XLOC_024405


Basic Information

Item Value
gene id XLOC_024405
gene name NA
gene type non-coding
species zebrafish (Danio rerio)
category of species model fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007136.7
NCBI id CM002909.2
chromosome length 37502051
location 3302524 ~ 3306305 (-)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome

Sequence

>TCONS_00049318
ATATTCTGTAGAGGACCGAgaacatttattcaaatataaaattacatattGACATGTATATATACTTTGTCAGAATCACAGCTCGTGTAAAATATGTCTGAATGTTCATGATTACATTATCCTTAGTTTAAATTATCTTTAATCAGTTAACTTCACATGAAATAACGAAATAAAGtactagaaaaataaatataattctttttttttatttaatcctaAACTTACATTTGTATTACTTGGTCCTTAATTTATCAATGCCTTCCAGTTATCCAGATATTTGCTGTTCGTTTAGATTACCACATGtacttatatattattttttacacaatgATAACCTCGCTAATTAcacaaaatgtaaagtctttCAGATAATAGTTCATATTTTACCGATTGACCACTTTTTAACGACGTCGCTTCGGAATCTGCGTCACCTGGACGTCATATTACGTAATGAATATTCATGAACATGGCCGTCGCCATAGTAGAATGGTCGGAACGCATTACGTAAAAGATTCCACTGAACTCAAAGTCACCGCCTGTTACTTTACAGTGTGATTGAGACGAGcataaacattgtacagtatctAATAATTGGAAATATACTTAAATGTATACGTTTCTCTGAAATAAACTGATGTTTCTGTATGCAAAGGTGTGTGAAGGTCAAAGCTCAGTGTAAAAATGACAGGAAATTTTCCTCGTTAAATAAAACACCtgcaatgtgtgtgtgattgaacTGACCTTGCTGTGAATAAACTCCAATGAAGGGTCACCTCTGGGATCTCAATGGTTTCCTTTTATTTCACACCAGAATTGTACTGAATCAAGGATAAATAATTCATTCCTCATGTCCAATTTAATCCACAATTAGCTGCCTAAATACAAAGTGCAAATTGGACTTTTTATACCATTCACTGCATTTGATAGCAGAAAACCCTaaaatgttagttaatggttaGTGGATTTGGTGTATGTACATCTTAAAAGTAACCCACTGTGttttacaaagatttttttaatctcAGAGAAGACGTTAGAAAAATATTGCAGTTAAAAATAAACGGAGAGtagcaaaatataaaaacaaacccCTGAAGATGAAGGTATCAGTCACGAATGTATTTCTCTGATATACTGAATTAGCACATACAGCAAGAGGACGACTGGTTGTGTTTAAAATCACAGCAAAGAAATGAATTCATAGCTTTAGTCAGATGAATGCCAGTGTTTTGTGCAATCACATAGGGTCTGATTACAGTCAATAAGAGGCATTATCTTTGACTTATGGGTTTTAAAAGGGCTATAATGCCACATCACATTATGAAAACTTCACAAACACATCGAACAAGCCGCCGTTATCtattaaaaattatgaaaacagACTGCATCTCAACTGAAGTGATGCGTTTTTTTCACTACGAGACTTTATGATCACATGGTCCTTGAAGCGgagggtaaaaaataaataaataaatgtctattaTTAAGTATAGCAATAAAACCAAACGTCATCTGAGCTGGTTGTTCAGTAGTAGTTCAATGctacaaactattaaaataaatgctacaggGGTGAATCTCACAGAAACCGTTAAAAGACAAATTTCACCACAAAAATTCAACACGATGCACAGCCAATTcgtaactttgatttagtggctattaATTAGTATAACTAGTATGATTTGTTCATCCCCCAGAGACGGTTGGATTTACAGGCGGGGTTGAAAGCCACaccccctttttaaaatcgtattttcattcgactgaacttgtacgaatttacCGCTAAACTGacgaaacgtaaaatacttgtttCCTCGCAAGATCAGGCTACAAAAATCACCTCATATACTTTAATCAAGCAATTTTCATTGTATTCAGATTGCTGTAATGCAGAAGAATTGTTTTACATGAGTAAAGTGTACACCAAAGACAAATTGTGGTTGTACTTTAATTTAGATACATTTTTGCAATtactaacaaaataataattttgtgcaaacataaaaacaaaacaaaatctgaatttaaatttCCATCTTTaccgatttttattttatttttattattgtaatgtgAATAGAATATTcatctttacagaaaaaaagatttttcttatcacgataataatataatttatttgcaTTACAGTAACGGGAACttgtttttcaataaaaaaagatcTTCACTGCGGTAATGATACAAATGaaaatacaaatgtttaaaaGGTTGGTAataagaatagtttttttttttaattacggtCATGAGAATAACTTTATGGAAACGaaaattaaagtaattttttacaacagtattaatatttttattttttattattcatttgttattGCGGTAGTAATTTGTTTCTAATGACCGCAATGaaaaatatttgattattaattatttatgatgGCAATGAGATTTActtcaatataaaagtaatcagtaCATGCAATTATTTGCATTACGGTAATAAAACCATGTTTTCTTTTCCAATAAGATTATTTATCATTGtggtaatcatttttttttttttaattttagaagtGAAAATATGGTTGGgattaagaattatttttaaaaattacagtaatgaaaataattttatttccataaaattaaagtaatttttcCTGAcggtaatatttttttaatgcggTAATGATTTTATCttagtaataaaaatatcaatGGTTAAAAGGTTGGCAATgacaatgatttttttaaattttggtaAGAAGAATAATTTTATGGAagtgaaaattatttattatgacggtaataattttgttatttttttaaagtagtaattttttattaattatttttatggaaataataatcaattaatctTTCAAGGTGGTAATaaaatttactttacttttatattaATCAGTATATGCAATTCTTTGCATTATGGTAATGAGAACATGTTTTCTTTTCCAATAAGGTTATTTTTCATTgtggtaataattttttttttcattttcaaacgaAAATGTTTAAAAGGCTGGGAATgagaatgatttttaaaaatcacggTAATCAGAATaattttacagaaattaaaatgtTGAGAACgagaatgatttttaaaaattacggTAATGATTGTATGGAAATTTAAACTAAGCTATTTTTTATGACAGTAATAATTTCATTGCAGTAGTGACTTGTTAATTTTagtaatacaaattttaaatgattttaatttttatggaaatgaaaattaattaatctTCCATGATGACAATAAGATTCActtaaatataaaagtaatcagtaCATGCAAATGTAAGGTAATGAGATACCGCATTACGGTAATGAGATTTTTGGTTatgttcatgatttatttatattttgtaaaacaatACATTGGAAAAAGTGGTATCTGTCCTATTTTCAATACTCAATTTTCTTTTCAAACATAtgtgattatttttgttttgtttgtgagaCTCACCCATTAGAA

