LOC110526052 (hic2)


Basic Information

Item Value
gene id LOC110526052
gene name hic2
gene type coding
species rainbow trout (Oncorhynchus mykiss)
category of species economic fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_048570.1
NCBI id CM023224.2
chromosome length 101096859
location 47150900 ~ 47217434 (+)
genome version USDA_OmykA_1.1_2020_rainbow_trout_Genome

Sequence

>XM_021606654.2
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>XM_036980265.1
ATTCTCCGATGCGTGGGATAGCATGCTAGTGCAGGTTTATTGTCGGTTGTGAACGGATTGATTGCGCAAAGGGGTGTGAATCGCAAATGATCTTCGCTGTGGTGGCTTTCTATCGCGTGCCAACAAAAAGGGCTTCGCTTATGGTGCCTATACTGGCTCTACCAGCTTGGCAAGATGTCAGCTCCCTTTTTGTCTGCATGAACATCTTTGAAAACCCGCTGACGATCACAGCATGGATTTTCTACCGTTTTTTGTTTTGTAGATACGATAACATTGTTTAAATTTATGTTATTTCGCAATGTTGGTTGCACCCGATGATAGCCTGCCTCTGTTTAATGCTTGGGTAAACTAGCTGGCAACCTGAAAGAAAGGAGGGATCTCAATGCAATTAGTTTAGCTTGCGCACTACGATTCTCCCTCatctttaaaaacatttattatttcgaTTGTACATGCCATTTTATAGGCATTGGATTTCTCATGGGAATGCCTTTTTCATATTTGGACTTCGAGGCTATGTTGATCACAACACATTTTATGGATGCAATTATTTGATTAAGGTGTTGCTTgtgtaggaagagagagaaaaggaagggaAATGGAACTGCCAAATCATGCCAAACAAATACTACTGCAACTCAACCAGCAGAGGGCTAAGGGCTTCCTGTGTGACGTCATCATCGTGGTGGAGAACGCTCTGTTCCGAGCCCACAAGAACATCCTAGCAGCCAGCAGTATCTACTTCAAGTCCCTGGTTCTCCACGACAACCTCATCAACCTGGACACAGAGATGGTGAATCCCTCTGTTTTCCGACAAGTCCTGGACTTCATCTACACAGGGAAGCTCCTGTCCTCATTGGACCAGAGTAATGAGCAGAACTACAGTGCCCTCTTGACCGCAGCCAGCTACCTCCAGCTCCATGACCTCGCCGCGCTGTGCAGGAAGAAGCTCAAGCGAAGCGGCGGCAAGCCTTTGCCGGGTAAACTCTCCTCCTCGGGTCCGCTCAGCCGACTGCGCCACAACAACGAGCGCCTCTCGTCCTCCGCCCTCACCGCCTCCCACAACCACTACGTCCTCGCCCCCTCTGAAGCAGACCAGCCACAGCCCGATGACGGCCTCCAGGACAAGCTCTCGGATGATGAGATGTTCATCGGGAGCACCGCCGGGAAGAATGGGACCTGCGGGAGTGGTAGTAATGGAAACCTCAGTAACGGTTTGAGCGGCAGGGAGACAGATCTGGGGCTGGACCTGTCCAAGAAGAGCCCTCCATCGGCGTGTACCACATCAGACGCACTCAGCCCTCACAGCAACTCACAGGGTTCCCCTCAATCTGCCTCAGTATCCACAACCAACAGTGCCTCACTGGATGATTCCACCATCACTCTGCCCGGTCTGGACACCACCGGCCCAGAGCCCATGGAGCTCATACCCACCCCCAAAGCCCCTGAAGACAGTCAGGCCCATCCAGACGCTCCCCTGCCTCGCAAGAGCTCCCGCCAGGTAGCCCGCAAAAAGGAGTGGCCCAAGAGAGAGGCCTCTGGCCTGAAGGCTGAGGATCGTGACCCGCCCCTGGTCAATGGTGTGATCGTGGGACCTAAAGAGGGCCGTTCATCCAGGGGTGTAGGCGGGGACAGCAGGTGCAGCTTTCCCTCAGACCAGTCCTTCCAgtgtaaagaggaggaggaaggaggggagaatgGGCAGGAGCACAGTGACCAGAGCGGGCATAGtgatggagagagtggaggaggagggcacCACAGCGCCAACTATGTGTACCGGCAGGAAGGGTTTGAGCCAGCGTTTGGGGACAACTTGTATGTGTGCATCCCCTGTGGGAAGGGCTTTCCCAGCTCGGAGCAGCTTAACGCCCATGTGGAGACGCACACAGAGGACGAGCTCTACATCAAAGAGGAGGGAGGGGCCTTTGTGAAAGAGGAAGAGGCTGAGGACCTCTCGACCCCCGTGGCTCCCACCACATTCGGCATCTCCGAGCCACGGCCCTTCAAGTGCACCGTATGCAGTAAGAGCTATAAAGACCCGGCGACCCTGAGACAGCACGAGAAGAGCCACTGGCTGACCCGACCCTTCCCATGTAACATCTGCGGGAAGATGTTCACCCAGAGAGGCACTATGACGCGCCACATGCGGAGCCACCTGGGCCTGAAACCGTTTGCTTGCGATGAGTGTGGCATGCGCTTCACACGCCAGTACCGCCTGACGGAGCACATGCGCGTCCACTCGGGAGAGAAGCCGTACGAATGCCAGTTGTGCGGTGGAAAGTTCACCCAGCAACGCAACCTCATCAGCCACCTCAGAATGCACACCTCACCCTCCTAAAACACAACATCAAGCCAAAGAAtgctttttcatttttttccccaCCTCACAACTAAACAAATGCACATGTACACTCATGCAGAAACACaggtacacactctctctctcacacacacacacacgtaaacataGATTTCTATACACAACCACCTGGCTTAGTGTGTGTAGTGGTTGTCCAGAGTCAGCATGTGGCAGGATGGTCATGGAAAACAACCACAGCATGTCCACCACCTCTGGAAGTCTAGACGGGCAGTGtacctccccttccctccctctctctgaagtTACCTATGGTGGATGTGAGGGCATGGACCGGTGGTTGTCTCTCTTATATCTTGTAAATGTGAATGGGGTACTGTTGTAACCTCAGGCCCACCTCATGCCTCTCATACACCCTCAACACCTTTACTTGGGAGTATTTAGGCCTTTGACTTTTTCAAACTGATCCCTTCTGGGGGTATTCAGGGTTCCCTCTATACTCCAACCTCATTAGTCAAACAACTACGCCATTCCTCCTTTTAATTTAGACAGGTCTAATATTATTCACTCTGTCAATGATGTACACTACAGGCAATAATTTCAAAGAATGTGTTTTTGTTGTAAGCTACTGTATATGTCCAATGCTAATGTGAGTGAACCTGAAGATAGTGGGGATGTCTGCATTCGGGTGGAGGGATGTTGTTGGTCATATCCATGCTTTACCTAAAAGTTTGATGTCTGAGTTTCCAGATGAGGGGCTCAATTTAATTTACTccagacacacactcaccttaAAGTCTCCACTCTACAGCTGGTCTCTGagtaagagaaagaggggaggtggGGTTAGTCATTTTGCCCATGAAAGCTCATCCTGgcataacaaaaaaacaaaatggagGTACTTGTTTTACTCAAAGAACCTGTAATGTTTCTGTGAATGTTTAAACTGGAAGGTCTTCGGATGTGTCTTCTTGGGGGAGGGGGAAATGGGGTGAGGGTGGGGCAGTTAGTTGAACAGGGAAGagacggggggaggggggggggggtcggtgtAGGCTGAACTTCTCGTTTGGTGGGTACGTTTATTTTTTGTCAGTATAGCTTTCCTCCCCTTACAAAAAAGAAAAGCTTATTTCGATAGGCTTGTGAACTCGCTACCTCTGATTACTCTTATGAACTCTACGTTGATTAGTTGAAAGTTACTAAATGTAATTAATTGTATAAAGTGTGTAGATAGTAACTTTTCCCCTAATGCTTTAACCTGCTTTAACCTGCCCATCTCTCAACACAGGTTTTTCATGCTTTTTAGATTTGTACATGTTAACATAACATTATGTTAACAACTCTGTCTTTTTTTTTACTTCTTGTCATAAAGATAGCTTTCCGGGTGCTCTTCTCAATGAACAGGCCCCCACCTCACAATGTACTGTATTTTCTTGCAAATAGTGGTTAGTGAGTTTAGATGCACAGTGTTCCAAAGATCTAATGAATGTTAAGGCGAACGGAGCTGACTAACACATTTTGCTCGACAAGTTCATaaccaaagtaaaaaaaaaaaaaaaaaagatataagaTATATAGCATACTTAATTATTTCACCTTTGATTTGTCTTTTTACTGTATGAAAAAACAATTTAAGAATTGTATTCTAGGTCCAGACAATTGAAACCCACAGTTGTGTTGGACTATTGACCAATGACTCTTGAGACTCTTGAGTTTCTGTGTGGTTTGCGAGGAAAGCCTGTGCTGATTGGTGGGCTGGTGTTAACATCAACTTTACATGTAAAGTAACTGTAGAGTTTACAATGTTCCCTgaactttatttttatttgtaacaaGGGTCCTTCTCATCACTTTATATTCCCTGACCTAAAAGCAGGACTTGATTACATTTTATGTGTTCTGTTCAGaccaaaaaaaaagaagaaaaaatgaTAATGACATTTTTTATGTGAAGTTCTAAGTTTGCTTGTTAGTTTATTGAGCCAGACTTATGAAATCTTGTATTGGAAAGGGAGAGGTAAGGATGCACTGGACAGCTCAATTCTTATCCAGAGCcaattacagtagtgagtgcatacattttagtACTTTTTTTGTACTCCCAGTTGCCTCCCATATGGGCCATTCttattgaatatttatttattagCATAGTACTACAAATTACAAACTCTACTGTAATCATTCTCCACTGAAACCCAAGCTGTCTGTCTTAGCTTGTCCGGTGTGTCCCGACTCTTATGGTAAACTATGGGGGAGAGAAACATTCAGTGCAAGTTTTTGGTATAGGCATTCCTCCATTATTTTGGTTTTACCtatctttttttacatttctattcCTCCTTCATCCTCATGGTTGGTCTGTGAAATGTTATGTCATCATATAGGGATGCAGCTGCAGTCATACAAGCATCGTTATCGTTTCAAGGTAACTGCGTCTTGGACTCTGAgatgttactttaaaaaaaaaaatgttttgctgttCTCGCCGAGGTAAAAGCAGTTACTGCTGAGTGATTGCATGGTACGTGTGTATTTGTAACGCCCAccccctcaccaccaccacccaccctccAACCTGAAATCCATCATGTAATTAATTGTTTTCCTGTGACCTCTTCTTACTTATTCGGGAGTCCACGATGCATTGCCTTCAGACGCTATTGTTCTTGTC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Function

