LOC118964800 (LOC105008036)


Basic Information

Item Value
gene id LOC118964800
gene name LOC105008036
gene type misc
species rainbow trout (Oncorhynchus mykiss)
category of species economic fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_048570.1
NCBI id CM023224.2
chromosome length 101096859
location 56073 ~ 77877 (+)
genome version USDA_OmykA_1.1_2020_rainbow_trout_Genome

Sequence

>XM_036979169.1
tcttctctctaccccctcccctctcttctctctacccccttccccacccctctcttctctctacctctgaaGTCAGTGCTGTCTTTCTGTCCATTGCTGTGGCTTTGACAGAGTGCTTTGAACTGAGAGCTGATATTCTACAGATTGACCAGGGTGAAGGAGGACACGAGCGAACATTGACCGTCTCCTGTGTGAGATCTGAACTGGCCGTCGAGTGTCCTCAACATCTTGGTAGGAGTGAGCTAAAAGAGGAATACTCCGAACAGATTAGGGCAGCGGACTAGCTGCAGTACTTTTGCATAATGACAGACAGCCCTGTGGAGACCGGTCCCAGCAGCCTCCGTCCCCTGGCCGTAACGGACCTCTCAGGCTTACTGTGTAACCAGTCAGCCTCTCTGGAGGACCAGGATGTCCAGGGACCCCCGGTGCTGGTGGATGCCTGGCTGGTGCCCACCATGTTCAGCCTCATCATGCTGGTCGGCCTGGTGGGGAACTCTCTGGTCATCCACGTTATTACCAGGCACCAGCAGATGAGGACCGTCACCAACTTCTATATAGTGAACCTGGCCACCACAGACATAATGTTCCTGGTGTGTTGTGTTCCCTTCACCGCTACCCTGTACCCTCTGCCAAGCTGGGTGTTCGGAGATCTCATGTGTCGTCTGGTCAGCTACCTACAACAGgtgacAGCCCAGGCGACCTGTATCACTCTGTCTGCTATGAGTGTTGACCGTTGCTATGTGACCGTCTACCCTCTACAGTCCCTACGCCACCGCACCCCTCGCATGGCCGTGACGGTCTCTGTTTCCATCTGgatagGTTCTCTCCTGCTGTCAGTGCCTATAGCTCTGTATCAGCGTTTAGAAGAAGGCTGTTGGTTCGGTCCCCAGACCTACTGCAGCGAAGTGTTTCCTTCAGCCCGCCTCCAGAGAGCGTTTATCCTTTACAGCTTCCTGGCTGTCTACCTGTTACCTCTCGTCACCATCTGCTTCTGTTACGCCTTCATGATCAAACGCATGGGACAGCCCTCGGTACAGCCCACCGACAGCAACTACCAGGTAATAGCCCAAGCAGAACGTGGTGCAACAGTCAGGGCTCGTGTCTCtaggatggtggtggtgatggtggctcTGTTCACTGTGTGCTGGGGGCCCATCCAGATCTGCATCCTGCTCCAGGCCTTCGGACCACACCTGCGCTCCTACACACTCTACAAGGTGAAGATCTGGGCCCACTGCATGTCCTACTCCAACTCTTCTGTCAACCCTCTGGTCTACGCTTTCATGGGCAACAACTTCAGAAAGgcctttaaaaatgccttccCCTCTGTCTTCAGCCCGCAGGGCCaagggagaggggggggcagggggagggtgggggaggcagggagggaaggggggggggcagagtgcCAGGCCCCCAACGTGGacacagagatgcactttctttCATCTGGGACCTGAAGGCCAAACGTCTCATTATTTATTTACAGGTGCGTGTGTCTGTTAGCTAATGCCTGTCGTGATCTCTGAGACTGAGGTCCCAATGTGTCATGTGATTTCTGTAACTCATGTAATATGTCCCAATGGGTCATGTGATTTCTGTAACTCATGTAATATGTCCCAATGTGTCATGTGATTTCTGTAACTCATGTTACATGTCCCAATGTGTCATGTGATTTCTGTAACTCATGTCCCAATGTGTCATGTGATTTCTGTAACTCATGCTACATGTCCCAATGTGTCATGTGATTTCTGTAACTCATGTTACAGGTCCCAATGGGTCATGTGATTTCTGTAACTCAGGTAATAGGTCCCAATGTGTCATGTGATTTATGTAACTCATGGTACATCTCCCAATGTGTCATGTGATTTCTGTAACTCATGTAATATGTCCCAATGTGTCATGTGATTTCTGTAACTCATGTTACATGTCCCAATGTGTCATGTGATTTCTGTAACTCATGTTACATGTCCCAATGTGTCATGTGATTTCTGTAACTCATGTTACAGGTCCCAATGTGTCATGTGATTTCTGTAACTCATGTTACAGGTCCCAATGTGTCATGTGATTTCTGTAACTCATGTTACATGTCCCAATGTGTCATGTGATTTCTGTAACTCATGTTACAGGTCCCAATGTGTCATGTGATTTATGTAACTCATGTTACATGTCCCAATGTGTCATGTGATTTCTGTAACTCATGTTACAGGTCCCAATGTGTCATGTGATTTCTGTAACTCATGTTACATGTCCCAATGTGTCATGTGATTTCTGTAACTCATGTTACATGTCCCAATGTGTCATGTGATTTCTGTAACTCATGTTACATGTCCCAATGTGTCATGTGATTTCTGTAACTCATGTTACATGTCCCAATGTGTCATGTGATTTCTGTTACTGATGTTACAGGTCCCAATGTGTCATGTGATTTCTGTAACTCATGTTACATGTCCCAATGTGTCATGTGATTTCTGTAACTCATGTTACATGTCCCAATGTGTCATGTGATTTCTGTAACTCATGTTACATGTCCCAATGTGTCATGTGATTTCTGTAACTCATGTTACATGTCCCAATGTGTCATGTGATTTCTGTAACTCATGTTACAGGTCCCAATGTGTCATGTGATTTCTGTAACTCATGTTACATGTCCCAATGTGTCATGTGATTTCTGTAACTCACGTTACAGGTCCCAATGTGTCATGTGATTTCTGTAACTCATGTCCCAATGTGTCATGTGATTTCTGTAACTCATGTTACATGTCCCAATGTGTCATGTGATTTCTGTAACTCATGTTACATGTCCCAATGTGTCATGTGATTTCTGTAACTCATGTTACATGTCCCAATGTGTCATGTGATTTCTGTTACTCATGTTACAGGTCCCAATGTGTCATGTGATTTCTGTAACTCATGTTACATGTCCCAATGTGTCATGTGATTTCTGTAACTCATGTTACATGTCCCAATGTGTCATGTGATTTCTGTAACTCATGTTACATGTCCCAATGTGTCATGTGATTTCTGTAACTCATGTTACATGTCCCAATGTGTCATGTGATTTCTGTAACTCATGTTACAGGTCCCAATGTGTCATGTGATTTCTGTAACTCATGTTACATGTCCCAATGGGTCATGTGATTTCTGTAACTCATGTTACATGTCCCAATGTGTCATGTGATTTCTGTAACTCATGTTACATGTCCCAATGGGTCATGTGGTCTTTTATGTCtttgttcagtttttttttactgtCTGATATTCCTATTAATTATGTTAATATGTATTCCTATTCATTATATACATTTGATATATATTAATTATGTTAATCTTTATTTCAATTTATTATTATGTAAATGTTTTCTTCCAATTCATTATGTAGATTTTTATTTCTATATTTGGTCTCTCTAGTCTAGAacatagtagtagtgtagtactgtaatactctagtactgtagtactgtaatactctagtactgtaatactgtaatactctagtactgtactactgtagtactgtaatactatagtactgtaatactgtagtactataatactgtaa
>XR_005051976.1
tcttctctctaccccctcccctctcttctctctacccccttccccacccctctcttctctctacctctgaaGTCAGTGCTGTCTTTCTGTCCATTGCTGTGGCTTTGACAGAGTGCTTTGAACTGAGAGCTGATATTCTACAGATTGACCAGGGTGAAGGAGGACACGAGCGAACATTGACCGTCTCCTGTGTGAGATCTGAACTGGCCGTCGAGTGTCCTCAACATCTTGGTAGGAGTGAGCTAAAAGAGGAATACTCCGAACAGATTAGGGCAGCGGACTAGCTGCAGTACTTTTGCATAATGACAGACAGCCCTGTGGAGACCGGTCCCAGCAGCCTCCGTCCCCTGGCCGTAACGGACCTCTCAGGCTTACTGTGTAACCAGTCAGCCTCTCTGGAGGACCAGGATGTCCAGGGACCCCCGGTGCTGGTGGATGCCTGGCTGGTGCCCACCATGTTCAGCCTCATCATGCTGGTCGGCCTGGTGGGGAACTCTCTGGTCATCCACGTTATTACCAGGCACCAGCAGATGAGGACCGTCACCAACTTCTATATAGTGAACCTGGCCACCACAGACATAATGTTCCTGGTGTGTTGTGTTCCCTTCACCGCTACCCTGTACCCTCTGCCAAGCTGGGTGTTCGGAGATCTCATGTGTCGTCTGGTCAGCTACCTACAACAGgtgacAGCCCAGGCGACCTGTATCACTCTGTCTGCTATGAGTGTTGACCGTTGCTATGTGACCGTCTACCCTCTACAGTCCCTACGCCACCGCACCCCTCGCATGGCCGTGACGGTCTCTGTTTCCATCTGgatagGTTCTCTCCTGCTGTCAGTGCCTATAGCTCTGTATCAGCGTTTAGAAGAAGGCTGTTGGTTCGGTCCCCAGACCTACTGCAGCGAAGTGTTTCCTTCAGCCCGCCTCCAGAGAGCGTTTATCCTTTACAGCTTCCTGGCTGTCTACCTGTTACCTCTCGTCACCATCTGCTTCTGTTACGCCTTCATGATCAAACGCATGGGACAGCCCTCGGTACAGCCCACCGACAGCAACTACCAGGTAATAGCCCAAGCAGAACGTGGTGCAACAGTCAGGGCTCGTGTCTCtaggatggtggtggtgatggtggctcTGTTCACTGTGTGCTGGGGGCCCATCCAGATCTGCATCCTGCTCCAGGCCTTCGGACCACACCTGCGCTCCTACACACTCTACAAGGTGAAGATCTGGGCCCACTGCATGTCCTACTCCAACTCTTCTGTCAACCCTCTGGTCTACGCTTTCATGGGCAACAACTTCAGAAAGgcctttaaaaatgccttccCCTCTGTCTTCAGCCCGCAGGGCCaagggagaggggggggcagggggagggtgggggaggcagggagggaaggggggggggcagagtgcCAGGCCCCCAACGTGGacacagagatgcactttctttCATCTGGGACCTGAAGGCCAAACGTCTCATTATTTATTTACAGGTGCGTGTGTCTGTTAGCTAATGCCTGTCGTGATCTCTGAGACTGAGGTCCCAATGTGTCATGTGATTTCTGTAACTCATGTAATATGTCCCAATGGGTCATGTGATTTCTGTAACTCATGTAATATGTCCCAATGTGTCATGTGATTTCTGTAACTCATGTTACATGTCCCAATGTGTCATGTGATTTCTGTAACTCATGTCCCAATGTGTCATGTGATTTCTGTAACTCATGCTACATGTCCCAATGTGTCATGTGATTTCTGTAACTCATGTTACAGGTCCCAATGGGTCATGTGATTTCTGTAACTCAGGTAATAGGTCCCAATGTGTCATGTGATTTATGTAACTCATGGTACATCTCCCAATGTGTCATGTGATTTCTGTAACTCATGTAATATGTCCCAATGTGTCATGTGATTTCTGTAACTCATGTTACATGTCCCAATGTGTCATGTGATTTCTGTAACTCATGTTACATGTCCCAATGTGTCATGTGATTTCTGTAACTCATGTTACAGGTCCCAATGTGTCATGTGATTTCTGTAACTCATGTTACAGGTCCCAATGTGTCATGTGATTTCTGTAACTCATGTTACATGTCCCAATGTGTCATGTGATTTCTGTAACTCATGTTACAGGTCCCAATGTGTCATGTGATTTATGTAACTCATGTTACATGTCCCAATGTGTCATGTGATTTCTGTAACTCATGTTACAGGTCCCAATGTGTCATGTGATTTCTGTAACTCATGTTACATGTCCCAATGTGTCATGTGATTTCTGTAACTCATGTTACATGTCCCAATGTGTCATGTGATTTCTGTAACTCATGTTACATGTCCCAATGTGTCATGTGATTTCTGTAACTCATGTTACATGTCCCAATGTGTCATGTGATTTCTGTTACTGATGTTACAGGTCCCAATGTGTCATGTGATTTCTGTAACTCATGTTACATGTCCCAATGTGTCATGTGATTTCTGTAACTCATGTTACATGTCCCAATGTGTCATGTGATTTCTGTAACTCATGTTACATGTCCCAATGTGTCATGTGATTTCTGTAACTCATGTTACATGTCCCAATGTGTCATGTGATTTCTGTAACTCATGTTACAGGTCCCAATGTGTCATGTGATTTCTGTAACTCATGTTACATGTCCCAATGTGTCATGTGATTTCTGTAACTCATGTTACATGTCCCAATGTGTCATGTGATTTCTGTAACTCATGTTACATGTCCCAATGTGTCATGTGATTTCTGTAACTCATGTTACATGTCCCAATGTGTCATGTGATTTCTGTAACTCATGTTACATGTCCCAATGTGTCATGTGATTTCTGTAACTCATGTTACAGGTCCCAATGTGTCATGTGATTTCTGTAACTCATGTTACATGTCCCAATGGGTCATGTGATTTCTGTAACTCATGTTACATGTCCCAATGTGTCATGTGATTTCTGTAACTCATGTTACATGTCCCAATGGGTCATGTGGTCTTTTATGTCtttgttcagtttttttttactgtCTGATATTCCTATTAATTATGTTAATATGTATTCCTATTCATTATATACATTTGATATATATTAATTATGTTAATCTTTATTTCAATTTATTATTATGTAAATGTTTTCTTCCAATTCATTATGTAGATTTTTATTTCTATATTTGGTCTCTCTAGTCTAGAacatagtagtagtgtagtactgtaatactctagtactgtagtactgtaatactctagtactgtaatactgtaatactctagtactgtactactgtagtactgtaatactatagtactgtaatactgtagtactataatactgtaa
>TU526356
