nr1h3 (nr1h3)


Basic Information

Item Value
gene id nr1h3
gene name nr1h3
gene type coding
species rainbow trout (Oncorhynchus mykiss)
category of species economic fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_048570.1
NCBI id CM023224.2
chromosome length 101096859
location 56332705 ~ 56357630 (+)
genome version USDA_OmykA_1.1_2020_rainbow_trout_Genome

Sequence

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Function

symbol description
nr1h3 Enables nuclear receptor activity. Acts upstream of or within several processes, including embryonic viscerocranium morphogenesis; lipid homeostasis; and regulation of intestinal lipid absorption. Predicted to be located in nucleus. Is expressed in several structures, including brain; digestive system; eye; heart; and pleuroperitoneal region. Human ortholog(s) of this gene implicated in obesity and type 2 diabetes mellitus. Orthologous to several human genes including NR1H3 (nuclear receptor subfamily 1 group H member 3).

NR:

description
oxysterols receptor LXR-alpha isoform X1

GO: NA

KEGG:

id description
K08536 NR1H3, LXRA; liver X receptor alpha

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
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XM_036979134.1 False 4108 mRNA 0.45 11 56332732 56357492
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XM_021604942.2 True 4394 mRNA 0.45 10 56333476 56357630

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
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LOC110526175 LOC106587084 coding upstream 211958 56020625 ~ 56120747 (+)
LOC110526173 LOC106587080 coding upstream 343251 55982270 ~ 55990919 (+)
LOC110526171 LOC106587080 coding upstream 351801 55971440 ~ 55980904 (+)
LOC110526181 madd coding downstream 4401 56362031 ~ 56445865 (+)
LOC110526184 LOC106587093 coding downstream 196220 56553850 ~ 56562955 (+)
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LOC110526195 LOC106587104 coding downstream 731117 57088747 ~ 57196089 (+)
G524199 NA non-coding upstream 7535 56324937 ~ 56325170 (+)
G524139 NA non-coding upstream 50732 56278248 ~ 56281973 (+)
G524074 LOC102208280 non-coding upstream 190499 56140696 ~ 56142206 (+)
G524073 NA non-coding upstream 192227 56139929 ~ 56140478 (+)
G524303 NA non-coding downstream 226646 56584276 ~ 56589481 (+)
G524371 NA non-coding downstream 319479 56677109 ~ 56756337 (+)
G524519 NA non-coding downstream 530919 56888549 ~ 56889643 (+)
G524521 NA non-coding downstream 534756 56892386 ~ 56892635 (+)
G524469 NA non-coding downstream 535615 56893245 ~ 56895396 (+)
LOC110526169 LOC106587076 other upstream 416759 55904064 ~ 55916081 (+)
LOC110526167 LOC106587078 other upstream 766206 55563439 ~ 55568167 (+)
G523529 NA other upstream 848098 55484249 ~ 55484607 (+)
LOC110526161 LOC106587065 other upstream 1391832 54793125 ~ 54954478 (+)
G525645 NA other downstream 1218454 57576084 ~ 57581070 (+)
G525861 LOC106587122 other downstream 1246478 57604108 ~ 57606367 (+)
fbxo3 fbxo3 other downstream 1264218 57621795 ~ 57635241 (+)
LOC110526214 LOC106587124 other downstream 1281844 57639437 ~ 57642487 (+)
G525912 NA other downstream 1345828 57703458 ~ 57710340 (+)

Expression


Co-expression Network