XLOC_023491


Basic Information

Item Value
gene id XLOC_023491
gene name NA
gene type non-coding
species zebrafish (Danio rerio)
category of species model fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007135.7
NCBI id CM002908.2
chromosome length 42172926
location 26232700 ~ 26236578 (-)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome

Sequence

>TCONS_00046867
catggcttcacccaatattcaacatgtttggttaccatggtatcagaggactcggcgcacgcggccacgcgcagcgcttcacttcacttaattacgaacacctgacctgcagtgcagcagaattcagaggtaagcgtgtttttagatgctttaatgttttatttaccccccgattttgttttacacacagtgtatcttaaatgtgacttggtgtagtgtttcgaattttgaagcatttaaaactttccagtttgtttttagtcttgtttgcgctccggtgacgcagctaacctcgagacatgtaacttactccagagacgcactaacttgcacagcattgaatggaaaaggctttgtccatgtaagtttactttacctttaactaagctatctgttaaatcttcttggtgctttggttggtgatattctctttctaatctgtttgtttattgattgttaggctatgttgtgatattatactgttatattgatattattattgtgaaatgatgttgtgatgttatactatgtgacagtattggggaacaaatatgtatttagtgagaaattaatgcttaaattacactttgtatagtagcagataaaaggtgtaatgggttttaactttctgagttttctggaaggtccagttgaggggCATCAAGAACACGCAGATAGCCTATCTGTGTCAGTCTggacagactgcagttctgctactccacgccaaggcttttgtatggatgtcttgactgctactgtgttctctaaaggttttctggaagctctatttgagggcatcaaggacatagtgatggcctaaaccagtgtcagcctagacagacagacatctattgcagttctgctacacaagaccaaactctctgcttttgtatggatgtctgactagtacggtgttctctaaaggtataactggagcaaaacaatagcatccgttacagtgaaatttgtgttcataaaagatagtaatatgtgtaacaggtccagtacatttgtcataaaggttaaatcacagtaagtactgtaaaaataacttgtttgccttCGCCACAACAGGTCATGGTGTGTGCATACTGCTCGTAGTAAACACACACGCTGATCTGATGCGGGAGAGATATACGCAAACACgtttgtatttactgttttgttttgcctcactaaagtgttgttggagcttggtatgttcacagttgaaatcactgaagtcacatggaacgttttgacaatgtgttttgtaCCTTATCTTGACAATAACcatcttgggaccattgctgtctgtagaggatgaggagcatttaatctaaaatattttagtttgtgttctgaagattaacaggtctctgggatgacacaagtaattaataacagaacctatatgaacacttaatgtgacatgtaataatgaaatagtggtcctacattcacaaatgtgagccattattataagacccatgtgaacatgcaatttttatgatactaataataataatggaataacaaattgcttttagtgttgtgtttgtgagagagaatctaaccatatattctacacattttcttgatgatttactgaaatatttgtctatgttccactgtcacaggtgctcagttttgctgcagtaatgctaaacacaatagatgtactttatacaaaaagaaaaaaaaaactaaatatttagcatgcagacctgcaaagtgaaggagtaatgtcaggtttagattatagcatgagttttcactattgtgaaagtgaagccattcattcacaatgaattggaatagcaaacctcattattgattttgtaggaaactcacctggtgtttgagaaataaatatgtatttaagtgctagactgatatagatgttttagtgttttacacttgattctttgtccccagtgccatcttttacctcaagtgtttctctcaacctataaaacctcaaacagatgtaatgtatttcacttgcgattcttagttgtgagtgatgttttttattttattttttactgcatccactttaaaaatgggtattttgtaaactttgtaaacagaattgaagcgtagtttagttacttaatttaatttagttagtatctgtctttctgaagacggtaacactttacaataaggttgtattagtaagtgttaatgtatttactaacatgaacaaagaacaatgaagcatctttcatataaagaaagtacagttcatgtcagctcagtgcattaatgttaacaagcatacattttgattttaatagcatcgggacatatttcaattaattaaatgattaataaatgctgtacaagtatttgttctttgttcatgttagtaaacattaactttaattcatgaaacctaattaaaaagtgactatttaattgtatgcctttttttctgtatttgagtgtacagcatgtatagtaatctgcatggttttaatgaactatgtatgctgtaaatgttgctgtatatttagaataaatgaaataatgaggtgtgtattaaataaattgatacacagactaagttgtgtatttgtgtcgtgtattttttattagtaaaaatttgtttgctatatttatggactttgcgttgtatgtaatttctatttaacttccgttgaaatgtatgacggtgaaacaacgtcacggtatcaacgttgatccaatttgcaaaatcgaaaggtaattcaacgttgatccaac
>TCONS_00046866
catggcttcacccaatattcaacatgtttggttaccatggtatcagaggactcggcgcacgcggccacgcgcagcgcttcacttcacttaattacgaacacctgacctgcagtgcagcagaattcagaggtaagcgtgtttttagatgctttaatgttttatttaccccccgattttgttttacacacagtgtatcttaaatgtgacttggtgtagtgtttcgaattttgaagcatttaaaactttccagtttgtttttagtcttgtttgcgctccggtgacgcagctaacctcgaggtaatgtcacatgtttaacgttagtctaaatgagcgtttttatggcaaattcaaagcgataaactccaaacgcagtttaaagttactgagcaacgttataaaacaatatcctTTTTATACGctgtattattagtgttattattacaaagtgaactgctgtcgtttcactgttgttgttgtttttgcttttagacatgtaacttactccagagacgcactaacttgcacagcattgaatggaaaaggctttgtccatgtaagtttactttacctttaactaagctatctgttaaatcttcttggtgctttggttggtgatattctctttctaatctgtttgtttattgattgttaggctatgttgtgatattatactgttatattgatattattattgtgaaatgatgttgtgatgttatactatgtgacagtattggggaacaaatatgtatttagtgagaaattaatgcttaaattacactttgtatagtagcagataaaaggtgtaatgggttttaactttctgagttttctggaaggtccagttgaggggCATCAAGAACACGCAGATAGCCTATCTGTGTCAGTCTggacagactgcagttctgctactccacgccaaggcttttgtatggatgtcttgactgctactgtgttctctaaaggttttctggaagctctatttgagggcatcaaggacatagtgatggcctaaaccagtgtcagcctagacagacagacatctattgcagttctgctacacaagaccaaactctctgcttttgtatggatgtctgactagtacggtgttctctaaaggtataactggagcaaaacaatagcatccgttacagtgaaatttgtgttcataaaagatagtaatatgtgtaacaggtccagtacatttgtcataaaggttaaatcacagtaagtactgtaaaaataacttgtttgccttCGCCACAACAGGTCATGGTGTGTGCATACTGCTCGTAGTAAACACACACGCTGATCTGATGCGGGAGAGATATACGCAAACACgtttgtatttactgttttgttttgcctcactaaagtgttgttggagcttggtatgttcacagttgaaatcactgaagtcacatggaacgttttgacaatgtgttttgtaCCTTATCTTGACAATAACcatcttgggaccattgctgtctgtagaggatgaggagcatttaatctaaaatattttagtttgtgttctgaagattaacaggtctctgggatgacacaagtaattaataacagaacctatatgaacacttaatgtgacatgtaataatgaaatagtggtcctacattcacaaatgtgagccattattataagacccatgtgaacatgcaatttttatgatactaataataataatggaataacaaattgcttttagtgttgtgtttgtgagagagaatctaaccatatattctacacattttcttgatgatttactgaaatatttgtctatgttccactgtcacaggtgctcagttttgctgcagtaatgctaaacacaatagatgtactttatacaaaaagaaaaaaaaaactaaatatttagcatgcagacctgcaaagtgaaggagtaatgtcaggtttagattatagcatgagttttcactattgtgaaagtgaagccattcattcacaatgaattggaatagcaaacctcattattgattttgtaggaaactcacctggtgtttgagaaataaatatgtatttaagtgctagactgatatagatgttttagtgttttacacttgattctttgtccccagtgccatcttttacctcaagtgtttctctcaacctataaaacctcaaacagatgtaatgtatttcacttgcgattcttagttgtgagtgatgttttttattttattttttactgcatccactttaaaaatgggtattttgtaaactttgtaaacagaattgaagcgtagtttagttacttaatttaatttagttagtatctgtctttctgaagacggtaacactttacaataaggttgtattagtaagtgttaatgtatttactaacatgaacaaagaacaatgaagcatctttcatataaagaaagtacagttcatgtcagctcagtgcattaatgttaacaagcatacattttgattttaatagcatcgggacatatttcaattaattaaatgattaataaatgctgtacaagtatttgttctttgttcatgttagtaaacattaactttaattcatgaaacctaattaaaaagtgactatttaattgtatgcctttttttctgtatttgagtgtacagcatgtatagtaatctgcatggttttaatgaactatgtatgctgtaaatgttgctgtatatttagaataaatgaaataatgaggtgtgtattaaataaattgatacacagactaagttgtgtatttgtgtcgtgtattttttattagtaaaaatttgtttgctatatttatggactttgcgttgtatgtaatttctatttaacttccgttgaaatgtatgacggtgaaacaacgtcacggtatcaacgttgatccaatttgcaaaatcgaaaggtaattcaacgttgatccaac

