XLOC_024036 (mfge8b)


Basic Information

Item Value
gene id XLOC_024036
gene name mfge8b
gene type coding
species zebrafish (Danio rerio)
category of species model fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007136.7
NCBI id CM002909.2
chromosome length 37502051
location 19149241 ~ 19192303 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome

Sequence

>TCONS_00047698
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>TCONS_00047699
CACACCGAACGACTCTTGAGACCCACGAGAAGTTCATTGAAGAACTACATTTCGACACAATGAGAACTTTATCACGCTTGTTTGCTAGTTTCCCACTTCTTGCGGCGTGTTTTCTGGCTGTTTCTGTCTCCACAGCGAGCGCTGACTTCTGCAAAGTAAATGTGTGTTTGAATGGAGGTACCTGTGTGTCTGGAGCAGAAAAAGATTCCTACATCTGCATTTGTGCTGACGGCTTCACTGGAAACACCTGCAACGAGACTCAGATTGGCCCCTGCAACCCAAACCCCTGTAAAAATGATGGCGTGTGCGAGATCATCTCCAACTCTCGACGAGGAGACGTTTTCAGCGAATACATCTGCAAGTGTCCAGTGGGCTTCGAGGGAATCCACTGTCAAAACAATGTGAATGACTGTGCGGGTCAGCCCTGTCTAAACGGAGGCACCTGTCAAGATCTTGATggggacttcaactgtaaatgtccCTCGCCCTATGTTGGAAAACACTGCAATCTGCGATGCATCTCTCTGCTGGGAATGGAAGGAGGAGGAATTGCTGAGTCTCAGATCTCTGCATCTTCAGTGTACTATGGCATTCTGGGACTGCAGCGATGGGGACCCGAGTTGGCTCGGCTTAATAACAAGGGACTTGTTAATGCTTGGACCTCTGCAACGCATGACAAAAACCCCTGGATTgagGTCAACCTGCAGAGGAAGATGCGCTTCACTGGCATCATTACCCAGGGTGCCAGTCGCATGGGCACAGCCGAGTTCATCAAAGCCTTCAAGGTGGCGTCCAGTTTGGATGGAAGAACCTACACCATGTACAGACCTGAGGGCCAGAGCAAAGATATGATTTTTGTTGGTAACATGGACAATGATGGGACAAAGACGAATTTGTTCGAGCCTCCAATCATCGCTCAGTTCCTCCGGATTGTTCCTGTGGTGTGCCGTAAAGCCTGTACTCTGAGAATGGAGCTGGTCGGCTGTGAACTCAACGGTTGCTCCGAGCCGCTCGGCGTCAAGTCTCGGCTCATCAGTGACCGGCAGATGACATCGTCCAGCGCTTTCCGCACCTGGGGCATTGAGGCCTTCACCTGGCACCCGCATTACGCCCGTCTGGACAAACAGGGCAAGACCAACGCCTGGACGGCAGCTACAAACAACCGCTCCGAGTGGCTGCAGGTGGATCTGCTCAGACCAAAGCGCATTACAGGAATCATCACACAAGGAGCCAAAGACTTCGGCAATGTGCAGTTTGTATCTGCCTATAAAGTGGCTCACAGTGACGACGGCCAACACTGGACGATACTCAAAGAAGACAAGACCAAAACAGATAAGATCTTCCCTGGCAACAGTGACAACAACGTGCACAAAAAGAATGTGTTTGACCCGCCCTTCTACGCGCGATTCGTCCGCGTGCTGCCGTGGGCGTGGCATGAGCGCATCACTCTGCGAATGGAGCTGCTGGGCTGCGACGAGTAAACCCCGCCCACTTCTCTCTCAACCTCTCCTCTCTATTTCTCCTTCTCCCTCTTTATACTTCCCATCATTCCTTCTTTTCTCAAACACACCTGCACTGCCTCACTCTCAGCAACAGAGGTCACCATCGCCACACGAGCCAAACCACCACCAACAACACACTAAGCTCAAACCCACAGCGTCACCCTTCCTAAAACAATTCAATACTTATATACAGTGTTCTCCGCTAATATTGGCAGCTTTGGTAagtaaaactatattttaaaatatatgtttatatatattggCATTAGTGAATATGAGCAAGGAATACTGGGGTGAAAATGAGCGAGTTTGTCTTGATATTAcctcatatttatattttaaaaggttaaatatcaatgtgaatataCTTATTCCTTGAGGTCACAATATTTGTGGCACAAAAATGTGACCCTAGACAGCAAAGCCAGTCATTAGAGtctaaaaagagtttttttttttaaatacattatttgaatctgaATAAATTAGCTTTCCACTGATGTTTGATGTATGAGGATATTACAATATAAGGTTGTGATACAACTGGTATAACATCTacaatctgagggttaaaaaaatcaGAAAATTGCTTTTAaggttgtccaaattaagttcttgaCAGTGTATACTAATCAAGAATTACATTCTGATAAatttactgtacactgtaaaacccaaaaagttaatgTAACTCAAAACAGTTGAGGAAACCAAttgtaacaaaccatttaagtttaaaaactaatcctaatgacaACTGTGAACTCACTTGATTTTAATAAATGGATCAGTTTGACAGTAAAACCAGATAcatgaagaaaactcaaaccaactgagtactgtaaaacccaataagttaaggcaactcaaaccatttgagttaaaaaaactaatctataagagtaccgtgaacttactccatttaagttgaagtaatgaagtatttaattaattcattatcttcaacactgagttcaaaactcttttcaaatgagtagaattaattttcagtaaattttgagttaactacactcctttcatttgataaagtggaAATATGATCTTTGCTTTATATTTTAACGTTTTTTGGCattaaagaaaaatgtataattttgacccataaaatatgaaattaagcaatatattttcaggcacgtagccagcctggtgaaagcggtggttctttttttttaagtagatttttatttttattttattttttacctcattttgaatgtgattatgaggtttaaatactccattctgtgacattttaggcactaTTTTCAGCTGGATTGGCTTGTTGGATGATCATCAAAACCACGATTTTTGATGGATCAAACGTCTttctaaaaataaagattaaaacacaaatttattacatcttATATCAGTAGAAAATAAATTTCAgacaattgtcatttattaggcaaatcacaaactggccagcacattcagctTTCATCAGTCAGAATTTTATATTACAGAGCTTCACAATATTTTCCAAGtctaaaaagtacatttgaaatttCATGGATAACCACAAAAGCCTAATTAGTATTCAAATTAATTGCTATGTGattgataatttttttctatCAAGAATAATGTCCAAGATTTAGAATGAATTTTTTCtgtatttaacaacaacaacaaagtagttgacttcacttatgtcacattctgcttggtcttaaagccttcgaTGGGTTAATTCCACATTTTATGATGGCATAgctgtcaaaataggacaaatgagctcatgtatggggcaaattctggacctttgtcagtgggggGTGGGTgataaaatgtatcttttttgTTAATATGTTGAACAAAagattaaatgataaaaatacatatttaccaAAGTTGCCAATATTATTGGAGGACACATTATGCCAAAGTGAcaattcacccaaaagtgaaattCTGTCAACAATTAtgtttttccaaacctgtttgagtttctttcttccattGAAAAATAAGATGAAGAAACTtgtaaaccagtaaccattgacttccatagtatttttccccAAATAACATtgttcataatatcttcttttgtgttcaacataagaaagagaCATACATGGTTTGAAACCATTTGAAGGTGAGTAATTGTTAATGTTTAAACTACCttcttattatttattcaccCCTATAAGTATTTCAGACCTATTAAACAGCCAATCATAAAGAGGTGATCttgtaaataaaagtaacagtttATTACTTTTCATATCAATCAGTGTGTTAGTTTGCTTGTAAATGCATTCAAGCTGTTTTATATCCCACCGTATGAAGTAGTTGAATTAGGTAGTCCGAAAATAATGTTGTGCTCTTTGCTGATTTATATATTATGTAAGGAAAGCTGCCATTTGATCTGTTAAAAACAATGTTTGCtttaaatcaagttttttttttttttttttttttttttaccgagctgccatattttacagaaaataagtCACAGCAGGTCAAAATTGAATTTTTGAGAGGAAAATCATtgcacaattacattttttatcatttaagaaTTAATGTAAAGTAGGGTATTACTCACACAGACTATTTGAAATTTGATAATTTGGATCTTCTAGATTTAATaggtttataaatgttttattaagatttaatttgtttaattttacaaCCTTTCTATAAAAgaatttgtcatgtttttttttttttttttttaaatgacatttggtcaaactaataaatgttttcatttgttcagATTAAAACTAAATCAGggttatttaatcaaatattgatttctaaacttctgaaaaaatgtaaacattcatattgttgaaaatatttatttaaaatctaattaaatggTGTTTTGTAAACCTTTTTGTGAGGTTTTTGTTACCCCGAAGTGATGATATAAAAACTGTGACTTATATTCCTGAAAGTACGGTAAAGCATTTTTACAACCTCAACTACATTAAAAATGTGACACTCaattgtctattattattattattatttgatgattttatttgattttggtgCCTCAGATCTCAGGTGCAGTTGAATCAATTGCAGTGTGCTACTGAATTTAGTAGATTTTTTTAGCGTAATTTTATAACATATCAATTCTGGTACAAACAAAAACCACCTTCAAAAGCCAAAGCGGTCTCATATTTCTTCtgttagcaattttttttttataaagggccACACATTTACAGTATAAGCTTTGACGTCCCAGTCGTATAATGAGATGTATGATGGGAGCAAATCTAATTTCAGGATAATTTCTACGGTGGCACTGAATCTGGAATATGACCATCCAATTTccataatgttttcaaaatgattgTAATCCCCCCTTGGCCCCCGAAGCATCCACTCGAATAAATTTACACTTTTGGGCTTGTGCAATATGATATGAGTATTAATATGAATTTAATATTAATGGAGCTTAAGGAGAAAATATACGAGCAGTATTCTCTGTAGAGATTTGAAGTG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Function

