XLOC_023983 (ppfibp2b)


Basic Information

Item Value
gene id XLOC_023983
gene name ppfibp2b
gene type coding
species zebrafish (Danio rerio)
category of species model fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007136.7
NCBI id CM002909.2
chromosome length 37502051
location 15933411 ~ 16042941 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome

Sequence

>TCONS_00047605
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>TCONS_00047606
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>TCONS_00047607
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>TCONS_00047609
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Function

symbol description
ppfibp2b Predicted to be involved in neuromuscular junction development. Predicted to be active in presynaptic active zone. Orthologous to human PPFIBP2 (PPFIA binding protein 2).

GO:

id name namespace
GO:0007528 neuromuscular junction development biological_process
GO:0050808 synapse organization biological_process
GO:0048786 presynaptic active zone cellular_component

KEGG: NA

ZFIN:

id description
ZDB-GENE-040718-54 Predicted to be involved in neuromuscular junction development. Predicted to be active in presynaptic active zone. Orthologous to human PPFIBP2 (PPFIA binding protein 2).

Ensembl:

ensembl_id ENSDARG00000029168

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TCONS_00047605 False 5395 mRNA 0.35 3 15933411 15941983
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TCONS_00047607 False 1370 mRNA 0.44 6 15939275 16003285
TCONS_00047608 False 2466 mRNA 0.49 21 15994100 16038477
TCONS_00047609 True 597 mRNA 0.50 3 15997957 16007725

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
XLOC_023982 syt9b coding upstream 27508 15841670 ~ 15905903 (+)
XLOC_023981 spon1b coding upstream 132577 15647750 ~ 15800834 (+)
XLOC_023980 NA coding upstream 323416 15540766 ~ 15609995 (+)
XLOC_023979 BX323543.4 coding upstream 442744 15490212 ~ 15490667 (+)
XLOC_023978 BX323543.2 coding upstream 443767 15487494 ~ 15489644 (+)
XLOC_023984 sb:cb470 coding downstream 305 16043246 ~ 16045771 (+)
XLOC_023985 NA coding downstream 23936 16066877 ~ 16075816 (+)
XLOC_023986 far1 coding downstream 36972 16079913 ~ 16129678 (+)
XLOC_023987 CR759887.4 coding downstream 131961 16174902 ~ 16185861 (+)
XLOC_023988 CR759887.2 coding downstream 143403 16186344 ~ 16192102 (+)
XLOC_023973 CR762411.1 misc upstream 715302 15217824 ~ 15218109 (+)
XLOC_023977 NA non-coding upstream 446631 15484273 ~ 15486780 (+)
XLOC_023972 AL929172.2 non-coding upstream 798693 15134602 ~ 15134718 (+)
XLOC_023992 CR376785.1 non-coding downstream 473213 16516154 ~ 16516562 (+)
XLOC_023997 BX004976.1 non-coding downstream 728850 16771791 ~ 16771908 (+)

Expression


Co-expression Network