XLOC_024040


Basic Information

Item Value
gene id XLOC_024040
gene name NA
gene type non-coding
species zebrafish (Danio rerio)
category of species model fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007136.7
NCBI id CM002909.2
chromosome length 37502051
location 19356344 ~ 19362087 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome

Sequence

>TCONS_00049224
tgtggtgaccccagcttttaaagggactaagccgaaaaaagaaaataaataaatgaaaaccagTCTTTCAGAATTCTCTTTTTAATCAAgatagtttatttatattataagttTTACCAGCCATGTAACTGtgatatagtatatttttatttgttttgACTTTTCCaaattttgatgttttattgatGATCACCAGGATGGTTCCCTTTTACAGTAAATCAGCAGAAATCTACTTTTGCATTGAGCTTTTAAAGACAGAATGTTGAATATTGCACTAAAGAAGAAGAGAACTAAGATTCATACAGCGCCAAAAAACAAGGAAATATCACAGCATCTTCTCGACAACATCTTAGGGCAAACAGAAGCCAAGCCcaataatatatgcatatttcaGTACCATAAAGACAGTTAGCTTCAAAGATATCTTCTTaaaatagcattattattattttttgtctgttttaattCTGATTATTAAACGATTACATTCAGGAGTATAACTAATAAGGTCACATGCAAATATGGATGAGTATGCATGACGAATGGCCAAATGAATCCATCACATGATGATTAAGATGATGATGTAATCTGAACTAATAGAGGTTCATAGAGGTACTTTGCAGTCTTTTTTACCTTTAAGAAATTAGAATAACAATGTCCATAGAGCTCCTTTAAAAGAAAGCGTTTCACAGAAATGACCACGTCAGCTATTTCGATTTATATGTACAGGTTACGCCATTTGTTTCGATCCATTTTGGCATTTCAAGTCATTGTATAGAAGGAAAGTCTGTAGTATATTGAGTTTTCAGTGTGGTAGTTGTGAAACAGCCCTCTGCAAGCCAACATGTTATTTTCTTATGACAGTTATGTGTACTAAAATCAGCAATATTTCGTCATGAGTCACTCACGGTTCTAGACACTGCTCTCTCTGTGACCCATTGTCTGAGGTTCACTGTTCCATGTGCATATTTTGCTAGTTCTTTGTTTTGTTCAAGCAGCATCCAGCAAAGCAACTTTTACATTCAAAAGTATTATTTAAAGTTAGTGCATTCATCTTTAACACAAACCTCGTTTTGTGTAAAGAAATCACAGCTAATTAACAAGACCATATAGTACTTGTTACTAAGGCCAGgtatttgaaattaaatgttttcaaatatgaaaatatatccAGACCATATAACATACAGTACATATTCAGCCCATTGAACATAATCCTtcaaccgaaaaaaaaaaaaaaaaaggtctcagTGTgggttttattttcaatatttgtatatataattaaCCAATAAATAGTTAAATTGTCAAGGCTACTGCCTTTTTGAGGCCCTACAAGTCATTTCTTTGACGTTGGTAACCTGTGCTTTTTAGTAAACAGACACAAAGACCCTGTCACTTTGAGAGAACTTAAAAGCTATTTTCAAATAACACAAAAGGAAGTATTCTGCAAGAATAATACTGACAATTACAATAAAACACGTCACGACTAGATTTAAGGATGGAGTGTTTCAAGACTCATTTTGGAATAGGACAGATGTTAACGCTGTTGTCTTGAAAGCAAGTTGTGCATTCACCAACGAGGTCTATTGAAGATTCTGCTTATAGTGTACTAAAAGATCTCAAATTGAGTCTACTCCAGTTCTAAATGCAGGGCCCTATGAAACCCTTTCCCCCCATTTTTAGCCAATGAATAAAGGTAAGGCCTAGATGGTCTAACCCCAGAGTTGTATTTGGTTGTATGGGACTTGTTAGGACTAATTTCCTTAAATTTTGCAATAGATACAGACTGTTTTCACAGAGAACAGAATACTGCCCTTATCTCTCTGATTTTGAAAAAAGGGATAGGACCCCCTCAGTTGCTCTAGTTACAGACCGATTTCAATAATCTGTACAGACACTAGGCTTTGTGCTAAAGTTCTAGCCTGCCGTTTTGGTCATATTGCAGATTCTATGACCAGACAAGGGTcttattcattaaattattttatatttccataTAAATTTCCAGCTTTCTTGTCTTACTGTTTGAATACTGTCCTATTTcagtaaagcaaaaaaaaaaatcttaagaaaaaAGATTACATTCAGAAGTAAATTCTACTGTACAACAGTCatagatttctttttattttcttttgatgGGTGGTCATGAAGAACCATGAGTTTCTGTCTACATAATTTTCAGTAGTTTTTCACACCAGAACATGCTGAacgttactactactactatactaACCAActttgtgttttgattaggtgGACAGGACTAGTTTTGATGAATTCTAATTGCGTTTTTATGTCTGCTTTCTATGATTTTGACCATGCTTTCCACATTGAGGAACTCATAGGACCCTGCAAATGCATATTTCATATCTTTGCCAATGGCAAACTGCCATTATCGTTCTTGCATCCAATGCAAACAAAAACACTAACTGTTAGCTTTTAGTGTAGGGTATAACTTCAGATTTttaatatattagtattttttaaatatatatctttaaaaacataaaaatgccaATTAGTGAACTGATATTAGCAACCgaatttaaaatctatttaaaaatgttcattttgtaatacTTTAAGAGTATTTCTTCGCAATAACTGACCTCCACAAACATTAACGTACATAGCTAACTAAAGTACTTGAAAGTTGTTGTTAGACCAAAATACAAGTGCATCTGACAGTcacttacatttttatatttgctttgtcatataaattaaaatgttacgtAATTATTTACATGATACATCTACCAAGCCGACGTTTTAGAAAAGTGCAATCATAATCATGCAACATAATGTTACAAACACCTGCTGTTTTTATAATACTCAAACTTGTCAGTTGGTTACAACTGTGTTAGCGTAAACCTAAGGAAGTAAGGCTATAAAGAATTTCCAAGTCCAGATAACTCAAAATGACTACATGTTAATAGATGTAttgttgtatatttgtatataacaCAATACATCTATGTAGTGACTCAGCATTTTCTTTGTCAAACAACAAGCAAAAGGCACATGAGGGTAACCCTCACTGTCGCTCTCACAACAACCATGAAGCCTGttcatttcttttgattttgtCTCTCTAGAACAAATCTGTCGACTGctacattttaatatatagtgTAGATCCACCACCAGTTTTCTTTCAAACAAGATAAACCTAAAGTGCTTGTGGGTCAGGAAATCTCAAATCGGGAAGAAAAATATCAAGTATATCAGCAAAACGCAAACAAAACATTCAGGACATTGCCAGTCTGAATCCTCCGCATTAACATAGAAAACTTTTAAAGTGAATAAAgttgccacatttaaagtcagtcACACTTTAATGACATTATGGAAAACTGAAAACAACATTACCCGAGTAACATAATGTAaagttaatataataaataatattataataataataaagtacaatACGAATAGTGGTACAACTTTTGGGGTAGCCCAAAAAAAGTCTGCTTTTGAAAAAAAGTTGATCCTCACCGCAGATCAATGCATTAAAGTACCAATAAAAATTCAAATATCAAATTCACAACCATAATCTTTCTAAAAACCTTTCGCCTTTATCATAGTCAACCAAGACTGGTCATTTCTGTAAGCTAGTAGTTTGTAATTAACGCCATCTACTTTGCCTTACTCTTAAAAGCATGTGTAGGCATGTACTGTCTCTGCTACTATAACATTATTAAACTACTACTGGATTGCATGTTTGAGAATGATCCATCTCCTGCCACCTAAAGGACACAAATCTTGGATTGTGGTTCGTTTTGTAAATCACCGTTTGACAGAATTGAGATTTGGCACAAATCCTCTTTGGATTAGCTATTTCTTTCTTCACTCTTTCTGCTGGTATGTGATCTCATGAGGAGACTGTCTAGCCTTACTGTAATAGTAGCTCACAAGACAGTGAACTTTCTGTTTTCAGAAAAGTTATTTGCTTCAAGGCCTTGCAACCTTACGTTTAGAGTATGTTTTCTCAGGCAACTGTGTTTATATGTGGTATGATTAATGATAAAGGACGCGGAACGTAAATCAGATGATGTTCGAACCAATTTACAAAGGCTATTATTTGTGCTTCCAATTCGAATTACAGGCAGGATAAAGCCTTGGTCTCTTTAAGTTAGGATAAGGAATACGGGTAAACTCGGTTTGCACTGCAACTTCAGCCTACGTTGAACATTATGTCATTGTTCATAGAAGCTAGCTAGTGAACATTCATTTGTATGCCAAAGCCTTGCAGATGCAATCAGAAATGTAATACAGATTCAGGACCGAAGCTTATAATAATGTCCCTTGACAGCACTAGGATTTTGTTGCATTTCTGAGGATTAGAATTTAGAATACAAACTATAAATGGCAGCGCGTGGAAGGCTGTGGGTGGAGGAACTCATCTAAACCTAAAAGATTAGAAATGAATGAGGAATGAATGGCAAGCTCTAAATAGAAAACCAATTCAAAATTCTATTTTGCAGGCTGGGAAAGATTCATCTTGCATGACCACTGTGCTGCTGCTGGCCAAGACCATTATATTCAGGTCCTGCTGCTTCTCGTGGGTTTGCTGATACCAGTCCCGAGTTACCTCAGTGTCGTGTGTAGGGATTAAAGTGACCTAAATGAGAAGAAGATTGGCAGATTAACTATAAAATAGGGTGCTCTTCTGCATGCAAAACCTTTTAGATGGGTTTTCAAACAATTGGATTTCAATGACCCTCAAATATGAGACAAATGAACTATTCAAAAGTAAATGCAccatgtattttaattaattaatgcaaaaaaataaaactatagtaGGTACATCCCAAACTGCATACTTATGCATTATTTGACCACATTTTGTAGAAGAGTGTAAAAAAGTGAATTAACACCAAAAATGTTCAAAGGAATGTGCGCTTTAAATACCTGGATGATGTAATTATACAACCGATGCACTTCCTGCACTTAGTTATCAAACACtaaaggctctattttaacga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Function

