LOC110519163 (LOC106593544)


Basic Information

Item Value
gene id LOC110519163
gene name LOC106593544
gene type misc
species rainbow trout (Oncorhynchus mykiss)
category of species economic fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_048570.1
NCBI id CM023224.2
chromosome length 101096859
location 91370934 ~ 91381714 (-)
genome version USDA_OmykA_1.1_2020_rainbow_trout_Genome

Sequence

>XM_036981515.1
CATGCGTCCAAAGGTCGTGGAGAGTTGTGGACTGGAGGTGTTGCAATAACCTGTTACTTTCTTAAATAGCACGGCCTAGAAGGAGACACCTTTTATTGACAATCACAAAGAAGTAGACCTTAACTTTCAATATGTACGTGTTATTATATACCATATTGGCAGGATTGGCTATACTGCCACTCTTCCTTTATCTCAGAAATCCTTATTTTACGCAGGACCTGCGCTACACAGTAACTTGCGTCTTACTCTGGTTACGAATTAACAGAATCAAGAGGAGCAAACCGTTCTACAGCATGCTGGACTGTTTTCTCGATAAGGTCAAAAAACACCCCAACAAACAGTTTATTGTATTCGAGAAGAGTTCGTATACATACCGGGATGTTGACAAGCAGAGCAACAAGTTGGCCCGGGCGCTCTCACAGCACGCCAGCGTGAAGGAAGGGGACACTGTCGCCCTCTTCATGGGTAACCAGCCCATGTATGTGTTTATCTGGCTGGCCCTGGCTAAACTTGGATGTAGAGCCGCTCTGCTCAACTACAACATCAGGTCCAAGTCCTTATTGCACTGTTTCACCTGCTGTGGAACCAACGTGCTCCTGGCTGCTTCAGagTTGCGTGGAGCGGTAGAGGAGGTTCTCCCCACCCTGAGGGAGCAGAGTGTAAGTGTGTTTGTgctgggtgaggaggaggaggagaagtgtgTGACGGAGGGAGTGAATACtctgagcagcagcaggatacAGCAGGCCTCAGATCAACCTCTGGACCCACAGCTCAGGTCAAAGGTCACCTTAAAGAGCCCTGCCCTCTACATCTATACGTCAGGAACTACAGGTCTGCCGAAGGCTGCGGTGATCACACATGAGAAGCTGTACATGGCCTCCTCTATGCAGGCCATCTCAGGTGTGGCCTCTGATGATGTCATCTACATCTACCTGCCTCTCTACCACTCTGCCGGCTTCATAATGGGTTTGACTGGAGCCATAGAGAGAGGCAGCACCGTTGTCCTGAGGCGtaaattctctgcctctaacttcTGGGATGACTGCAGGAAACACAAGGTGACAGTGATCCAGTACATAGGAGAGATCATGAGGTACCTCTGTAACTCACCCAAGaaAGATAATGACAGGCATCACAAGGTACGTCTGGCCCTGGGTAACGGGCTTAGAGCAGACACCTGGTCAGAGTTCCTGCAGCGTTTTGGTGACATCCGTGTCTGTGAATGTTACGGAGCCACAGAGGGACACGTCGGCTTCATCAACTACATTGGGAAAGTCGGAGCGATTGGCAAAGAGCACTTCTTTCATAAAGCAAACTTCTCCTACGTTCTGATTCAgtatgacacagagagagaggaacctgTCAAAGACTCTAGAGGTTTCTGTATCAAAGTCCCTAAAGGAGAAACTGGATTGCTGGTTGCCAAGATTACGGCGCAGGCTCCGTTTAGTGGCTATGCTAATAAccaggagcagacagacaggaagaagcTGAGAGATGTGTTTGTTAAGGGAGATCTGTACTTCAACAGTGGAGACCTGCTGAGGATCGACCACGAGGGCTTTGTTTACTTCATGGACCGCATCGGAGACACCTTCAGGTGGAAAGGAGAGAACGTGGCCACCACGGAGGTGACTGAGCACCTGATCATGGTGGAATGTATCGAAGAAGCCAACGTCTACGGTGTTAAGGTTCCAGGACACGAGGGGAGGGTTGGAATGGCAGCGATCAAACTGAAAGGTGACATGGAGTTTGACAGTAAAGCCACGCTGGAGCACGTCAAGACCTCCCTGCCCAGCTACGCTCGACCACGCTTCATACGCATACAGAATTCCCTGGCTGTGACTGGAACATTCAAGCATATGAAGGTGAAGCTAGTCGAAGAGGGATTCAACCCATCCATGATGCAGGATCGATTATACTACCTGGAGGACAGTAAGGGATACATCCCCATGACACAGGAGATGTTCCACTCTATTTCTGATGGAAAGATACACTTATGATTGAT
