LOC110525902 (LOC106585137)


Basic Information

Item Value
gene id LOC110525902
gene name LOC106585137
gene type coding
species rainbow trout (Oncorhynchus mykiss)
category of species economic fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_048570.1
NCBI id CM023224.2
chromosome length 101096859
location 38566569 ~ 38582901 (+)
genome version USDA_OmykA_1.1_2020_rainbow_trout_Genome

Sequence

>XM_021606400.2
ATTAACTCTTTAGCCAAGGACGGGAGGTGACGATGACTGGTGTTTCTGTTAACAGTAGATCATCTGGCATCCAGTAGATGATCAGGTGAAAGGGACTCCTTCCAGTCCACTCAAACTCTGTAAATGTATAGAAAAGGCAGGTCCTTGCCATCTACAGTATTTGCATACAGTCTATTCATTATTCATTGTTCTGGCATTTACTTGTTGTAACTTAAAACATTTTGACGCTGTGTATAGTGGGGCGGGCTCTACTGTCTGTCAGGTAGTACACTTAGGTGTCAGTCTGCTAACCGCATTGTTCCCTTTTTGACTCTTATGCCACCAGGCTCCAGCCCTTACCTTTCAACACCCAGAAGGTTCAGTGTCACACCAATGGTCGATGGGATCATCACCATAAGGAAATATGAATCGTCCCTGTGTGAACTGCTTGAAAGGTTTTGTCACCTTCCTCAACTTCATCTGCTGGTTGTGTGGTGCCTTCATCGTGGGTTTTGGAGAGTTCCAGATGATGCACTCTAGATTTGGCTCCCTCATCACATCCTTCTGGCCCATATACCCTGCCAACACCCTGATAGTCACGGGTACCATTGTGACGTGTGTATGTTTCCTGGGAATCATGGGGGCCCTGATGGAAAACCGCTGTATGCTCATCACTTTTTTCATCCTGCTGTTTATCTTGATGCTGGTGGAGCTGGCCATGGCCTGTGTGTTTCTGGTGTACGAGAGGGAGATGGACAATTTCTTTGAGAAAGACCTGATGCGTAGCTTGGAGACATACAAGAATTCTACGTCAGAGGGGAACTTAACCATTAAAGAGGACTTTGATGTGGTCCAACATATTTTCAGGTGCTGTGGGGTCCACGGCGTGGCAGACTGGGAGGGCAACGTGCCCCTCTCCTGTTGTACCAAAAACCCCTGTAACATCATCCCCCAACCTAACTGGCAGGAGGGCTGCCATATGAAGCTCAGGAACTGGTTTGCGAGGAACTTTCTAAGCACTGGAGCAGGTGTCGTCTCCCTTTTCATTCTACAGTTCATTTGCATGTGTTTCACCATCCCCATCTTCTGCCAGTTCAGTCGTAATGGATATGGTTACAAGTGAAAGGAGAACCCATGACTTTCAACTGGCTTATTACACAATACAGGATATCATTTTAACAGGAGACAAAATAACAATAGATTTAATTTATGTAGAGCTTTTTAATACATTAAAATTCTCAAAGATGTAGTGATGtcctgtggctcagttggtagagctcgGCCCTCGCAAAGCCAGGATTGtgtgtttgattcccacgggAGAGCATTGCGATGCACTCACTGTGAGCCGCTCTGGAGAATAGCGtcagctaaatgactaaaatgtagatGTAATAAGGATATCGTTTTCCTTCACATGTTTAGTTTTTGTTTGATtgtttatttaagcaataaggcccgaggaggtgtgatATATGGCGAAGGGCTTTCTATGCAGGACGCAACACGGAGTACCTTATTGCTTTCattaactggttaccaacgtaattagaacagtaaaaataaatgctttgtcatacccgtggtatatgatCTGATATAcaatggctgtcagccaatcagcactcagggctcgaaccacccagtatATAATGAATCAATAAGGCACGGGGGGGGTGatatatggccagtataccacggctaagggctgttcttatgcacgactcAACGCAGAGTAATTATAAACCAGAATGCTGATTGTCTGACAGCTgcggtatatcagactgtataccacgggtacatgtatttttactgctctaattacgttggtaaccagtttataatagcaataaggccccTCTGGGGTTTATATTTGACATTTCTGAGAGAAGTAATGTTATGAGTAGTAGTACTTAGCATATGACCAGGTATCTAACAAAATAGATTGGCAAGAACAGTTGCTATTGACACTTTGAGTAATTTGAGCACAGGAGGTTGctggcaccttaattgaggacgacgggctcatggtaatggctggagcggaattagtggaatggtatcaaatacatcaaacgcaCGGTttacatgtgtttgatgccactccatttgctccgtttcggccattattatgagccgtccttccctcagcagcctcctgtgaatTTGAGCAATCGTTCTGTATTTTTGTGTTTTAATTTCATTCTGGATGAATTGCACCTTAGAGACTAATATGTATGTATGTTATTGTGATTGTTTCAAAACCACAGGTAAATTAACATTAATCAACTGGATTCTTGACTGCTCATACCTGTCTATTAAACCATAGATTCGCAATAAAAATGTGGATGTGCATAACA
