LOC110526281 (cmtm4)


Basic Information

Item Value
gene id LOC110526281
gene name cmtm4
gene type misc
species rainbow trout (Oncorhynchus mykiss)
category of species economic fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_048570.1
NCBI id CM023224.2
chromosome length 101096859
location 61979481 ~ 61997681 (-)
genome version USDA_OmykA_1.1_2020_rainbow_trout_Genome

Sequence

>XM_036980631.1
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>XM_021607103.2
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>XM_021607104.2
CTGCATGGCAGGGGAAAACCTACGCAGTATCTATCAACGAACGATGTTACACACATCCGGAAAGCCCTTCAGTATTTACAATTAAATCAACGGGGATAATAAAGATTGCCTCCTGGACCTAGGCTACCAGAAGTTACTATATCCATTGGGCGTCTTCAAGATTTTAAATACTTTTGAACGCGTTTGCATACAGGAATGTGCAGTTTTTTGGGCGAAGACTTTACATTTACAGTAACCGTAATATAATTTGTATTCCAGCTCAAAACTTTTGGCTACAAAAGCCATGGTGTAACAACGGCATGCCTCGTTTCTTCTGGCCATGATGGATTTTTTGTTATTTACATACAAGTATCACAAAGGAGCGGGATGTAGCTCGCCTGTTTCTCCAACTCCCTGAATAGGTGTTTTCGGTGCGTGTAGAACAAACCAGAATAGTCCCCTTACACTGGTGCGCAACTGTAACGCAATTGGTATCACATTCTTTTTGGAAGCAGCATTTGATCAACGAGGAATATTCGCGGAATAAGCATTGTAACCCccccttctttaaaaaaaaatcgccACAACAAAGTAGCTTGTGCGATCGTCGCATCAAAAGTGAGCAGTTTTTATTTTGTCCCTTTCGCTTATTGCAAACAAGTGTTTTTTTTGGTTTTCAAAGCTACACGGTGAGTAATCCACCACGCTACTCTCTAATAAAGCGCCCGTGCGTGTAGGAGTGTACAGTCAAATCATCATGAGGAACACCGAGGAGGCGGAGGGGTTTGATGGCGAGGCCTCGAACACTTCCATGATCTCGGGAGCAAGTAGCCCATACCAGCCCACCACCGAGCCCGTACACTCAAGGAATGTTTTGGGTGGAATTAGGTGTGACTTTGAGTACCTGAAGTCACACTTTGGCATATTAAAGGCCGTTGAAGTGgCCCTGGCCCTCATAGCCTTCATCTGCATAGAGACCATCATGCTGTGCCTACCCTGCGGAGGGGTCTACTTCTTTGAGTTTGTCAGCTGCAGTGCCTTTGTCATCACCGgcgtcctcctcctcatcttcagcCTCAGTCTGCACACCAAAGTGCACCACGTCAACTGGAGCCTGACGGACCTGGTCAACACTGCAGCCAGcaccttcttcttcttcgtgGCTTCTGTGGTCCTGGCTGCTCTCAACCACAAGTCTGGAGCCGAGATCGCAGCAGTGATATTTGGCTTCCTGGTGACGTGTGTGTACGCTGTGAACACCTTCCTGGCTGTGAAGAGGTGGCGTATGGGTGACGGGCGCTCAGTGGCGGTCCAGACCATGACATAACCAATCCCTGTACCCACTCCATGGATGAACACTGCAGCCTCTTTACTTGGGGGTCTCCTTTGGCGAGAGTCCCTCAAGGCCTGGACCCAGAGCCCTAGCCCCCTGAGAGTACCAATACACAGACTGGGTCAGAGATCTTCCTCTGTCGACAGTCATCAAGAGAATTGACTTGATGTTAATTAAGTGATTTTCTGGTTTCGAATTCAGCGTGGTTTGAAAACATGTCCAGTGTTTTGTAAATGCTCTTAACTGTGTGACTTGGTATCTATGACCACCAGCACGTACTGTACAGGGTTTGGTGGTTATGTTACTTGCAATACGTACACGTAGCACTGTCTGTTTAGATATGGAATGATTGTTTTTAACGCTACAGATCTGACACAATGAGAACAACAATTTAATGAATTCAgttgatttatatattttttttaacatgaaCTTGGGAAAAAAAGGACCAAAAGCTTAGGCCTATTCATTAAGGCAGGTCAACCGGTTATTAAGGTTATGAACTCAGATACTCTTGAAACACATTCCCAACACAGTTCAGTTCCATAATGTCATTACATTTCAGTTGTGACTCCCTCTGTAGAAGATGTAAAGTAACCATCCTCAGTGTATCTCACTAATACACAACACCGAACCACATGAACTTTTGAAGGAAAATTGAAGGTATTCGTTTTTTGACTATCTTTATTGAAGGACTTGATTTAgtttattcagaaagtattcataccccttgactcattccacattttgttgttacagcctgaattcaaaatggattaaatagatttttttctcacccatctacacaaaatagcccctaatgacaaagtgaatacatgtttttagaaatgtttgatacTTTattgaaattcaggctgtaacataactaaatgtggaaaaagtcaaggggtgtaaatcatttctgaaggcaatgtagtTGGTATGGGTGCTATTTGTAAATGGTTAAAGAGTATAAATGTGACGTTTGTAGGTGTTGTACCTATAGTATATCTCGCCTAGTGAGTGCCAGACAAATTGCACAGTGGTACGTTACTAACATGGTGGTACGTTTGGTAATTTAACTTAATACCGATAAACAGGTGCAGGTCGAAGGTCAGCGTCCATAGCACATCTCAGGTATTGGCTGATTcatcatttattttttaaacttaaaTGTGGCATCGCATACATTTGTCAAAAGACGTTGCCTTCTTAATAATTGGGTCCATGGCATACTCATTCACAGAATGGCGCACCAATGGGGTTTTACTTTTTTGCCATGAATGCATTTAGTTGAATGTGTGATCTTATTAACCTTATACAGCAAACGTTATCACATACCTTATTTCAGAAAACACCCTCGCAACTTcctgtacttttttttgttgAGATCACATTTATGGAGATGTAGCCTGAGTCTGTTCATATGTGCAAGTTTGTACTGAATGTGTCTAGGATGAAGGACTTTTAGAAATGTTGACTTGTGTTCTGGTCATTGGATTTTCTGTTCTAAATAGTATTGTGCGTTTACATCTACACAACATTGTGATTCCAGGTGTTCTGTATTCCACAGACCCTGCTggtaatactgtatgtatatgtggaTTATGGTAAGGATACCATCAGAGGTACTGCTCATGGTGGATGCTTTATATGAAGTGCACCTTGTGGGACATCttacaaatgttttaaaagatGCCGTCTTTGTCAAAATGATCATATTTTGTGTTTAAGAGTTGATGAACCAATATTCTTTGTGAGAACAATCTTAAAGCCTAACTAAATGAATGACTTTGTAGGCGAGGGCGGGAACATTGCAAATCTCAAATTCATTTGACTGAATTGACCGTAATAACTGTTGATTATGATTGAAACGTGTGCGAGGGTGGGTTTGCGTGAAGAATGGACAATCAAAATGTTTCTATTTATGTCTCTATTCAATGAAGGACTGGGCTGATTGTTTTAAGTGGTGTATTATGCGTCGGCTTCACAGTAGTGGATCCATCTCCTTTATCTAGCAATACATTATTCTCTATCATGCAGTAATAGACCATGGGAGTGCATATGTAATCCTTGCTTTAACTAGTAGTGAAATGACGTGACTATAGTGGAACAATACAAGTTAATGCTTCATGAAGGCCTTAACAATCCAGAGCACTTTGTAAATATAACCTAAGATTTTGAACGGGGTGTATTTATATTACAGTATCTTTTAACATGCTTAAAACAACTCCACCAGTGCTTCGTGCATAGGTTATGACTTGTGTCAAGGTTTTGAACCACTCACAATCCGAAATGGCCTATCTTAAAATGAAGACTTAACTGCTCTTATCTTTTTAAAGTTTGACCTTGATTTTCTTAAATGCTCTGTAATTGATACAGGTACTTGTACTCGAGGAGGCAGTCATAAAATCTGTATTGTTGTATTTAAATAATTTTCTGTAGATTTAACGAAACTATCGTTAGTGGTGACAACTTTGTTTCAAAATAAACGGGTTTGGAAATGTTGTCTTAATATTTTATTAAACAAAGTAAAGCTTACACTGGCTGAAAA
>TU602302
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Function