gcCAGGCCCCCAACGTGGacacagagatgcactttctttCATCTGGGACCTGAAGGCCAAACGTCTCATTATTTATTTACAGGTGCGTGTGTCTGTTAGCTAATGCCTGTCGTGATCTCTGAGACTGAGGTCCCAATGTGTCATGTGATTTCTGTAACTCATGTAATATGTCCCAATGGGTCATGTGATTTCTGTAACTCATGTAATATGTCCCAATGTGTCATGTGATTTCTGTAACTCATGTTACATGTCCCAATGTGTCATGTGATTTCTGTAACTCATGTCCCAATGTGTCATGTGATTTCTGTAACTCATGCTACATGTCCCAATGTGTCATGTGATTTCTGTAACTCATGTTACATGTCCCAATGGGTCATGTGATTTCTGTAACTCATGTTACATGTCCCAATGTGTCATGTGATTTCTGTAACTCATGTTACATGTCCCAATGGGTCATGTGGTCTTTTATGTCtttgttcagtttttttttactgtCTGATATTCCTATTAATTATGTTAATATGTATTCCTATTCATTATATACATTTGATATATATTAATTATGTTAATCTTTATTTCAATTTATTATTATGTAAATGTTTTCTTCCAATTCATTATGTAGATTTTTATTTCTATATTTGGTCTCTCTAGTCTAGAacatagtagtagtgtagtactgtaatactctagtactgtagtactgtaatactctagtactgtaatactgtaatactctagtactgtactactgtagtactgtaatactatagtactgtaatactgtagtactataatactgtaatactctagtactgtaatactgtaatactctagtactgtaatactctagtactgtaatactgtaatactgtagtactATAATCCTGTAATACTCTAGTACTGTAATACtctagtactgtaatactgtaatactctaGTACTGggatactgtaatactgtagaactgtaatactgtaatactctagtactgtaataccgtagtactataatactgtaatactctaGTACTGTAATACGGTAGAagtataatactgtaatactgtagtactataatactgtaatactctagtactgtaatactgtagtactattatactgtaatactctagtactgtagtactgcaaTACTCtagtactgtactactgtataactgtaatactgtaatactccAGTACTGTAATACTTTAATActccagtactgtaatactgtaatactctagtactgtaatactgtagtactgtaatactgtaattctgtagtactgtagtactataATGCTGCAATACTCTAGTACTGTAGTACtctagtactgtaatactgtagaactCTAATACTGCAATACTGTagtactataatactgtaatactctagtactgtaatactgtagtactattacactgtaatactgtaataatgtaatactccagtactgtagtactgtaatactctagtactgtaatactgtaatactccagtactgtaatactgtaatactctagtactgtaatactctagtactgtaatactgtaattctgtagtactgtagtactataATGCTGCAATACTCTAGTACtgcagtactgtaatactgtaatactctaCTACTGTAGTATTGTAACACTGTAATACTCtactactgtagtactgtagtattgtaatactgtaatactctaGTACTGTAATACTcttgtactgtaatactgtaattctgtagtactgtagtactataATGCTGCAATACTCtactactgtagtactgtaatactgtaatactctagtactgtaatactgtaatactctactactgtagtactgtaatactgtaattcTGTAGTACTGCAGTACTATAATGATGCAATACTCTAGtaatgtaatactgtaatactctaCTACTGTAGTACTTTAgtattgtaatactgtaatactctagtactgtaatactgtaatactctaGTACTGTAGTAAcgtagtactgtagtactacaACAATGTTgtagtgtgtgcatgcgtgttcaTGCACTGATCACGTTTTAGAAAAACCAATCGTGGTTGTAAAAATTGATATCAACTGCAAGCACAGTCATTGGTCCCCTGAGATTGCCCAATAGGAAGCCGACCCATGCTgctacaaaaaaacagagcaaactagaatgctatttggccctgaacagagagtacagagtggcagaatacctgaccactgtgactgacccaaatttaaggaaatctttgactatgtacagactcagtcagcATAGCcgtgctattgagaaaggccgccgtaggcagacatggctctcaagagaagacagactatgtgctcactgcccacaaaatgaggtggaaaccgagctgtacttcctaacctcctgcccaatgtatgaccatattagagagacatacttCCCTCAGATTATACAGACCCATATAAAATTTTATAACAAACCCAAATTTGATGAACTCCcacatctactgggtgaaataccagtgtgacataccagcagcaagagttgtgacctgttgccacaagaaaaagaCTGAATTTACAATGGTgaataacaaacaccattgtaaatacaacccatatttatgcttatttattttcccttttgtacatgaaccatttgtacatcgtttacaacactgtatatatataatatgacatttgaacttTTGTGTAAttgttactgttatttttcattgtttatttaacttttgtttattatctatttcacttactttggcaacgttaacatgtttcccatgacaataaagcctctttaattgaaat

