G549840


Basic Information

Item Value
gene id G549840
gene name NA
gene type non-coding
species rainbow trout (Oncorhynchus mykiss)
category of species economic fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_048570.1
NCBI id CM023224.2
chromosome length 101096859
location 79337127 ~ 79345011 (+)
genome version USDA_OmykA_1.1_2020_rainbow_trout_Genome

Sequence

>TU622521
agaacactagtcagacagagaccagcagttaaaaccttattttacagaacactagtcagacagagaccagcggtttaaaccttattttacagaacacttgtcagacagagacagagaccagcggtttaaaccttattttacagaacactagtcagacagagacagagaccagcggtttaaaccttattttacagaacactagtcagacagagacagagaccagcggtttaaaccttattttacagaacactagtcagtcagagaccagcggtttaaaccttattttacagaacactagtaagtcagagacagagaccagcggtttaaaccttattttacagaacactagtaagtcagagacagagaccagcggtttaaaccttattttacagaacactagtaagacagagacagagaccagcggtttaaaccttattttacagaacactagtcagtcagagacagagaccagcggtttaaaccttattttacagaacactagtcagtcagagaccagcagttaaaaccttattttacagaacactagtcagacagagaccagcagttaaaaccttattttacagagcactagtcagtcagagacagagaccagcggtttaaaccttattttacagaacactagtcagacagagaccagcggtttaaaccttattttacagaacactagtcagacagagaccagcggtttaaaccttattttacagaacactagtcagacagagaccagcggtttaaacattattttacagaacactagtcagacagagacagagaccagcggttaaaaccttattttacagaacactagtcagtcagagaccagcggtttaaaccttattttacagaacactagtcagtcagagaccagcggtttaaaccttattttacagaacactagtcagtcagagacagagaccagcggtttaaaccttattttacagaacactagtcagtcagagaccagcggtttaaaccttattttacagaacactagtcagacagagacagagaccagcggtttaaaccttattttacagaacactagtcagtcagagacagagaccagcggtttaaaccttattttacagaacactagtcagtcagagaccagcggtttaaaccttattttacagaacaccagtcagacagagacagagaccagcggtttaaaccttatattacagaacactagtcagacagagaccagcggtttaaaccttattttacagaacactagtcagacagagacagagaccagcggtttaaaccttattttacagaacactagtcagacagagaccagcggtttaaaccttattttacagaacactagtcagacagagacagagaccagcggtttaaaccttattttacagaacactagtcagacagagaccagcggtttaaaccttattttacagaacactagtcagacagagcaTCTGATATTtcttcttttgaccaatcacctCAGATcatttcacatcagatctttttcagagctgataaTTGGCCAAAAGATACATTATTGAAAACTATTTcaaaattgggctgcctgtgtaaatgcagcctgaGTGACTCACAC
>TU622520
ggtttaaaccttattttacagaacactagtcagacagagacagagaccagcgttTTAAagcttattttacagaacactagtcagagagagaccagcggtttaaaccttattttacagaacactagtcagtcagagacagagaccagcgttTTAAagcttattttacagaacactagtcagacagagaccggcggtttaaaccttattttacagaacactagtcagacagagaccagcggtttaaaccttattttacagaacactagtcagacagagaccagcggtttaaaccttattttacagaacactagtaagtcagagacagagaccagcggtttaaaccttattttacagaacactagtcagacagagacagagaccagcggtttaaagcttattttacagaacactagtcagacagagacagagaccagcggtttaaaccttattttacagaacactagtcagacagagacagagaccagcggtttaaaccttattttacagaacactagtcagacagagacagagaccagcggtttaaagcttattttacagaacactagtcagtcagagaccagcggtttaaaccttattttacagaacaccagtcagacagagacagagaccagcggtttaaaccttattttacagaacactagtcagacagagacagagaccagcggtttaaaccttattttacagaacactagtaagacagagacagagaccagcggtttaaaccttattttacagaacactagtcagtcagagaccagcagtttaaaccttattttacagaacactagtaagtcagagacagagaccagcggtttaaaccttattttacagaacactagtaagtcagagacagagaccagcgatttaaaccttattttacagaacactagtaagacagagacagagaccagcggtttaaaccttattttacagaacactagtcagtcagagacagagaccagtggtttaaaccttattttacagaacactagtcattcagagaccagcggtttaaaccttattttacagaacactagtcagacagagatcagcagttaaaaccttattttacagaacactagtcagacagagaccagtgGTTAAAactttattttacagaacactagtaagacagagacagagaccagcggtttaaaccttattttacagaacactagtcagtcagagacagagaccagcggtttaaaccttattttacagaacactagtcagtcagagaccagcggtttaaaccttattttacagaacactagtcagacagagaccagcagttaaaaccttattttacagaacactagtcagacagagaccagcggtttaaaccttactttacagaacactagtcagtcagagacagagaccagcgttTTAAagcttattttacagaacactagtcagacagagacagagaccagcggtttaaaccttactttacagaacactagtcagacagagacagagaccagcgttTTAAagcttattttacagaacactagtcagagagagacagagaccagcggtttaaaccttattttacagaacactagtcagtcagagaccagcggttaaaaccttattttacagaacactagtcagtcagagacagagaccagtggttaaaaccttattttacagaacactagtcagtcagagaccagcggtttaaaccttattttacagaacactagtcagtcagagtcagagaccagcggtttaaaccttattttacagaacactagtcagacagagaccagcggtttaaaccttattttacagaacaccagtcagacagagaccagcggtttaaaccttattttacagaacactagtcagtcagagtcagagaccagcggtttaaaccttattttacagaacactagtcagacagagaccagcggttaaaaccttattttacagaacactagtcagacagagaccagcggtttaaaccttattttacagaacactagtcagacagagaccagcggtttaaaccttattttacagaacactagtcagtcagagaccagcggtttaaaccttattttacagaacactagtcagacagagaccagcggttaaaacctttttttacggaacactagtcagtcagagacagagaccagcggtttaaaccttattttacagaacactagtcagacagagaccagcggtttaaaccttattttacagaacactagtcagtcagagacagagaccagcggtttaaaccttattttacagaacactagtcagacagagaccagcggtttaaaccttattttacagaacactagtcagtcagagacagagaccagcggtttaaaccttattttacagaacactagtcagacagagaccggcggtttaaaccttattttacagaacactagtcagacagagacagagaccagcggtttaaaccttattttacagaacactagtcagacagagaccagcggtttaaaccttattttacagaacactagtcagacagagaccagcggtttaaaccttattttacagaacactagtcagtcagagaccagcggtttaaaccttattttacagaacactagtcagacagagaccagcggtttaaaccttattttacagaacactagtcagacagagacagagaccagcggtttaaaccttattttacagaacactagtcagtcagagacagagaccagcggtttaaaccttattttacagaacactagtcagtcagagaccagcggtttaaaccttattttacagaacaccagtcagacagagacagagaccagcggtttaaacattattttacagaacactagtcagacagagacagagaccagcggttaaaaccttattttacagaacactagtcagtcagagaccagcggtttaaaccttattttacagaacactagtcagtcagagaccagcggtttaaaccttattttacagaacactagtcagtcagagacagagaccagcggtttaaaccttattttacagaacactagtcagtcagagaccagcggtttaaaccttattttacagaacactagtcagacagagacagagaccagcggtttaaaccttattttacagaacactagtcagtcagagacagagaccagcggtttaaaccttattttacagaacactagtcagtcagagaccagcggtttaaaccttattttacagaacaccagtcagacagagacagagaccagcggtttaaaccttatattacagaacactagtcagacagagaccagcggtttaaaccttattttacagaacactagtcagacagagacagagaccagcggtttaaaccttattttacagaacactagtcagacagagaccagcggtttaaaccttattttacagaacactagtcagacagagacagagaccagcggtttaaaccttattttacagaacactagtcagacagagaccagcggtttaaaccttattttacagaacactagtcagacagagcaTCTGATATTtcttcttttgaccaatcacctCAGATcatttcacatcagatctttttcagagctgataaTTGGCCAAAAGATACATTATTGAAAACTATTTcaaaattgggctgcctgtgtaaatgcagcctgaGTGACTCACAC

