G468802


Basic Information

Item Value
gene id G468802
gene name NA
gene type non-coding
species rainbow trout (Oncorhynchus mykiss)
category of species economic fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_048570.1
NCBI id CM023224.2
chromosome length 101096859
location 6430148 ~ 6431789 (+)
genome version USDA_OmykA_1.1_2020_rainbow_trout_Genome

Sequence

>TU532844
tacatctaacccataacacactatactctataattacatctaacccataacacactatactctatcactacatctaacccataacacactatactcctctatcattacatctaacccataacacactatactcctctatcattacatctaacccataacacactatactcctctatcattacatctaacccataacacactatactcctctatcactacatctaacccataacacactatactcctctatcactacatctaacccataacacactatactcctctatcattacatctaacccataacacactatactcctctatcactacatctaacccataacacactatactcctctatcactacatctaacccataacacactatactctatcactacatctaacccataatacactatactcctctatcattacatctaacccataacacactatactctatcactacatctaacccataacacactatactcctctatcattacatctaacccataacacactatactctatcattacatctaacccataacacactatactctatcactacatctaacccataacacactatactcctctatcattacatctaacccataacacactatactctatcattacatctaacccataacacactatactctatcattacatctaacccataacacactatactctatcattacatctaacccataacacactatactctatcactacatctaacccataacacactatactcctctatcactacatctaacccataacacactatactcctctatcactacatctaacccataacacactatactcctctatcactacatctaacccataacacactatactcctctatcactacatctaacccataacacactatactcctctatcattacatctaacccataacacactatactcctctatcattacatctaacccataacacactatactcctctatcattacatctaacccataacacactgtactctatcattacatctaacccataacacactatactcctctatcattacatctaacccataacacactgtactctatcattacatc
>TU532846
tacatctaacccataacacactatactctataattacatctaacccataacacactatactctatcactacatctaacccataacacactatactcctctatcattacatctaacccataacacactatactcctctatcattacatctaacccataacacactatactcctctatcattacatctaacctataacacactatactcctctatcattacatctaacccataacacactatactctatcattacatctaacccataacacactatactctatcactacatctaacccataacacactatactcctctatcactacatctaacccataacacactatactcctctatcactacatctaacccataacacactatactcctctatcattacatctaacccataacacactatactcctctatcattacatctaacccataacacactatactcctctatcattacatctaacccataacacactgtactctatcattacatctaacccataacacactatactcctctatcattacatctaacccataacacactgtactctatcattacatc
>TU532847
tacatctaacccataacacactatactctataattacatctaacccataacacactatactctatcactacatctaacccataacacactatactcctctatcattacatctaacccataacacactatactcctctatcattacatctaacccataacacactatactcctctatcattacatctaacccataacacactatactcctctatcactacatctaacccataacacactatactcctctatcactacatctaacccataacacactatactcctctatcattacatctaacccataacacactatactcctctatcactacatctaacccataacacactatactcctctatcactacatctaacccataacacactatactctatcactacatctaacccataatacactatactcctctatcattacatctaacccataacacactatactctatcactacatctaacccataacacactatactcctctatcattacatctaacccataacacactatactctatcattacatctaacccataacacactatactctatcactacatctaacccataacacactatactcctctatcattacatctaacccataacacactatactctatcattacatctaacccataacacactatactctatcattacatctaacccataacacactatactctatcattacatctaacccataacacactatactctatcactacatctaacccataacacactatactcctctatcactacatctaacccataacacactatactcctctatcactacatctaacccataacacactatactctatcattacatctaacccataacacactatactcctctatcactacatctaacccataacacactatactcctctatcactacatctaacccataacacactatactcctctatcattacatctaacccataacacactatactcctctatcattacatctaacccataacacactatactcctctatcattacatctaacccataacacactgtactctatcattacatctaacccataacacactatactcctctatcattacatctaacccataacacactgtactctatcattacatc

Function

GO: NA

KEGG: NA

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TU532844 False 1117 lncRNA 0.35 2 6430148 6431789
TU532846 False 580 lncRNA 0.35 2 6430148 6431789
TU532847 True 1151 lncRNA 0.35 2 6430148 6431789

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
LOC110518225 LOC106607873 coding upstream 2009 6423141 ~ 6428139 (+)
LOC110510500 LOC106607873 coding upstream 198748 6224254 ~ 6231849 (+)
LOC118964813 NA coding upstream 256737 6166943 ~ 6173411 (+)
LOC110510489 LOC106593421 coding upstream 282149 6060608 ~ 6147999 (+)
LOC118964815 LOC106607873 coding downstream 50223 6482012 ~ 6488606 (+)
LOC110525188 NA coding downstream 177132 6608921 ~ 6609844 (+)
ydjc ydjc coding downstream 251118 6682907 ~ 6692547 (+)
ccl19a.2 LOC106585882 coding downstream 279105 6710688 ~ 6713091 (+)
ccl19a.1 LOC106585878 coding downstream 288091 6719880 ~ 6741493 (+)
G468649 NA non-coding upstream 27331 6323223 ~ 6402817 (+)
G468796 NA non-coding upstream 38894 6390983 ~ 6391254 (+)
G468795 NA non-coding upstream 43419 6382569 ~ 6386729 (+)
G468791 NA non-coding upstream 50444 6350096 ~ 6379704 (+)
G468794 NA non-coding upstream 57096 6372143 ~ 6373052 (+)
G468820 NA non-coding downstream 63149 6494938 ~ 6495684 (+)
G468639 NA non-coding downstream 70129 6501918 ~ 6504478 (+)
G468822 NA non-coding downstream 76113 6507902 ~ 6523525 (+)
G468841 LOC106590901 non-coding downstream 119188 6550977 ~ 6557058 (+)
G468855 top3b non-coding downstream 161235 6593024 ~ 6593649 (+)
G468768 NA other upstream 86533 6254476 ~ 6371873 (+)
G468755 NA other upstream 185647 6210199 ~ 6244501 (+)
G468643 LOC106607869 other upstream 230993 6194772 ~ 6199155 (+)
G468732 NA other upstream 273467 6108379 ~ 6156681 (+)
G468887 sdf2l other downstream 240719 6672508 ~ 6674387 (+)
G469048 NA other downstream 920397 7352186 ~ 7352578 (+)

Expression


Co-expression Network