G483778


Basic Information

Item Value
gene id G483778
gene name NA
gene type non-coding
species rainbow trout (Oncorhynchus mykiss)
category of species economic fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_048570.1
NCBI id CM023224.2
chromosome length 101096859
location 21024666 ~ 21025677 (+)
genome version USDA_OmykA_1.1_2020_rainbow_trout_Genome

Sequence

>TU549786
TTTTACAGATTCAAAGACAATTTATATAATCAATGCAAATGGTTGAATTAAGAACTGTTTTGAACAATGAGAGCTATGAGTTTGGAGAGACATACTTTGAGCCCTTGCGGTTGATTGTCCAAACGCAATTCTTGTGAAATTTTAAACTACCCGAGAATTGTATCTGGACATCTGTTGCTGGAGGTTCCTTTCACATCAGTGTCGTAAATAAAAGTTCTTAGTCTTGTCACAATAGTCATATTTCTTATTGGGAAATCTCCATTAAAGTATTGATTATTAGATTTATACATTATCCCACCAATTAGGCTATCCAAAACGACTAACGATTATGTTAAACTAAACGTAATTTTATAGGCTGCAGTAGCCTACAAATGTGTAGCCTACATGAATTAACATTGAATCAATAATGCTTTAATTAGCCCTAAGCCTACATAACCTTTGGAGGAGCTGTTTGCCATATAGTAGCCTAAAAACGTTCAGAATTTGTTTCAGAAGAATTTGTTCAAATGACACAACTAGGCCTACAGTTTATTTTGAGTAGGCCTAGGGCCCAATCCCACGAAGAGAAGATTTCAACGTTTTCTGTTTTTCTTCTTCCTGCTTTCGATTGCCCTTACGCAACGATTGGTTTATTGTCGCTCCACTGGTGTGCTTTTTTTTGCGGCTCTTAGTGCTGCTTTATGATACATTCCTTAAGAATTATGCAAATTGTATCATTTACATTTAGTTTAACAACGAACCGTGGCCTTTTAAACATTATGCTTTGAAAACACCTTTACACGCCAA
>TU549780
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>TU549778
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>TU549779
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>TU549782
TCCTTTCACATCAGTGTCGTAAATAAAAGTTCTTAGTCTTGTCACAATAGTCATATTTCTTATTGGGAAATCTCCATTAAAGTATTGATTATTAGATTTATACATTATCCCACCAATTAGGCTATCCAAAACGACTAACGATTATGTTAAACTAAACGTAATTTTATAGGCTGCAGTAGCCTACAAATGTGTAGCCTACATGAATTAACATTGAATCAATAATGCTTTAATTAGCCCTAAGCCTACATAACCTTTGGAGGAGCTGTTTGCCATATAGTAGCCTAAAAACGTTCAGAATTTGTTTCAGAAGAATTTGTTCAAATGACACAACTAGGCCTACAGTTTATTTTGAGTAGGCCTAGGGCCCAATCCCACGAAGAGAAGATTTCAACGTTTTCTGTTTTTCTTCTTCCTGCTTTCGATTGCCCTTACGCAACGATTGGTTTATTGTCGCTCCACTGGTGTGCTTTTTTTTGCGGCTCTTAGTGCTGCTTTATGATACATTCCTTAAGAATTATGCAAATTGTATCATTTACATTTAGTTTAACAACGAACCGTGGCCTTTTAAACATTATGCTTTGAAAACACCTTTACACGCCAATAAAGAGGGAATTTGTTTGTCATTTTTATTTCAAGGTATATAGGTTTAGATAATTAATAATACAATTACTATCAGGTTTATAatattttgtttgtgtttttgtttatCTTTTTGGAAATagaattgtttttttatttgattttttatacTGCATGTATCTGCTTGAGTTGCACATTTGTGATATTGAAATATGATTTTTAAAGAACAAATAAATTAATGACAAATT

Function

GO: NA

KEGG: NA

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TU549786 False 786 lncRNA 0.36 1 21024666 21025451
TU549780 False 712 lncRNA 0.37 1 21024740 21025451
TU549778 False 601 lncRNA 0.36 1 21024851 21025451
TU549779 False 720 lncRNA 0.33 1 21024851 21025570
TU549782 True 827 lncRNA 0.32 1 21024851 21025677

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
LOC110525453 LOC106580025 coding upstream 5054 21014389 ~ 21019612 (+)
LOC110525452 LOC106585404 coding upstream 10404 21010776 ~ 21014262 (+)
LOC110525116 adamtsl2 coding upstream 40048 20958755 ~ 20984618 (+)
LOC110525115 ttc16 coding upstream 77724 20939811 ~ 20946942 (+)
LOC110525447 LOC106585394 coding upstream 157827 20850171 ~ 20866839 (+)
cfap157 cfap157 coding downstream 17355 21043032 ~ 21056547 (+)
LOC110525457 LOC106585409 coding downstream 36761 21062438 ~ 21098568 (+)
ptgs1 LOC106585418 coding downstream 185897 21211574 ~ 21272145 (+)
pmpca LOC106585420 coding downstream 292371 21318048 ~ 21330806 (+)
LOC110525469 LOC106585423 coding downstream 366194 21391871 ~ 21444594 (+)
G483767 NA non-coding upstream 23755 21000578 ~ 21000911 (+)
G483721 LOC106585399 non-coding upstream 98621 20923166 ~ 20926045 (+)
G483690 LOC106585396 non-coding upstream 134932 20886907 ~ 20889734 (+)
G483593 NA non-coding upstream 318261 20620100 ~ 20706405 (+)
G483779 NA non-coding downstream 2167 21027844 ~ 21028186 (+)
G484479 LOC106585411 non-coding downstream 91875 21117552 ~ 21119475 (+)
G484499 NA non-coding downstream 115135 21140812 ~ 21141171 (+)
G484500 NA non-coding downstream 116550 21142227 ~ 21142621 (+)
G484501 NA non-coding downstream 117836 21143513 ~ 21150744 (+)
G483669 LOC106585393 other upstream 220860 20802776 ~ 20803806 (+)
LOC110525431 LOC106585378 other upstream 421664 20591803 ~ 20603188 (+)
LOC110525429 NA other upstream 487568 20533279 ~ 20537508 (+)
G482551 LOC106585704 other upstream 1765058 19259149 ~ 19259608 (+)
G484674 NA other downstream 438462 21464139 ~ 21466905 (+)
G484726 NA other downstream 528055 21553732 ~ 21554097 (+)
G485780 NA other downstream 1415639 22441316 ~ 22444619 (+)
G486127 NA other downstream 1648565 22674242 ~ 22674452 (+)
LOC110525518 LOC106585474 other downstream 2164955 23079630 ~ 23197514 (+)

Expression


Co-expression Network