Function

GO:

id name namespace
GO:0007276 gamete generation biological_process
GO:0048609 multicellular organismal reproductive process biological_process
GO:0061028 establishment of endothelial barrier biological_process
GO:0032504 multicellular organism reproduction biological_process

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TCONS_00046867 False 2730 lncRNA 0.34 3 26232700 26236578
TCONS_00046866 True 2922 lncRNA 0.34 2 26232700 26236578

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
XLOC_023490 NA coding downstream 200429 26031248 ~ 26032271 (-)
XLOC_023489 CR352209.2 coding downstream 207118 26005629 ~ 26025582 (-)
XLOC_023488 klhl24b coding downstream 443859 25760986 ~ 25788841 (-)
XLOC_023487 NA coding downstream 478554 25750636 ~ 25754146 (-)
XLOC_023486 chrnd coding downstream 541680 25683071 ~ 25691020 (-)
XLOC_023492 and1 coding upstream 40812 26277390 ~ 26283359 (-)
XLOC_023493 cops9 coding upstream 47936 26284514 ~ 26302375 (-)
XLOC_023494 otos coding upstream 66203 26302781 ~ 26304386 (-)
XLOC_023495 apodb coding upstream 69784 26306362 ~ 26328721 (-)
XLOC_023496 NA coding upstream 118118 26354696 ~ 26369185 (-)
XLOC_023665 dre-mir-735 misc upstream 11941383 38177961 ~ 38178027 (-)
XLOC_023471 NA non-coding downstream 1403299 24800776 ~ 24829401 (-)
XLOC_023468 NA non-coding downstream 1536943 24553793 ~ 24695757 (-)
XLOC_023466 NA non-coding downstream 1729678 24416324 ~ 24503022 (-)
XLOC_023503 NA non-coding upstream 405321 26641899 ~ 26648023 (-)
XLOC_023507 NA non-coding upstream 712134 26948712 ~ 26995164 (-)
XLOC_023517 NA non-coding upstream 1226358 27462936 ~ 27463524 (-)
XLOC_023518 NA non-coding upstream 1226983 27463561 ~ 27464451 (-)

Expression


Co-expression Network