATTGGTCCtcatatcctcaaaaggtttttgctcggcctccgaccgcaaggcactacacagggtagtgtgtacggcccagtacatcactgggaccaagcttcctgccatccaggacctctataccacgtggtgcagaggaaggcccaaagaattgtcaaagactccagccaccctagtcatagactgttccctctgctaccgcatggcaagcggtaccggagcgccaagtctaggtccaagtggtaccggagcgccaagcctAGGTCCAAGTGGCTCCTAAatagcttttacccccaagccataagactcctgaacagctaatccaATGGCTGCCCAGTCTATttgcactgccccccccccccccccccccccccgaacgctgctgctactctctgttattatctatgcatagtcactttaataactctacctacatgcacatattacctcaattacctcgacaccggggTAAccatattacctcgacaccggggTAACtatattacctcgacaccggggTAAccatattacctcgacaccggggTAACtatattacctcgacaccggggTAAccatattacctcgacaccggggTAACtatattacctcgacaccggggTAACTATATTACCTCAACACCGGGGTAACTATACTACCtctattacctcgacaccggggTAACtatattacctcgacaccggggTAAccatattacctcgacaccggggTAACTATATTACATCGACACCGGGGTAACCGGTacccctgtatgtagctccactattgttatttactgctgctctttaatcatttgttattcttgtctcttacttttttttttatctcttacttaaaactgcattgttggttaagggcttgtaagtaagcatttcactgtaaggtctactacaccatttgatttgatttgatataaaactgcacatttttccaATACAAAATATGTTGAAAAGCAGGGTAACTGGAGGTCGGTTCCCCAGTGACCCCAAATGCGGTAGTCCAGCCCTGagctttttaatttatttaaacaaaaaaaaagctCAACTTTATAAAATGGTTATACTGAATATGGACCTTTGATCTTAAATTGATGTCATAATTTTTCATAATTAAGGCCAGTgtccaaaaataaataattaaactatGCAGGATATAGTGTAAAAACAAACAGCTTTGCTCAGTATTATTAAAAGCAACACTAAACCTTTGTAATGGAACCAATGATCAAAATCCCTGAGAGACTTAAAAATGCACAGATTTTCAATACAAAAATCCATAAGTGGagattacatttttgtttttctGTGATCAATTCCTATCCAGCCCAACTTCCCACTCACTATCACGAGGCCATGCCCATTGAGACCATGATAGATGAATAGAACCTTGCTGCTCCCTAATCGGTCTCCTGTGAGCTGACCACTTCATTGATTTTGGGCTGAAGGATAAACTAAGCATTAAAGTTATATATATGTACATTAAATGGGGACCTGAATGTGAAGCATTAATCTGAAACACTGTGCTCTAAGTTACATGGCTAAATGACTGATGCTCTcacccctgctctgctctgtgctgTAGCCCAAGCAGGAGGAGAGAACCACATTGATGTGTGGTTTGACACCCCTTTGAACCAACACGCAGACAAACCAACCAAACCCAACAACAACACACCCACGGTATCTCCTCACTGTATCAAAATCAGAGAGGCAGTGCCACATGTTCATTGCCTACAATGGAGAGTCCAGCCCAGCTCTAAGGGGGGTCTTTCTTTCCTCTGGGATGATGTGAACGAGTGAACCCatcacctctctctgtgtgttggaaACCATGTGGCAGGATTTTTGTGTGTGGTAGTCGCTGCCAGCTATCTCTGCCACCCATCGCTGATTTCTAATTGCCTCAGGGGCagccctcctttctcctctgcccCGTGCTGAGCCGGGTAGGGAACACCTCCTTTGGGGAAATCCTCTCTCTCATTGGCTGGGTAGGGCTCCTGGGGGGTGTGATGAGCGGAATTGGAGGTGCTCATTGGAGAGTGCTGCCTCAAGTGGCGCACGGGCGGAGAGGTCGGGGAGCAGATGTGCTCCGGGGAGCAGCGCTCCGATTTGATGCTGAGGttgagggaggggtgaggaggaggggtgggggttgAGGACTGAGAAGGAAAAGAGCACCCTCCACTGGACATCCTGGTACACAGCAAGCggacagagaaaagagaataGTATATGCATGCATGATATAGTATGAAATGAATCCTCACTTGCTATTTTTCCTATAGAGGCCACTAGTGGACACACAACACTATCAGGTCCATCACTGTGTGCGAACACTGAGTAATTGAGTAAGGTGTAtatgggacggcaggtagcctagtggttaaagcgtcgggccagtaactgaaaggttgctagattgaacccccgagctgacaaggtaaaaatctgtcgttctgcccctgaacaaggcagttaacccactgttcctaggccatcattgaaaataagaatttgttcttaactgacttgcctcggtAAATAAAATATCAATGGTCTTACGCTGGGCTGAGGTGAGGTACATGCTGCTCCTGTGGTTGTGCTGTCTGCCATGGGTTCACAGTCCCACGCTGTAGACTCACAGCATGGGAGAAACCTGGGTGACTGT
>TU480925
ctgctgctactctctgttattatctatgcatagtcactttaataactctacctacatgcacatattacctcaattacctcgacaccggggTAAccatattacctcgacaccggggTAACtatattacctcgacaccggggTAAccatattacctcgacaccggggTAACtatattacctcgacaccggggTAAccatattacctcgacaccggggTAACtatattacctcgacaccggggTAACTATATTACCTCAACACCGGGGTAACTATACTACCtctattacctcgacaccggggTAACtatattacctcgacaccggggTAAccatattacctcgacaccggggTAACTATATTACATCGACACCGGGGTAACCGGTacccctgtatgtagctccactattgttatttactgctgctctttaatcatttgttattcttgtctcttacttttttttttatctcttacttaaaactgcattgttggttaagggcttgtaagtaagcatttcactgtaaggtctactacaccatttgatttgatttgatataaaactgcacatttttccaATACAAAATATGTTGAAAAGCAGGGTAACTGGAGGTCGGTTCCCCAGTGACCCCAAATGCGGTAGTCCAGCCCTGagctttttaatttatttaaacaaaaaaaaagctCAACTTTATAAAATGGTTATACTGAATATGGACCTTTGATCTTAAATTGATGTCATAATTTTTCATAATTAAGGCCAGTgtccaaaaataaataattaaactatGCAGGATATAGTGTAAAAACAAACAGCTTTGCTCAGTATTATTAAAAGCAACACTAAACCTTTGTAATGGAACCAATGATCAAAATCCCTGAGAGACTTAAAAATGCACAGATTTTCAATACAAAAATCCATAAGTGGagattacatttttgtttttctGTGATCAATTCCTATCCAGCCCAACTTCCCACTCACTATCACGAGGCCATGCCCATTGAGACCATGATAGATGAATAGAACCTTGCTGCTCCCTAATCGGTCTCCTGTGAGCTGACCACTTCATTGATTTTGGGCTGAAGGATAAACTAAGCATTAAAGTTATATATATGTACATTAAATGGGGACCTGAATGTGAAGCATTAATCTGAAACACTGTGCTCTAAGTTACATGGCTAAATGACTGATGCTCTcacccctgctctgctctgtgctgTAGCCCAAGCAGGAGGAGAGAACCACATTGATGTGTGGTTTGACACCCCTTTGAACCAACACGCAGACAAACCAACCAAACCCAACAACAACACACCCACGGTATCTCCTCACTGTATCAAAATCAGAGAGGCAGTGCCACATGTTCATTGCCTACAATGGAGAGTCCAGCCCAGCTCTAAGGGGGGTCTTTCTTTCCTCTGGGATGATGTGAACGAGTGAACCCatcacctctctctgtgtgttggaaACCATGTGGCAGGATTTTTGTGTGTGGTAGTCGCTGCCAGCTATCTCTGCCACCCATCGCTGATTTCTAATTGCCTCAGGGGCagccctcctttctcctctgcccCGTGCTGAGCCGGGTAGGGAACACCTCCTTTGGGGAAATCCTCTCTCTCATTGGCTGGGTAGGGCTCCTGGGGGGTGTGATGAGCGGAATTGGAGGTGCTCATTGGAGAGTGCTGCCTCAAGTGGCGCACGGGCGGAGAGGTCGGGGAGCAGATGTGCTCCGGGGAGCAGCGCTCCGATTTGATGCTGAGGttgagggaggggtgaggaggagg