>TU634467
TGTGGACTGGAGGTGTTGCAATAACCTGTTACTTTCTTAAATAGCACGGCCTAGAAGGAGACACCTTTTATTGACAATCACAAAGAAGTAGACCTTAACTTTCAATATGTACGTGTTATTATATACCATATTGGCAGGATTGGCTATACTGCCACTCTTCCTTTATCTCAGAAATCCTTATTTTACGCAGGACCTGCGCTACACAGTAACTTGCGTCTTACTCTGGTTACGAATTAACAGAATCAAGAGGAGCAAACCGTTCTACAGCATGCTGGACTGTTTTCTCGATAAGGTCAAAAAACACCCCAACAAACAGTTTATTGTATTCGAGAAGAGTTCGTATACATACCGGGATGTTGACAAGCAGAGCAACAAGTTGGCCCGGGCGCTCTCACAGCACGCCAGCGTGAAGGAAGGGGACACTGTCGCCCTCTTCATGGGTAACCAGCCCATGTATGTGTTTATCTGGCTGGCCCTGGCTAAACTTGGATGTAGAGCCGCTCTGCTCAACTACAACATCAGGTCCAAGTCCTTATTGCACTGTTTCACCTGCTGTGGAACCAACGTGCTCCTGGCTGCTTCAGagTTGCGTGGAGCGGTAGAGGAGGTTCTCCCCACCCTGAGGGAGCAGAGTGTAAGTGTGTTTGTgctgggtgaggaggaggaggagaagtgtgTGACGGAGGGAGTGAATACtctgagcagcagcaggatacAGCAGGCCTCAGATCAACCTCTGGACCCACAGCTCAGGTCAAAGGTCACCTTAAAGAGCCCTGCCCTCTACATCTATACGTCAGGAACTACAGGTCTGCCGAAGGCTGCGGTGATCACACATGAGAAGCTGTACATGGCCTCCTCTATGCAGGCCATCTCAGGTGTGGCCTCTGATGATGTCATCTACATCTACCTGCCTCTCTACCACTCTGCCGGCTTCATAATGGGTTTGACTGGAGCCATAGAGAGAGGTACACTACGGTACTGTATGGCACAGTTGGTGAGAGTGTTGTTCTGGCAGCCGCCAGGTCGTGGGTTCAATTCCTGCATGGATTACATGCACCTCATAGTAGATAATCCTtttgtcagtcagtgagttagttagataataatttagtcagtcagtgagttagttagttagataataatttagtcagtcagtgagttagtttgtTAGATAATAATtttgtcagtcagtgagttagttagttagataataatttagtcagtcagtcagttagttagttagttatttagttagttagttagtcagttagttagtaAGGTAATAatttagtcagtcagtgagttagttagttagataataatttagtcagtcagtgagttagttagttagatagataataatttagtcagtcagtgagttagtcagtcagtgagttagttagttagataatcatttagtcagtcagtgagttagttagttagataataatttagtcagtcagtcagttagttagttagttagttagttagttagtcagttagttagtaAGGTAGTAatttagtcagtcagtgagttagttagttagataataatttagtcagtcagtgagttagttagataataatttagtcagtcagtgagttagtcagtcagttagttagttagttagttagttagttagttagttagctagttagatAATCCttttgtcagtcagtcagttagttagtaaGGTAATAatttagtcagtcagtgagttagtttgttaggtaatcatttagtcagtcagtgagttagttagttagttaatcattttgtcagtcagtcagtcagttagtttgttaggtaatcatttagtcagtcagtgagttagttagttagataataatttagtcagtcagtcagtgagttagtttgtTAGGTAGTCATTTagccagtcagtgagttagttaggtAATCATTTAGTCACTCAGTAAGTTAGTTTGTTAGGTAATTATTTAGTCAGGCAGTTAGTTTGTTAGTTAGGTAATCatttagtcagtcagtgagttagttatttAGGTGATTATtttgtcagtcagttagttagttagctagctagctagttagttagtttggtaatcatttagtcagtcagttagttagtaaggtaatcatttagtcagtcagtgagttagttagttaggtaatcatttattcagtcagtcagttagttagtaaggtaatcatttagtcagtcagtgagttagtttgttaggtaatcatttagtcagtcagtcagccagttagtttgttaggtaatcatttagtcagtcagtgagttagttaggtaatcattttgtcagtcagtgagttagttaggtaatcatttagtcagtcagtgagtcagctagttagttaggtaatcatttagtcaggcagtgagttagttagttagttagttaggtaatcatttagtcagtcagtgagttagttagtaCGGTAATAATtttgtcagtcagtgagttagtttgttaggtaatcatttagtcagtcagtgagttagttagttaggtaataatttagtcagtcagtgagtaAGTTTGTTAGGTAATCATTTTGTCAGTCAGTTAGTGAGTTAGTTTGTTAGGTAATCatttagtcagtcagtgagttagttagttaggtaatcatttagtcagtcagtaagttagtttgttaggtaatcatttagtcagtcagttagtttgtTAGGTAATCgtttagtcagtcagtcagttagttagtttgtTAGGTAATCATtttgtcagtcagtgagttagttaggtAATCATTTAGTCAGGCAGTGAGTTAGTTTGTTAGGTAATCATTTAGTCAGTTAGTGAGTTTGTTTGTTAGGTAATCattagtcagtcagtgagttagtttgtTAGTTAATCATTTagccagtcagtgagttagttagttagggaatcatttagtcagtcagttagttagtttgtTAGGTAATACTtttgtcagtcagttagttagtttgttagttagttaggtaatcatttagtcagtcagttagttagttaataaTTTAGTCAGTTAGTGAGTTAGTTAGGTAATcatttagtcagtcagttagttagttagttaggtaatcatttagtcagtcagttagttaggtaatcatttagtcagtcagtcagttagtgagTTAGTTTGTTTGTCCATGAGGTTGTGAGCTCTGTTGAATGTTGGTGCTTTATCTTCTCCTCTCAGGCAGCACCGTTGTCCTGAGGCGtaaattctctgcctctaacttcTGGGATGACTGCAGGAAACACAAGGTGACAGTGATCCAGTACATAGGAGAGATCATGAGGTACCTCTGTAACTCACCCAAGaaAGATAATGACAGGCATCACAAGGTACGTCTGGCCCTGGGTAACGGGCTTAGAGCAGACACCTGGTCAGAGTTCCTGCAGCGTTTTGGTGACATCCGTGTCTGTGAATGTTACGGAGCCACAGAGGGACACGTCGGCTTCATCAACTACATTGGGAAAGTCGGAGCGATTGGCAAAGAGCACTTCTTTCATAAAGCAAACTTCTCCTACGTTCTGATTCAgtatgacacagagagagaggaacctgTCAAAGACTCTAGAGGTTTCTGTATCAAAGTCCCTAAAGGAGAAACTGGATTGCTGGTTGCCAAGATTACGGCGCAGGCTCCGTTTAGTGGCTATGCTAATAAccaggagcagacagacaggaagaagcTGAGAGATGTGTTTGTTAAGGGAGATCTGTACTTCAACAGTGGAGACCTGCTGAGGATCGACCACGAGGGCTTTGTTTACTTCATGGACCGCATCGGAGACACCTTCAGGTGGAAAGGAGAGAACGTGGCCACCACGGAGGTGACTGAGCACCTGATCATGGTGGAATGTATCGAAGAAGCCAACGTCTACGGTGTTAAGGTTCCAGGACACGAGGGGAGGGTTGGAATGGCAGCGATCAAACTGAAAGGTGACATGGAGTTTGACAGTAAAGCCACGCTGGAGCACGTCAAGACCTCCCTGCCCAGCTACGCTCGACCACGCTTCATACGCATACAGAATTCCCTGGCTGTGACTGGAACATTCAAGCATATGAAGGTGAAGCTAGTCGAAGAGGGATTCAACCCATCCATGATGCAGGATCGATTATACTACCTGGAGGACAGTAAGGGATACATCCCCATGACACAGGAGATGTTCCACTCTATTTCTGATGGAAAGATACAC

