G509341


Basic Information

Item Value
gene id G509341
gene name NA
gene type non-coding
species rainbow trout (Oncorhynchus mykiss)
category of species economic fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_048570.1
NCBI id CM023224.2
chromosome length 101096859
location 42567053 ~ 42571449 (-)
genome version USDA_OmykA_1.1_2020_rainbow_trout_Genome

Sequence

>TU578131
caatttgttgggccttcctgtgacactgcCTAGTGtaataggtcctggatggtaggaagcttggcaccagtaatgtactgggttgtacgcactactctctgtagtgccttacgattagatgccgagcagttgccataccaggtggggatgcaaccggtcaggaggCTCTCGATGGTGAAGCTGTGAaacctttgaggatctgaggacccatgccaaatcttttcagtctcctgagggtgaaaAAGGCATTGTCAtgtcctcttcacaactttcttggtgtgttcggaccgtgttagtttgttagtgatgtggacaccaaggaacttaactctTAACCCACTCCGCTACAGCccagttgatgtgaatgggggtgtgctcggtcctccttttcctgtagtccacaatcatctcctttgtcttgctcacgttgagggagaggttgttatcctggcacaacactgccaggtctcttgtcctcctccctataggctgtctcatcgttgtcggtgatcaggcctaccgccgctgtgtcgtcagcaaacttaatgatggtgttggagttgtttgGCCACGCAGACGTGGATGAACtgggagtacatgaggggactaagcacacagcccTAAGGTGCCCCcatgttaaggatcagcgtggcagatttcaactgcagtccctgggcaggttattaaaaacaattacaatatagacaatcattgagcagtgagcacacgcagagcaacataggacaagcaagacgtagcatacagacagagcaacataagacaaaattcataaaagtgtttccacacctcacaagctacagacaacacggAAAACGGCAATACACAGCTATGGATTATGATCACAAATcagattgacctttagccatgtattcatacatttttgtgaaagtgtgataaggtggtgcagttgtgtgtctgaaggcagtgtattccagacatgggaagctctcacagagaaagcggatttactaaaggtgcttttccttaagggaactatacagtcacctctcaaggcagaccttgtggatctgctgccatatgtttgggttttctgttgaacaaaaatactgagtggagggggagccaggccatttaggatcttgaatacaagacatgcgtcggtgtattgcacaagattttcccaactcaggagctcatgctttctgaggatgtaacagaaCATcctcccagaacatattccagtctgtgctagcaaaagagtcctgtagcgtagcatccgcatcatctgaccacttccgtattgggcgagtcactggtacttcctgctttagttgttgcttgtaagcaggaatcaggaggatagaattaaggtcagatttgccaaatggttggcgagggagagctttataCGCGTCTCTGAATGTGGGGTAAAGGTAGTATAGCATTTTTGGTTGctcatgtgacatgctggtagaaatgaggtaaaatggatttaagtttgcctgcattgaagtccctggccactaggagcgtcgcttctggatgagcattttcttagtgccagcgtcggtttgtggtggtaaatagacggctacgaaaaatatagatgaaaacctTCTTGGTAGAtggagtacctcatgataagctgtaggccacactaactcaggcgagcaatacctcaataTTAGACATCTCGCagcagctgttattgacaaattctcacacacccccaccccttgtCTAACGgatgtagctgttctgtcctgccgatgcacggaaaacccagccaactgtatattatccgtgtcTTCTTTCAATGTcacgttggtaggatagtctcgaacggagctcataCAGTTTACTCTCCAGTGATTTCATGTTGGCCAATAGAATGGATGGTAGAGCCGGGTTATCCACTCACCTACAAATTCTCACAAGGTACCCTGATCTCCGCCCcttgtatttctttattttcttcATGCGAACGACAGGGATTTTGGCTTTTGTCTGAGAGCAACTTTATATCCTTTGCATCAGACTCAATAAAGAAAACATATtagtccagtttgaggtgagtaatcgctgttcttatccagaagctcttttcacaAGACACGCTAgcatcaacattatgtacaaaataagttacaaacaatgcgaaaaaacacacaaaatagcacaattgttgAAGAGCATGTAAAACGGCAgtcatcccctccggcgccattcttTAACGATTTACATTTGATCAGTGCTTAAGGGGTCTTCTTGGTGTGTGTGAGTCATTTTAGCAGTTGGGATTGTTCACTGTGTGTTCATACAGTACTGTCCGGTACCAACAACCAATGCAATATAGTCTCTCATTCTGTTAAACCGACTAGCCTCGCCCTCGGGGCTACTGTCATGCAAATCATTATTACATACAAGAGCATTTCTGTTGCAGTATTCTTTTTGAATCCTGTGCTTTGTTTACGTGAAATGGGGAGTACGTTTTGTTTCAACTGGGATGGCATTCTGTTCTAGCATTAAACCACTTTAAGCACTTATTAACCTATGCTGCTGTGTGATCTCAGGATGCATGTTGTGTGCAGCACTGACACGTACACGACTCTTCTGTTGATTTAAGTATCAACACAGTGACTTGGTATTTGTCTGGTGATTATCTGCTCTTGTACTTACTCCTCTATTTGCCCAACTCTCTTGTCTTGCAGCTGGTCCCAATTTGCTCCCTATCACTATGCTCTTGGTCCTAACCAGTATGTGAACCTGACCCTTGGATGTCTGCAGATCTGTAGGGTGGACCCTCCACCACTACACTGCTTATACCTTTCCAAAGCCTTCAGATCCGCAGACATCAATGGGTTGggccaaaggaggaggaggggggggttaTGGAGCACATTGCGACCAACTGTTGCTCTGAGCAAGTCCTCACTAACTATCTGATCTAATTCAGATAATTCCGCTGTCACGCTGGGTCATTTTAACGTGAATTTGTTCATTCCTCAACTGTGGAAAATGTGAAAAGCCTTGTAACATCACTTCT
>TU578130
gtaaccaaaaaagtgttagacaaataaaatatattttgttcttcaaagtagccaccctttgccttgggagccaggcccagaatAAGATTTCAGAATAAGATTTCCCCCCTATAATACTCCTCCCCCCTATAATACTCCTCCCCCCTCTGACGATTCCACAGGTGAAGAACCCAGATGTGGCGGTCCTGAGCTAGCGTGactacacgtggtctgtggttgtaaggccggttggacgtactgagaaattctctaaaacaacctTGGAGTCAGCTTAtgctagagaaattaacattcaattctctggcaacggctacggtggacattcctgcagtcagcatgccaattgcacacactCAACTTGAAACAcctctggcattgtgttgtgtgagacaactacacattttagtggccttttattttccacagcacaaggtgcacttgtgtaatgataatactgtttaatcagcttcttgatatttccacacctgtcaggtggatggattatcttgacaaaggatgaAATGCTCATTAACGCGTGTAAACGAGTCTGTGCGCACAAATAAGTGTTTTGTGCATACAgaacatttctaggatcttttatttcagctcttgaaaAATGGGACCAGCACTGtacatgttgtgtttttgttcagtgtagtagtgcactatattagggaaTGGTGGGACGCAACCTTTAATTTAATTGCGAGTTTTGGCTATAAGAAGAACATGGCTAATGTGTGTTTTGCAAGATTTGAGTTTTTGTATTCAATATTTGAAATGTGCTGTTGAAGTGACTGTCCTCAGGGAGGCTGCTGTTGTTTCTCTAGCTATGCCACTGTGAGGCCAAACCTCTACTCCTTTTATGGCTTTAACTAATCGATGGTAACGTGGCTTATTGAACAGAGCGTCAATAAGTATGGTTTGGTTAAATGCAATATTtgaacatgatttagattttttttatatataagtATTTCCTTCAATTGTGTGTATTTATAATTAAGCAAAAATAGTTACGTGCTCTTATTAATAATATTACATTTGCGAGAATCTGAAATCTGCCCTTCAAGTTATTGAAATACAATTTATTTACAAAATAGATAGACCTTGAGAAAATGTAGCATTGTTGAATGTCCAATGCATTTTTATAGAGGCTCTAGACCATATTTGCAGCCTTTCTGTATACAGGTCaagaatgcactgtaaatagtcCTGGTGGACTATTTTGATTAATTGATCAgtagttttatggcttgggggtagaagctattaaggaaccttttggacctagacttggtgctccggtaccacttgccgtgcggttgcagagagaacagtcaatgacttgggtgactggagtctttgacaatttgttgggccttcctgtgacactgcCTAGTGtaataggtcctggatggtaggaagcttggcaccagtaatgtactgggttgtacgcactactctctgtagtgccttacgattagatgccgagcagttgccataccaggtggggatgcaaccggtcaggaggCTCTCGATGGTGAAGCTGTGAaacctttgaggatctgaggacccatgccaaatcttttcagtctcctgagggtgaaaAAGGCATTGTCAtgtcctcttcacaactttcttggtgtgttcggaccgtgttagtttgttagtgatgtggacaccaaggaacttaactctTAACCCACTCCGCTACAGCccagttgatgtgaatgggggtgtgctcggtcctccttttcctgtagtccacaatcatctcctttgtcttgctcacgttgagggagaggttgttatcctggcacaacactgccaggtctcttgtcctcctccctataggctgtctcatcgttgtcggtgatcaggcctaccgccgctgtgtcgtcagcaaacttaatgatggtgttggagttgtttgGCCACGCAGACGTGGATGAACtgggagtacatgaggggactaagcacacagcccTAAGGTGCCCCcatgttaaggatcagcgtggcagatttcaactgcagtccctgggcaggttattaaaaacaattacaatatagacaatcattgagcagtgagcacacgcagagcaacataggacaagcaagacgtagcatacagacagagcaacataagacaaaattcataaaagtgtttccacacctcacaagctacagacaacacggAAAACGGCAATACACAGCTATGGATTATGATCACAAATcagattgacctttagccatgtattcatacatttttgtgaaagtgtgataaggtggtgcagttgtgtgtctgaaggcagtgtattccagacatgggaagctctcacagagaaagcggatttactaaaggtgcttttccttaagggaactatacagtcacctctcaaggcagaccttgtggatctgctgccatatgtttgggttttctgttgaacaaaaatactgagtggagggggagccaggccatttaggatcttgaatacaagacatgcgtcggtgtattgcacaagattttcccaactcaggagctcatgctttctgaggatgtaacagaaCATcctcccagaacatattccagtctgtgctagcaaaagagtcctgtagcgtagcatccgcatcatctgaccacttccgtattgggcgagtcactggtacttcctgctttagttgttgcttgtaagcaggaatcaggaggatagaattaaggtcagatttgccaaatggttggcgagggagagctttataCGCGTCTCTGAATGTGGGGTAAAGGTAGTATAGCATTTTTGGTTGctcatgtgacatgctggtagaaatgaggtaaaatggatttaagtttgcctgcattgaagtccctggccactaggagcgtcgcttctggatgagcattttcttagtgccagcgtcggtttgtggtggtaaatagacggctacgaaaaatatagatgaaaacctTCTTGGTAGAtggagtacctcatgataagctgtaggccacactaactcaggcgagcaatacctcaataTTAGACATCTCGCagcagctgttattgacaaattctcacacacccccaccccttgtCTAACGgatgtagctgttctgtcctgccgatgcacggaaaacccagccaactgtatattatccgtgtcTTCTTTCAATGTcacgttggtaggatagtctcgaacggagctcataCAGTTTACTCTCCAGTGATTTCATGTTGGCCAATAGAATGGATGGTAGAGCCGGGTTATCCACTCACCTACAAATTCTCACAAGGTACCCTGATCTCCGCCCcttgtatttctttattttcttcATGCGAACGACAGGGATTTTGGCTTTTGTCTGAGAGCAACTTTATATCCTTTGCATCAGACTCAATAAAGAAAACATATtagtccagtttgaggtgagtaatcgctgttcttatccagaagctcttttcacaAGACACGCTAgcatcaacattatgtacaaaataagttacaaacaatgcgaaaaaacacacaaaatagcacaattgttgAAGAGCATGTAAAACGGCAgtcatcccctccggcgccattcttTAACGATTTACATTTGATCAGTGCTTAAGGGGTCTTCTTGGTGTGTGTGAGTCATTTTAGCAGTTGGGATTGTTCACTGTGTGTTCATACAGTACTGTCCGGTACCAACAACCAATGCAATATAGTCTCTCATTCTGTTAAACCGACTAGCCTCGCCCTCGGGGCTACTGTCATGCAAATCATTATTACATACAAGAGCATTTCTGTTGCAGTATTCTTTTTGAATCCTGTGCTTTGTTTACGTGAAATGGGGAGTACGTTTTGTTTCAACTGGGATGGCATTCTGTTCTAGCATTAAACCACTTTAAGCACTTATTAACCTATGCTGCTGTGTGATCTCAGGATGCATGTTGTGTGCAGCACTGACACGTACACGACTCTTCTGTTGATTTAAGTATCAACACAGTGACTTGGTATTTGTCTGGTGATTATCTGCTCTTGTACTTACTCCTCTATTTGCCCAACTCTCTTGTCTTGCAGCTGGTCCCAATTTGCTCCCTATCACTATGCTCTTGGTCCTAACCAGTATGTGAACCTGACCCTTGGATGTCTGCAGATCTGTAGGGTGGACCCTCCACCACTACACTGCTTATACCTTTCCAAAGCCTTCAGATCCGCAGACATCAATGGGTTGgg
>TU578132
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Function