Function

GO: NA

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TCONS_00049318 True 3478 lncRNA 0.28 2 3302524 3306305

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
XLOC_024404 pthlhb coding downstream 40206 3257932 ~ 3262318 (-)
XLOC_024403 cib1 coding downstream 72337 3224085 ~ 3230187 (-)
XLOC_024402 gtf2h1 coding downstream 85409 3196855 ~ 3217115 (-)
XLOC_024401 hps5 coding downstream 110119 3148431 ~ 3192405 (-)
XLOC_024400 epx coding downstream 162719 3119810 ~ 3139805 (-)
XLOC_024406 golt1bb coding upstream 35469 3341774 ~ 3347418 (-)
XLOC_024407 NA coding upstream 71518 3377823 ~ 3393705 (-)
XLOC_024408 hbp1 coding upstream 143654 3449959 ~ 3470910 (-)
XLOC_024409 PRKAR2B coding upstream 169079 3475384 ~ 3503458 (-)
XLOC_024410 NA coding upstream 224162 3530467 ~ 3531168 (-)
XLOC_024395 BX957346.3 non-coding downstream 616542 2672491 ~ 2685982 (-)
XLOC_024394 BX957346.1 non-coding downstream 663707 2546343 ~ 2638817 (-)
XLOC_024393 NA non-coding downstream 817476 2483112 ~ 2485048 (-)
XLOC_024391 NA non-coding downstream 989491 2309414 ~ 2313033 (-)
XLOC_024390 NA non-coding downstream 1002775 2275525 ~ 2299749 (-)
XLOC_024415 NA non-coding upstream 439859 3746164 ~ 3747949 (-)
XLOC_024421 NA non-coding upstream 574417 3880722 ~ 3884430 (-)
XLOC_024425 NA non-coding upstream 862627 4168932 ~ 4171757 (-)

Expression


Co-expression Network

Homologous

species gene id symbol gene type chromosome NCBI id location