vamp8 (LOC106585118)


Basic Information

Item Value
gene id vamp8
gene name LOC106585118
gene type misc
species rainbow trout (Oncorhynchus mykiss)
category of species economic fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_048570.1
NCBI id CM023224.2
chromosome length 101096859
location 37050701 ~ 37065030 (-)
genome version USDA_OmykA_1.1_2020_rainbow_trout_Genome

Sequence

>XM_021606360.2
AGCGAAATATTCGAGCAGGGTCAAAGCGAAGCGATTCACTTTGAGGGAGAAAACAACAACCCAGGAAGTAGGTAACGTAATCGGCTGTTGAACGGGGACCACAAACTCAATACAAAAGTTCGACACATTTAATGCATCAGGATCAAATAAGTTATCGCTCGGGTGGCAAAGGACTCCATTTTCCAACAACATGTCTAATGATATGGAGAAGGGTGAGGTGGTGGAGCAGGACAAGGTGAAGACCCTGCAATCTCAGGTGGATGGGGTGAAGGACATAATGACCCAGAACGTGGACCGGATCCTGGCCCGGGGTGAGAGGCTGGATGACCTGATGGGCAAGTCAGAGGACCTGCAGGCTGGGGCTCAGAACTTCAAGCACACGTCTCAGAAGGTGGCTCGTTCCTACTGGTGGAAGAACATGAAGCTGTGGGTGGTGATAGTGGTCATCGTCCTCATCATAATCCTCATCATTGTACTGCTCGCCACTGGAGTCATCCCTACTAGCTCGCCTGCTCCCCCTCTTCCCACACCCACAAAAGCGCAATAACCCCCCCATGGCGGAGACACATATTTACAGtacatcacacacacgcacatacacactcacatacttGTTAGCTTACTTACCACCTGAGCAATTTCTTTCAAGAGAAGCCCAACTTCGAGACCAACTTGGCTCATGATCAATAGCTACTGTTGACTCTATAGTTCAACAATGCGTCATCACTTTGAAATGATGCATGTTGGCTTTTATGAATAACCCTCACTTATTTGCACATTTTCTCCCTTTTTCTTAAATACATCAGTCTCAACTCTTGTACTGCTTCACACCCTCCATCTAACCAGTCTTTGGCCATTCAAACACCATATGGttcatttgaagaaaaaaaacgacTAACTCCCCCATCTCTGTTAATGCTGGGCCGCAAATATTTTTCAGGGAAGACCAAAGTACTAATTAAGGGGTAGATATTGTCATTGTAGCCTATATAATGTTATTTGTGACACATTTCTAAATTCATGCTGGTATTTATTTGGCATTTATGGTTTCTATTAATTTGGTGTTTTGAGGGTATGTAATGTGATCCACACACAGTCAGGGGTAAGGAGTTAAGCCTCCAAGAGGTCGAAGGTCAGGACAGATTTGAATGGGTGAACATGGGAGATATGAAAAGATTTGTGCTGTAGAGATGTGTTTGTCATGGTCATTGTTGCTGatatttattttaaattgttTGTATAGTTAGTCTTTTCTCACTTTTTCACCGTATTTGAATGGGTTTTAGCTGAGCTGGTTACTAGAACGGTTGTCACAGTGTTTTGGTTTTGAAAGATGGGAGAACAGATTTTCTTACTTGCAATGTTACAGTTAAAGAAAGCATCGGAGGCCACAGACGAGACACAGGCTGGTGGGaactgagagagggaaagagagaatggTGGGAGACTCTGGAGAAGTGAAAGGTCTTTACACCTCTATCCATGACCTTCTGATACTCCATCATACATAACCTGCTGGAACTCTTGTCAGGACCTATGCTTGTTATCATGTTCCATGCACCCAGGTCTTGGAAACCCTGGCTAACTCCAGTCAAGCTGCTGTGAGAGAGGGATGATTGAACAGCTAACAAGTCCCCTGCTGGTCTAAACTAATGTCTGAAGCTCCTATGACTGCTGTCACGACATGGCTTAGTTACTGCCTTGTTTTAGGAAGACACTATCTTTcaattgtaatgtactgtaattcaGTCATTGCTTACCTATTTCTTCCCCTTTATTTCTTTGCCCACTTTAATCTTAATTCCCCCAAAATGTATTAATTCTGGTAATGTAATCTTGACTCCATTAAAACGATAAATTGCAGAGTAGCTTTTGGTACATGTATTCTTTAGCTACTTTAGCCTTTTAACTTGTCCCACTGCCCACTCCAATGGTGCAATACCATCTGAGCTTTGGAGAGGTCAAGGGGTTAACTCCCATGCGTGTATATAGTTCATGTTTAGTTTTTTCACCTGTTAGTACATTTGTAAACCATCCAAGTAGTGTAACATTGAGGTTCATTTAAGGCTATTTGTCATCTCTTCTGAACATCTTTTGTTTTTCATATTACTGTATTAATGTTATTTTTAATCAACAATACCAATGAAGGAGTATGATATGACATGCTTGGATTAAAAAGTGTCTACATACTTAGAAAATGCCTGACACCTTTTATAATGGGAAATTATTGAAGTACAATTTTGCCTTAATCCCTTAATTAAAAGTATGagcacataaaaaaatatattaaaaaatttaaaaaattataagGCTGCCACCATAATGTGCCTTGCTATAGTCCGATCATAAAGGTCAGATATGTGTAGCCGTGGGGCGCCGGGCCAGAGATATGATATTTTAGACCAGTAGGATGTATTGGGAATTTGGGCCAGTTACAATTGCTGGAGAATGATTTGTTTTTCATTCATTGATAGAGTTCAACTATGTTGTTTCTGATTCGTTATATAATAAATAGTATTACCCTA