symbol description
cmtm4 Predicted to be located in membrane. Predicted to be integral component of membrane. Orthologous to human CMTM4 (CKLF like MARVEL transmembrane domain containing 4).

NR:

description
PREDICTED: CKLF-like MARVEL transmembrane domain-containing protein 4 isoform X2

GO: NA

KEGG: NA

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
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XM_021607103.2 False 4007 mRNA 0.41 4 61979481 61997680
XM_021607104.2 False 3866 mRNA 0.41 5 61979481 61997681
TU602302 True 4002 lncRNA 0.42 3 61979482 61987010

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
LOC110526280 LOC106587284 coding downstream 9512 61966257 ~ 61969969 (-)
LOC110526276 LOC106587288 coding downstream 406537 61505378 ~ 61572944 (-)
LOC110526275 LOC106587289 coding downstream 680021 61225735 ~ 61299460 (-)
LOC110526271 LOC106587292 coding downstream 1307819 60559137 ~ 60671662 (-)
LOC110526272 LOC106587293 coding downstream 1420584 60543727 ~ 60558897 (-)
LOC110526283 LOC106587279 coding upstream 816 61998497 ~ 62013417 (-)
LOC110526285 ula1 coding upstream 66270 62063951 ~ 62070822 (-)
LOC110526287 LOC106587276 coding upstream 113547 62111228 ~ 62149523 (-)
LOC110526288 LOC106587275 coding upstream 152190 62149871 ~ 62152675 (-)
trnaf-gaa-2 NA coding upstream 160431 62158112 ~ 62158184 (-)
G531874 NA non-coding downstream 19223 61903572 ~ 61960258 (-)
G531826 NA non-coding downstream 151833 61827434 ~ 61827648 (-)
G531824 NA non-coding downstream 153966 61825298 ~ 61825515 (-)
G531752 NA non-coding downstream 248923 61730068 ~ 61730558 (-)
G530943 NA non-coding downstream 493249 61485959 ~ 61486232 (-)
G531952 NA non-coding upstream 46459 62044140 ~ 62044476 (-)
G532026 LOC106587268 non-coding upstream 286622 62284303 ~ 62337421 (-)
LOC110526290 LOC106587270 non-coding upstream 322111 62319792 ~ 62322857 (-)
G532047 NA non-coding upstream 346601 62344282 ~ 62346751 (-)
LOC110526296 LOC106587267 non-coding upstream 359626 62357307 ~ 62377726 (-)
znf536 LOC106562015 other downstream 2282518 59507092 ~ 59698393 (-)
G527449 NA other downstream 3201014 58777782 ~ 58778467 (-)
G526903 NA other downstream 3720505 58258552 ~ 58258976 (-)
G526784 dhcr7 other downstream 3824565 58151850 ~ 58154916 (-)
G526752 NA other downstream 3997690 57981467 ~ 57981791 (-)
LOC110526302 LOC106562167 other upstream 516442 62500665 ~ 62566214 (-)
G532766 NA other upstream 825224 62822905 ~ 62855007 (-)
G532763 NA other upstream 854015 62851696 ~ 62852817 (-)
LOC110526310 LOC106587159 other upstream 987848 62985486 ~ 62991995 (-)
igdcc3 LOC106562146 other upstream 1826218 63823887 ~ 63944930 (-)

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