XLOC_024061


Basic Information

Item Value
gene id XLOC_024061
gene name NA
gene type non-coding
species zebrafish (Danio rerio)
category of species model fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007136.7
NCBI id CM002909.2
chromosome length 37502051
location 20103265 ~ 20109429 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome

Sequence

>TCONS_00049229
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>TCONS_00049228
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>TCONS_00049227
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>TCONS_00049230
AGGATTTTCATCCCCGGTCAGCCAGTAAACTCTCACTCCTGTCTTTGCTTCTTTTAGCAGGTAAGTCTCttcatttttgattcattttttgagcatttttaaaggcaaattagtcattaaaagggtttatatttaaataatcctGATGTGGTTGTAGAtatgtaaatgttatttgtttagaTTTGGTAGGAAATTGGGCACATTTGCATTATCTATTGCAATGTTTCTCAAATTAGCGACAATCCCGTAAGATTTTCACCTATGCTAAAATTGAGGAACGCTATTCACAGAGCTCTTACCGCTGTGTAGAGGACTAACAGGTCAAACGGATACATTAAAGGATCTGATTACCACTGTCATTAAGGGATTACTATTCATTTATGCATGACCTTTCAAATATTGCATAATACTGTATTAAATATGAAAAGTTTATTACAAGAATGATGCTGTGTTTTCTGCTATTAAATGATTTTTGAAATAATAAGATGTTTATGTTGActgttgttttgaaaaaaatgtgtatttttgcaTAACCAATGCATATGAAAAGTGATACTTGCAGGCAGCATTACCCTttaaatgactttatattctCTTTCTTGTGTTTATACTATTCCACTATAtgattaattttgttattattaagcaTAAGAACGATTAAAATATGTACATTCATTAAATTAAAcctatcaataaaaaaaaatcagaattgttTATGTACTAATACTTTACATGTATACAACTACTATCTGTCGGCTTTTAAGTATAACTCTATTTACTTATATGTGCTATTTACATACAAACAAGAAATGCTGCTTTGATAACTAACTGAAGACAAATATGGACTCAAGCTTGCTTTTAGTTtaacagggtgtccgcagggttttaaaaagtctaaaaatgtcttaaatttcaaaaacaaaattttaggccttaaaaagtattaaattcacaaatatattgtgttttaggtcttaaataattttaaactggtCTTAATTTTAAAAGACACTTATCCAATTACTAACAGttcatctaaatatatatatatatataatagtttttttcttaTTGCAAAGAGATTCAATTCacaatttttacagcaaattattttaataaaattcccTAATCAGGACAAGAAAACTAAAATCAATTACATAATTCCTCATTATAATAACAGCAATATATTCCTTTACATGATCTGTATTTGGTTGAACGGGAATTATACTTAATTAATTTggacaaaaagcaaacaaatatgtattttgtattttattttcataataagtAAACTTTTAACAATGCTAAACTTGttataaaaaatgaaacatgttgaaaaaaaagtgtacacaacTAGACACATTATGATATTTGGTTAAGAAATAACTACATttgattttgataaaaaaaagggCTTTTACAAAAAATCATTTGTGTTTAGCCCTTTATAAACTTTTAAATTTAATTCTTAAAAGGGTGttacaaagtcttaaatttggtttgatgaaacctgcagaaaacatgcttaaaatccagtgtgaaaacaaaaacctgaaaaaaactgaaactattaaatacattttaattatttgaaacaaacaaacaatcatgcaaataaattattgattaatattttattatataataataataataattattattattatttatctaataatgttttaaaccaatgaataaaaacactttattaaaTAGCTACTAAAATCATTAGAATAAACTGAAtctaaaaatagtatttaaacaCGTAAAAGGTCATTATAAACTTTAAATAGCACAACAATTTCTACTAAATCTGTGTCATTTTGATGATTCTAGTTTGTTAATTTCCCTATTATGTATTTCAAAGTAGAAATGATTGTATTAAATGGTTACTTTATACTGCAGATAAACGAAGAGCACAGGAAGATGTCTGACGCGTGAGTATATTATCTTCATCTTTAAAAAGGACTGAATTATGATATCTGTCATATGTCTCAATCAACATTCTCTTCCATGTTACACAGAATGCTTCAACTGAACACCTAAATCAAAGCCAAAGCCCAAGATCACGTCAGCTCGTCGGCTGGGCTTGAAGgtgagcgccacctgctgacctAAATTATAATTACAATGTGTAGCATATCGGTTTTCTATATATAAATATGGCGCTTTAaaatcttccaaaaaaaaaaaaaaaaatcttttaagtCTGTGTACTTTTCGATCAATATCCATAGTAAAATGTAATATGCTAATTCTAATTcctgctaaaaaataaaataaaatatacaactaGAGATACTGTCACTGTATTattagaaattgttttgaaaatgttttctatttttagtttttttttcagcaggtatAGATTTTCTTAAATATAAAGCCCCATGATCTTTGTATAAATTATGGTTAAATTTAGTAAAACTGTGGTAAGCAaattatacagtgcatctggaaagtattatagcgcttcacattttacatttattatgttacagctttattccaaaatggattaaatttatttaatacatttatttcctcaaaattcgtTACAAAATACCCTgtgatgacaatgtgaaaaaaaataatatttttttgaattgttgcaaatttataaaaaaatcaaaaagctgaaaaatcacatgtgcataagtattcacagcctttgttcaatactttgttgatgtttggcagcaattacacccTTAAGTCTttatgaatatgatgccacaagcttggcacaactgtctttgggaatttttgcccattcctttttgcagcacctctcaagctctatcaggttgaatgggaagtgacaatatacagtcattttcagatctctctagagatgttaatagtatttaggtctgggctctagctgggtcactcaaggacattcacaaagttgttgtgaagccactttgaagcaggttttcattcaggatgtctctgtacattgctgcattcatctttccctctatcctgactagtcttccatttcctgctgctgaaaaacgggtttggtattagcctggtgatgagctgtgcttggttttctccaaacataaatGCTGAATACTtgtgtacatctgatttttcaggtttttttattttttatttgcaacaatttcaaaaaatcttttttttcacattgaggAAATATATGACCATGATATTAATGGAGTATAGCCCTAATGTATACAAAATCATTGGGTTTAAGAAAAAAgtgtattaataatagtaatttatttgtccataatagaaaaaaaagaaaatgtttgttttggcatGCATGATAATAACAGATCTGGCATCCTGAAGATGAGGCTACTGTAAACAGCAATGGAAATGCTGATGGTGGAGATTGCACACTGCCGTGGTGTAAAGGACTTAACCAGCCTCTCCCACCAGCAGTGATGTAGACTGGTATTGCTTAAAGGGCAAGATCGGAGATGGAAGAAGATGTAGATTCTAGGAAAGTCAATAGTGACTCTCGATCCTGGGGCATCTCCACATACCTATACTTACACTGTTCTTTCACAACTGAATAGTTCTTTCAAAAGTCAAACTCTTTGCAAGCAGAGTTTAGTTTCCCTCTCAATCTCACCACTATATGTGAGAAACACTTATGACCCTCCagaaattacttttacttttataatgCATCCTACATACAGACTTCAAGTAAACTGTTTTATTCCTTTAAACTCTGTTTTGTGTGTAGGAACTCTGCAAGAATTTGCATCAAAAGAATGATATGATTAATGAGAAACGCTATGACATCAGCATTAAGGTGGCCAAAAATGACAAAGAGGTACAAAAAACTGTATACTTATGTAATTTACTGCTTACGAATCAAAAATGGCCATTTTAGCagcagaaaaaactaaacaatgttttttttttatcttaaagttTGGTGACTTCTCCAACAATGAccccaacattaaaaaaaataataattatatatacacacacatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatattttttttttttttttttttttttttttttattacgccagAACACTAAACTGTAGAATATGCTGCTTTAACTTTTATGAATCTCGTCTTgctaaaatttttcatttttcatgtgtttttagcattaaaaaatatatcatttactATAGAACAAAGTAATCTTCCAAGTGGTGCCCACTCATTAAACAATGATGAAAAACTCCAAACTCATGAGGGAAACCtagacattcacagagtttgtgatgaagaTGGAGTTATTTCTTCATGCAAAATAGATTTAAGGGTTACAATTAAATTTAGATCCTTTATTTTACAGGTTTAGTAATGGTGGGTCATTTTTTACCTGAAGGGTGAATGATGTTCACAGAGTTCTATGAAAACATGAGGGTTAAAgagataataatacaaataaagataCTGTCATTAATCAATCACCCTAATGTTGTAACAAACCTGTAAGATCTTTGTTTATCTTCAGTGGTTgaactgtaatcatacgaagttccaagaacacttttgtgcaccaaataaactgtgaaaattactttgttttctctttctcttcagGTCATCAGGGTGTTCATTTAAAATTGGCAGTTTGACATAATGCCAATAGAGTCAGCAGCTCAACTCAGAAGcattgtattgaccttattctttcatGCGTAAGTGCGGCCGTTTTCgcaattgttttaaaacttttgattCTGCTGCTTATagtagaaatgactaggaataataaactgcagaaaaacagtcaaactactcgctctacaaacaagtgtttgcatgattatacaaaCAAGGCGAAATCatataatatgaaaatataagtttgcaacatcaagcagcataacgtgctgtttttaatgttgaaaaatgAGTGATGTCTCAAGCCATAAAGATGCAAATGGATGCCCAAGCTCGTAAGTAAAGAATAAAGTGA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Function