>XM_021606361.2
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>TU570775
TTCACTTTGAGGGAGAAAACAACAACCCAGGAAGTAGGTAACGTAATCGGCTGTTGAACGGGGACCACAAACTCAATACAAAAGTTCGACACATTTAATGCATCAGGATCAAATAAGTTATCGCTCGGGTGGCAAAGGACTCCATTTTCCAACAACATGTCTAATGATATGGAGAAGGGTGAGGTGGTGGAGCAGGACAAGGTGAAGACCCTGCAATCTCAGGTGGATGGGGTGAAGGACATAATGACCCAGAACGTGGACCGGATCCTGGCCCGGGGTGAGAGGCTGGATGACCTGATGGGCAAGTCAGAGGACCTGCAGGCTGGGGCTCAGAACTTCAAGCACACGTCTCAGAAGGTGGCTCGTTCCTACTGGTGGAAGAACATGAAGCTGTGGGTGGTGATAGTGGTCATCGTCCTCATCATAATCCTCATCATTGTACTGCTCGCCACTGGAGTCATCCCTACTAGCTCGCCTGCTCCCCCTCTTCCCACACCCACAAAAGCGCAATAACCCCCCCATGGCGGAGACACATATTTACAGtacatcacacacacgcacatacacactcacatacttGTTAGCTTACTTACCACCTGAGCAATTTCTTTCAAGAGAAGCCCAACTTCGAGACCAACTTGGCTCATGATCAATAGCTACTGTTGACTCTATAGTTCAACAATGCGTCATCACTTTGAAATGATGCATGTTGGCTTTTATGAATAACCCTCACTTATTTGCACATTTTCTCCCTTTTTCTTAAATACATCAGTCTCAACTCTTGTACTGCTTCACACCCTCCATCTAACCAGTCTTTGGCCATTCAAACACCATATGGttcatttgaagaaaaaaaacgacTAACTCCCCCATCTCTGTTAATGCTGGGCCGCAAATATTTTTCAGGGAAGACCAAAGTACTAATTAAGGGGTAGATATTGTCATTGTAGCCTATATAATGTTATTTGTGACACATTTCTAAATTCATGCTGGTATTTATTTGGCATTTATGGTTTCTATTAATTTGGTGTTTTGAGGGTATGTAATGTGATCCACACACAGTCAGGGGTAAGGAGTTAAGCCTCCAAGAGGTCGAAGGTCAGGACAGATTTGAATGGGTGAACATGGGAGATATGAAAAGATTTGTGCTGTAGAGATGTGTTTGTCATGGTCATTGTTGCTGatatttattttaaattgttTGTATAGTTAGTCTTTTCTCACTTTTTCACCGTATTTGAATGGGTTTTAGCTGAGCTGGTTACTAGAACGGTTGTCACAGTGTTTTGGTTTTGAAAGATGGGAGAACAGATTTTCTTACTTGCAATGTTACAGTTAAAGAAAGCATCGGAGGCCACAGACGAGACACAGGCTGGTGGGaactgagagagggaaagagagaatggTGGGAGACTCTGGAGAAGTGAAAGGTCTTTACACCTCTATCCATGACCTTCTGATACTCCATCATACATAACCTGCTGGAACTCTTGTCAGGACCTATGCTTGTTATCATGTTCCATGCACCCAGGTCTTGGAAACCCTGGCTAACTCCAGTCAAGCTGCTGTGAGAGAGGGATGATTGAACAGCTAACAAGTCCCCTGCTGGTCTAAACTAATGTCTGAAGCTCCTATGACTGCTGTCACGACATGGCTTAGTTACTGCCTTGTTTTAGGAAGACACTATCTTTcaattgtaatgtactgtaattcaGTCATTGCTTACCTATTTCTTCCCCTTTATTTCTTTGCCCACTTTAATCTTAATTCCCCCAAAATGTATTAATTCTGGTAATGTAATCTTGACTCCATTAAAACGATAAATTGCAGAGTAGCTTTTGGTACATGTATTCTTTAGCTACTTTAGCCTTTTAACTTGTCCCACTGCCCACTCCAATGGTGCAATACCATCTGAGCTTTGGAGAGGTCAAGGGGTTAACTCCCATGCGTGTATATAGTTCATGTTTAGTTTTTTCACCTGTTAGTACATTTGTAAACCATCCAAGTAGTGTAACATTGAGGTTCATTTAAGGCTATTTGTCATCTCTTCTGAACATCTTTTGTTTTTCATATTACTGTATTAATGTTATTTTTAATCAACAATACCAATGAAGGAGTATGATATGACATGCTTGGATTAAAAAGTGTCTACATACTTAGAAAATGCCTGACACCTTTTATAATGGGAAATTATTGAAGTACAATTTTGCCTTAATCCCTTAATTAAAAGTATGagcacataaaaaaatatattaaaaaatttaaaaaattataagGCTGCCACCATAATGTGCCTTGCTATAGTCCGATCATAAAGGTCAGATATGTGTAGCCGTGGGGCGCCGGGCCAGAGATATGATATTTTAGACCAGTAGGATGTATTGGGAATTTGGGCCAGTTACAATTGCTGGAGAATGATTTGTTTTTCATTCATTGATAGAGTTCAACTATGTTGTTTCTGATTCGTTATATAATAAATAGTATTACCC

