XLOC_023687


Basic Information

Item Value
gene id XLOC_023687
gene name NA
gene type non-coding
species zebrafish (Danio rerio)
category of species model fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007135.7
NCBI id CM002908.2
chromosome length 42172926
location 39150622 ~ 39155087 (-)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome

Sequence

>TCONS_00047268
cagaaacaagcaaaacatattgtaatGACAGCTTGCAGTTTTTTATTCTTCACTTGAAGAGCAAATGGAAAGGAGAAACAAGATCACtacatgtttgacactataaTTTAGGGTAATTACCCACATGTTTTTGCATGTTTCAGacttcatacacacatacacacacagaatgAGTTGcataatacacaaacacacaacttgATATGGAAAAAACATCACAATGCGCACATACATCAAACAAACACTCATTAACAACCAGTTGTTCATCAAAGCTCTACTTCAAAAGACAGGAAACATTCGTACTGCAATGCATAGAAACTGACCCCTAAATCATATTATTACTGATATTACTTCATAGATGACTTCCTAACATTACGCAAATTAAAACGAGTGCAAAGGAACGAAGGATAAATCATAAAACGTAATACTTCCCACTTAAAATAGTGCTGATTATGTCTTCATATACCGAGCTTAGAGCACTGAACGATTAACAGAAACACTGGATCATTGCAATTCAACCTGTGCATATTTAATATGTATGTTTAGATGattaaaacatatttctgtatGGTTCTTCGGGATTTGGACGGAATGATATGATCAATTACATTCAATGGGGTGAATTCAAAGGGACGgttcatgcaaaaatgaaaacGTGCAATCAAAGACGTACTGTGGGTGATCTTTCTTTTCCTTCAGTGCACATTAAACTGATAGTTCATACAAAGATTAtgcatttacagtttatttagtCTCTCCATCAGGCTATTGAGGATGTAGGTGACTCTCTTTCTTCAGCAAAACATTAAAGAGGATTTTTATCTGTGATTCGtctaatgcaagtcaatggtgaCCCGTTTTGAGATTAAAAATTGAAGCATGCAAACAAATCCAAATAAATCCCTGTGATAAACTGAGATAAACGCattaaattaaagcaaattacatttaatttcttgCACCGATTGATCTTTCTTGCTTtatgtatcatcaggagccacaggGATAGATTTGGACTGCAggtgttatttttttaagcttaACAACAGGTCACCATTGACTCACACTGTACAACTCAGAAAAAAAGTGCATTATATGATTACATTTTTTGCACAGAATCATCATTTTTGATTCATGTACAATCAGAAGCCACAGGGCTTGATTTGGACTTATTGCCTTCGTTATATTAAATCTTAATAACAGGtcaccattgacttgcattatactAATCACAAAAAATTGCATTATATGATTTAATTTCTTGCACCGATTGATCAATTTTGCTTCATAAGATCTCTGTGTATGTTCAGGAGACACAAGATTTAATATAGACTTAATTGTATGTGTTAATTTTAAATCTTAATAGCAGATCACCTTTGACTTGCATTATATGAATCACAAAAAATGCATTATATGATTCAATTTCTTGCACAGATTGATCAATTTTACTTTATAAGATCTCGGTGTATCATTAGGAGCCACAGGATTTCATTTGGACTTAATTGCGTGTGTTAATTTTTATCTTGATAACAGGTCACCATTGACTTGTATTATATTAATCACAAAAATTGCATTATACGATTCAATTTCTTGCACAGATTGATCAATTTTACTTTATAAGATCTCGGTGTATCATTAGGAGCCACAGGATTTCATTTGGACTTAATTGCATGTGTTAATTTTTATCTTAATAACAGAtcaccattgacttgcattatatgaATCACAAAAAATGCATTATATGATTGAATTTCTTGCACAGATTGATTAATTTTGCTTCATGTATCATCAGAAGCCATAGGGTTTGATTTGGACTTAATTGTATGTGTTAATTTTGAATCTTAATAAAAGGttaccattgacttgcattatatgaGTCACAAAAACAACAGATTCAGCTGGAAATCTTCACTAATGTTCGACTGAAGACCATGAAAAAAAGGTCACCTACATCCTATATAGCTTGAGAGCGAGTAaattaactgtatttttatttttgggggaaGTATCTCTTTAAAAAGGATTTTTATATGAATGATATAATCAAAGATGATAAATTAGGATCTTCTAAAGTGAAAAGATAATGATTGCTTTGCTTTGAAAGACCTCAGTGTGGAGCTAATATTAATTCAGTTTTgcctgtttgtgtttttttactcTGACACTGTTTacaccacacacaaaaaaacgagtttttatttgtctttattttagtctaaatatctaaaaaaatctaaatcaataagcattttctagacaggtTAAAAAGTAGttgtgttttcagaaataataggtCAAAATTAAGTGggattttcattaaaacaagccaaataatatGTCAGTAAGGCAAAATAGTCCTGTTTTTCTTTAAACTAAGTTTATTTCACTTGTTTAAGGGTGAAAACCctactttatttttatgtattatttctaaaaacaaagttTAAAGTTAATAATTAAGTCAAAAATTAAGTCCGATGCACTCTTAAATTgtgaaaacaattatttaaaaagcctttattaacatggcTACTCCATAAAACTACACACTTGGTGCTGATTTCAGATTTGATTTCAGACTTGGAGTAGTTTTAATGGAATAgccatgttaataaaggcttATAAAATAATTCCTTGAGTGCATTTGGACTTATAATTCTGCTGCATATCTTTAAGTCTcgcttacccaaagagcaccgacacattaattACCCCTGAAGCATTTTAATACTTTTCACTTGTCTGGAAAACGCTCCTTGATGTAAgtctttttagatatttagactagaaacaagataaaaactttaagaaaataattgtttgcagTGTACTTCGTTATATTAATCACCAAAGACTACAGATTTAACCTTCGTACatgttcttctgaagaaaaaaaaacttactttcaCATTGGATGATcagattaaatgattaaattaacagAAAATGTGTAATTATTTTTCAGTAAACCCTCCCTTTAAGCCTCATCAAATCAAACATGCACATTCAAACCCGTTTTGTGTCAGGTCTAAGGTCATGAATATGCACAATATGCAAATGAGATGCGCAAGTTCTTCACAAAACAGTAAACTTATAGCTACAAAAGACATGGAATGTAATCCACAAGCTTGTTTCACTTTTAATTTaacctgtgtgttttgtttgtgtacttAAAGCAGCTTGACACACCTGATCCTTAATTTTCAGTATATGAAAGTCATGGAGGATAATGAGTTAATCATGAGATAATTATTCATTTCTGATTTGAAGAACACTGGAATGCCATTTACACACATTGAATGCCCCAGAAATGTGTGTTTAGCTTAGTTTATGACATGAGGTCTATGTTTTTATGATCCTCTTACGACAAGTCTAGAGGATAAATCAAATGTTTTTCCAATTGGCACAAAGCTGCATGCAGGAATGAAGGAAATTTGggagaataaaacaaaactttgatCACTTTTGATATAAATATATGACATCCATATGGAAACATATatattaaagggacagtgcacccaaaaatgaaccTTCTGTCCTTATTTACTCAGCATACACCAAACATATTAGAGCTTCTTTCTTCTTTAAaaggcaaaagaagatatttagaaaaatgctggcaTCCTTTGACCCCCATTTCTTTTCCGACTATGGAagttccagcattcttcaaaatatcttcttttgtgttcaacagaataaacaaaCTCCAACGTTAGGCAGAGTAAACAATGaggtgattttcatttttctgtgtgaactatccctctgGATAACACCAACACTGGTTCTTCATCTGATATGaacaaaacacaactaaacctTGATATAATTTGTACTGATAAATATACACGATAAACAGTAATCTTGACTGGAGCTCGGATGGGATCTTTTAGTGCATGGTATCTCCGTTAACACCAACATGAATGGACGTTTATAAATCACAACACAGCAGATCTTACAGCCTCAGCCTTTCTTATGAACCCATGGCGTCTTTGAAGCCCCAGACCTCCAGCAGGGCCACCTGGAAACTCTCTGCACACAGCGGCGGGTTGTCAAACGTCAGACAGCGCTCGGTTCGGCCGTGGTTCAGCTCAGAGTCGATGTACAGAGCGTTTCCGTCACCTCCGCct
>TCONS_00047267
cagaaacaagcaaaacatattgtaatGACAGCTTGCAGTTTTTTATTCTTCACTTGAAGAGCAAATGGAAAGGAGAAACAAGATCACtacatgtttgacactataaTTTAGGGTAATTACCCACATGTTTTTGCATGTTTCAGacttcatacacacatacacacacagaatgAGTTGcataatacacaaacacacaacttgATATGGAAAAAACATCACAATGCGCACATACATCAAACAAACACTCATTAACAACCAGTTGTTCATCAAAGCTCTACTTCAAAAGACAGGAAACATTCGTACTGCAATGCATAGAAACTGACCCCTAAATCATATTATTACTGATATTACTTCATAGATGACTTCCTAACATTACGCAAATTAAAACGAGTGCAAAGGAACGAAGGATAAATCATAAAACGTAATACTTCCCACTTAAAATAGTGCTGATTATGTCTTCATATACCGAGCTTAGAGCACTGAACGATTAACAGAAACACTGGATCATTGCAATTCAACCTGTGCATATTTAATATGTATGTTTAGATGattaaaacatatttctgtatGGTTCTTCGGGATTTGGACGGAATGATATGATCAATTACATTCAATGGGGTGAATTCAAAGGGACGgttcatgcaaaaatgaaaacGTGCAATCAAAGACGTACTGTGGGTGATCTTTCTTTTCCTTCAGTGCACATTAAACTGATAGTTCATACAAAGATTAtgcatttacagtttatttagtCTCTCCATCAGGCTATTGAGGATGTAGGTGACTCTCTTTCTTCAGCAAAACATTAAAGAGGATTTTTATCTGTGATTCGtctaatgcaagtcaatggtgaCCCGTTTTGAGATTAAAAATTGAAGCATGCAAACAAATCCAAATAAATCCCTGTGATAAACTGAGATAAACGCattaaattaaagcaaattacatttaatttcttgCACCGATTGATCTTTCTTGCTTtatgtatcatcaggagccacaggGATAGATTTGGACTGCAggtgttatttttttaagcttaACAACAGGTCACCATTGACTCACACTGTACAACTCAGAAAAAAAGTGCATTATATGATTACATTTTTTGCACAGAATCATCATTTTTGATTCATGTACAATCAGAAGCCACAGGGCTTGATTTGGACTTATTGCCTTCGTTATATTAAATCTTAATAACAGGTCACCATTGACTTGTATTATATTAATCACAAAAATTGCATTATACGATTCAATTTCTTGCACAGATTGATCAATTTTACTTTATAAGATCTCGGTGTATCATTAGGAGCCACAGGATTTCATTTGGACTTAATTGCATGTGTTAATTTTTATCTTAATAACAGAtcaccattgacttgcattatatgaATCACAAAAAATGCATTATATGATTGAATTTCTTGCACAGATTGATTAATTTTGCTTCATGTATCATCAGAAGCCATAGGGTTTGATTTGGACTTAATTGTATGTGTTAATTTTGAATCTTAATAAAAGGttaccattgacttgcattatatgaGTCACAAAAACAACAGATTCAGCTGGAAATCTTCACTAATGTTCGACTGAAGACCATGAAAAAAAGGTCACCTACATCCTATATAGCTTGAGAGCGAGTAaattaactgtatttttatttttgggggaaGTATCTCTTTAAAAAGGATTTTTATATGAATGATATAATCAAAGATGATAAATTAGGATCTTCTAAAGTGAAAAGATAATGATTGCTTTGCTTTGAAAGACCTCAGTGTGGAGCTAATATTAATTCAGTTTTgcctgtttgtgtttttttactcTGACACTGTTTacaccacacacaaaaaaacgagtttttatttgtctttattttagtctaaatatctaaaaaaatctaaatcaataagcattttctagacaggtTAAAAAGTAGttgtgttttcagaaataataggtCAAAATTAAGTGggattttcattaaaacaagccaaataatatGTCAGTAAGGCAAAATAGTCCTGTTTTTCTTTAAACTAAGTTTATTTCACTTGTTTAAGGGTGAAAACCctactttatttttatgtattatttctaaaaacaaagttTAAAGTTAATAATTAAGTCAAAAATTAAGTCCGATGCACTCTTAAATTgtgaaaacaattatttaaaaagcctttattaacatggcTACTCCATAAAACTACACACTTGGTGCTGATTTCAGATTTGATTTCAGACTTGGAGTAGTTTTAATGGAATAgccatgttaataaaggcttATAAAATAATTCCTTGAGTGCATTTGGACTTATAATTCTGCTGCATATCTTTAAGTCTcgcttacccaaagagcaccgacacattaattACCCCTGAAGCATTTTAATACTTTTCACTTGTCTGGAAAACGCTCCTTGATGTAAgtctttttagatatttagactagaaacaagataaaaactttaagaaaataattgtttgcagTGTACTTCGTTATATTAATCACCAAAGACTACAGATTTAACCTTCGTACatgttcttctgaagaaaaaaaaacttactttcaCATTGGATGATcagattaaatgattaaattaacagAAAATGTGTAATTATTTTTCAGTAAACCCTCCCTTTAAGCCTCATCAAATCAAACATGCACATTCAAACCCGTTTTGTGTCAGGTCTAAGGTCATGAATATGCACAATATGCAAATGAGATGCGCAAGTTCTTCACAAAACAGTAAACTTATAGCTACAAAAGACATGGAATGTAATCCACAAGCTTGTTTCACTTTTAATTTaacctgtgtgttttgtttgtgtacttAAAGCAGCTTGACACACCTGATCCTTAATTTTCAGTATATGAAAGTCATGGAGGATAATGAGTTAATCATGAGATAATTATTCATTTCTGATTTGAAGAACACTGGAATGCCATTTACACACATTGAATGCCCCAGAAATGTGTGTTTAGCTTAGTTTATGACATGAGGTCTATGTTTTTATGATCCTCTTACGACAAGTCTAGAGGATAAATCAAATGTTTTTCCAATTGGCACAAAGCTGCATGCAGGAATGAAGGAAATTTGggagaataaaacaaaactttgatCACTTTTGATATAAATATATGACATCCATATGGAAACATATatattaaagggacagtgcacccaaaaatgaaccTTCTGTCCTTATTTACTCAGCATACACCAAACATATTAGAGCTTCTTTCTTCTTTAAaaggcaaaagaagatatttagaaaaatgctggcaTCCTTTGACCCCCATTTCTTTTCCGACTATGGAagttccagcattcttcaaaatatcttcttttgtgttcaacagaataaacaaaCTCCAACGTTAGGCAGAGTAAACAATGaggtgattttcatttttctgtgtgaactatccctctgGATAACACCAACACTGGTTCTTCATCTGATATGaacaaaacacaactaaacctTGATATAATTTGTACTGATAAATATACACGATAAACAGTAATCTTGACTGGAGCTCGGATGGGATCTTTTAGTGCATGGTATCTCCGTTAACACCAACATGAATGGACGTTTATAAATCACAACACAGCAGATCTTACAGCCTCAGCCTTTCTTATGAACCCATGGCGTCTTTGAAGCCCCAGACCTCCAGCAGGGCCACCTGGAAACTCTCTGCACACAGCGGCGGGTTGTCAAACGTCAGACAGCGCTCGGTTCGGCCGTGGTTCAGCTCAGAGTCGATGTACAGAGCGTTTCCGTCACCTCCGCct