GO: NA

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TCONS_00049229 False 3011 lncRNA 0.34 4 20103265 20109429
TCONS_00049228 False 577 lncRNA 0.38 4 20103265 20109429
TCONS_00049227 False 786 lncRNA 0.39 4 20103265 20109429
TCONS_00049230 True 6106 lncRNA 0.31 1 20103324 20109429

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
XLOC_024060 tnni4b.2 coding upstream 3492 20089986 ~ 20099773 (+)
XLOC_024059 tnni4b.1 coding upstream 15341 20077225 ~ 20087924 (+)
XLOC_024058 zgc:194665 coding upstream 99737 19999623 ~ 20003528 (+)
XLOC_024057 NA coding upstream 105039 19987068 ~ 19998226 (+)
XLOC_024056 kcna1a coding upstream 144987 19954576 ~ 19958278 (+)
XLOC_024062 bpgm coding downstream 6978 20116407 ~ 20127087 (+)
XLOC_024063 cald1b coding downstream 31497 20140926 ~ 20211831 (+)
XLOC_024064 tnnt2d coding downstream 106535 20215964 ~ 20226584 (+)
XLOC_024065 si:dkey-219c3.2 coding downstream 162716 20272145 ~ 20355483 (+)
XLOC_024066 CR846093.3 coding downstream 483054 20592483 ~ 20592597 (+)
XLOC_023973 CR762411.1 misc upstream 4885156 15217824 ~ 15218109 (+)
XLOC_024053 CU041386.1 non-coding upstream 328590 19774559 ~ 19774675 (+)
XLOC_024041 NA non-coding upstream 657753 19443951 ~ 19445512 (+)
XLOC_024040 NA non-coding upstream 741178 19356344 ~ 19362087 (+)
XLOC_024031 NA non-coding upstream 1178874 18920543 ~ 18924391 (+)
XLOC_024067 CR846093.2 non-coding downstream 494467 20603896 ~ 20604012 (+)
XLOC_024070 NA non-coding downstream 743771 20853200 ~ 20870875 (+)
XLOC_024071 NA non-coding downstream 849754 20959183 ~ 20959582 (+)
XLOC_024072 NA non-coding downstream 888250 20997679 ~ 20998615 (+)

Expression


Co-expression Network