>TU480927
CAGGATATAGTGTAAAAACAAACAGCTTTGCTCAGTATTATTAAAAGCAACACTAAACCTTTGTAATGGAACCAATGATCAAAATCCCTGAGAGACTTAAAAATGCACAGATTTTCAATACAAAAATCCATAAGTGGagattacatttttgtttttctGTGATCAATTCCTATCCAGCCCAACTTCCCACTCACTATCACGAGGCCATGCCCATTGAGACCATGATAGATGAATAGAACCTTGCTGCTCCCTAATCGGTCTCCTGTGAGCTGACCACTTCATTGATTTTGGGCTGAAGGATAAACTAAGCATTAAAGTTATATATATGTACATTAAATGGGGACCTGAATGTGAAGCATTAATCTGAAACACTGTGCTCTAAGTTACATGGCTAAATGACTGATGCTCTcacccctgctctgctctgtgctgTAGCCCAAGCAGGAGGAGAGAACCACATTGATGTGTGGTTTGACACCCCTTTGAACCAACACGCAGACAAACCAACCAAACCCAACAACAACACACCCACGGTATCTCCTCACTGTATCAAAATCAGAGAGGCAGTGCCACATGTTCATTGCCTACAATGGAGAGTCCAGCCCAGCTCTAAGGGGGGTCTTTCTTTCCTCTGGGATGATGTGAACGAGTGAACCCatcacctctctctgtgtgttggaaACCATGTGGCAGGATTTTTGTGTGTGGTAGTCGCTGCCAGCTATCTCTGCCACCCATCGCTGATTTCTAATTGCCTCAGGGGCagccctcctttctcctctgcccCGTGCTGAGCCGGGTAGGGAACACCTCCTTTGGGGAAATCCTCTCTCTCATTGGCTGGGTAGGGCTCCTGGGGGGTGTGATGAGCGGAATTGGAGGTGCTCATTGGAGAGTGCTGCCTCAAGTGGCGCACGGGCGGAGAGGTCGGGGAGCAGATGTGCTCCGGGGAGCAGCGCTCCGATTTGATGCTGAGGttgagggaggggtgaggaggagg
>TU480924
tgtatgagacatttctgggatcttttatttcagttcacgaaacatgggaccaacactttacatgttgtgtttatatttttgttcagtgtaatttgtGTCAATATGGACACATATATACAAATTAATTTCATGTTGTCAACCATAACTTGAAGTGCTCTATGTGTATGTCTTCATTACACTAATGATGCAGTTTTATCTTAATACCATCACAGTCCACTGCTTGAACCTGTCATTTTTGTCAGATGAATTAACAACCACTAGTAATGGCTGATTCTGTCCTGCATTCTGTCTTGCCTCCAGAGTGAGTGTGAAATATGTTGCCCTCTTGTGGACAAAATAGTTAACTTCAATGTACACACAAACTCACAATGAGAAACAAAATGGATACAAGGACATTTTACATTATACAATTTTGCAGACTTTTTAAACACAAAATGGATAAATGAAACAATAACACACCAAAAATCCAGTGCATACTACACAAACATCATTAAAAAAGAATAATCAAAAACACAAACTCACACAAGCAATAAAAAGTGTCTTGTTTTTTTCATAGACAAAAGTTAACTTTTGATAGGTGTCTGATTCTCAACATACCTTATTCCCATTGCCCCACTGACAATTAATCAAATGTTTCCCTTTCCACAGCAGCAGGGCTGGATTACCAAACGGGCACACAGGGGTTGGGGGTCACCTGGAGGtcgggtccccccccccccctttaaaaatgtaacattttcTCTTAGCCTCATGACAAAATGTAGAATTGTAATATAAGATTTAGTATTGGTCCtcatatcctcaaaaggtttttgctcggcctccgaccgcaaggcactacacagggtagtgtgtacggcccagtacatcactgggaccaagcttcctgccatccaggacctctataccacgtggtgcagaggaaggcccaaagaattgtcaaagactccagccaccctagtcatagactgttccctctgctaccgcatggcaagcggtaccggagcgccaagtctaggtccaagtggtaccggagcgccaagcctAGGTCCAAGT

