cmc2 (cmc2)


Basic Information

Item Value
gene id cmc2
gene name cmc2
gene type misc
species rainbow trout (Oncorhynchus mykiss)
category of species economic fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_048570.1
NCBI id CM023224.2
chromosome length 101096859
location 70615476 ~ 70621510 (+)
genome version USDA_OmykA_1.1_2020_rainbow_trout_Genome

Sequence

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Function

symbol description
cmc2 Predicted to be active in mitochondrion. Orthologous to human CMC2 (C-X9-C motif containing 2).

NR:

description
COX assembly mitochondrial protein 2 homolog isoform X2

GO: NA

KEGG: NA

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
XM_021604952.2 False 1033 mRNA 0.43 5 70615476 70621510
XM_021604956.2 False 1007 mRNA 0.43 4 70615476 70621510
XM_021604954.2 False 1067 mRNA 0.43 5 70615491 70621510
XM_021604957.2 False 1040 mRNA 0.42 4 70615492 70621510
NM_001160541.1 False 1011 mRNA 0.43 5 70615519 70621506
XM_021604958.2 False 660 mRNA 0.46 3 70616488 70621510
TU611812 False 922 lncRNA 0.44 4 70615525 70621474
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TU611815 False 1093 lncRNA 0.43 4 70615525 70621474
TU611816 False 971 lncRNA 0.43 4 70615525 70621474
TU611817 False 1442 TUCP 0.43 4 70615525 70621474
TU611818 True 1142 lncRNA 0.43 4 70615525 70621474

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
si:ch73-103b9.2 cssa26h16orf46 coding upstream 16288 70594747 ~ 70599188 (+)
LOC110526485 fam92b coding upstream 57378 70551763 ~ 70558098 (+)
LOC110526484 LOC106587367 coding upstream 557413 70049150 ~ 70058063 (+)
LOC110525047 psf2 coding upstream 577019 70036194 ~ 70039507 (+)
emc8 LOC106587369 coding upstream 586547 70026162 ~ 70028929 (+)
LOC110526495 LOC106587464 coding downstream 1060091 71681601 ~ 71690360 (+)
LOC118964930 NA coding downstream 1340414 71961924 ~ 71967802 (+)
LOC110526507 LOC106587468 coding downstream 1389585 72011095 ~ 72021875 (+)
LOC110526509 LOC106563533 coding downstream 1452640 72074150 ~ 72098245 (+)
LOC110526510 pkp3 coding downstream 1496228 72117738 ~ 72135463 (+)
G540237 NA non-coding upstream 6865 70608355 ~ 70608611 (+)
G540233 NA non-coding upstream 9597 70605642 ~ 70605879 (+)
G540231 NA non-coding upstream 11832 70603395 ~ 70603644 (+)
G540228 NA non-coding upstream 21314 70593805 ~ 70594162 (+)
G540239 NA non-coding downstream 2323 70623833 ~ 70627142 (+)
G540249 NA non-coding downstream 7331 70628841 ~ 70629118 (+)
G540251 NA non-coding downstream 10822 70632332 ~ 70632799 (+)
G540714 NA non-coding downstream 75984 70697494 ~ 70697738 (+)
G540745 NA non-coding downstream 103482 70724992 ~ 70725227 (+)
G540179 NA other upstream 131108 70481950 ~ 70484368 (+)
G539959 NA other upstream 595999 70015270 ~ 70019477 (+)
G539068 NA other upstream 1247834 69361641 ~ 69367642 (+)
G541903 NA other downstream 1178530 71800040 ~ 71804462 (+)
G542053 NA other downstream 1479870 72101380 ~ 72102474 (+)
G542100 LOC106587475 other downstream 1529510 72151020 ~ 72152394 (+)
saa saa other downstream 2043950 72665460 ~ 72666872 (+)
G542890 NA other downstream 2144171 72765681 ~ 72766851 (+)

Expression


Co-expression Network