Function

NR:

description
PREDICTED: uncharacterized protein LOC106592766 isoform X1

GO: NA

KEGG: NA

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
XM_036979169.1 False 3565 mRNA 0.44 7 56073 75864
XR_005051976.1 False 3332 mRNA 0.45 8 56073 75864
TU526356 True 2815 lncRNA 0.34 2 73710 77877

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
LOC118964799 isca1 coding upstream 7072 43896 ~ 52580 (+)
LOC110525138 rufy3 coding downstream 366852 442716 ~ 549899 (+)
LOC118964801 NA coding downstream 467240 543104 ~ 545704 (+)
LOC110525134 NA coding downstream 475917 551781 ~ 554254 (+)
LOC118964804 NA coding downstream 479300 555164 ~ 555893 (+)
tars1 LOC106585996 coding downstream 488413 564277 ~ 602519 (+)
G463671 NA non-coding upstream 14427 20723 ~ 41646 (+)
G463724 NA non-coding downstream 13064 88928 ~ 90024 (+)
G463732 NA non-coding downstream 27107 102971 ~ 103720 (+)
G463786 NA non-coding downstream 133502 209366 ~ 210014 (+)
G463798 NA non-coding downstream 167857 243721 ~ 243971 (+)
G463805 NA non-coding downstream 175537 251401 ~ 252259 (+)
G463813 NA other downstream 189545 265409 ~ 268151 (+)
G464705 NA other downstream 1152841 1228705 ~ 1229099 (+)
G465203 NA other downstream 1986464 2062328 ~ 2064067 (+)
zfr zfr other downstream 2323897 2342330 ~ 2451362 (+)

Expression

LOC118964800(LOC105008036) Expression in all Baseline Samples

Bar chart with 20 bars.
The chart has 1 X axis displaying categories.
The chart has 1 Y axis displaying values. Range: 0 to 3.
End of interactive chart.

LOC118964800(LOC105008036) Expression in each Bioproject

Bar chart with 20 bars.
LOC118964800(LOC105008036) Expression in each Sample
The chart has 1 X axis displaying categories.
The chart has 1 Y axis displaying Expression. Range: 0 to 150.
End of interactive chart.

Co-expression Network