Function

NR:

description
unnamed protein product

GO: NA

KEGG: NA

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TU480922 False 3473 lncRNA 0.44 1 61652932 61656404
TU480925 False 1785 lncRNA 0.44 1 61653456 61655240
TU480927 False 1000 lncRNA 0.48 1 61653456 61654455
TU480924 True 1056 lncRNA 0.41 1 61655349 61656404

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
LOC110524247 LOC106613727 coding downstream 30577 61617987 ~ 61622355 (-)
LOC110522983 LOC106613725 coding downstream 141854 61304113 ~ 61511078 (-)
trnaa-agc-3 NA coding downstream 386163 61266697 ~ 61266769 (-)
LOC110524243 LOC106613723 coding downstream 410926 61139319 ~ 61242006 (-)
tjp3 LOC106613722 coding downstream 521051 61104757 ~ 61131881 (-)
LOC110524249 LOC106613730 coding upstream 3745 61660149 ~ 61679106 (-)
LOC110524252 LOC106613733 coding upstream 106714 61763118 ~ 61786542 (-)
tssk6 LOC106613736 coding upstream 185157 61841561 ~ 61842727 (-)
si:ch211-212d10.2 LOC106613739 coding upstream 377685 62033465 ~ 62037994 (-)
LOC110524260 LOC105011525 coding upstream 420165 62076569 ~ 62083302 (-)
G424500 NA non-coding downstream 648 61652022 ~ 61652284 (-)
G424497 NA non-coding downstream 3281 61649448 ~ 61649651 (-)
G424487 NA non-coding downstream 15566 61637113 ~ 61637366 (-)
G424483 NA non-coding downstream 24434 61628276 ~ 61628498 (-)
G424512 NA non-coding upstream 24247 61680651 ~ 61680884 (-)
G424514 NA non-coding upstream 27499 61683903 ~ 61684158 (-)
G424515 NA non-coding upstream 28007 61684411 ~ 61684639 (-)
G424535 NA non-coding upstream 55036 61711440 ~ 61711921 (-)
G424586 NA non-coding upstream 181345 61837749 ~ 61844260 (-)
G424499 LOC106613729 other downstream 1157 61649967 ~ 61651775 (-)
G424474 NA other downstream 35688 61616870 ~ 61617244 (-)
LOC110524239 LOC106573579 other downstream 581789 61058949 ~ 61081864 (-)
G422347 NA other downstream 1551876 60100765 ~ 60101056 (-)
lsg1 lsg1 other downstream 2514675 59131152 ~ 59138429 (-)
G424502 NA other upstream 2629 61659033 ~ 61659585 (-)
G424649 NA other upstream 231794 61888198 ~ 61927422 (-)
G424678 NA other upstream 342122 61998526 ~ 62001309 (-)
LOC110524277 LOC106613757 other upstream 1147534 62803832 ~ 62808176 (-)
G425612 NA other upstream 1193600 62850004 ~ 62850247 (-)

Expression


Co-expression Network