symbol description
hic2 Predicted to enable DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific and RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding activity. Predicted to be involved in regulation of transcription by RNA polymerase II. Predicted to be active in nucleus. Orthologous to human HIC2 (HIC ZBTB transcriptional repressor 2).

NR:

description
hypermethylated in cancer 2 protein

GO:

id name namespace
GO:0005634 nucleus cellular_component
GO:0046872 metal ion binding molecular_function
GO:0003676 nucleic acid binding molecular_function

KEGG:

id description
K24384 HIC; hypermethylated in cancer protein

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
XM_021606654.2 False 8161 mRNA 0.45 2 47150900 47217434
XM_036980265.1 True 8481 mRNA 0.44 2 47151162 47217434

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
si:dkey-88e18.2 il12b coding upstream 31889 47110812 ~ 47119011 (+)
LOC110526907 NA coding upstream 146548 46993596 ~ 47004352 (+)
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rasgrf2b rasgrf2 coding upstream 250896 46722960 ~ 46900004 (+)
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LOC110526909 LOC106585521 coding downstream 203807 47421241 ~ 47424219 (+)
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G514496 NA non-coding upstream 132341 47018247 ~ 47018559 (+)
G514614 NA non-coding downstream 20058 47237492 ~ 47237777 (+)
G514628 NA non-coding downstream 38247 47255681 ~ 47256160 (+)
G514639 NA non-coding downstream 50185 47267619 ~ 47267921 (+)
G514641 NA non-coding downstream 51609 47269043 ~ 47269331 (+)
G514632 NA non-coding downstream 64066 47281500 ~ 47284426 (+)
G514499 NA other upstream 127808 47022294 ~ 47023092 (+)
G514464 NA other upstream 223186 46926842 ~ 46927714 (+)
G513745 NA other upstream 249777 46900561 ~ 46901123 (+)
G513501 NA other upstream 790315 46359956 ~ 46360585 (+)
LOC110526042 LOC106584891 other upstream 960608 46076084 ~ 46190292 (+)
G514662 LOC106597055 other downstream 85749 47303183 ~ 47329244 (+)
G514665 NA other downstream 89004 47306438 ~ 47320050 (+)
G515069 NA other downstream 732572 47950006 ~ 47952254 (+)
G515189 LOC100135962 other downstream 1334185 48532377 ~ 48587888 (+)

Expression


Co-expression Network