Function

NR:

description
PREDICTED: uncharacterized protein LOC106606497 isoform X1

GO: NA

KEGG: NA

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TU622521 False 1606 lncRNA 0.40 2 79337127 79345011
TU622520 True 3692 lncRNA 0.40 2 79339649 79345011

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
LOC110506124 LOC101474724 coding upstream 427790 78763607 ~ 78909743 (+)
LOC110526640 LOC106562467 coding upstream 660969 78657110 ~ 78676158 (+)
LOC110526639 LOC106587637 coding upstream 825143 78502950 ~ 78511984 (+)
LOC110526970 LOC105022633 coding upstream 859169 78389458 ~ 78477958 (+)
LOC110526629 LOC106562410 coding upstream 948107 78381384 ~ 78389020 (+)
LOC110506775 LOC106562487 coding downstream 179798 79524809 ~ 79531505 (+)
LOC110506774 LOC106587663 coding downstream 198068 79543079 ~ 79570938 (+)
LOC118936661 LOC106592882 coding downstream 226827 79571838 ~ 79577990 (+)
LOC110511859 myo5a coding downstream 233511 79578522 ~ 79671531 (+)
LOC110526647 LOC106562494 coding downstream 327018 79672029 ~ 79699222 (+)
G549837 NA non-coding upstream 12169 79322931 ~ 79324958 (+)
G549817 NA non-coding upstream 19753 79257873 ~ 79317374 (+)
G549783 NA non-coding upstream 54149 79278457 ~ 79282978 (+)
G549794 NA non-coding upstream 143505 79192874 ~ 79193622 (+)
G549778 NA non-coding upstream 168517 79167068 ~ 79168610 (+)
G549841 NA non-coding downstream 660 79345671 ~ 79346084 (+)
G549779 NA non-coding downstream 10038 79355049 ~ 79356445 (+)
G549974 NA non-coding downstream 29969 79374980 ~ 79375277 (+)
G549983 NA non-coding downstream 46379 79391390 ~ 79401647 (+)
G549992 NA non-coding downstream 67613 79412624 ~ 79412942 (+)
LOC110526645 unc13c other upstream 174096 79089592 ~ 79354959 (+)
G549345 NA other upstream 564570 78772112 ~ 78772557 (+)
G549342 NA other upstream 567220 78769256 ~ 78769907 (+)
G548703 NA other upstream 840657 78420860 ~ 78496470 (+)
LOC110526615 pcat2 other upstream 1471259 77848962 ~ 77866316 (+)
G550054 NA other downstream 134470 79479481 ~ 79480078 (+)
G550265 NA other downstream 723737 80068748 ~ 80069285 (+)
G550305 NA other downstream 855159 80200170 ~ 80200529 (+)
myef2 myef2 other downstream 1070436 80415414 ~ 80430972 (+)

Expression


Co-expression Network