>XM_021606401.2
ATTAACTCTTTAGCCAAGGACGGGAGGTGACGATGACTGGTGTTTCTGTTAACAGTAGATCATCTGGCATCCAGTAGATGATCAGGTGAAAGGGACTCCTTCCAGTCCACTCAAACTCTGTAAATGTATAGAAAAGGCAGGTCCTTGCCATCTACAGTATTTGCATACAGTCTATTCATTATTCATTGTTCTGGCATTTACTTGTTGTAACTTAAAACATTTTGACGCTGTGTATAGTGGGGCGGGCTCTACTGTCTGTCAGGTAGTACACTTAGGTGTCAGTCTGCTAACCGCATTGTTCCCTTTTTGACTCTTATGCCACCAGGCTCCAGCCCTTACCTTTCAACACCCAGAAGGTTCAGTGTCACACCAATGGTACACAGGTATTATATCTGCTGTTTTAACTGAGGGAACATTGTGGATTacttttgatcactttgtttgtAAGGTCGATGGGATCATCACCATAAGGAAATATGAATCGTCCCTGTGTGAACTGCTTGAAAGGTTTTGTCACCTTCCTCAACTTCATCTGCTGGTTGTGTGGTGCCTTCATCGTGGGTTTTGGAGAGTTCCAGATGATGCACTCTAGATTTGGCTCCCTCATCACATCCTTCTGGCCCATATACCCTGCCAACACCCTGATAGTCACGGGTACCATTGTGACGTGTGTATGTTTCCTGGGAATCATGGGGGCCCTGATGGAAAACCGCTGTATGCTCATCACTTTTTTCATCCTGCTGTTTATCTTGATGCTGGTGGAGCTGGCCATGGCCTGTGTGTTTCTGGTGTACGAGAGGGAGATGGACAATTTCTTTGAGAAAGACCTGATGCGTAGCTTGGAGACATACAAGAATTCTACGTCAGAGGGGAACTTAACCATTAAAGAGGACTTTGATGTGGTCCAACATATTTTCAGGTGCTGTGGGGTCCACGGCGTGGCAGACTGGGAGGGCAACGTGCCCCTCTCCTGTTGTACCAAAAACCCCTGTAACATCATCCCCCAACCTAACTGGCAGGAGGGCTGCCATATGAAGCTCAGGAACTGGTTTGCGAGGAACTTTCTAAGCACTGGAGCAGGTGTCGTCTCCCTTTTCATTCTACAGTTCATTTGCATGTGTTTCACCATCCCCATCTTCTGCCAGTTCAGTCGTAATGGATATGGTTACAAGTGAAAGGAGAACCCATGACTTTCAACTGGCTTATTACACAATACAGGATATCATTTTAACAGGAGACAAAATAACAATAGATTTAATTTATGTAGAGCTTTTTAATACATTAAAATTCTCAAAGATGTAGTGATGtcctgtggctcagttggtagagctcgGCCCTCGCAAAGCCAGGATTGtgtgtttgattcccacgggAGAGCATTGCGATGCACTCACTGTGAGCCGCTCTGGAGAATAGCGtcagctaaatgactaaaatgtagatGTAATAAGGATATCGTTTTCCTTCACATGTTTAGTTTTTGTTTGATtgtttatttaagcaataaggcccgaggaggtgtgatATATGGCGAAGGGCTTTCTATGCAGGACGCAACACGGAGTACCTTATTGCTTTCattaactggttaccaacgtaattagaacagtaaaaataaatgctttgtcatacccgtggtatatgatCTGATATAcaatggctgtcagccaatcagcactcagggctcgaaccacccagtatATAATGAATCAATAAGGCACGGGGGGGGTGatatatggccagtataccacggctaagggctgttcttatgcacgactcAACGCAGAGTAATTATAAACCAGAATGCTGATTGTCTGACAGCTgcggtatatcagactgtataccacgggtacatgtatttttactgctctaattacgttggtaaccagtttataatagcaataaggccccTCTGGGGTTTATATTTGACATTTCTGAGAGAAGTAATGTTATGAGTAGTAGTACTTAGCATATGACCAGGTATCTAACAAAATAGATTGGCAAGAACAGTTGCTATTGACACTTTGAGTAATTTGAGCACAGGAGGTTGctggcaccttaattgaggacgacgggctcatggtaatggctggagcggaattagtggaatggtatcaaatacatcaaacgcaCGGTttacatgtgtttgatgccactccatttgctccgtttcggccattattatgagccgtccttccctcagcagcctcctgtgaatTTGAGCAATCGTTCTGTATTTTTGTGTTTTAATTTCATTCTGGATGAATTGCACCTTAGAGACTAATATGTATGTATGTTATTGTGATTGTTTCAAAACCACAGGTAAATTAACATTAATCAACTGGATTCTTGACTGCTCATACCTGTCTATTAAACCATAGATTCGCAATAAAAATGTGGATGTGCATAACA
