XLOC_024393


Basic Information

Item Value
gene id XLOC_024393
gene name NA
gene type non-coding
species zebrafish (Danio rerio)
category of species model fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007136.7
NCBI id CM002909.2
chromosome length 37502051
location 2483112 ~ 2485048 (-)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome

Sequence

>TCONS_00049313
CAGAAGGTTGTGTTTTGGCCTCTAGGTTGTGTTTTTTGTTCTGTAAGTTGTGGTTTTGGCCTGTAGGCGGTTTTTGTCCTGTAGGTTGTGTGTTTTGTACTGTAGGTTGTGGTTTTGGCCTGTAGGCTGTTTTTTTGTCCTGTAGGTTGTTTTTTTGGCCTGTAGGATGTGTTATTGACCTGTATGGTGTGTTTTTTGGCCTGTAGGTTGTGGTTTTGGCCTGTAGGCTGTTTTTTTGTCCTGTAGGTTGTGTTTTTTTGGCCTGTAGGATGTGCTATTGACCTGTATGGTGTGTTTTTTGGCCTGTAGGCTGTTTTTTGTCCTGTAGGTTGTGGTTTTGTGCCTGTAGGTTGTGGTTTTGGACCTGTGGGTTGTGGTTTTTGGCCTGTAGGTTGTGGTTTTGGTCTGTAGGCTGTTTTTGTTCTATAGGTTGTGTGTTTTTGGCTTGTAGgttgtggggttttttttttggCCTGTAGTTTTTGGTTTTTGTTCTGTATGTTGTGTTTTTGGCCTGTAGGCTGtttttttgttctgtagattgtgGCTTTTGGCCTGTAGGCTGTTCTCTAGCATGTGGGTTGTGGTTTTTGGCCTGTGGGTTGTTCTCCAGCCTGAAGGCTGTGGCTTTTGGCCTGTAGGTTGTTCTCTAGCCTGTGGGTTGTGGTTTTGGGCCTATCGGTTGTGGTTTATGTTCTGTAGGTTGTGGTTTTGTGCCTGTGGGTTGGTCTCCAGTCTATAGGTTGTGGTTTTGGACCTGTGGGTTGTGGCTTTGGCCTGTATATTTTTCTCCAGCCTGTGGGTTGTGGTTTGGCTTGTAGGTTGTGTTTTTTGGCCGGTAGGCTGTGGCTTTGGCCTGTAGTTTGTGGTTTTGTGCCTGTAGTTTGTGGTTTTGGACCTGTGGGTTGTGGTTTTTGGCCTGTAGGTTGTGGTCCAGCCTGTGGGTTGTGACTGTAGGAGCCGTTGTGGCTCTGTTGCGTCTGCCATCTGCAATCAGCACAGTGGGTTTCAGTCTTTCACCAGTCTGTAGATGTGATGTTGGGCTCCATGTTCACTGGTGGACACTTCAAACACGTAAGCGATGCATAGTAAGGTTTCTAGAGTGTCTCTGTTGGTTATAAC
>TCONS_00049312
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>TCONS_00049316
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>TCONS_00049315
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>TCONS_00049314
GCAGAAGGTTGTGTTTTGGCCTCTAGGTTGTGTTTTTTGTTCTGTAAGTTGTGGTTTTGGCCTGTAGGCGGTTTTTGTCCTGTAGGTTGTGTGTTTTGTACTGTAGGTTGTGGTTTTGGCCTGTAGGCTGTTTTTTTGTCCTGTAGGTTGTTTTTTTGGCCTGTAGGATGTGTTATTGACCTGTATGGTGTGTTTTTTGGCCTGTAGGTTGTGGTTTTGGCCTGTAGGCTGTTTTTTTGTCCTGTAGGTTGTGTTTTTTTGGCCTGTAGGATGTGCTATTGACCTGTATGGTGTGTTTTTTGGCCTGTAGGCTGTTTTTTGTCCTGTAGGTTGTGGTTTTGTGCCTGTAGGTTGTGGTTTTGGACCTGTGGGTTGTGGTTTTTGGCCTGTAGGTTGTGGTTTTGGTCTGTAGGCTGTTTTTGTTCTATAGGTTGTGTGTTTTTGGCTTGTAGgttgtggggttttttttttggCCTGTAGTTTTTGGTTTTTGTTCTGTATGTTGTGTTTTTGGCCTGTAGGCTGtttttttgttctgtagattgtgGCTTTTGGCCTGTAGGTTGTGGTTTTGGCCTGTAGGTTTTGTTTTTGGCCTATATGCTGTGTGTTTTGGCCTGTAGGTTATGATCTTTGGCCTGTAGATTGTTTATTTGCCtataggttgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtttggcctgTAAGCAGTGCTCTTTGGCCTTCGGGTTGTGGTTTTGACCCTGTAGGTTGAATTTGGCCTGTAGGTTGTGTTTTTGACCTGTAGTTTGTTCTCCAGCCAGTAGGTTTTGGTTTCTGGCCTGTATGTTGTTCTCCAGCCTGTTTTTCTCCAGCAATGTTTTTTGGCCAGAGGGTTGTACTTTTGGCTTGTAGGTTGTGTTTATTGTTCTGTAGATTGTGTTTTGGCCTGTAGGTTGTGGTTTTTGGCCTGTAAGTTGTGCCTGTGGGTTGTTCTCCAGCCTGTATGTTGTGGCTTTTTGCCTGTAGGCTGTTCTCTAGCATGTGGGTTGTGGTTTTTGGCCTGTGGGTTGTTCTCCAGCCTGAAGGCTGTGGCTTTTGGCCTGTAGGTTGTTCTCTAGCCTGTGGGTTGTGGTTTTGGGCCTATCGGTTGTGGTTTATGTTCTGTAGGTTGTGGTTTTGTGCCTGTGGGTTGGTCTCCAGTCTATAGGTTGTGGTTTTGGACCTGTGGGTTGTGGCTTTGGCCTGTATATTTTTCTCCAGCCTGTGGGTTGTGGTTTGGCTTGTAGGTTGTGTTTTTTGGCCGGTAGGCTGTGGCTTTGGCCTGTAGTTTGTGGTTTTGTGCCTGTAGTTTGTGGTTTTGGACCTGTGGGTTGTGGTTTTTGGCCTGTAGGTTGTGGTCCAGCCTGTGGGTTGTGACTGTAGGAGCCGTTGTGGCTCTGTTGCGTCTGCCATCTGCAATCAGCACAGTGGGTTTCAGTCTTTCACCAGTCTGTAGATGTGATGTTGGGCTCCATGTTCACTGGTGGACACTTCAAACACGTAAGCGATGCATAGTAAGGTTTCTAGAGTGTCTCTGTTGGTTATAAC