NR:

description
unnamed protein product

GO: NA

KEGG: NA

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TU578131 False 3028 lncRNA 0.45 1 42567053 42570080
TU578130 False 4218 lncRNA 0.43 1 42567232 42571449
TU578132 True 2189 lncRNA 0.44 1 42567232 42569420

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
noxa1 noxa1 coding downstream 17839 42539864 ~ 42549214 (-)
LOC110525992 LOC106585216 coding downstream 46558 42422990 ~ 42520495 (-)
LOC118964871 NA coding downstream 153802 42404839 ~ 42417077 (-)
LOC110525990 LOC106585213 coding downstream 206661 42302921 ~ 42360392 (-)
npdc1b LOC106585212 coding downstream 265304 42252483 ~ 42301749 (-)
LOC110525994 LOC106585220 coding upstream 5080 42576529 ~ 42587286 (-)
LOC110525997 LOC106585221 coding upstream 83535 42654984 ~ 42729594 (-)
LOC110525998 LOC106585223 coding upstream 195090 42766320 ~ 42788488 (-)
zgc:101858 LOC106585225 coding upstream 420600 42992049 ~ 42997858 (-)
LOC110526002 LOC106585226 coding upstream 434121 43005570 ~ 43018519 (-)
G509296 NA non-coding downstream 120470 42446355 ~ 42446583 (-)
G509292 NA non-coding downstream 134105 42432713 ~ 42432948 (-)
G509286 NA non-coding downstream 138924 42427834 ~ 42428129 (-)
G509285 NA non-coding downstream 140091 42426744 ~ 42426962 (-)
G509284 NA non-coding downstream 140438 42426283 ~ 42426615 (-)
G509342 NA non-coding upstream 2547 42573996 ~ 42574822 (-)
G509480 NA non-coding upstream 168541 42739990 ~ 42740374 (-)
G509483 NA non-coding upstream 174615 42746064 ~ 42746279 (-)
G509487 NA non-coding upstream 178073 42749522 ~ 42749918 (-)
G509489 NA non-coding upstream 181748 42753197 ~ 42753503 (-)
G509034 LOC106585214 other downstream 163833 42372441 ~ 42403220 (-)
G508891 NA other downstream 422168 42144097 ~ 42144885 (-)
G508303 NA other downstream 745843 41820855 ~ 41821210 (-)
G507906 selenop other downstream 1105131 41421024 ~ 41461922 (-)
G509432 NA other upstream 72070 42643519 ~ 42645869 (-)
G509902 NA other upstream 505243 43076692 ~ 43077157 (-)
G509949 LOC106578716 other upstream 551097 43122546 ~ 43123092 (-)
G509952 NA other upstream 553132 43124581 ~ 43125387 (-)
G510310 NA other upstream 952265 43523714 ~ 43524108 (-)

Expression


Co-expression Network