>XM_021606399.2
TTAACTCTTTAGCCAAGGACGGGAGGTGACGATGACTGGTGTTTCTGTTAACAGTAGATCATCTGGCATCCAGTAGATGATCAGGTGAAAGGGACTCCTTCCAGTCCACTCAAACTCTGTAAATGTATAGAAAAGGCAGGTCCTTGCCATCTACAGTATTTGCATACAGTCTATTCATTATTCATTGTTCTGGCATTTACTTGTTGTAACTTAAAACATTTTGACGCTGTGTATAGTGGGGCGGGCTCTACTGTCTGTCAGGTAGTACACTTAGGTGTCAGTCTGCTAACCGCATTGTTCCCTTTTTGACTCTTATGCCACCAGGCTCCAGCCCTTACCTTTCAACACCCAGAAGGTTCAGTGTCACACCAATGGTACACAGGTCGATGGGATCATCACCATAAGGAAATATGAATCGTCCCTGTGTGAACTGCTTGAAAGGTTTTGTCACCTTCCTCAACTTCATCTGCTGGTTGTGTGGTGCCTTCATCGTGGGTTTTGGAGAGTTCCAGATGATGCACTCTAGATTTGGCTCCCTCATCACATCCTTCTGGCCCATATACCCTGCCAACACCCTGATAGTCACGGGTACCATTGTGACGTGTGTATGTTTCCTGGGAATCATGGGGGCCCTGATGGAAAACCGCTGTATGCTCATCACTTTTTTCATCCTGCTGTTTATCTTGATGCTGGTGGAGCTGGCCATGGCCTGTGTGTTTCTGGTGTACGAGAGGGAGATGGACAATTTCTTTGAGAAAGACCTGATGCGTAGCTTGGAGACATACAAGAATTCTACGTCAGAGGGGAACTTAACCATTAAAGAGGACTTTGATGTGGTCCAACATATTTTCAGGTGCTGTGGGGTCCACGGCGTGGCAGACTGGGAGGGCAACGTGCCCCTCTCCTGTTGTACCAAAAACCCCTGTAACATCATCCCCCAACCTAACTGGCAGGAGGGCTGCCATATGAAGCTCAGGAACTGGTTTGCGAGGAACTTTCTAAGCACTGGAGCAGGTGTCGTCTCCCTTTTCATTCTACAGTTCATTTGCATGTGTTTCACCATCCCCATCTTCTGCCAGTTCAGTCGTAATGGATATGGTTACAAGTGAAAGGAGAACCCATGACTTTCAACTGGCTTATTACACAATACAGGATATCATTTTAACAGGAGACAAAATAACAATAGATTTAATTTATGTAGAGCTTTTTAATACATTAAAATTCTCAAAGATGTAGTGATGtcctgtggctcagttggtagagctcgGCCCTCGCAAAGCCAGGATTGtgtgtttgattcccacgggAGAGCATTGCGATGCACTCACTGTGAGCCGCTCTGGAGAATAGCGtcagctaaatgactaaaatgtagatGTAATAAGGATATCGTTTTCCTTCACATGTTTAGTTTTTGTTTGATtgtttatttaagcaataaggcccgaggaggtgtgatATATGGCGAAGGGCTTTCTATGCAGGACGCAACACGGAGTACCTTATTGCTTTCattaactggttaccaacgtaattagaacagtaaaaataaatgctttgtcatacccgtggtatatgatCTGATATAcaatggctgtcagccaatcagcactcagggctcgaaccacccagtatATAATGAATCAATAAGGCACGGGGGGGGTGatatatggccagtataccacggctaagggctgttcttatgcacgactcAACGCAGAGTAATTATAAACCAGAATGCTGATTGTCTGACAGCTgcggtatatcagactgtataccacgggtacatgtatttttactgctctaattacgttggtaaccagtttataatagcaataaggccccTCTGGGGTTTATATTTGACATTTCTGAGAGAAGTAATGTTATGAGTAGTAGTACTTAGCATATGACCAGGTATCTAACAAAATAGATTGGCAAGAACAGTTGCTATTGACACTTTGAGTAATTTGAGCACAGGAGGTTGctggcaccttaattgaggacgacgggctcatggtaatggctggagcggaattagtggaatggtatcaaatacatcaaacgcaCGGTttacatgtgtttgatgccactccatttgctccgtttcggccattattatgagccgtccttccctcagcagcctcctgtgaatTTGAGCAATCGTTCTGTATTTTTGTGTTTTAATTTCATTCTGGATGAATTGCACCTTAGAGACTAATATGTATGTATGTTATTGTGATTGTTTCAAAACCACAGGTAAATTAACATTAATCAACTGGATTCTTGACTGCTCATACCTGTCTATTAAACCATAGATTCGCAATAAAAATGTGGATGTGCATAACA