symbol description
mfge8b Predicted to enable calcium ion binding activity. Human ortholog(s) of this gene implicated in temporal arteritis. Orthologous to human MFGE8 (milk fat globule EGF and factor V/VIII domain containing).

GO:

id name namespace
GO:0005509 calcium ion binding molecular_function

KEGG: NA

ZFIN:

id description
ZDB-GENE-070209-137 Predicted to enable calcium ion binding activity. Human ortholog(s) of this gene implicated in temporal arteritis. Orthologous to human MFGE8 (milk fat globule EGF and factor V/VIII domain containing).

Ensembl:

ensembl_id ENSDARG00000045803

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TCONS_00047698 False 5482 mRNA 0.36 10 19149241 19192303
TCONS_00047699 True 5269 mRNA 0.36 10 19149326 19192193

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
XLOC_024035 isg20 coding upstream 31114 19095231 ~ 19118127 (+)
XLOC_024034 lrtm2b coding upstream 103264 19041329 ~ 19045977 (+)
XLOC_024033 samm50 coding upstream 127418 19008497 ~ 19021823 (+)
XLOC_024032 tdg.2 coding upstream 171158 18953575 ~ 18978083 (+)
XLOC_024031 NA coding upstream 224850 18920543 ~ 18924391 (+)
XLOC_024038 hapln3 coding downstream 8928 19201231 ~ 19205875 (+)
XLOC_024039 ppip5k1b coding downstream 45872 19238175 ~ 19347077 (+)
XLOC_024040 NA coding downstream 164041 19356344 ~ 19362087 (+)
XLOC_024041 NA coding downstream 251648 19443951 ~ 19445512 (+)
XLOC_024042 glsl coding downstream 292895 19485198 ~ 19521245 (+)
XLOC_023973 CR762411.1 misc upstream 3931132 15217824 ~ 15218109 (+)
XLOC_024029 CR391963.2 non-coding upstream 263672 18884678 ~ 18885569 (+)
XLOC_024027 NA non-coding upstream 404212 18744021 ~ 18745029 (+)
XLOC_024020 NA non-coding upstream 787953 18359028 ~ 18361288 (+)
XLOC_024019 NA non-coding upstream 834314 18309315 ~ 18314927 (+)
XLOC_024053 CU041386.1 non-coding downstream 582256 19774559 ~ 19774675 (+)
XLOC_024057 NA non-coding downstream 794765 19987068 ~ 19998226 (+)
XLOC_024061 NA non-coding downstream 910962 20103265 ~ 20109429 (+)

Expression


Co-expression Network