Function

GO: NA

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TCONS_00049313 False 1122 lncRNA 0.46 4 2483112 2485047
TCONS_00049312 False 1054 lncRNA 0.48 3 2483112 2485047
TCONS_00049316 False 1637 lncRNA 0.46 4 2483112 2485048
TCONS_00049315 False 1374 lncRNA 0.45 4 2483112 2485048
TCONS_00049314 True 1619 lncRNA 0.46 4 2483112 2485048

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
XLOC_024392 mrps35 coding downstream 128005 2333258 ~ 2355107 (-)
XLOC_024391 NA coding downstream 170079 2309414 ~ 2313033 (-)
XLOC_024390 NA coding downstream 183363 2275525 ~ 2299749 (-)
XLOC_024389 NA coding downstream 318078 2126816 ~ 2165034 (-)
XLOC_024387 wnt7bb coding downstream 401741 2002715 ~ 2081371 (-)
XLOC_024394 BX957346.1 coding upstream 61295 2546343 ~ 2638817 (-)
XLOC_024395 BX957346.3 coding upstream 187443 2672491 ~ 2685982 (-)
XLOC_024396 adpgk coding upstream 221674 2706722 ~ 2724033 (-)
XLOC_024397 scamp2 coding upstream 530628 3015676 ~ 3034668 (-)
XLOC_024398 si:ch1073-296i8.2 coding upstream 562081 3047129 ~ 3058722 (-)
XLOC_024388 CR385026.1 non-coding downstream 469721 2012677 ~ 2013391 (-)
XLOC_024386 CR385026.2 non-coding downstream 508822 1973524 ~ 1974290 (-)
XLOC_024405 NA non-coding upstream 817476 3302524 ~ 3306305 (-)
XLOC_024407 NA non-coding upstream 892775 3377823 ~ 3393705 (-)
XLOC_024410 NA non-coding upstream 1045419 3530467 ~ 3531168 (-)

Expression


Co-expression Network