Function

NR:

description
leukocyte surface antigen CD53-like

GO: NA

KEGG: NA

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
XM_021606400.2 False 2339 mRNA 0.43 8 38566569 38582901
XM_021606401.2 False 2412 mRNA 0.43 8 38566569 38582901
XM_021606399.2 True 2346 mRNA 0.43 8 38566570 38582901

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
lman2lb LOC106585136 coding upstream 4288 38556641 ~ 38562281 (+)
htra4 LOC106585134 coding upstream 68684 38481640 ~ 38497885 (+)
LOC110525893 LOC106585131 coding upstream 659406 37869319 ~ 37907163 (+)
tcim LOC106585128 coding upstream 1066340 37499196 ~ 37500229 (+)
ppp3cca LOC106585124 coding upstream 1100184 37387677 ~ 37466385 (+)
cd53 cd53 coding downstream 1557 38584458 ~ 38590364 (+)
si:ch211-102c2.4 LOC106585141 coding downstream 46145 38629046 ~ 38637996 (+)
LOC110525907 NA coding downstream 81767 38664668 ~ 38666501 (+)
traf2a LOC106585142 coding downstream 85578 38668479 ~ 38683603 (+)
LOC110525909 LOC100380751 coding downstream 163753 38746654 ~ 38857447 (+)
G503936 NA non-coding upstream 218882 38347186 ~ 38347687 (+)
G503757 NA non-coding upstream 469079 38090805 ~ 38097490 (+)
G503629 LOC106585132 non-coding upstream 645015 37916220 ~ 37921554 (+)
G503598 NA non-coding upstream 657543 37907355 ~ 37909026 (+)
G503487 NA non-coding upstream 784178 37782067 ~ 37782391 (+)
G504126 NA non-coding downstream 88405 38671306 ~ 38671690 (+)
G504715 NA non-coding downstream 187566 38770467 ~ 38770724 (+)
G504719 NA non-coding downstream 191572 38774473 ~ 38774817 (+)
G499111 NA other upstream 4414832 34151140 ~ 34151737 (+)
LOC110525816 LOC106585060 other upstream 5101514 33447246 ~ 33465055 (+)
c6h22orf39 cssa24h22orf39 other upstream 5246221 33317578 ~ 33320353 (+)
LOC110525799 LOC106585046 other upstream 5402308 33135282 ~ 33165186 (+)
polk polk other upstream 5637718 32926258 ~ 32936958 (+)
fancc fancc other downstream 687058 39269915 ~ 39312098 (+)
LOC110525927 smim15 other downstream 1091111 39673964 ~ 39680031 (+)
LOC110525928 LOC106585161 other downstream 1151883 39734703 ~ 39750180 (+)
G505988 NA other downstream 1379751 39962652 ~ 39963098 (+)
G506095 atp5a1 other downstream 1613899 40196800 ~ 40203886 (+)

Expression


Co-expression Network