Function

NR:

description
vesicle-associated membrane protein 8-like isoform X1

GO: NA

KEGG: NA

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
XM_021606360.2 False 2525 mRNA 0.41 3 37050701 37065023
XM_021606361.2 False 2529 mRNA 0.41 3 37050701 37065030
TU570775 True 2489 TUCP 0.41 3 37050703 37064989

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
vamp5 LOC106585117 coding downstream 3424 37037439 ~ 37047277 (-)
trnag-ccc-2 NA coding downstream 62606 36988025 ~ 36988095 (-)
LOC110525876 LOC106585115 coding downstream 62936 36970068 ~ 36987765 (-)
LOC110525875 LOC106585114 coding downstream 81465 36951506 ~ 36969236 (-)
LOC118965024 NA coding downstream 192469 36854388 ~ 36858232 (-)
ncaph LOC106585119 coding upstream 3762 37068792 ~ 37077715 (-)
LOC110525880 casp3 coding upstream 32749 37097779 ~ 37102994 (-)
LOC110525881 LOC106585120 coding upstream 95349 37160379 ~ 37193152 (-)
ogfod2 ogfod2 coding upstream 275675 37340705 ~ 37344084 (-)
LOC110525887 LOC106585127 coding upstream 403728 37468758 ~ 37482116 (-)
G502562 LOC106580507 non-coding downstream 31872 37015347 ~ 37018829 (-)
G502530 NA non-coding downstream 118349 36932097 ~ 36932352 (-)
G502529 NA non-coding downstream 118887 36931311 ~ 36931814 (-)
G502527 NA non-coding downstream 123528 36926931 ~ 36927173 (-)
G502526 NA non-coding downstream 124109 36926288 ~ 36926592 (-)
G502591 NA non-coding upstream 14388 37079418 ~ 37079622 (-)
G502593 NA non-coding upstream 18889 37083919 ~ 37084236 (-)
G502598 NA non-coding upstream 25833 37090863 ~ 37091122 (-)
G502610 NA non-coding upstream 37976 37103006 ~ 37103337 (-)
G503009 NA non-coding upstream 45847 37110877 ~ 37111089 (-)
hk2 LOC106585103 other downstream 533433 36507843 ~ 36569143 (-)
G501142 NA other downstream 1282772 35765366 ~ 35767929 (-)
G498960 NA other downstream 3009527 34040359 ~ 34041174 (-)
LOC110525812 LOC103397138 other downstream 3713921 33332650 ~ 33336818 (-)
G498484 rpl6 other downstream 3720197 33327507 ~ 33330504 (-)
G503064 NA other upstream 174814 37239844 ~ 37240937 (-)
G503159 LOC106580514 other upstream 266454 37331484 ~ 37336552 (-)
nsmfb nsmf other upstream 1889840 38926899 ~ 38967540 (-)
G505472 NA other upstream 2140848 39205878 ~ 39206269 (-)
G505493 ptch1 other upstream 2167663 39232693 ~ 39233210 (-)

Expression


Co-expression Network