Function

GO: NA

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TCONS_00047268 False 4136 lncRNA 0.33 3 39150622 39155087
TCONS_00047267 True 3806 lncRNA 0.34 3 39150622 39155087

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
XLOC_023686 CU929145.1 coding downstream 28722 39120725 ~ 39121900 (-)
XLOC_023685 NA coding downstream 58759 39032176 ~ 39091863 (-)
XLOC_023684 NA coding downstream 217419 38917646 ~ 38933203 (-)
XLOC_023683 nog2 coding downstream 333897 38814734 ~ 38816725 (-)
XLOC_023682 ntn2 coding downstream 363015 38726737 ~ 38787607 (-)
XLOC_023688 nubp2 coding upstream 23261 39178348 ~ 39186185 (-)
XLOC_023689 NA coding upstream 69625 39224712 ~ 39226058 (-)
XLOC_023690 kcnj12a coding upstream 198306 39353393 ~ 39354829 (-)
XLOC_023691 lyrm1 coding upstream 354634 39509721 ~ 39518630 (-)
XLOC_023692 cox6b1 coding upstream 450966 39606053 ~ 39610585 (-)
XLOC_023665 dre-mir-735 misc downstream 972595 38177961 ~ 38178027 (-)
XLOC_023681 NA non-coding downstream 479289 38665078 ~ 38671333 (-)
XLOC_023678 NA non-coding downstream 540876 38602017 ~ 38609746 (-)
XLOC_023676 NA non-coding downstream 602585 38536419 ~ 38548037 (-)
XLOC_023698 CT573356.1 non-coding upstream 571759 39726846 ~ 39726978 (-)
XLOC_023708 NA non-coding upstream 1656444 40811531 ~ 40814280 (-)
XLOC_023711 NA non-coding upstream 1718854 40873941 ~ 40875493 (-)
XLOC_023713 NA non-coding upstream 1753438 40908525 ~ 40910541 (-)

Expression


Co-expression Network