G459271


Basic Information

Item Value
gene id G459271
gene name NA
gene type non-coding
species rainbow trout (Oncorhynchus mykiss)
category of species economic fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_048569.1
NCBI id CM023223.2
chromosome length 100798064
location 95538163 ~ 95542980 (-)
genome version USDA_OmykA_1.1_2020_rainbow_trout_Genome

Sequence

>TU520327
GGTTTTggggtcatgaaatattgtgtggatgaagggctgGTTGCGGCCGCGTTGAAtaaagagaaatatatatatatatgtatacaacAAAAATCCATCAATTTACAACCGTTGTGTAATTAAgatatgtaggctacattgagatttttctttcattctttgaatctagtgttagtgtgtagtctcagctatagagtctaactgtatctagtgtgtagtctcagctatagagtctaactgtatctagtgtgtagtctcagctatagagtctaactgtatctagtgtgtagtctcagctatagagtctaactgtatccagtgttagtgtgtagtctcagctatagagtctaactgtatctagtgtgtagtctcagctatagagtctaactgtatctagtgtgtagtctcagctatagagtctaactgtatctagtgtgtagtctcagctatagagtctaactgtatctagtgtgtagtctcagctatagagtctaactgtatctagtgtgtagtctcagctatagagtctaactgtatctagtgtgtagtctcatctatagagtctaactgtatctagtgtgtagtctcagctatagagtctaactgtatctagtgttagtgtgtagtctcagctatagagtctaactgtatctagtgtgtagtctcagctatagagtctaactatatctagtgtgtagtctcagctatagagtctaactgtatctagtgttagtgtgtagtctcagctatagagtctaactgtatctagtgtgtagtctcagctatagagtctaactgtatctagtgtgtagtctcagctatagagtctaactgtatctagtgtgtagtctcagctatagagtctaactgtatctagtgtgtagtctcatctatagagtctaactgtatctagtgtgtagtctcagctatagagtctaactgtatctagtgttagtgtgtagtctcagctatagagtctaactgtatctagtgtgtagtctcagctatagagtctaactatatctagtgtgtagtctcagctatagagtctaactgtatctagtgttagtgtgtagtctcagctatagagtctaactgtatctagtgtgtagtctcatctatagagtctaactgtatctagtgtgtagtctcatctATAGATTCTAACTATATccagtgtgtagtctcagctatagagtctaactgtatctagtgttagtgtgttgtctcagctatagagtctaactgtatctagtgtgtagtctcagctatatagtctaactgtatctagtgttagtgtgtagtctcagctatagagtctaactgtatctagtgtgtagtctcagctatatggtctaactgtatctagtgtgtagtctcagctatagtctaactgtatctagtgtgtagtctcagctatagagtctaactgtatctagtgtgtagtctcagttatagagtctaactgtatctagtgtgtagtttCATCTATAGaatctaactgtatctagtgttagtgtgtagtctcatctatagagtctaactgtatctagtgtgtagtctcatctatagagtctaactgtatctagtgtgtagtctcatctatagagtctaactgtatctagtgttagtgtgtagtctcagttatagagtctaactgtatctagtgttagtgtgtagtctcagttatagagtctaactgtatctagtgttagTATGTAGTCTCAgttatagagtctaactgtatctagtgtgtagtctcatctatagagtctaactgtatctagtgtgtattctcatctatagagtctaactgtatctagtgtgtagtctcatctatagagtctaactatatctagtgttagtgtgtagtctcagctatagagtctaactgtatctagtgtgtagtctcagctatagagtctaactgtgtctagtgttagtgtgtagtctcagctatagagtctaactgtatctactGTGTAGtgtcagctatagagtctaactgtatctagtgtgtagtctcatctatagagtctaactgtatctagtgttagtgtgtagtctcagctatagagtctatctgtatctagtgtgtagtctcatctatagagtctaactgtatctagtgttagtgtgtagtctcagctatagagtctatctgtatctagtgtgtagtctcagctatagagtctaactatATCCAGTGTGTAGTCTcatctatagagtctaactgtatctagtgtgtagtctcagctatagagtctaactgtatctagtgttagtgtgtagtctcagctatagagtctaactgtatctagtgtgtagtctcagctatagagtctaactgtatctagtgtgtagtctcagctatagagtctaactgtgtctagtgtgtagtctcatctatagagtctaactgtatctagtgttagtgtgtagtctcagctatagagtctaactgtatctagtgtgtagtctcagctatagagtctaactgtgtctagtgtgtagtctcatctatagagtctaactgtatctagtgtgtagtctcatctatagagtctaactgtatctagtgtgtagtctcatctatagagtctaactgtatctagtgtgtagtctcatctatagagtctaactgtatctagtgttggtgtgtagtctcagctatagagtctaactgtatctagtgtgtagtctcagctatcgagtctaactgtatctagtgtgtagtctcagctacaGGGTCTAACTGTATCCAGTGTGTAGTCTcatctatagagtctaactgtatctagtgtgtagtctcagctatagagtctaactgtatctagtgtgtagtctcatctatagagtctaactgtatctagtgtgtagtctcatctatagagtctaactgtatctagtgtgtagtctcatctatagagtctaactgtatctagtgttggtgtgtagtctcagctatagagtctaactgtatctagtgtgtagtctcagctatcgagtctaactgtatctagtgtgtagtctcagctatagagtctaactgtatctagtgtgtagtctcagctatagagtgtaactgtatctagtgttagtgtgtagtctcatttatagagtctaactgtatctagtgtgtagtctcagctatagagtctaactgtatctagtgtgtagtctaagctatagagtctaactgtatctagtgtgtagtctcagctatagagtctaactatatctagtgtgtagtctcagctatagagtctaactgtatctagtgtgtagtctcagctatagagtataactgtatctagtgttagTATGTATTCTcatctatagagtctaactgtatctagtgtgtagtctcag

