XLOC_023713


Basic Information

Item Value
gene id XLOC_023713
gene name NA
gene type non-coding
species zebrafish (Danio rerio)
category of species model fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007135.7
NCBI id CM002908.2
chromosome length 42172926
location 40908525 ~ 40910541 (-)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome

Sequence

>TCONS_00047271
CACGCTCAGGAAAGCTTTTCTCTAACAAACATTAATACACTCTGAAAAATCcacaaattgggtaaaatatatgGACAAACACAAATGTTGGGATAAATTTGGCCCTTAAATGGgtaaaaatgtctgctaaattaaaaaatatgtaaatttaacTCTAAAAAATATATCCAGCTATTGAtttgctccatattttacccaaaatttaaacaaatatcggcacaaataaatttttttcaatGCTACTATTGAAAATCAAGTAATAGTGTAAAACAATGATGTGTTGTATTAActcaatgctgggtcaaatatgaacaaatagcaATGTTGGGTAAAACTTGGTCCTTAAATGGATAAAAGTGTTTGTTAaattcataaatatgtaaatgtaattccaataaaatatttacatgtcaatattttatttaaaattaggtTGAAATGATGTTAAGAAGCAcaattatgttatttttatatatcttttcTGAAATATCTCAGTTCTTTTTAATGTTACTATTCAAAACCAAGCAATAGATGAGAGGTTGTGTCATCCCGATTTTCGGTCAAATATCAGCGAATCCAgtgttgggttaaatttggtctttaaatgaatagaagtgtctgctaaataaacaaatataatatgaAATGAAATGATGTTAATTACATTTCTAAAACATCATTATTTACACTCTTAATTCTGAaacatttcagcttttttatgttgaaaatcAAGTGATAGTTAAAAGAtgatgtgttgttttaactcaatgCTGGGTCtaatatgcacaaatacaatgttgggttaaatttggtccttaaatggataaaagtgtctgctaaattaataaatatgtaaatgtaattcCACAAAAATTTACCCAGCAATTGGTTTTGTCCATAGTTTACCTGAAATTGGGTTGAAATGATGTTACGAAGCACAAATGATGTCAACAAATCCAGTATTGggttaaatttgttttttaaatagataGACGtgtctgctaaataaataaatataaacataaatgtgAGTCAAAAATGTATCCAGTGGTAGGTTTTGTCCATTTTTTAATCCAAAATCGGgttaaaataatggataaaaacatCTGCCAAATTActaaaaataactgtaaatgtGAGTCATAAAATGTATCCAGCAGTTGGTTTTGTCCAAACTATACCCAAAGTTGCGTTGAAGTGATGTTTCAAGcatattaacactttttttttgtctgaaacatcccagaattatttttttgaaaTGTCACTATTTAAAATCAAATGATAGTTAAAAAAACAGTGTGTTGTGTTAACCAAATGcggggtcaaatatggacaaatccaatcTTGGGTTAAATTCAGTACTAAAATCGCTTTGAAAAatctgctaaataaaaaaatataaatgtaattccAAAAAAGTGCTACATATTACTCAGAATTGGGTTGAAATTATGTTAATATCATTCTTACAATAATAGCAACACTTACATAATTTACGCTTTTTTCTGAAACATCtcaaaatttaaatgttaaaggtTACTGTTCCCAAATCAAGTGTTAGTTAAATGGGTTGTGGGTTGTTATGGGTTGTATTAAGACAATGCTTGGTCAAATATGAGCAAACATAACATTTAGTTTATTTCTTAAACTAAATTgaattttaacccaactgttgggtaaGTCCATATGACAAAGCATTAGGTTAAAAAAAGCACAGTTCATGTAAAGTTACTAATGTTTGTAAAACACTGGCACAAATACATTATCTATACAACACTGTTTTTTCTGAAACATCTTAATTGCACAGTCATCTAACACAAATACTATTCAAAATCAAGTGAGAGTTAAACACACTTTAAGAATGCTGGGTTGTATTATGCACTTCtattttacttttgttattaAATGAAATTGCATTTAAACCAAAC

Function

GO: NA

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TCONS_00047271 True 1931 lncRNA 0.28 2 40908525 40910541

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
XLOC_023712 wdr48a coding downstream 7115 40876247 ~ 40901410 (-)
XLOC_023711 NA coding downstream 33032 40873941 ~ 40875493 (-)
XLOC_023710 CU633479.6 coding downstream 47922 40855741 ~ 40860603 (-)
XLOC_023709 cebp1 coding downstream 78031 40820699 ~ 40830494 (-)
XLOC_023708 NA coding downstream 94245 40811531 ~ 40814280 (-)
XLOC_023714 NA coding upstream 222724 41133265 ~ 41152077 (-)
XLOC_023715 acvr2ba coding upstream 256728 41167269 ~ 41220538 (-)
XLOC_023716 xylb coding upstream 323214 41233755 ~ 41267184 (-)
XLOC_023717 CABZ01084145.1 coding upstream 344333 41254874 ~ 41254989 (-)
XLOC_023718 crygn2 coding upstream 394850 41305391 ~ 41312459 (-)
XLOC_023665 dre-mir-735 misc downstream 2730498 38177961 ~ 38178027 (-)
XLOC_023698 CT573356.1 non-coding downstream 1181547 39726846 ~ 39726978 (-)
XLOC_023689 NA non-coding downstream 1682467 39224712 ~ 39226058 (-)
XLOC_023687 NA non-coding downstream 1753438 39150622 ~ 39155087 (-)
XLOC_023720 NA non-coding upstream 423525 41334066 ~ 41334636 (-)
XLOC_023721 NA non-coding upstream 427765 41338306 ~ 41343046 (-)
XLOC_023722 NA non-coding upstream 496491 41407032 ~ 41414837 (-)

Expression


Co-expression Network