Function

NR:

description
very long-chain acyl-CoA synthetase-like

GO: NA

KEGG: NA

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
XM_036981515.1 False 2011 mRNA 0.49 10 91370934 91381714
TU634467 True 4221 TUCP 0.41 9 91370945 91381689

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
LOC118964970 LOC106593544 coding downstream 14054 91343198 ~ 91356880 (-)
LOC110511526 LOC106592072 coding downstream 83973 91248205 ~ 91286961 (-)
LOC118965056 NA coding downstream 302028 91063850 ~ 91068906 (-)
LOC118964969 NA coding downstream 344517 91022853 ~ 91026417 (-)
LOC118965055 NA coding downstream 381760 90987522 ~ 90989174 (-)
LOC110515052 LOC106594640 coding upstream 1164 91382878 ~ 91406945 (-)
LOC118964971 NA coding upstream 122303 91504017 ~ 91505014 (-)
LOC110518475 fsd2 coding upstream 338646 91720360 ~ 91763932 (-)
LOC110500502 LOC106562864 coding upstream 423229 91804173 ~ 91969990 (-)
LOC118964973 NA coding upstream 448562 91830276 ~ 91837002 (-)
G559445 NA non-coding downstream 17181 91351202 ~ 91353753 (-)
G559463 NA non-coding downstream 24362 91345567 ~ 91346572 (-)
G559462 LOC106587893 non-coding downstream 28800 91341906 ~ 91342134 (-)
G559461 NA non-coding downstream 31980 91338568 ~ 91338954 (-)
G559455 NA non-coding downstream 36462 91326852 ~ 91334472 (-)
G559488 NA non-coding upstream 77300 91459014 ~ 91459228 (-)
G559494 NA non-coding upstream 81210 91462924 ~ 91463219 (-)
G559499 NA non-coding upstream 86184 91467898 ~ 91468304 (-)
G559706 NA non-coding upstream 107812 91489526 ~ 91490409 (-)
G559720 NA non-coding upstream 134375 91516089 ~ 91517377 (-)
G559364 NA other downstream 80597 91289092 ~ 91290337 (-)
G559163 NA other downstream 377985 90992436 ~ 90992949 (-)
G559162 NA other downstream 378757 90990830 ~ 90992177 (-)
G559123 NA other downstream 447099 90923098 ~ 90923835 (-)
G559772 NA other upstream 281884 91663598 ~ 91665349 (-)
G559773 NA other upstream 285012 91666726 ~ 91669659 (-)
G559894 NA other upstream 603566 91985280 ~ 91985810 (-)

Expression


Co-expression Network