Function

NR:

description
Complement C1q-like protein 2

GO: NA

KEGG: NA

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TU520327 True 3372 lncRNA 0.37 3 95538163 95542980

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
sox14 sox14 coding downstream 189036 95345148 ~ 95349127 (-)
LOC110524856 cldn18 coding downstream 413239 95111855 ~ 95124924 (-)
hs2st1b LOC106560611 coding downstream 484247 94978892 ~ 95053916 (-)
lmo4b lmo4 coding downstream 675073 94828106 ~ 94863090 (-)
zgc:153916 LOC106560658 coding downstream 1251979 94235462 ~ 94286184 (-)
trnap-ugg-7 NA coding upstream 154181 95697161 ~ 95697232 (-)
hdlbpa hdlbp coding upstream 156456 95699436 ~ 95722598 (-)
dtymk dtymk coding upstream 370894 95913874 ~ 95922379 (-)
zgc:103559 LOC106560661 coding upstream 389006 95931986 ~ 95957022 (-)
LOC118964700 NA coding upstream 394806 95937514 ~ 95939648 (-)
G459268 NA non-coding downstream 1675 95514866 ~ 95536488 (-)
G459246 NA non-coding downstream 54063 95483860 ~ 95484100 (-)
G459232 NA non-coding downstream 69092 95467564 ~ 95469071 (-)
G459212 NA non-coding downstream 91506 95446338 ~ 95446657 (-)
G459195 NA non-coding downstream 116207 95421650 ~ 95421956 (-)
G459283 NA non-coding upstream 19026 95562006 ~ 95562215 (-)
G459302 NA non-coding upstream 44789 95587769 ~ 95588078 (-)
G459329 NA non-coding upstream 80868 95623848 ~ 95624134 (-)
G459333 NA non-coding upstream 91208 95634188 ~ 95634413 (-)
G459335 NA non-coding upstream 93034 95636014 ~ 95636535 (-)
G457909 NA other downstream 1674549 93860846 ~ 93863614 (-)
G457742 NA other downstream 2075084 93462352 ~ 93463079 (-)
G457740 NA other downstream 2095750 93441900 ~ 93442413 (-)
G457595 NA other downstream 2517883 93018394 ~ 93020280 (-)
G457537 NA other downstream 2571171 92950678 ~ 92966992 (-)
G459282 NA other upstream 15710 95558690 ~ 95559210 (-)
G459323 NA other upstream 59443 95602423 ~ 95602927 (-)
G459813 NA other upstream 644488 96187468 ~ 96187983 (-)
G460020 NA other upstream 917927 96460907 ~ 96464598 (-)
G460331 NA other upstream 1237863 96780843 ~ 96782021 (-)

Expression


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