GO: NA

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TCONS_00049224 True 5658 lncRNA 0.34 2 19356344 19362087

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
XLOC_024039 ppip5k1b coding upstream 9267 19238175 ~ 19347077 (+)
XLOC_024038 hapln3 coding upstream 150469 19201231 ~ 19205875 (+)
XLOC_024036 mfge8b coding upstream 164041 19149241 ~ 19192303 (+)
XLOC_024037 BX294110.3 coding upstream 180818 19170500 ~ 19175526 (+)
XLOC_024035 isg20 coding upstream 238217 19095231 ~ 19118127 (+)
XLOC_024041 NA coding downstream 81864 19443951 ~ 19445512 (+)
XLOC_024042 glsl coding downstream 123111 19485198 ~ 19521245 (+)
XLOC_024043 sh3gl3b coding downstream 160867 19522954 ~ 19537323 (+)
XLOC_024044 nedd1 coding downstream 178932 19541019 ~ 19556986 (+)
XLOC_024045 lyrm5b coding downstream 195541 19557628 ~ 19561261 (+)
XLOC_023973 CR762411.1 misc upstream 4138235 15217824 ~ 15218109 (+)
XLOC_024031 NA non-coding upstream 431953 18920543 ~ 18924391 (+)
XLOC_024029 CR391963.2 non-coding upstream 470775 18884678 ~ 18885569 (+)
XLOC_024027 NA non-coding upstream 611315 18744021 ~ 18745029 (+)
XLOC_024020 NA non-coding upstream 995056 18359028 ~ 18361288 (+)
XLOC_024019 NA non-coding upstream 1041417 18309315 ~ 18314927 (+)
XLOC_024053 CU041386.1 non-coding downstream 412472 19774559 ~ 19774675 (+)
XLOC_024057 NA non-coding downstream 624981 19987068 ~ 19998226 (+)
XLOC_024061 NA non-coding downstream 741178 20103265 ~ 20109429 (+)
XLOC_024066 CR846093.3 non-coding downstream 1230396 20592483 ~ 20592597 (+)

Expression


Co-expression Network